E Lecture 04 Flashcards

1
Q

Koch’sche Postulate

A

Ist eine Krankheit ursprünglich durch einen Organismus ausgelöst worden?

• mutmasslicher Krankheitserreger muss mit Krankheit assoziiert sein

• mutmasslicher Erreger isolieren/kultivieren

• muss im gesunden Tier Krankheit auslösen

• muss wieder isoliert werden können

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2
Q

Martinus Bejerinck

A

Umweltbiologe => N-fixierende Bakterien

Entdeckung der Viren
=> keine Bakterien im Filtrat aber Krankheit auf Pflanze

=> etw kleineres als Bakterien

Anreicherungskultur

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3
Q

Anreicherungskultur

A

Hoch spezifisches selektieren auf Nährmedium

E.g. Stickstofffixierende: Nährmedium ohne Stickstoff => nur die überleben, die Luftstickstoff fixieren können

Schadstoffabbau

Antibiotikaresistenz

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4
Q

Sergei Winogradski

A

Chemolitotrophie
Stickstofffixierung

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5
Q

Energiequellen

A

Phototrophie
Chemotrophie (chemolitotroph, chemoorganotroph)

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6
Q

Anoxygene Photosynthese

A

H2S als e- Donor

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7
Q

Aerobe Atmung

A

O2 als terminalen e- Akzeptor

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8
Q

Mögliche Elektronenakzeptoren

A

Schwefel, Nitrat, Sulfat (oxidoertes Substrat)

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9
Q

Chemolitotrophie

A

Als e- Donor eine reduzierte Substanz (H2, H2S, Fe2+, NH4+)

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10
Q

Wynogradski säule

A

Gradient, oben O2 unten anaerob

Anaerobe Atmung: elektronenübertragung auf Sulfat übertragen, es entsteht H2S (toxisch)

H2S kann aber wiederum als e- Donor für amdere Organismen dienen

H2S gradient nimmt von unten nach oben zu

=> stabil: in sich geschlossenes Ökosystem

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11
Q

Knallgasreaktion

A

2H2 + O2 <=> H2O

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12
Q

Gibbs freie Energie

A

Negativ: energie wird frei
Positiv: energie muss aufgewendet werden

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13
Q

Energieausbeuten

A

Je schlechter die Energieausbeute, desto langsamer wächst der Organismus

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14
Q

Atmung

A

Elektronentransport durch Membran
Nicht möglich ohne externen e- akzeptor

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15
Q

Gärung

A

Wenn kein e- Akzeptor vorhanden

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16
Q

1923

A

Bergey’s manual of determinative bacteriology => Systematik

17
Q

1950er

A

Numerische Taxonomie
Chemotaxonomie => Proteinanalyse

18
Q

1960er

A

Klassifizierung der Bakterien durch Vergleich der Genome (GC gehalt und DNA-DNA Hybridisierung

19
Q

1970er

A

Analyse & Klassifizierung anhand rRNA => Carl Woese (3 Domänen des Lebens)

20
Q

1980er

A

Bestätigung der Endosymbiontentheorie
Vergleichende Sequenzanalysen von rRNA

21
Q

1995

A

Craig Venter und Hamilton Smith sequenzieren das erste bakterielle Genom

22
Q

2004

A

Craig Venter => Metagenomics (Umweltproben) Sargasso See

23
Q

2016

A

Design and Synthesis of minimal bacterial genome (komplett synthetisch => in leere Zellhülle hochgeladen)

24
Q

Problem mit Mikrobiom

A

Distinguish btw Cause and Effect in correlation based studies
=> Kausalität nicht klar

Fat twins/fat mice effects

25
Mikrobiologisches Artkonzept
Pragmatisches Konzept, dem kein biologische Theorie zugrunde liegt DNA-DNA ähnlichkeit > 70% 16S rDNA (Sequenz der ribosomalen RNA auf DNA) diskriminierender Phänotyp Referenzstämme für diese Tests verwendet Beschreibung soll auf mehr als einem Stamm beruhen mol% G-C gehalt Ablage des Typstamms in öffentlicher Stammsammlung
26
Sequenzierungsmethoden
Sanger sequencing Second generation (pyrosequencing, Illumina) Third generation => longer sequences possible Fourth generation (Nanopore) => sehr lange sequenzen, aber rel. ungenau
27
Markermoleküle
Universell verbreitet Funktionell konserviert Hoher Informationsgehalt E.g. 16S rRNA (1600bp, variable und konservierte bereiche) 23S RNA wäre ideal, aber begonnen mit 16S weil kürzer (sanger sequencing nicht längere sequenzen möglich)