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Biologie moléculaire_final > Épissage > Flashcards

Épissage Flashcards

1
Q

V-F. Toutes les régions des exons sont traduites.

A

Faux. régions 5’ et 3 ‘ non traduite

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Q

Qu’est-ce qu’un isoforme?

A

Protéines provenant du même gène mais épissé d’une manière différente.

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3
Q

Que veut dire l’expression épissage alternatif?

A

Les gènes sont épissés de différentes façons.

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4
Q

V-F. Les introns sont normalement beaucoup plus long que les exons.

A

V

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5
Q

V-F. Plus la complexité de l’organisme augmente, moins il y a d’intron.

A

F. contraire

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6
Q

Quelles sont les séquences consensus dans les introns?

A
  • Sites d’épissage 5’ : GU
  • Sites d’épissage 5’ : AG
  • Sites de branchement : A suivi d’une séquence de polypyrimidines
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7
Q

Vrai ou faux. Les séquences des exons sont plus conservé que les introns.

A

F. Moins conservé car doit encoder pour des prot.

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8
Q

Lors de la première transestérification, Il y a attaque par le … de A sur le … du G de l’….

A
  • 2’-OH
  • groupement phosphoryle
  • intron
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9
Q

Lors de la 2e transestérification, le … de l’exon 5’ attaque le … au site d’épissage 3’ de l’…

A
  • 3’-OH
  • Groupement phosphoryle
  • intron
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10
Q

Quels sont les produites d’une réaction d’épissage? (normal : pré-m majeur)

A
  • intron en forme de lasso

- exon 5’ et 3’ fusionnés

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11
Q

Quels sont les snRNA inclus dans le spliceosome?

A

U1, U2, U4, U5, U6

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12
Q

V-F. Tous les snARNs sont complexé à plusieurs protéines dans le spliceosome, ce qui donne snRNP.

A

V

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13
Q

V-F. Le spliceosome utilise de l’ATP.

A

V. Plusieurs molécules d’ATP pour une seule réaction d’épissage.

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14
Q

À quoi sert les snARNs du spliceosome?

A
  • Reconnaissent les sites d’épissage 5’ et de branchement
  • Rapprochent ces deux sites
  • catalysent les réactions de clivage et légation de l’ARN
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15
Q

U2 se lie à quoi?

A

Site de branchement 5’

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16
Q

V-F. Des protéines non-snRNP sont impliqués dans l’épissage.

A

V. BBP

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17
Q

Énumérez les étapes d’assmeblage du Spliceosome

A

U1, U2AF65/35, BBP, U2 (out BBP), U4/U5/U6 (out U2AF65/35), U6 remplace U1 (out U1), out U4 -> 1ere trans (2e aidé par U5)

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18
Q

Énumérez les 8 hélicases qui joue un rôle dans la réaction d’épissage.

A

Prp5, UAP56, Prp28, Brr2, Prp2, Prp16, Prp22, Prp43

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19
Q

À quoi sert Prp22?

A

Empèche ;a la réaction d’être inversée en désasemblant rapidement le spiceosome.

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20
Q

Quels sont les 3 types d’épissage de l’ARN?

A
  • ARN pré-m nucléaire (majeur et mineur)
  • introns groupe 1
  • introns groupe 2
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21
Q

Qu’est-ce que des introns auto-épissable?

A

Introns capables de s’pisser eux-mêmes, in vitro, en absence de spliceosome, d’autres protéines et d’autres ARN. (intron gr 1 et 2)

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22
Q

V-F. Le type d’épissage intron gr 1 ressemble à l’épissage d’ARN pré-m nucléaire.

A

F. Groupe 2 : la chimie de l’épissage est la même

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23
Q

Quelle est la structure secondaire de l’intron gr. 1 et à quoi sert-elle?

A

poche de liaison, accepte G libre qui attaquera le site d’épissage 5’ à l’aide de son extrémité 3’-OH

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24
Q

À quoi ressemble l’intron final de l’intron de gr.1?

