Épidémiologie moléculaire Flashcards
Quelle est la question de base en épidémiologie moléculaire?
«L’isolat A est-il identique ou différent de l’isolat B?»
On pourrait également reformuler la question de la manière suivante : En utilisant une technique moléculaire bien caractérisée, les génotypes de isolats sont-ils suffisamment similaires pour conclure qu’ils représentent la même souche, ou suffisamment différents pour conclure qu’ils représentent des souches différentes?
Qu’est-ce qu’un agrégat dans un contexte épidémiologique?
Un agrégat est un regroupement atypique de cas d’une même infection/maladie dans une population, pour une période et un endroit donnés.
En utilisant une technique moléculaire bien caractérisée,
en quoi il est important d’évaluer si les génotypes de 2 isolats sont ils suffisamment
similaires pour conclure qu’ils représentent la même
souche, ou suffisamment différents pour conclure qu’ils
représentent des souches différentes?
Ceci permet d’identifier si le deux isolats proviennent de la même source et si c’est le cas, alors on peut parler d’agrégat.
Quel est l’hypothèse de base en épidémiologie moléculaire?
Les isolats d’une espèce bactérienne démontrent
généralement une diversité génétique substantielle suite
à l’évolution de la population bactérienne. Toutes les souches qui viennent de différents patients, de l’environnement ou des aliments sont différentes puisqu’elles subissent des mutations par adaptation (exemple: tentative de survie).
Si deux isolats de deux patients différents sont identiques et qu’ils sont reliés épidémiologiquement, que peut-on conclure?
Ces isolats proviennent d’un précurseur commun (même source) et représentent alors des clones ou génotype distinct.
Qu’est-ce qu’un isolat?
Culture pure d’une bactérie, obtenue par sous culture
d’une colonie isolée à partir de la gélose primaire et
présumée provenir d’un seul organisme.
Qu’est-ce qu’une souche?
C’est un isolat ou groupe d’isolats pouvant être différenciés
d’autres isolats du même genre et de la même
espèce par des caractéristiques phénotypiques et/ou
génotypiques. Autrement dit, c’est est une subdivision descriptive d’une
espèce qui est dépendante de la méthode de typage
moléculaire utilisée.
Quelle est LA méthode de référence en épidémiologie moléculaire?
Méthode de séquençage génomique.
Vrai ou faux? Le même groupe d’isolats est toujours classé en une souche par différents
systèmes.
Faux. Un même groupe d’isolats peut être
classé en DES SOUCHES DIFFÉRENTES par différents
systèmes.
Comment peut-on décrire des isolats qui sont reliés épidémiologiquement?
Ce sont des isolats cultivés de spécimens de patients ou de
l’environnement (aliments, eau, animaux, etc.) durant
une période et à un endroit spécifiques, dans le cadre
d’une investigation épidémiologique qui suggère
que les isolats pourraient provenir d’une source
commune (exemple : un même restaurant, un agrégat familiale, etc).
Comment peut-on décrire des isolats qui sont reliés génétiquement?
Ce sont des isolats que l’on ne peut distinguer l’un de l’autre par
une variété de tests génétiques, ou qui sont tellement
similaires qu’on présume qu’ils proviennent d’un
précurseur commun. Ils Ces isolats sont souvent référés comme ayant un
« génotype » particulier, comme représentant une
« lignée génétique » spécifique, ou une «souche».
Indiquer les trois termes utilisés pour définir les résultats de typage en épidémiologie moléculaire entre deux isolats.
1- NON DIFFÉRENCIABLES, soit 2 isolats qui donnent le même résultat par une méthode de typage
donnée (représentent une souche dans ce système).
2- DIFFÉRENTS, soit 2 isolats qui donnent des résultats très différents par une méthode
de typage donnée, selon des critères prédéfinis.
3- SIMILAIRES, soit des isolats dont les résultats de typage ne rencontrent aucune des
définitions ci haut. Zone grise entre les 2 catégories précédentes
qui peut varier selon les méthodes de typage et selon les espèces.
Dans le cas où on obtient deux isolats qui sont similaires à la suite d’un typage moléculaire, en quoi la preuve épidémiologique joue un rôle important?
La preuve épidémiologique vient renforcer ou équilibrer l’interprétation lorsque les preuves de laboratoire sont moindres ou n’arrivent pas à discriminer les deux isolats similaires. En effet, les souches peuvent mutées chez un hôte et cela peut être détecter par les méthodes de typage donnant un profil différent, mais la preuve épidémiologique vient renforcer la possibilité qu’il existe une souche commune à ces isolats dans un endroit et période donnés.
Qu’est-ce qu’une éclosion?
C’est une augmentation de l’incidence d’une maladie
infectieuse dans un endroit spécifique durant une
période donnée, qui est supérieure au niveau de base
pour cet endroit et cette période.
Que sont des souches épidémiques?
Ce sont des isolats de la même espèce qui sont reliés
génétiquement et épidémiologiquement (dans le
temps, l’endroit et provenant d’une source commune). Souches impliquées dans l’éclosion.
Vrai ou faux? Une éclosion implique que le groupe d’isolats provient
d’un précurseur commun.
Vrai.
Quel est le rôle du typage moléculaire?
Démontrer en laboratoire que des isolats reliés
épidémiologiquement sont aussi reliés
génétiquement , et qu’ils représentent par conséquent la
même souche.
