DNA-virus Flashcards
Vad finns det för tre klasser av DNA-virus?
Grupp 1 (ds) Grupp 2 (ss->ds) Grupp 7 (ds -> reversed transkriptas)
Hur ser DNA-virus livscykel ut?
Tidig fas: - Modifikation av cellulära maskiner - Kontroll av cellcykeln - Undkomma antiviralt försvar DNA-replikation: - tillgång på byggstenar - replikationsfaktorer Sen fas: - Strukturproteiner - Paketering av genom - Frisättningsfunktion
Vad finns det för tre problem vid DNA-virus som de måste lösa vid replikation?
- Måste ha tillgång på DNA-replikationsfaktorer som endast finns i S-fas
- Få multibla kopior från varje mall
- Replikera DNA-ändar.
Hur löser viruset problemet med tillgång på replikationsfaktorer?
Små virus är bereoende av cellulära funktion och kommer antingen få invänta S-fas (parvovrius) eller tvinga in cellen i S-fas (HPV, adenovirus .
Stora virus har med sig egna replikationsfaktorer och är relativt oberoende av cellulära unktioner.
Hur kan virus skapa multipla replikationscykler?
Alla DNA-virus bildar egna helikas som känner igen virus ”orgin of replication”
Hur löser virus replikationen av av DNA-ändarna?
Kan använda en proteinprimer (adenovirus) eller DNA-primer (parvovirus, poxvirus).
RNA-primer kan också används vid ex. herpes-, polyoma- och papillomavirus.
Vad är parvovirus?
- Ikosahedral utan hölje
- Transkription från olika promoter, får flera mRNA genom splitsning, olika AUG och olika polyA
- B19: femte sjukan, infekterar erytroplaster.
- Adeno-associerat virus, AAV: behöver hjälparvirus
- Bocavirus: luft- och tarminfektioner.
Vad är polyomavirus?
- Ikosahedrala utan hölje
- Cirkulärt 5,3 kb dsDNA
- Har large T: binder till viralt DNA på enhancer och ORI. Aktiverar transkription och rekrytear cellulärt DNA polymeras och har helikasaktivitet.
- Hämmar tumörsuppressorerna p53 och pRB
- G1 -> S
- Hämmar apoptos
- JS-virus: kan vid immunosuppression ta sig förbi BBB och infektera oligodendrocyter -> död.
- BK-virus: ger problem vid transplantation
- Merkelcell polyomavirus .
Vad är adenovirus?
- Ikosahedral kapsid, inget hölje
- linjärt ds DNA, ca 35 000 bp.
- har små utskott
- har kompakt genom med tidiga och sena gener. Både strängarna transkriberas -> mycket alternativ splitsning, har eget DNA-polymeras.
- smittar via aerosoler, kontakt, fekalt/orat.
Vad är poxvirus?
- Det största viruset!
- Två fromer: EEV från cell->cell. IMV mellan individer
- linkärt dsDNA, 150-250 kb
- replikerar i cytoplasman och kan därför inte splitsas
- smittkoppor
- molluscum contagiosum
Vad är hepatit B-virus?
- Cirkulärt, partiellt dsDNA
- Ikosehedral kapsid med tre ytantigen
Vad är humant papillomvirus?
- Ikosahedral utan hölje
- Lågrisk ger vårtor, högrisk ger cancer.
- Cirkulärt dsDNA med ca 8 kb. Två promoter, två poly A. Altenativ splitsning!
Vad är herpesvirus?
- Ikosahedral kapsid omgiven av tegument och hölje
- 150-230 kb dsDNA
- Åtta olik herpesvirus infekterar människa och ger en livslång latent infektioner efter primär lytisk infektion.
- Är linjärt i kapsiden -> kommer in i kärnan och blir cirkulärt
Vad finns det för problem för DNA-virus vid transkriptionen?
- Tävla om cellens transkriptionsmaskineri
- Utnyttja genomet maximalt genom alternativ splitsning
- Reglera epigenetisk kontroll av viral och cellulärt transkription
Hur kan viruset övervinna cellens transkriptionsmaskineri?
- Starka virala promoter
- Tropism, pga promotorsekvenser. (värdcellens TF binder till promotorn)
- Syntets av virala transkriptionsfaktorer.
Hur kan virus utnyttja genomet maximalt vid transkription?
Ex HPV kan bilda många olika proteiner från ett relativt litet genom. Reglering av tidig och sen fas påverkas av cellens differentieringsstadium.
Hur förhindrar virus epigenetisk reglering av viral och cellulär transkription?
Ex EBV så kan den latenta infektionen aktiveras genom att lytiska gener kan packa upp kromatinet.
Hur gör virus för att överlista cellens försök att hindra viral translation? Hur försöker cellen motverka detta?
- Viruset tävlar om cellens translationsmaskineri. Ex. adenovirus stänger av värdcellens translation genom att hämmta Mnk1-fosfoyering av eIF4E. Det sker även cap-oberoende translation av sena virala mRNA från så sker även selektiv export av virala mRNA från kärnan.
- Antiviralt försvar stänger ner ned translationen genom PRR -> aktiverar PKR. De flesta virus kan undkomma translationinhibition genom att plockera aktivering av PKR, binda PKR, vara pseudosubstrat för PKR, degradera PKR och defosforylera eIF2a.
