épigénétique Flashcards
Qu’est-ce que la 5ieme base?
Les cytosines méthylés. découvertes bien avant le concept d’épigénétique
nommer les 5 niveaux de structure d’un gène
ADN double hélice, nucléosomes (ADN + H3 H4), chromatosome (nucléosmes + H1), fibre de chromatine, chromosome
chaque niveau de structure de l’ADN peut être une cible de modification épigénétique
vrai
nommer 2 sources de variations phénotypiques
quantité et qualité des protéines (via régulation de la transcription et de la traduction)
Quels sont les 3 mécanismes de l’épigénétique?
méthylation des cytosines (aussi des histones)
modification chimique des histones (code des histones, complexe)
ARNm non codant
Quels sont les 3 sites de la régulation de la transcription par des modifications épigénétiques?
régions promotrices enhancer/silencer (5’UTR)
intro/exon
3’UTR
définir épigénétique
Modèle l’intéraction complexe entre le génome et son environnement.
définit les modifications de l’ADN transmissible et réversible influençant l’expression des gènes sans affecter leur séquence nucléotidique
Quels sont les caractéristiques de la méthylation de l’ADN?
héréditaire, trait continu, réversible, spécificité tissulaire, sensible à l’environnement
*les caractéristiques sont spécifiques à chaque locus plutôt qu’à l’organisme en général
Quelles sont les 2 conséquences de la méthylation de l’ADN?
ne change pas la séquence des nucléotides
change la signification de la séquence
méthylation de l’adénine?
A REVOIRRRRRR
comment sait-on que la méthylation des cytosines est impliquer dans le régulation de la transcription?
fréquence des dinucléotides CpG est faible dans le génome mais atteint une fréquence de 50-60% dans la région régulatrice de plusieurs gènes
îlots CpG (concentration très importante)
Ou se retrouve la majorité des CpG non méthylé?
dans les régions régulatrices de la transcription
une cytosine méthylée inhibe la transcription du transposon
vrai
différence entre histones méthylées et acétylés
acétyl: ouvre ADN et facilite transcription (diminution interaction entre les histones)
méthyl : diminue la transcription (parfois augmente puisque certains facteurs reconnaissent les histones méthylés)
est-ce que les enhancer et les silencer peuvent être méthylés aussi?
Oui.
Quelle région est la plus souvent méthylée?
les rétrotransposons et les transposons
qu’est-ce que les épiallèles métastables?
allèles dont l’expression varient en fonction de modifications épigénétiques particulièrement sensibles aux influences environnementales
*varie beaucoup entre chaque personne
différence entre l’impact de la méthylation au niveau cellulaire vs tissulaire
cellulaire : discontinu
tissulaire : continu (0 à 100% méthylé),
*la mosaïque de cellules se mesure au niveau tissulaire
qu’est-ce que le mosaïcisme et donner un exemple?
état dans lequel deux ou plusieurs populations de cellules avec différents phénotypes coexistent chez le même individu ou organisme
ex: inactivation du chromosome X
explication du chat femelle tricolore
le gène pour le noir et le brun est sur le chromosome X, donc desfois activée, desfois non = 3 couleurs (couleurs dépend de l’allèle)
DNMTs?
ADN méthyltransférase
DNMT1, DNMT3a, DNMT3b, DNMT3L
rôle DNMT1
transmettre information du brin mère au brin fille (méthylation)
rôle d’entretient, maintenance des profils de méthylation
rôle DNMT3 (complexe)
responsable de la méthylation de novo (sur les 2 brins d’ADN)
les DNMT sont spécifiques à des séquences précises du génomes
Faux
le cycle “one carbon” aide à la méthylation de l’ADN
vrai. une diète insuffisante en folate (ou autres précurseur de sam) induit une déficience de la méthylation.
SAM = cofacteur des DNMTs
affecte maintient et novo méthylation
hypométhylation peut mener à une expression non voulu de rétrotransposons
Vrai. exemple de la souris jaune et brune (suppléments diète)
Quel est le processus de déméthylation de l’ADN?
méthylation - hydroxyméthylation - déméthylation
déméthylation passive vs active
passive : diminution de l’expression de DNMT1
active : hydroxymethylation génère nucléotide non reconnu qui sont par la suite remplacer par d’autres bases
hmC est seulement le produit de la déméthylation
Faux. Il est souvent présent au locus de gène activement transcrit, c’est une modification stable, l’hmC se forme lentement = marque distinctes de l’épigénétique pourvue de fonctions différentes
nommer les 3 impacts de la méthylation sur la régulation de la transcription génique
- inhibition de la liaison d’un facteur activateur de la transcription
- inhibition de l’incorporation d’un exon alternatif dans l’ARN mature
- inhibition de la liaison d’un facteur répresseur de la transcription
nommer un cas particulier de l’inactivation de la transcription par la méthylation
l’inactivation de l’ensemble du chromosome X
Qu’est-ce que l’empreinte parentale?
mécanisme par lequel certains loci sont réprimés pour un seul des deux allèles en fonction de son origine parentale
(preuve épigénétique héréditaire)
expliquer l’exemple du locus lgf2 et h19
Mat: CTCF lie DMD non méthylé et redirige enhancer vers h19 (ARN non codant) / lgf2 non exprimer sous action silencer
Pat: CTCF ne se lie pas = enhancer diriger vers lgf2 (silencer activé ne bloque plus expression) / site DMD méthylé inhibe expression de h19
quels sont les trois principaux rôle des mécanismes d’épigénétiques?
régulation de l’expression du génome, fonctions cellulaires normales et pathololgiques puis sources de variations épigénétiques, évolution
en quoi consiste la régulation de l’expression du génome par l’épigénétique?
régulation de l’expression des gènes et transcrits alternatifs, petits ARN et ARN non codants, transposons
en quoi consiste la régulation des fonctions cellulaires et pathologiques par l’épigénétiques?
influence sur la différenciation, le cancer et le veillissement (accumulation d’erreur aléatoire)
qu’est-ce que la réinitialisation de la signature épigénétique?
lors de la gametogénèse et de l’embryogénèse. déméthylation complète et empreinte réimprimer selon le sexe (toute pat ou mat). lors de l’embryogénèse, cellules d’origines paternelles sont réinitialiser plus rapidement que les maternelles.
quelle est l’importance du développement embryonnaire et foetal ?
différenciation et croissance cellulaire intense = forte activité DNMTs. plus sensible à l’environnement, effet plus durable
qu’est-ce que l’épigénétique foetal?
permet au génome de s’adapter rapidement à l’environnement. ce n’est pas un processus aléatoire mais cible des gènes spécifiques
pourquoi les cytosines méthylées favorisent les transitions C –> T ?
lors de la déamination spontanée des cytosines:
C = uracile ; système de réparation performant
Cmet = thymine ; syst réparation moins performant
RÉSULTAT: perte de Cmet = génération d’îlots CpG, reponsable de 30% des mutations novo (polymorphisme)
