épigénétique

Question 1

Qu’est-ce que la 5ieme base?

Answer 1

Les cytosines méthylés. découvertes bien avant le concept d’épigénétique

Question 2

nommer les 5 niveaux de structure d’un gène

Answer 2

ADN double hélice, nucléosomes (ADN + H3 H4), chromatosome (nucléosmes + H1), fibre de chromatine, chromosome

Question 3

chaque niveau de structure de l’ADN peut être une cible de modification épigénétique

Answer 3

vrai

Question 4

nommer 2 sources de variations phénotypiques

Answer 4

quantité et qualité des protéines (via régulation de la transcription et de la traduction)

Question 5

Quels sont les 3 mécanismes de l’épigénétique?

Answer 5

méthylation des cytosines (aussi des histones)
modification chimique des histones (code des histones, complexe)
ARNm non codant

Question 6

Quels sont les 3 sites de la régulation de la transcription par des modifications épigénétiques?

Answer 6

régions promotrices enhancer/silencer (5’UTR)
intro/exon
3’UTR

Question 7

définir épigénétique

Answer 7

Modèle l’intéraction complexe entre le génome et son environnement.
définit les modifications de l’ADN transmissible et réversible influençant l’expression des gènes sans affecter leur séquence nucléotidique

Question 8

Quels sont les caractéristiques de la méthylation de l’ADN?

Answer 8

héréditaire, trait continu, réversible, spécificité tissulaire, sensible à l’environnement
*les caractéristiques sont spécifiques à chaque locus plutôt qu’à l’organisme en général

Question 9

Quelles sont les 2 conséquences de la méthylation de l’ADN?

Answer 9

ne change pas la séquence des nucléotides

change la signification de la séquence

Question 10

méthylation de l’adénine?

Answer 10

A REVOIRRRRRR

Question 11

comment sait-on que la méthylation des cytosines est impliquer dans le régulation de la transcription?

Answer 11

fréquence des dinucléotides CpG est faible dans le génome mais atteint une fréquence de 50-60% dans la région régulatrice de plusieurs gènes
îlots CpG (concentration très importante)

Question 12

Ou se retrouve la majorité des CpG non méthylé?

Answer 12

dans les régions régulatrices de la transcription

Question 13

une cytosine méthylée inhibe la transcription du transposon

Answer 13

vrai

Question 14

différence entre histones méthylées et acétylés

Answer 14

acétyl: ouvre ADN et facilite transcription (diminution interaction entre les histones)
méthyl : diminue la transcription (parfois augmente puisque certains facteurs reconnaissent les histones méthylés)

Question 15

est-ce que les enhancer et les silencer peuvent être méthylés aussi?

Answer 15

Oui.

Question 16

Quelle région est la plus souvent méthylée?

Answer 16

les rétrotransposons et les transposons

Question 17

qu’est-ce que les épiallèles métastables?

Answer 17

allèles dont l’expression varient en fonction de modifications épigénétiques particulièrement sensibles aux influences environnementales
*varie beaucoup entre chaque personne

Question 18

différence entre l’impact de la méthylation au niveau cellulaire vs tissulaire

Answer 18

cellulaire : discontinu
tissulaire : continu (0 à 100% méthylé),
*la mosaïque de cellules se mesure au niveau tissulaire

Question 19

qu’est-ce que le mosaïcisme et donner un exemple?

Answer 19

état dans lequel deux ou plusieurs populations de cellules avec différents phénotypes coexistent chez le même individu ou organisme
ex: inactivation du chromosome X

Question 20

explication du chat femelle tricolore

Answer 20

le gène pour le noir et le brun est sur le chromosome X, donc desfois activée, desfois non = 3 couleurs (couleurs dépend de l’allèle)

Question 21

DNMTs?

