Electrphorese Flashcards
Qu’est-ce que l’électrophorèse?
C’est la migration d’un ion dans un champ électrique.
Dans quoi est utilisée l’électrophorèse?
Elle est utilisée dans les séparations analytiques des molécules biologiques.
Qu’est-ce qu’il faut pour qu’une molécule puisse migrer dans un champ électrique?
Il faut que la force électrique soit plus grande que la force de friction.
Quelle est l’équation de la force électrique selon les lois de l’électrostatique?
F électrique = q*E
q étant la charge d’un ion et E l’intensité du champ électrique
Quelle est l’équation de la force de friction selon les lois de l’électrostatique?
F friction = vf
v étant la vitesse de migration et f le coefficient de friction
Que représente le coefficient de friction?
Le coefficient donne une mesure de la résistance exercée par la solution sur l’ion pendant sa migration.
LE coefficient de friction dépend de quoi (3)?
-De la taille
-De la forme de l’ion
-De la viscosité de la solution
Vrai ou faux : Les forces électrique et de friction s’opposent.
Vrai (la force électrique va dans le même sens que le champ électrique)
Chaque ion se déplace avec une vitesse caractérisée par quoi?
Par une mobilité électrophorétique
Au point isoélectrique (q=0), les protéines possèdent une mobilité électrophorétique ______.
Nulle
Quelle est la méthode d’électrophorèse la plus couramment utilisée?
L’électrophorèse en zones
Qu’est-ce que l’électrophorèse en zones?
C’est une technique dans laquelle l’échantillon est contraint à se déplacer dans une phase solide, comme le papier filtre, la cellulose ou un gel.
Quels sont les avantages de l’électrophorèse en zones (2)?
1-On élimine largement l’agitation provoquée par la convection, un facteur limitant du point de vue résolution
2-Cette technique requiert une quantité faible de matériel permettant ainsi la migration des composantes en bandes discrètes
Quel type d’électrophorèse constitue la technique parmi les plus puissantes et les plus faciles à utiliser dans la séparation des macromolécules?
L’électrophorèse sur gel
Quels gels d’usage commun possèdent des pores de la taille des protéines à séparer (2)? Pour electrophorese sur gel
L’agarose et le plyacrylamide
Sur quoi est basée la séparation moléculaire dans l’électrophorèse sur gel?
la séparation moléculaire est basée non seulement sur la mobilité électrophorètique des molécules, mais aussi sur le principe de filtration sur gel
Dans les gels d’électrophorèse, la migration des molécules larges est _______ par rapport aux molécules plus petites. Pourquoi?
retardée
-les gels d’électrophorèse retardent les molécules de taille plus grande, (ce qui est l’inverse de la filtration par gel).
- ceci est dû au fait que dans la filtration par gel, il y a des espaces pour le solvant entre les billes de gel, ce qui n’existe pas dans l’électrophorèse sur gel
Quel est le deuxième nom de l’électrophorèse en gel polyacrylamide? Que signifie-t-il?
aussi appelé PAGE (pour PolyAcrylamide Gel Electrophoresis),
Que signifie le pourcentage de polyacrylamide dans les gels pour l’électrophorèse en gel de polyacrylamide?
Le pourcentage de polyacrylamide dans les gels pour l’électrophorèse en gel de polyacrylamide détermine la taille des mailles du gel
Description des étapes de l’électrophorèse par gel de polyacrylamide (4)
1) avant que le mélange réactionnel n’ait durci, il est coulé dans un récipient formé par deux plaques de verres et polymérisera en une couche mince de gel de quelques millimètres
2) les échantillons sont déposés dans des puits préformés au sommet du gel
3) le tampon est le même dans les réservoirs du haut et du bas (pH ~9 pour que toutes les protéines aient une charge négative)
4) un courant continu de 100 à 200 volts parcourt le gel pendant la durée de la migration
Vers où les protéines migrent-elles? Selon quoi? Dans l’electrophorese en gel polyacrylamide
les protéines migreront vers l’anode (+) selon leur ratio charge/masse
Vrai ou faux : Dans un gel polyacrylamide, plus le gel est long, moins bonne est la finesse des bandes et la résolution.
FAUX: plus le gel est long, meilleure est la finesse des bandes et la résolution
Qu’est-ce que l’électrophorèse en pH discontinu?
afin d’augmenter la résolution et donc restreindre les protéines dans des bandes plus minces, le gel peut être modifié en utilisant deux gels dans des tampons différents
Quels sont les deux gels utilisés en électrophorétique en pH discontinu?
A- un gel de séparation (running gel), préparé comme le gel précédent
B- un gel de concentration (stacking gel), qui surmonte le gel de séparation et qui est de plus haute porosité
Vrai ou faux : Dans l’électrophorèse en pH discontinu, le tampon dans le réservoir du bas et celui du gel de séparation sont identiques.