A

linéaire (pas en lasso), G à l’extrémité 5’

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25
Q

À quoi sert la séquence guide interne de l’intron de gr 1?

A

s’apparie avec la séquence du site d’épissage 5’ afin de déterminer précisément le site d’attauqe par G

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26
Q

V-F. Les introns du groupe 1 sont plus grand que ceux du gr 3?

A

F. Contraire (pas assez grand pour faire le lasso)

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27
Q

V-F. Seulement une petite partie de la séquence des introns auto-épissable sont nécessaire pour l’épissage?

A

F. la majorité de la séquence est nécessaire.

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28
Q

V-F.Les introns auto-épissable n’utilisent jamais de protéines?

A

F. in vivo, prot aide à stabiliser la structure correcte (notamment en cachant charge - de l’armature)

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29
Q

Quels sont les deux types d’erreurs d’épissage qui peuvent survenir?

A
  • Saut de site d’épissage (manque un exon)

- Faux site d’épissage reconnu (exon pas complet ou intron présent en partie)

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30
Q

À quoi est dû la précision de la sélection des sites d’épissage?

A

aux protéines d’épissage transportées par l’ARN pol II sur CTD

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31
Q

Que font les facteur/prot d’épissage sur la CTD?

A

Si un site d’épissage 5’ est d’abord reconnu, un site 3’ d’épissage a de meilleurs chances d’être reconnu avant tout autre site similaire (diminue chance de reconnaitre faux site d’épissage ou sauter des exon)

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32
Q

Qu’est-ce que les protéines SR?

A

Protéines qui permet la reconnaisance préférentielle des sites d’épissage près de exons (réduit utilisation des sites incorrects/erreurs)

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33
Q

À quoi se lie les prot SR?

A

ESE, site d’amplificateur exonique d’épissage

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34
Q

Qu’est-ce qui régule la liaison des prot SR et du spliosome?

A

Domaine RS

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35
Q

Est-ce que les prot SR sont essentielles à l’épissage?

A

Oui, en plus d’assurer la précision et l’efficacité de l’épissage constitutif, elles régulent l’épissage alternatif

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36
Q

Qu’est-ce que le transépissage?

A

Type d’épissage qui permet de joindre des exons de différentes molécules d’ARN (ces molec peuvent aussi faire épissage en cis (normal)

37
Q

Concernant la machinerie d’épissage, qu’est-ce que le transépissage a de différent?

A

même machinerie d’épissage que cis, mais U1 n’est pas toujours requis.

38
Q

Quelles sont les séquences consensus des extrémités 5’ et 3’ des introns épissés par ARN p-m mineur?

A

AU-AC

39
Q

Qu’est-ce qu’il y a de différents entre spliceosome majeur et mineur?

A
  • U1 -> U11 (reconnait AU au lieu de GU)
  • U2 -> U12 (reconnait AC au lieu de AG)
  • U4 (AU-AC) et U6 (AU-AC) = U4 et U6
  • U5 = U5
40
Q

V-F. Les introns reconnu par le spliceosome mineur n’ont pas de séquences consensus.

A

F. Séq consensus mais distinctes des introns les plus courants

41
Q

Quelles sont les 5 voies d’épissage d’un ARN? (épissage alternatif)

A
  • normal
  • exon sauté
  • site d’épissage 5’ ou 3’ altenatif utilisé
  • intron conservé
  • exons alternatifs (les autres peuvent faire ça)
42
Q

Quelle prot SR joue un rôle l’épissage alternatif de l’antigène SV40? Tdans

A

SF2/ASF

43
Q

Que fait SF2/ASF?

A

Favorise le site d’épissage 5’ proximal et inhibe l’utilisation du site 5’ distal (normal).

