Cours 8: Séquançage Génome Pseudomonas Aeruginosa Flashcards
Quelles sont les caractéristiques de Pseudomonas aeruginosa ? (3)
- Gram négative
- Ubiquitaire
- Trouvé dans l’eau, sol et air
Avec qui Pseudomonas aeruginosa vit-elle en association ?
-Plantes
-Animaux
-Humains
-Insectes
Peut-être pathogène pour ces mêmes groupes.
Que peut former Pseudomonas aeruginosa ?
Des biofilms qui sont des couches de bactéries dont la 1ère est inerte (protection et difficile à cibler avec les ATB).
Est-ce toutes les couches de Pseudomonas aeruginosa sont multirésistantes ?
Non, mais nombreuses sont résistantes à cause des ATB et désinfectants.
Quelles pathologies peut provoquer Pseudomonas aeruginosa ? (4)
- Bactériémies chez les grands brûlés
- Pneumonies
- Infections urinaires par les cathéter
- Fibrose kystique
Quels sont les intérêts de connaître la séquence complète de Pseudomonas aeruginosa ?
- Connaître les mécanismes de pathogénicité
- Obtenir de nouvelles informations sur la relation entre la taille du génome, la complexité génétique et la versatilité écologique de la bactérie
- C’est l’un des plus grands génomes bactériens avec 6,3 millions de pb (=6300 Kaba)
À quelle espèce de bactérie, la complexité génique de P.aeruginosa s’approche t’elle ?
Saccharomyces cerevisiae avec 6200 protéines encodées potentielles
Combien de ORF potentiels possède P.aeruginosa ?
5570
Combien P.aeruginosa possède t’il de gènes potentiels d’autres espèces ?
30-40% de C.elegans et Drosophila melanogaster
Classez les bactéries selon le nombre de paires de base du plus grand au plus petit. (4)
E.coli > M.tuberculosis > Bacillus subtilis > Synechocystis
Combien de G+C ont la plupart des ORF ?
66,6% (plus élevé que la normale)
Est-ce que ORF est inclue dans le gène potentiel ?
Oui !
Que pourrait indiquer la présence de 10 régions de 3 kpb ou plus avec un G+C plus petit et un usage de codon différent ?
Un transfert horizontal autrement dit une acquisition de gènes d’une autre espèce.
Près de la moitié des ORF de P.aeruginosa sont homologues à E.coli. V ou F ?
C’est vrai.
Combien d’opérons ribosomique possède P.aeruginosa ?
4 copies
E.coli possède 7 copies.
Comment les ORF prédits sont-ils analysés ? (3)
En fonction:
- de gènes connus de P.aeruginosa dans GenBank
- de similarité avec des gènes d’autres bactéries bien caractérisées
- de la présence d’un motif connu
Combien d’ORF sont des gènes connus avec des fonctions démontrées ?
372 (54,2%). Le restant (45,8%) n’ont aucune fonction déterminée.
Quelles sont les principales fonctions associées à certains ORF ? (3)
- Biosynthèse des LPS
- Facteurs de virulence (exoenzymes + systèmes sécréteurs)
- Molécules impliquées dans la mobilité et l’adhésion
Combien d’ORF ont une homologie forte avec des gènes de fonction d’autres bactéries ?
1059 ORF.
Qu’est ce qu’un milieu minimal ?
Milieu composé de sucre + minéraux (azote et carbone).
Pas d’acides aminés ni acide nucléique.
Quelles souches de bactéries peuvent pousser sur un milieu minimal ? (2)
-E.coli
-P.aeruginosa
Les bactéries hospitalières ne peuvent pas pousser dessus.
Quand est-ce que P.aeruginosa peut être problématique ?
Lorsque la souche se trouve en milieu hospitalier car croit sur des milieux minimum comme l’eau distillée.
Combien et comment les ORF assignés à des motifs de séquence ont-ils été classés ?
C’est 1590 ORF qui ont été placés en 3 classes fonctionnelles:
- Enzymes potentielles
- Régulateurs transcriptionnelles
- Transporteurs de petites molécules
Combien de gènes de P.aeruginosa sont impliqués dans la régulation ?
8,4%, c’est élevé comparé à d’autres souvhes bactériennes car vit dans des niches différentes.
Quelles sont les fonctions des gènes régulateurs ? (2)
- Régulation de la transcription
- Senseurs d’environnement (capable de détecter ce qui se passe à l’extérieur ==> pH.sels,nutriements)
Quelles sont les fonctions des protéines de la membrane externe (OMP) lors d’une infection ? (3)
- Transport d’ATB
- Exportation (sécrétion) de facteurs de virulenceextra-cellulaire
- Mobilité et adhésion
Combien de gènes possède P.aeruginosa ?
6500 gènes.
Combien de gènes codent pour les OMP ?
Environ 150 gènes.
Quelles sont les 3 grandes familles identifiées d’OMP ?
- Porines spécifiques (19 gènes)
- Captation de sidérophores (34 gènes).C’est élevé
- Système d’efflux (pompes) ou sécrétion (18 gènes)
Combien de systèmes de transport sont dédiés à l’importation de nutriments ?
Autour de 200.
Quelles sont les causes de la résistance de P.aeruginosa à plusieurs ATB ? (2)
- Faible perméabilité de sa membrane externe
- Pompage des molécules à l’extérieur de la bactérie (Multidrug efflux system, 2 à 3 fois + que E.coli)
Quels facteurs de virulence P.aeruginosa peut exporter ?
-Toxines
-Lipases
-Protéases
Il y a 4 voie de sécrétions protéiques ches les gram nég dont 3 chez P.aeruginosa.
Avec quelles souches de bactéries P.aeruginosa possède des adhésines homologues ?
- Bordetella pertussis (hémagglutine)
- Haemophilus influenzae
Qu’est ce qui permet à P.aeruginosa d’être flexible et de s’adapter à divers niches écologiques ? (2)
- Sa grande taille
- sa complexité
Comment s’explique la grande versatilité de P.aeruginosa ? (3)
Par ses capacités de:
- Transporter
- Métaboliser
- Croître à partir de substances organiques
Quelles sont les raisons de la grande résistance de P.aeruginosa aux molécules antibactériennes ? (50
- Mécanismes développés pour compétitionner contre d’autres bactéries dans divers environnements
- Présence de plusieurs systèmes d’efflux
- Multiplicité des systèmes de transports de molécules
- Voies métaboliques diversifiées et compensatoires
- Résistance à de multiples molécules organiques
Que permettra le décryptage du génome P.aeruginosa ? (3)
- Mieux comprendre son fonctionnement
- Élaborer de nouvelles molécules antibactériennes
- Développer de nouveaux vaccins
