Cours 8: Séquançage Génome Pseudomonas Aeruginosa Flashcards
Quelles sont les caractéristiques de Pseudomonas aeruginosa ? (3)
- Gram négative
- Ubiquitaire
- Trouvé dans l’eau, sol et air
Avec qui Pseudomonas aeruginosa vit-elle en association ?
-Plantes
-Animaux
-Humains
-Insectes
Peut-être pathogène pour ces mêmes groupes.
Que peut former Pseudomonas aeruginosa ?
Des biofilms qui sont des couches de bactéries dont la 1ère est inerte (protection et difficile à cibler avec les ATB).
Est-ce toutes les couches de Pseudomonas aeruginosa sont multirésistantes ?
Non, mais nombreuses sont résistantes à cause des ATB et désinfectants.
Quelles pathologies peut provoquer Pseudomonas aeruginosa ? (4)
- Bactériémies chez les grands brûlés
- Pneumonies
- Infections urinaires par les cathéter
- Fibrose kystique
Quels sont les intérêts de connaître la séquence complète de Pseudomonas aeruginosa ?
- Connaître les mécanismes de pathogénicité
- Obtenir de nouvelles informations sur la relation entre la taille du génome, la complexité génétique et la versatilité écologique de la bactérie
- C’est l’un des plus grands génomes bactériens avec 6,3 millions de pb (=6300 Kaba)
À quelle espèce de bactérie, la complexité génique de P.aeruginosa s’approche t’elle ?
Saccharomyces cerevisiae avec 6200 protéines encodées potentielles
Combien de ORF potentiels possède P.aeruginosa ?
5570
Combien P.aeruginosa possède t’il de gènes potentiels d’autres espèces ?
30-40% de C.elegans et Drosophila melanogaster
Classez les bactéries selon le nombre de paires de base du plus grand au plus petit. (4)
E.coli > M.tuberculosis > Bacillus subtilis > Synechocystis
Combien de G+C ont la plupart des ORF ?
66,6% (plus élevé que la normale)
Est-ce que ORF est inclue dans le gène potentiel ?
Oui !
Que pourrait indiquer la présence de 10 régions de 3 kpb ou plus avec un G+C plus petit et un usage de codon différent ?
Un transfert horizontal autrement dit une acquisition de gènes d’une autre espèce.
Près de la moitié des ORF de P.aeruginosa sont homologues à E.coli. V ou F ?
C’est vrai.
Combien d’opérons ribosomique possède P.aeruginosa ?
4 copies
E.coli possède 7 copies.
Comment les ORF prédits sont-ils analysés ? (3)
En fonction:
- de gènes connus de P.aeruginosa dans GenBank
- de similarité avec des gènes d’autres bactéries bien caractérisées
- de la présence d’un motif connu
Combien d’ORF sont des gènes connus avec des fonctions démontrées ?
372 (54,2%). Le restant (45,8%) n’ont aucune fonction déterminée.
Quelles sont les principales fonctions associées à certains ORF ? (3)
- Biosynthèse des LPS
- Facteurs de virulence (exoenzymes + systèmes sécréteurs)
- Molécules impliquées dans la mobilité et l’adhésion
Combien d’ORF ont une homologie forte avec des gènes de fonction d’autres bactéries ?
1059 ORF.
Qu’est ce qu’un milieu minimal ?
Milieu composé de sucre + minéraux (azote et carbone).
Pas d’acides aminés ni acide nucléique.
Quelles souches de bactéries peuvent pousser sur un milieu minimal ? (2)
-E.coli
-P.aeruginosa
Les bactéries hospitalières ne peuvent pas pousser dessus.
Quand est-ce que P.aeruginosa peut être problématique ?
Lorsque la souche se trouve en milieu hospitalier car croit sur des milieux minimum comme l’eau distillée.
Combien et comment les ORF assignés à des motifs de séquence ont-ils été classés ?
C’est 1590 ORF qui ont été placés en 3 classes fonctionnelles:
- Enzymes potentielles
- Régulateurs transcriptionnelles
- Transporteurs de petites molécules
Combien de gènes de P.aeruginosa sont impliqués dans la régulation ?
8,4%, c’est élevé comparé à d’autres souvhes bactériennes car vit dans des niches différentes.