Answer 21

ADN méthyltransférase

DNMT1, DNMT3a, DNMT3b, DNMT3L

Question 22

rôle DNMT1

Answer 22

transmettre information du brin mère au brin fille (méthylation)
rôle d’entretient, maintenance des profils de méthylation

Question 23

rôle DNMT3 (complexe)

Answer 23

responsable de la méthylation de novo (sur les 2 brins d’ADN)

Question 24

les DNMT sont spécifiques à des séquences précises du génomes

Answer 24

Faux

Question 25

le cycle “one carbon” aide à la méthylation de l’ADN

Answer 25

vrai. une diète insuffisante en folate (ou autres précurseur de sam) induit une déficience de la méthylation.
SAM = cofacteur des DNMTs
affecte maintient et novo méthylation

Question 26

hypométhylation peut mener à une expression non voulu de rétrotransposons

Answer 26

Vrai. exemple de la souris jaune et brune (suppléments diète)

Question 27

Quel est le processus de déméthylation de l’ADN?

Answer 27

méthylation - hydroxyméthylation - déméthylation

Question 28

déméthylation passive vs active

Answer 28

passive : diminution de l’expression de DNMT1

active : hydroxymethylation génère nucléotide non reconnu qui sont par la suite remplacer par d’autres bases

Question 29

hmC est seulement le produit de la déméthylation

Answer 29

Faux. Il est souvent présent au locus de gène activement transcrit, c’est une modification stable, l’hmC se forme lentement = marque distinctes de l’épigénétique pourvue de fonctions différentes

Question 30

nommer les 3 impacts de la méthylation sur la régulation de la transcription génique

Answer 30

1. inhibition de la liaison d’un facteur activateur de la transcription
2. inhibition de l’incorporation d’un exon alternatif dans l’ARN mature
3. inhibition de la liaison d’un facteur répresseur de la transcription

Question 31

nommer un cas particulier de l’inactivation de la transcription par la méthylation

Answer 31

l’inactivation de l’ensemble du chromosome X

Question 32

Qu’est-ce que l’empreinte parentale?

Answer 32

mécanisme par lequel certains loci sont réprimés pour un seul des deux allèles en fonction de son origine parentale
(preuve épigénétique héréditaire)

Question 33

expliquer l’exemple du locus lgf2 et h19

Answer 33

Mat: CTCF lie DMD non méthylé et redirige enhancer vers h19 (ARN non codant) / lgf2 non exprimer sous action silencer
Pat: CTCF ne se lie pas = enhancer diriger vers lgf2 (silencer activé ne bloque plus expression) / site DMD méthylé inhibe expression de h19

Question 34

quels sont les trois principaux rôle des mécanismes d’épigénétiques?

Answer 34

régulation de l’expression du génome, fonctions cellulaires normales et pathololgiques puis sources de variations épigénétiques, évolution

Question 35

en quoi consiste la régulation de l’expression du génome par l’épigénétique?

Answer 35

régulation de l’expression des gènes et transcrits alternatifs, petits ARN et ARN non codants, transposons

Question 36

en quoi consiste la régulation des fonctions cellulaires et pathologiques par l’épigénétiques?

Answer 36

influence sur la différenciation, le cancer et le veillissement (accumulation d’erreur aléatoire)

Question 37

qu’est-ce que la réinitialisation de la signature épigénétique?

Answer 37

lors de la gametogénèse et de l’embryogénèse. déméthylation complète et empreinte réimprimer selon le sexe (toute pat ou mat). lors de l’embryogénèse, cellules d’origines paternelles sont réinitialiser plus rapidement que les maternelles.

Question 38

quelle est l’importance du développement embryonnaire et foetal ?

Answer 38

différenciation et croissance cellulaire intense = forte activité DNMTs. plus sensible à l’environnement, effet plus durable

Question 39

qu’est-ce que l’épigénétique foetal?

Answer 39

permet au génome de s’adapter rapidement à l’environnement. ce n’est pas un processus aléatoire mais cible des gènes spécifiques

Question 40

pourquoi les cytosines méthylées favorisent les transitions C –> T ?

Answer 40

lors de la déamination spontanée des cytosines:
C = uracile ; système de réparation performant
Cmet = thymine ; syst réparation moins performant
RÉSULTAT: perte de Cmet = génération d’îlots CpG, reponsable de 30% des mutations novo (polymorphisme)