Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

Principe d'infectiologie bactérienne > Cours 8: Séquançage Génome Pseudomonas Aeruginosa > Flashcards

Cours 8: Séquançage Génome Pseudomonas Aeruginosa Flashcards

1
Q

Quelles sont les caractéristiques de Pseudomonas aeruginosa ? (3)

A
  • Gram négative
  • Ubiquitaire
  • Trouvé dans l’eau, sol et air
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Avec qui Pseudomonas aeruginosa vit-elle en association ?

A

-Plantes
-Animaux
-Humains
-Insectes
Peut-être pathogène pour ces mêmes groupes.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Que peut former Pseudomonas aeruginosa ?

A

Des biofilms qui sont des couches de bactéries dont la 1ère est inerte (protection et difficile à cibler avec les ATB).

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Est-ce toutes les couches de Pseudomonas aeruginosa sont multirésistantes ?

A

Non, mais nombreuses sont résistantes à cause des ATB et désinfectants.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Quelles pathologies peut provoquer Pseudomonas aeruginosa ? (4)

A
  • Bactériémies chez les grands brûlés
  • Pneumonies
  • Infections urinaires par les cathéter
  • Fibrose kystique
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Quels sont les intérêts de connaître la séquence complète de Pseudomonas aeruginosa ?

A
  • Connaître les mécanismes de pathogénicité
  • Obtenir de nouvelles informations sur la relation entre la taille du génome, la complexité génétique et la versatilité écologique de la bactérie
  • C’est l’un des plus grands génomes bactériens avec 6,3 millions de pb (=6300 Kaba)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

À quelle espèce de bactérie, la complexité génique de P.aeruginosa s’approche t’elle ?

A

Saccharomyces cerevisiae avec 6200 protéines encodées potentielles

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Combien de ORF potentiels possède P.aeruginosa ?

A

5570

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Combien P.aeruginosa possède t’il de gènes potentiels d’autres espèces ?

A

30-40% de C.elegans et Drosophila melanogaster

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Classez les bactéries selon le nombre de paires de base du plus grand au plus petit. (4)

A

E.coli > M.tuberculosis > Bacillus subtilis > Synechocystis

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Combien de G+C ont la plupart des ORF ?

A

66,6% (plus élevé que la normale)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Est-ce que ORF est inclue dans le gène potentiel ?

A

Oui !

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Que pourrait indiquer la présence de 10 régions de 3 kpb ou plus avec un G+C plus petit et un usage de codon différent ?

A

Un transfert horizontal autrement dit une acquisition de gènes d’une autre espèce.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Près de la moitié des ORF de P.aeruginosa sont homologues à E.coli. V ou F ?

A

C’est vrai.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Combien d’opérons ribosomique possède P.aeruginosa ?

A

4 copies

E.coli possède 7 copies.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Comment les ORF prédits sont-ils analysés ? (3)

A

En fonction:

  • de gènes connus de P.aeruginosa dans GenBank
  • de similarité avec des gènes d’autres bactéries bien caractérisées
  • de la présence d’un motif connu
17
Q

Combien d’ORF sont des gènes connus avec des fonctions démontrées ?

A

372 (54,2%). Le restant (45,8%) n’ont aucune fonction déterminée.

18
Q

Quelles sont les principales fonctions associées à certains ORF ? (3)

A
  • Biosynthèse des LPS
  • Facteurs de virulence (exoenzymes + systèmes sécréteurs)
  • Molécules impliquées dans la mobilité et l’adhésion
19
Q

Combien d’ORF ont une homologie forte avec des gènes de fonction d’autres bactéries ?

A

1059 ORF.

20
Q

Qu’est ce qu’un milieu minimal ?

A

Milieu composé de sucre + minéraux (azote et carbone).

Pas d’acides aminés ni acide nucléique.

21
Q

Quelles souches de bactéries peuvent pousser sur un milieu minimal ? (2)

A

-E.coli
-P.aeruginosa
Les bactéries hospitalières ne peuvent pas pousser dessus.

22
Q

Quand est-ce que P.aeruginosa peut être problématique ?

A

Lorsque la souche se trouve en milieu hospitalier car croit sur des milieux minimum comme l’eau distillée.

23
Q

Combien et comment les ORF assignés à des motifs de séquence ont-ils été classés ?

A

C’est 1590 ORF qui ont été placés en 3 classes fonctionnelles:

  • Enzymes potentielles
  • Régulateurs transcriptionnelles
  • Transporteurs de petites molécules
24
Q

Combien de gènes de P.aeruginosa sont impliqués dans la régulation ?

A

8,4%, c’est élevé comparé à d’autres souvhes bactériennes car vit dans des niches différentes.

25
Q

Quelles sont les fonctions des gènes régulateurs ? (2)

A
  • Régulation de la transcription

- Senseurs d’environnement (capable de détecter ce qui se passe à l’extérieur ==> pH.sels,nutriements)

26
Q

Quelles sont les fonctions des protéines de la membrane externe (OMP) lors d’une infection ? (3)

A
  • Transport d’ATB
  • Exportation (sécrétion) de facteurs de virulenceextra-cellulaire
  • Mobilité et adhésion
27
Q

Combien de gènes possède P.aeruginosa ?

A

6500 gènes.

28
Q

Combien de gènes codent pour les OMP ?

A

Environ 150 gènes.

29
Q

Quelles sont les 3 grandes familles identifiées d’OMP ?

A
  • Porines spécifiques (19 gènes)
  • Captation de sidérophores (34 gènes).C’est élevé
  • Système d’efflux (pompes) ou sécrétion (18 gènes)
30
Q

Combien de systèmes de transport sont dédiés à l’importation de nutriments ?

A

Autour de 200.

31
Q

Quelles sont les causes de la résistance de P.aeruginosa à plusieurs ATB ? (2)

A
  • Faible perméabilité de sa membrane externe

- Pompage des molécules à l’extérieur de la bactérie (Multidrug efflux system, 2 à 3 fois + que E.coli)

32
Q

Quels facteurs de virulence P.aeruginosa peut exporter ?

A

-Toxines
-Lipases
-Protéases
Il y a 4 voie de sécrétions protéiques ches les gram nég dont 3 chez P.aeruginosa.

33
Q

Avec quelles souches de bactéries P.aeruginosa possède des adhésines homologues ?

A
  • Bordetella pertussis (hémagglutine)

- Haemophilus influenzae

34
Q

Qu’est ce qui permet à P.aeruginosa d’être flexible et de s’adapter à divers niches écologiques ? (2)

A
  • Sa grande taille

- sa complexité

35
Q

Comment s’explique la grande versatilité de P.aeruginosa ? (3)

A

Par ses capacités de:

  • Transporter
  • Métaboliser
  • Croître à partir de substances organiques
36
Q

Quelles sont les raisons de la grande résistance de P.aeruginosa aux molécules antibactériennes ? (50

A
  • Mécanismes développés pour compétitionner contre d’autres bactéries dans divers environnements
  • Présence de plusieurs systèmes d’efflux
  • Multiplicité des systèmes de transports de molécules
  • Voies métaboliques diversifiées et compensatoires
  • Résistance à de multiples molécules organiques
37
Q

Que permettra le décryptage du génome P.aeruginosa ? (3)

A
  • Mieux comprendre son fonctionnement
  • Élaborer de nouvelles molécules antibactériennes
  • Développer de nouveaux vaccins

Principe d'infectiologie bactérienne (13 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions