Épissage Flashcards
V-F. Toutes les régions des exons sont traduites.
Faux. régions 5’ et 3 ‘ non traduite
Qu’est-ce qu’un isoforme?
Protéines provenant du même gène mais épissé d’une manière différente.
Que veut dire l’expression épissage alternatif?
Les gènes sont épissés de différentes façons.
V-F. Les introns sont normalement beaucoup plus long que les exons.
V
V-F. Plus la complexité de l’organisme augmente, moins il y a d’intron.
F. contraire
Quelles sont les séquences consensus dans les introns?
- Sites d’épissage 5’ : GU
- Sites d’épissage 5’ : AG
- Sites de branchement : A suivi d’une séquence de polypyrimidines
Vrai ou faux. Les séquences des exons sont plus conservé que les introns.
F. Moins conservé car doit encoder pour des prot.
Lors de la première transestérification, Il y a attaque par le … de A sur le … du G de l’….
- 2’-OH
- groupement phosphoryle
- intron
Lors de la 2e transestérification, le … de l’exon 5’ attaque le … au site d’épissage 3’ de l’…
- 3’-OH
- Groupement phosphoryle
- intron
Quels sont les produites d’une réaction d’épissage? (normal : pré-m majeur)
- intron en forme de lasso
- exon 5’ et 3’ fusionnés
Quels sont les snRNA inclus dans le spliceosome?
U1, U2, U4, U5, U6
V-F. Tous les snARNs sont complexé à plusieurs protéines dans le spliceosome, ce qui donne snRNP.
V
V-F. Le spliceosome utilise de l’ATP.
V. Plusieurs molécules d’ATP pour une seule réaction d’épissage.
À quoi sert les snARNs du spliceosome?
- Reconnaissent les sites d’épissage 5’ et de branchement
- Rapprochent ces deux sites
- catalysent les réactions de clivage et légation de l’ARN
U2 se lie à quoi?
Site de branchement 5’
V-F. Des protéines non-snRNP sont impliqués dans l’épissage.
V. BBP
Énumérez les étapes d’assmeblage du Spliceosome
U1, U2AF65/35, BBP, U2 (out BBP), U4/U5/U6 (out U2AF65/35), U6 remplace U1 (out U1), out U4 -> 1ere trans (2e aidé par U5)
Énumérez les 8 hélicases qui joue un rôle dans la réaction d’épissage.
Prp5, UAP56, Prp28, Brr2, Prp2, Prp16, Prp22, Prp43
À quoi sert Prp22?
Empèche ;a la réaction d’être inversée en désasemblant rapidement le spiceosome.
Quels sont les 3 types d’épissage de l’ARN?
- ARN pré-m nucléaire (majeur et mineur)
- introns groupe 1
- introns groupe 2
Qu’est-ce que des introns auto-épissable?
Introns capables de s’pisser eux-mêmes, in vitro, en absence de spliceosome, d’autres protéines et d’autres ARN. (intron gr 1 et 2)
V-F. Le type d’épissage intron gr 1 ressemble à l’épissage d’ARN pré-m nucléaire.
F. Groupe 2 : la chimie de l’épissage est la même
Quelle est la structure secondaire de l’intron gr. 1 et à quoi sert-elle?
poche de liaison, accepte G libre qui attaquera le site d’épissage 5’ à l’aide de son extrémité 3’-OH
À quoi ressemble l’intron final de l’intron de gr.1?
linéaire (pas en lasso), G à l’extrémité 5’
À quoi sert la séquence guide interne de l’intron de gr 1?
s’apparie avec la séquence du site d’épissage 5’ afin de déterminer précisément le site d’attauqe par G
V-F. Les introns du groupe 1 sont plus grand que ceux du gr 3?
F. Contraire (pas assez grand pour faire le lasso)
V-F. Seulement une petite partie de la séquence des introns auto-épissable sont nécessaire pour l’épissage?
F. la majorité de la séquence est nécessaire.
V-F.Les introns auto-épissable n’utilisent jamais de protéines?
F. in vivo, prot aide à stabiliser la structure correcte (notamment en cachant charge - de l’armature)
Quels sont les deux types d’erreurs d’épissage qui peuvent survenir?
- Saut de site d’épissage (manque un exon)
- Faux site d’épissage reconnu (exon pas complet ou intron présent en partie)
À quoi est dû la précision de la sélection des sites d’épissage?
aux protéines d’épissage transportées par l’ARN pol II sur CTD
Que font les facteur/prot d’épissage sur la CTD?
Si un site d’épissage 5’ est d’abord reconnu, un site 3’ d’épissage a de meilleurs chances d’être reconnu avant tout autre site similaire (diminue chance de reconnaitre faux site d’épissage ou sauter des exon)
Qu’est-ce que les protéines SR?
Protéines qui permet la reconnaisance préférentielle des sites d’épissage près de exons (réduit utilisation des sites incorrects/erreurs)
À quoi se lie les prot SR?
ESE, site d’amplificateur exonique d’épissage
Qu’est-ce qui régule la liaison des prot SR et du spliosome?
Domaine RS
Est-ce que les prot SR sont essentielles à l’épissage?
Oui, en plus d’assurer la précision et l’efficacité de l’épissage constitutif, elles régulent l’épissage alternatif
Qu’est-ce que le transépissage?
Type d’épissage qui permet de joindre des exons de différentes molécules d’ARN (ces molec peuvent aussi faire épissage en cis (normal)
Concernant la machinerie d’épissage, qu’est-ce que le transépissage a de différent?
même machinerie d’épissage que cis, mais U1 n’est pas toujours requis.
Quelles sont les séquences consensus des extrémités 5’ et 3’ des introns épissés par ARN p-m mineur?
AU-AC
Qu’est-ce qu’il y a de différents entre spliceosome majeur et mineur?
- U1 -> U11 (reconnait AU au lieu de GU)
- U2 -> U12 (reconnait AC au lieu de AG)
- U4 (AU-AC) et U6 (AU-AC) = U4 et U6
- U5 = U5
V-F. Les introns reconnu par le spliceosome mineur n’ont pas de séquences consensus.
F. Séq consensus mais distinctes des introns les plus courants
Quelles sont les 5 voies d’épissage d’un ARN? (épissage alternatif)
- normal
- exon sauté
- site d’épissage 5’ ou 3’ altenatif utilisé
- intron conservé
- exons alternatifs (les autres peuvent faire ça)
Quelle prot SR joue un rôle l’épissage alternatif de l’antigène SV40? Tdans
SF2/ASF
Que fait SF2/ASF?
Favorise le site d’épissage 5’ proximal et inhibe l’utilisation du site 5’ distal (normal).
V-F. Concernant l’épissage alternatif de l’antigène SV40 T, plus la concentration de SF2/ASF est grande plus l’ARNm est grande et la prot reésultante est grande.
F. ARNm plus grand, mais intron en trop contient codon stop, donc prot plus courte. (t-tag)
Quelle est la forme d’épissage alternative la plus fréquente?
exon est inclus ou exclu de l’ARNm
Comment appelle-t-on un exon inclus ou exclus de l’ARNm ?
exons cassettes
Quelles sont les deux méthodes pour avoir des exons cassettes?
Encombrement stérique
et combinaison de sites d’épissage majeur et mineur
Combien d’exons possède le gène Dscam de la drosophile?
24 dont 20 sont toujours les memes
Quels sont les 4 exons du gène Dscam qui ont des formes alternatives?
4,6,9,17
V-F, le gène Dscam ne produit qu’une seule prot.
F. 38 016 isoformes!
à quelle famille les protéines du Dscam appartiennent -elles?
superfamille des immunoglubulines.
V-F. L’encombrement stérique peut être utilisé pour l’épissage alternatif de la Dscam.
F. Ne peut emplêcher l’épissage de exons trop éloignés
V-F. L’épissage alternatif qui utilise mineur et majeur peut être utilisé pour l’épissage alternatif de la Dscam.
F. Dscam reconnu seulement par spliceosome majeur
V-F. Le mécanisme basé sur la formation d’appariement ARN:ARN est utilisé pour l’épissage alternatif de la Dscam.
V.
Que fait Hrp36?
Dans Le mécanisme basé sur la formation d’appariement ARN:ARN (Dscam), Recouvre les autres exons et inhibe leur inclusion dans l’ARNm
Quelles sont les deux séquences se liant entre elle dans Le mécanisme basé sur la formation d’appariement ARN:ARN (Dscam)?
- Site d’arrimage (après 5’, toujours la même)
- Site de sélection (avant la variante de l’exon 6 voulu ; différente pour chaque variante)
V-F. Dans Le mécanisme basé sur la formation d’appariement ARN:ARN, Les sites de sélection différents se lient à des régions légèrement différnentes du site d’arrimage.
V.
V-F. Même si les séquences de sélections se ressemble, elle ne possèdent pas de séq consensus.
F. Possède une séq consensus de 28 nucléotides
Quelles protéines s’attachent à ESE?
Activateurs
Quelles protéines s’attachent à ISS?
Répresseurs
Donnez deux ex d’activateur.
- Half-pint (drosophile)
- SR
Qu’est-ce que fait Half-pint ?
Se lie près des sites d’épissage 3’ et recrute U2AF
Par quoi sont reconnu les sites répresseurs?
ribonucléoprotéines hétérogènes nucléaires (hnRNP)
Donnez deux ex de hnRNP.
hnRNPI (PTB) (ISS)
hnRNPA1 (ESS)
Qu’est-ce qui différencie les activateur des represseurs?
Les represseurs de possèdent pas de domaine SR permettant le recrutement de la machinerie d’épissage.
Décrivez le mécanisme d’action de hnRNPI.
hnRNPI se lie à côté d’un exon (5’?)(ISS), interragit avec U1, U1 ne peut plus interragir avec autre composante de la machinerie d’épissage.
Décrivez le mécanisme d’action de hnRNPA1.
Se lie à ESS, stimule la liaison coopérative d’autres hnRNPA1 qui vont recouvrir le site amplificateur (ESE ou ISE)
V-F. Les 2 sites de régulations (amplificateurs et répresseurs) se chevauchent.
F. Ne se chevauchent pas.
En ce qui concerne la régulation précoce de la transcription de Sxl ches les mouches male et femelle, quelles sont les gènes activateur de Sxl?
SisA et SisB ( se trouce sur chromosome X)
En ce qui concerne la régulation précoce de la transcription de Sxl ches les mouches male et femelle, quelles sont les gènes inhibiteur de Sxl?
Dpn (se trouve sur l’autosome)
Quelles est la série des gènes d’épissages alternatifs pour déterminer la sexe de la mouche?
- Gène Sxl (répresseur de l’exon inhibiteur: Sxl -> autorégulation)
- Gène tra (répresseur du site d’épissage supplémentaire 3’: Sxl)
- Tra: activateur de l’épissage de g;ene Dsx (prot final de détermination du sexe (2 isoformes)
Quel est le facteur de transcription de l’épissage alternatif des cellules souches?
FOXP1
V-F. Les exons 18b et 18aest inclu dans le gène de FOXP1 - ES.
F. Seulement 18b. 18a dans FOXP1
V-F. FOXP1 inhibe les gènes de pluripotentialité (stem cell) et active gènes différenciation
V
V-F. FOXP1-ES inhibe les gènes de pluripotentialité (stem cell) et active gènes différenciation
F. Contraire
Nommez 3 gènes de pluripotentialité.
Oct4, Sox2, Nanog
Quelles sont les prot fait par Oct4, Sox2, Nanog?
Oct4, Sox2, Nanog
V-F. LEs prot fait par Oct4, Sox2, Nanog font une boucle d’autorégulation négative qui inhibe la transcription de chacun de ces gènes.
F. Positive, active
Qu’est-ce qui provoque l’amyotrophie spinale
?
épissage défectueux : SMN2 au lieu de SMN1, même prot mais exon 7 en moins -> ajout d’un oligonucléotide antisense sur une séquences de régulation; bloque hnRNP : inclusion de l’exon 7
Quels sont les avantages de la présence des introns?
- Permet l’épissage alternatif -> plusieurs prot avec un même gène
- Rend plus possible la duplication d’exons, suivi de la divergence (immunoglobuline)
- Redistribution des exons par recombinaison
V-F. Chaque exon code une unité de repliement indépendantes de la protéines laquelles à souvent une fonction indépendante.
V. à chaque exon son domaine
V-F. Dans l’évolution, les exons ont été réutilisés dans des gènes encodant différentes protéines.
V
Décrivez les évènement de l’évolution d’une famille de protéines.
- Accumulation de domaines
- perte de domaines
- brassage de domaine
Donnez 2 changements de base fait par l’édition de l’ARN par désamination.
- C->U (cytidine désaminase)
- A->I (inosine)
Quels sont les 2 types d’édition.
- par désamination
- par insertion de U
V-F. L’édition par insertion de U est retrouvé chez l’humain?
F. dans les mito des trypanosomes
Que produit l’insertion de U dans l’édition par insertion de U?
- Modification de codons
- Modification du cadre de lecture
V-F. Dans l’édition par insertion de U, l’inseertion des U se fait de manière aléatoire.
F. selon l’ARN guide
Concernant l’dition par insertion de U, l’ARN guide se compose de quelles régions?
- Régions d’ancrage (extrémité 5’)
- Région d’édition (contient des A supplémentaire pour l’ajout de U sur l’ARN à éditer)
- Segment poly-U (extrémité 3’)
