DNA Flashcards
F9 - DNA og kromosomer F10 - DNA replikation og repair
Hvilke celler har telomeraseaktivitet, og hvad gør telomerase?
Celler i den tidlige embryogenese (senere slukkes det), samt cancerceller.
Telomerase forlænger telomererne, så cellen kan dele sig flere gange, end den ellers ville kunne.
Sikrer uhæmmet deling i cancerceller.
Hvad er semikonservativ replikation?
DNA replikeres/syntetiseres ud fra en original streng. Således består det nye DNA af en “gammel” streng og en “ny” streng.
Hvilken retning læses DNA-templaten ved DNA replikation?
3’ til 5’-retning
Hvilken funktion har topoimeraser?
De er placeret foran replikationsgaflen og sørger for at modvirke supercoiling.
Der findes to typer:
- Type-I, som klipper én fosfodiesterbinding i den ene DNA-streng og lader DNA’et udsno sig selv = ikke energikrævende.
- Type-II, som klipper fosfodiesterbinding i begge strenge og fører den ene helix gennem hullet, så DNA’et udsnos - denne proces kræver ATP.
I hvilken retning kopieres template DNA-strengen i forbindelse med RNA syntese?
3’-5’ retning
Hvad er forskellen på DNA polymerase og RNA polymerase
Den grundlæggende forskel er, at DNA polymeraser ikke kan starte de novo, dvs. “fra ingenting”, mens RNA polymeraser kan.
DNA polymerase kræver en fri -OH gruppe i 3’ ende for at begynde. RNA polymerase (primase) laver en primer, som DNA polymerase kan starte på. DNA polymerase kan kun syntetisere i 5’-3’-retning.
I hvilken retning syntetiseres DNA-strengen i forbindelse med DNA replikation?
5’-3’-retning
Hvilken funktion har DNA helicase?
Adskiller/oplukker og udsnor DNA-strengene
Hvad er et Okazaki-fragment?
Et nysyntetiseret DNA-fragment, som opstår, fordi DNA polymerase kun kan syntetisere i 5’-3’-retning.
Okazakifragmenter “limes” til sidst på af DNA ligase, der udfylder hullerne mellem Okazakifragmenterne.
Hvad betyder lagging og leading strand?
DNA syntetiseres semikonservativt - dvs. det nye DNA-molekyle består af en gammel og én ny streng. Derfor vil der altid være en leading strand, der syntetiseres i 5’-3’-retning uden huller begyndende fra replikationsgaflen,og en lagging strand, der syntetiseres i Okazaki-fragmenter, der bagefter skal sættes sammen.
Hvad er sigmafaktoren?
Et protein, der bruges i transkriptionen af DNA i bakterier - dvs. prokaryoter.
Hvad vil det sige, at replikationen er bidirektionel?
Den foregår i begge retninger ift. replikationsgaflen
Hvor mange hydrogenbindinger er der mellem hhv. A og T og G og C?
A og T holdes sammen af 2 hydrogenbindinger
G og C holdes sammen af 3 hydrogenbindinger
Hvor mange nukleotider består primerne af?
cirka 10
Hvor foregår translation?
I cellens cytosol
Nævn sekvensen for start-codon og stop-codons
Start: AUG
Stop: UAA, UAG, UGA
Angiv navnet på den enhed på mRNA, som det lille ribosomale protein-kompleks binder til
eIF4F
Forklar Wobble-hypotesen
5’-basen i tRNAs anticodon er løsere end de andre baser, og derfor kan de wobble - lave baseparring, der ikke følger Watson-Crick-baseparringen.
Beskriv faserne i translationen
1: Initiering. Her lokaliserer en initiator tRNA startcodon på mRNA strengen
2: Elongering. Her syntetiserer ribosomet en ny polypeptidkæde ud fra mRNA
3: Terminering. Sker når der i A-site på ribosomet optræder et stopcodon
Hvad er en frame-shift-mutation?
En mutation, hvor der indsættes eller slettes nukleotider i template DNA eller RNA, så ribosomet læser baserne “skævt” og derved syntetiserer forkerte proteiner.
Proteiner, der skal udskilles fra cellen syntetiseres ind i et bestemt cellulært organel - hvilket?
ER - endoplasmatisk retikulum
Hvad syntetiserer DNA polymerase epsilon?
Leading strand
Redegør for, hvordan cellen kan “rette” en fejl i en enkelt base
Base excision repair
- DNA glykosylase genkender skaden og kløver N-glykosylase-binding
- AP endonuclease kløver sukker-fosfat backbone
- DNA polymerase tilføjer nye nukleotider til 3’-enden af det kløvede DNA (vha. komplementærstreng som template)
- 5’enden ligeres sammen med resten af DNA-strengen af DNA-ligase
Beskriv PCR
Polymerase chain reaction - opformering af DNA
Kan tage udgangspunkt i meget lille mængde DNA
- DNA oprenses
- Primere, deoxyribonukleotider og varmestabil DNA-polymerase tilsættes
- Opvarmes (92 grader) for at skille DNA-strenge
- Nedkøles (55 grader) for at primere kan hæfte
- Opvarmes igen (72 grader) for at DNA polymerase kan syntetisere
- Gentag 3-5
Hvordan kan PCR produkt visualiseres i en gel
Med farvning (med ethidium bromid) Sekvens med specifikt mærket probe
Angiv forskelle på DNA og RNA
Forskellige baser: I RNA er Thymin (T) erstattes med Uracil (U)
Forskellige sukkermolekyler i backbone: I RNA er sukkermolekylet ribose med en hydroxylgruppe på 2. carbonatom. DNA indeholder deoxyribose.
RNA er enkeltstrenget
DNA er dobbeltstrenget og har helixstruktur
RNA har sekundær og tertiær struktur, fordi der er intramolekylære baseparringer ved dannelse af loops
Angiv typer af RNA
mRNA, tRNA, rRNA
miRNA (sRNA) og ribozymer
Beskriv transkription af RNA i bakterier
rRNA produceres som et enkelt langt transkript, som kløves til 16S, 23S og 5S
Beskriv translation af RNA i bakterier
Kan foregå samtidig med transkription, fordi bakterier ikke har cellekerne og membraner mellem organeller.
Beskriv forskel på transkription i eukaryote og prokaryote celler.
I eukaryote celler er processen de-koblet, mens den er koblet i prokaryote celler.
Hvordan igangsættes translation i eukaryote celler?
Met-tRNA aktiveres gennem binding til eIF2-GTP
protein-komplekset
Hvilken sekvens har startcodon?
AUG
Hvilke sites findes i ribosomet?
A-site, P-site og E-site.
Starter i A (til højre), rykker i P (i midten) og til sidst E (til venstre)