44
Q

V-F. Concernant l’épissage alternatif de l’antigène SV40 T, plus la concentration de SF2/ASF est grande plus l’ARNm est grande et la prot reésultante est grande.

A

F. ARNm plus grand, mais intron en trop contient codon stop, donc prot plus courte. (t-tag)

45
Q

Quelle est la forme d’épissage alternative la plus fréquente?

A

exon est inclus ou exclu de l’ARNm

46
Q

Comment appelle-t-on un exon inclus ou exclus de l’ARNm ?

A

exons cassettes

47
Q

Quelles sont les deux méthodes pour avoir des exons cassettes?

A

Encombrement stérique

et combinaison de sites d’épissage majeur et mineur

48
Q

Combien d’exons possède le gène Dscam de la drosophile?

A

24 dont 20 sont toujours les memes

49
Q

Quels sont les 4 exons du gène Dscam qui ont des formes alternatives?

A

4,6,9,17

50
Q

V-F, le gène Dscam ne produit qu’une seule prot.

A

F. 38 016 isoformes!

51
Q

à quelle famille les protéines du Dscam appartiennent -elles?

A

superfamille des immunoglubulines.

52
Q

V-F. L’encombrement stérique peut être utilisé pour l’épissage alternatif de la Dscam.

A

F. Ne peut emplêcher l’épissage de exons trop éloignés

53
Q

V-F. L’épissage alternatif qui utilise mineur et majeur peut être utilisé pour l’épissage alternatif de la Dscam.

A

F. Dscam reconnu seulement par spliceosome majeur

54
Q

V-F. Le mécanisme basé sur la formation d’appariement ARN:ARN est utilisé pour l’épissage alternatif de la Dscam.

A

V.

55
Q

Que fait Hrp36?

A

Dans Le mécanisme basé sur la formation d’appariement ARN:ARN (Dscam), Recouvre les autres exons et inhibe leur inclusion dans l’ARNm

56
Q

Quelles sont les deux séquences se liant entre elle dans Le mécanisme basé sur la formation d’appariement ARN:ARN (Dscam)?

A
  • Site d’arrimage (après 5’, toujours la même)

- Site de sélection (avant la variante de l’exon 6 voulu ; différente pour chaque variante)

57
Q

V-F. Dans Le mécanisme basé sur la formation d’appariement ARN:ARN, Les sites de sélection différents se lient à des régions légèrement différnentes du site d’arrimage.

A

V.

58
Q

V-F. Même si les séquences de sélections se ressemble, elle ne possèdent pas de séq consensus.

A

F. Possède une séq consensus de 28 nucléotides

59
Q

Quelles protéines s’attachent à ESE?

A

Activateurs

60
Q

Quelles protéines s’attachent à ISS?

A

Répresseurs

61
Q

Donnez deux ex d’activateur.

A
  • Half-pint (drosophile)

- SR

62
Q

Qu’est-ce que fait Half-pint ?

A

Se lie près des sites d’épissage 3’ et recrute U2AF

63
Q

Par quoi sont reconnu les sites répresseurs?

A

ribonucléoprotéines hétérogènes nucléaires (hnRNP)

64
Q

Donnez deux ex de hnRNP.

A

hnRNPI (PTB) (ISS)

hnRNPA1 (ESS)

65
Q

Qu’est-ce qui différencie les activateur des represseurs?

A

Les represseurs de possèdent pas de domaine SR permettant le recrutement de la machinerie d’épissage.

66
Q

Décrivez le mécanisme d’action de hnRNPI.

A

hnRNPI se lie à côté d’un exon (5’?)(ISS), interragit avec U1, U1 ne peut plus interragir avec autre composante de la machinerie d’épissage.

67
Q

Décrivez le mécanisme d’action de hnRNPA1.

A

Se lie à ESS, stimule la liaison coopérative d’autres hnRNPA1 qui vont recouvrir le site amplificateur (ESE ou ISE)

68
Q

V-F. Les 2 sites de régulations (amplificateurs et répresseurs) se chevauchent.

