cours1 intro Flashcards
quelle est la structure typique d’un acide amine?
- 1 fonction acide
- 1 fonction amine
- 1 H
- 1 chaine laterale
combien y a-t-il d’acides amines?
20 a.a.
qu’est ce qu’un centre chiral?
carbone avec 4 groupements differents autour de lui
- il va prendre 2 structures differentes dans l’espace
dans les proteines, on retrouve les acides amines sous quelle conformation?
forme L
qu’est ce qui differencie les 20 differentes a.a?
la chaine laterale qui varie en taille, en forme, en hydrophobicite et en reactivite
nommez les acides amines avec une chaine laterale hydrophobe (non-polaire)
- glycine (gly)
- alanine (ala)
- valine (val)
- leucine (leu)
- isoleucine (ile)
- methionine (met)
- proline (pro)
- phenylalanine (phe)
- trytophan (trp)
nommez les acides amines avec une chaine laterale polaire non-chargee
- asparagine (asn)
- glutamine (gln)
- tyrosine (tyr)
- cysteine (cys)
- serine (ser)
- threonine (thr)
entre une chaine de plusieurs alanine et une chaine de plusieurs trytophane, lequel aurait une conformation plus lineaire et pourquoi?
une chaine de trytophane
sa chaine laterale est grosse ce qui l’empeche de se replier vers l’interieur
nommez les acides amines avec une chaine laterale polaire basique (chargee +)
- lysine (lys)
- arginine (arg)
- histidine (his)
nommez les acides amines avec une chaine laterale polaire acide (chargee -)
- aspartic acid (asp)
- glutamic acid (glu)
quelles sont les caracteristiques d’un a.a. hydrophobe?
- non polaire
- interaction faible ou nulle avec eau
- a.a. hydrophobe sont frequemment retrouve a l’interieur de la proteine (car proteine reagissent avec eau)
- ne participent pas directement aux reactions chimiques
quelles sont les caracteristiques d’un a.a. polaire non-charges?
- polaire
- interaction des groupements fonctionnels avec eau
- peuvent etre retrouve a l’exterieur des proteines (en contact avec solvant)
- peuvent se retrouver a l’interieur de la proteine, si pont H possible
pourquoi est-ce qu’on peut classer l’histidine dans 2 groupements differents?
le groupement imidazole de l’histidine peut gagner ou perdre un proton en fonction du pH.
- peut etre polaire chargee ou non chargee
quelle est la caracteristique speciale de la glycine?
seul a.a. qui n’est pas chiral
- a 2 groupement H
- peut etre classe dans hydrophobe ou polaire non chargee
quelles sont les caracteristiques des a.a. polaires chargees (- et +)?
- chaine laterale chargee a pH physiologique (7-7.4)
- polaire
- peuvent se retrouver a l’exterieur ou a l’interieur de la proteine
def pKa
point d’inflection de la courbe de titrage du groupe ionisable
- 50% COOH et 50% COO-
que mesure le pKa
mesure la force d’un acide en solution. mesure sa capacite a liberer des protons
- plus le pKa est faible, plus acide est fort
quelle est l’equation de henderson-hasselbalch
pH = pKa + log [base]/[acide]
qu’est ce que le point isoelectrique?
pH ou molécule est electriquement neutre
- se situe entre deux valeurs de pKa
quel est le pKa du carboxyle carbone alpha?
2
quel est la pKa du groupe amine?
autour de 9.5-10
definition d’une proteine
polymere d’a.a.
qu’est ce qu’un lien peptidique
liaision covalente entre 2 a.a.
le lien peptidique est situe entre…
c=o et n-h
vrai ou faux?
on va toujours noter les peptides du C-terminale (COO-) au N-terminale (NH3+)
faux, c’est l’inverse
quelles sont les 4 structures des proteines
primaire, secondaire, tertiaire, quaternaire
quelle est la definition d’un acide et d’une base?
acide: espece chimique capable de ceder un proton H+
base: espeche chimique capable de capter un proton H+
quelle est l’equation du pH?
pH = - log [H+]
que represente la zone tampon sur la courbe de titrage?
l’endroit ou les concentrations d’acide et de base sont egales et ou il y a formation de molecules d’H2O
que represente le point d’equivalence sur la courbe de titrage?
le point ou le pH augmente tres rapidement
classer par ordre croissant le pKa des chaine laterale de:
- cysteine
- tyrosine
- acide aspartique
- acide glutamique
- lysine
- arginine
- histidine
- acide aspartique (3.9)
- acide glutamique (4.1)
- histidine (6)
- cysteine (8.4)
- tyrosine (10.5)
- lysine (10.5)
- arginine (12)
est ce que le point isoelectrique et la forme zwitterion sont la meme chose?
non, le pI est le pH est ou une molecule n’a pas de charge nette alors que la forme zwitterion est une molecule qui possede une forme positive et negative
vrai ou faux?
au pKa d’une molecule, on retrouve 100% de la forme protonee du groupement fonctionnel de la molecule
faux, on retrouve 50% de la forme protonne et 50% de la forme deprotonee
qu’est ce qu’un polypeptide?
courte chaine d’a.a.
la grande majorite des molecules d’un organisme contiennent quel element chimique?
carbone
quels sont les 9 groupements fonctionnels frequents?
- amine
- alcool
- thiol
- ether
- aldehyde
- cetone
- acide carboxylique
- ester
- groupement phosphate
vrai ou faux?
on retrouve la cetone a l’extremite d’une chaine et l’aldehyde au milieu
faux,
cetone au milieu, aldehyde a l’extremite
qu’est ce qu’une liaison de van der waals
liaison entre molecule polaires mais non chargees
qu’est ce que l’effet hydrophobe?
tendance des substances non polaires a s’agreger dans une solution aqueuse et exclure les molecules d’eau
a quoi sert l’effet hydrophobe?
repliement des molecules et formation des membranes
qu’est ce qu’une molecule amphipathique
molecule avec une partie polaire/ionique et non polaire
classez du plus fort au plus faible les 4 types de liaisons
- covalente
- ionique
- hydrogene
- van der waals
qu’est ce que l’osmose
diffusion du solvant a travers une membrane semi-permeable du moins concentré au plus concentré
qu’est ce qu’une cellule hypertonique
concentration ext > concentration int
mouvement d’eau de l’int vers ext
risque deshydratation de la cellule
qu’est ce qu’une cellule hypotonique
concentration int > concentration ext
mouvement d’eau de l’ext vers l’int
risque gonflement de la cellule
quelles sont les etapes pour calculer la pI d’une molecule
- dessiner molecule sous forme protonee et identifier groupement ionisable
- ecrire pKa de chaque et ordonner du plus acide au plus basique
- trouver zwitterion
- faire la moyenne des pKa pour trouver pI