Vrai
Quelles sont les étapes de l’électrophorèse en pH discontinu (3)?
1) dans le gel de séparation:
- pH 6.8: la Glycine est de charge neutre
- augmente la résistance au courant électrique
- selon la loi de Ohm (E = IR), une résistance R plus élevée, à
avec un courant I constant résulte en une augmentation du champ
électrique E, vitesse de migration augmente
2) entre les deux gel:
le passage d’un gel de 5% à un gel de 10% acrylamide ralenti la
migration électrophorétique à la jonction des deux gels
- compaction des protéines en fines bandes
3) gel de concentration:
pH 8.8: la Glycine devient chargée négativement - la résistance électrique R diminue
- diminution du champ électrique E
- ↓ de la vitesse de migration des protéines
- séparation des protéines en fonction du ratio
charge/masse
Comment sont retardées les protéines qui entrent dans le gel de séparation lors de l’électrophorèse en pH discontinu?
quand les protéines entrent dans le gel de séparation, elles sont retardées selon leurs tailles par l’effet de filtration du gel:
- petites protéines migrent plus rapidement - grosses protéines migrent plus lentement
Vrai ou faux : Dans l’électrophorèse en pH discontinu, l’important est que la réduction dans les bandes macromoléculaires en rentrant dans e gel de séparation augmente de façon très significative la résolution du point de vue de la séparation des macromolécules.
VRAI
Quelles est la méthode la plus répandue parmi les techniques biochimiques afin de déterminer la pureté d’une protéine?
Gels SDS-PAGE
La technique des gels SDS-PAGE dépend de quoi?
cette technique dépend du fait que certains savons ou détergents, par le biais de leurs interactions hydrophobes, sont capables de dénaturer la structure d’une protéine
Quel est l’un des détergents les plus puissants pour dénaturer la structure d’une protéine?
le sodium dodecyl sulfate (SDS)
Quelle est la force de liaison entre le SDS et les protéines?
un taux de 1 molécule de détergent par 2 résidus d’acides aminés
En présence de SDS, qu’arrive-t-il aux protéines contenant des sous-unités?
en présence de SDS, les protéines contenant des sous-unités sont désunies et la chaîne polypeptide de chaque sous-unité adopte une conformation étendue
Vrai ou faux : La forte charge négative globale apportée par le SDS ne peut masquer la charge intrinsèque des protéines.
FAUX, la forte charge négative globale apportée par le SDS masque la charge intrinsèque des protéines
De quoi dépendra la séparation électrophorétique du gel avec du SDS? Pourquoi?
par conséquence le rapport charge/masse sera le même pour toutes les protéines de même masse et la séparation électrophorétique du gel avec du SDS dépendra uniquement du phénomène de gel-filtration par les pores du gel
du a la forte charge négative globale apportée par le SDS masque la charge intrinsèque des protéines
Vrai ou faux : La méthode de gel SDS-PAGE donne la meilleure résolution et les bandes sont les plus résolues de toutes les méthodes d’analyse.
Vrai
Quels sont les avantages du gel SDS-PAGE par rapport à l’électrophorèse ordinaire (2)?
1) l’utilisation de SDS dissous les agrégats et les particules insolubles qui peuvent causer des problèmes en bloquant les pores du gel
2) la mobilité électrophorétique possède une relation directe avec le poids moléculaire
Que peut-on obtenir quant à la relation entre la mobilité électrophorétique et le logarithme du poids moléculaire en gel SDS-PAGE?
on peut obtenir une relation linéaire entre la mobilité électrophorétique et le logarithme du poids moléculaire
Différence entre l’électrophorèse PAGE et l’électrophorèse SDS-PAGE
PAGE= resolution fiable (depend de la longueur du gel), migration en fonction du ration charge/masse,
SDS-PAGE= resolution excellente, migration linéaire avec le logarithme de la masse moléculaire des protéines, Dénaturation des complexes protéiques, Dénaturation des agrégats protéiques
Que faut-il faire lorsque la migration des protéines dans le gel est terminée?
il faut visualiser les bandes obtenues par les protéines
Quelles sont les différentes approches pour visualiser les bandes sur les gels (3)? Que vont détecter ces approches?
- la coloration avec le bleu de Coomassie brillant
- la coloration au nitrate d’argent (groupe amino)
- autoradiographie (si les protéines sont marquées avec un isotope radioactif comme le S35 ou le C14)
Quelle est l’approche pus spécifique pour détecter la protéine d’intérêt?
une approche plus spécifique consiste à détecter la protéine d’intérêt avec un anticorps qui reconnaît cette protéine -> par immunobuvardage ou “Western blot”