A

F. Ne se chevauchent pas.

69
Q

En ce qui concerne la régulation précoce de la transcription de Sxl ches les mouches male et femelle, quelles sont les gènes activateur de Sxl?

A

SisA et SisB ( se trouce sur chromosome X)

70
Q

En ce qui concerne la régulation précoce de la transcription de Sxl ches les mouches male et femelle, quelles sont les gènes inhibiteur de Sxl?

A

Dpn (se trouve sur l’autosome)

71
Q

Quelles est la série des gènes d’épissages alternatifs pour déterminer la sexe de la mouche?

A
  • Gène Sxl (répresseur de l’exon inhibiteur: Sxl -> autorégulation)
  • Gène tra (répresseur du site d’épissage supplémentaire 3’: Sxl)
  • Tra: activateur de l’épissage de g;ene Dsx (prot final de détermination du sexe (2 isoformes)
72
Q

Quel est le facteur de transcription de l’épissage alternatif des cellules souches?

A

FOXP1

73
Q

V-F. Les exons 18b et 18aest inclu dans le gène de FOXP1 - ES.

A

F. Seulement 18b. 18a dans FOXP1

74
Q

V-F. FOXP1 inhibe les gènes de pluripotentialité (stem cell) et active gènes différenciation

A

V

75
Q

V-F. FOXP1-ES inhibe les gènes de pluripotentialité (stem cell) et active gènes différenciation

A

F. Contraire

76
Q

Nommez 3 gènes de pluripotentialité.

A

Oct4, Sox2, Nanog

77
Q

Quelles sont les prot fait par Oct4, Sox2, Nanog?

A

Oct4, Sox2, Nanog

78
Q

V-F. LEs prot fait par Oct4, Sox2, Nanog font une boucle d’autorégulation négative qui inhibe la transcription de chacun de ces gènes.

A

F. Positive, active

79
Q

Qu’est-ce qui provoque l’amyotrophie spinale

?

A

épissage défectueux : SMN2 au lieu de SMN1, même prot mais exon 7 en moins -> ajout d’un oligonucléotide antisense sur une séquences de régulation; bloque hnRNP : inclusion de l’exon 7

80
Q

Quels sont les avantages de la présence des introns?

A
  • Permet l’épissage alternatif -> plusieurs prot avec un même gène
  • Rend plus possible la duplication d’exons, suivi de la divergence (immunoglobuline)
  • Redistribution des exons par recombinaison
81
Q

V-F. Chaque exon code une unité de repliement indépendantes de la protéines laquelles à souvent une fonction indépendante.

A

V. à chaque exon son domaine

82
Q

V-F. Dans l’évolution, les exons ont été réutilisés dans des gènes encodant différentes protéines.

A

V

83
Q

Décrivez les évènement de l’évolution d’une famille de protéines.

A
  • Accumulation de domaines
  • perte de domaines
  • brassage de domaine
84
Q

Donnez 2 changements de base fait par l’édition de l’ARN par désamination.

A
  • C->U (cytidine désaminase)

- A->I (inosine)

85
Q

Quels sont les 2 types d’édition.

A
  • par désamination

- par insertion de U

86
Q

V-F. L’édition par insertion de U est retrouvé chez l’humain?

A

F. dans les mito des trypanosomes

87
Q

Que produit l’insertion de U dans l’édition par insertion de U?

A
  • Modification de codons

- Modification du cadre de lecture

88
Q

V-F. Dans l’édition par insertion de U, l’inseertion des U se fait de manière aléatoire.

A

F. selon l’ARN guide

89
Q

Concernant l’dition par insertion de U, l’ARN guide se compose de quelles régions?

A
  • Régions d’ancrage (extrémité 5’)
  • Région d’édition (contient des A supplémentaire pour l’ajout de U sur l’ARN à éditer)
  • Segment poly-U (extrémité 3’)

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