Cours 6 - Bio-informatique des réseaux d’interactions moléculaires

Question 1

À quoi sert les réseaux d’interactions moléculaires?

Answer 1

Permet d’intégrer les informations sur les composantes moléculaires majeures des cellules, sur leurs caractéristiques et sur leur interactions en une représentation complète

Question 2

Décrire le système Yeast-2-hybrid.

Answer 2

On jumelle un binding domain à notre protéine d’intérêt A et l’activation domain à la protéine B. Si A et B intéragissent, ils vont se lier puis se lié au promoteur ce qui va transcrire un gène rapporteur, nous indiquant que les deux intéragissent.

Question 3

Donner des méthodes expérimentales à haut-débit pour détecter des PPI.

Answer 3

• Yeast-2-hybrid
• Chromatographie d’affinité

Question 4

Décrire la méthode de chromatographie d’affinité.

Answer 4

En prend une colonne d’affinité avec des AntiC spécifique et on passe notre échantillon contenant les protéines sur la colonne, on nettoie (des prot non liées, suivi des prot faiblement liées), puis on élue. On trouve ainsi nos protéines qui intéragissent avec la colonne.

Question 5

Décrire les étapes de la méthode à haut-débit pour détecter des RRI.

Answer 5

Par PARIS, LIGR-seq et SPLASH.
* Pontage reversible au psoralen
* Purification des duplexes
* Ligation de proximité
* Dé-pontage
* Sequençage

Question 6

Quels sont les problèmes générés par les méthodes à haut-débit quand on cherche à générer des données?

Answer 6

-Haut taux de faux-positifs (jusqu’à 90%!)
-Haut taux de faux-négatifs
-Interactions pas toujours pertinentes du point de vue physiologique

Question 7

Comment la bio-informatique est utilisée dans le contexte de formation de réseaux biologiques?

Answer 7

joue beaucoup de rôles dans la gestion, le contrôle de la qualité (storage et accessibilité des données, tout comme la validation des données), la prédiction d’interactions, l’analyse des intéractions et l’intégration de ces données.

Question 8

Nommer des BD d’interactions PPI et RRI.

Answer 8

PPI : BioGRID, IntAct
RRI : RISE DATABASE, RNAInter,

Question 9

Comment détermine-t-on que les données haut-débit utilisées pour les réseaux sont valides?

Answer 9

On compare avec un ensemble d’intéraction aléatoire (donc distribution nulle et on cherche le seuil d’à partir duquel, on a le moins de faux négatif et de faux-positif).

Question 10

Quels deux paramètres sont pris en compte pour la prédiction des intéraction ARN-ARN?

Answer 10

par complementarité de séquences + accessibilité

Question 11

Donner des exemples de réseau sans échelle.

Answer 11

-World Wide Web
-réseaux de traffic aérien
-réseaux de messagerie
-liens entre les acteurs à
Hollywood

Question 12

Que signifie un réseau sans échelle?

Answer 12

Que la majorité des éléments pris en compte sont liée à une minorité d’élément, et que quelques éléments sont liés à la majorité des éléments

Question 13

Qu’est-ce que la règle de léthalité centrale?

Answer 13

Plus une protéines est centrale plus elle a de chances d’être essentielle

Question 14

Qu’est-ce que la culpabilité par association?

Answer 14

Quand on zoom sur une parti d’un réseau biologique, on observe souvent des formations de grappe. Dans une grappe si on connait la fonction d’une protéine, les protéines autour risque d’avoir la même fonction ou une fonction liée.

Question 15

comment trouver des grappes (complexes) dans un tel réseau??

Answer 15

L’algorithme MCODE

Question 16

Comment fonctionne l’Algorithme MCODE

Answer 16

1- Scorer tous les noeuds du réseau selon leur degré de connectivité et ceux de
leurs voisins
2- Trouver des complexes en considérant l’un après l’autre tous les noeuds du
réseau:
Pour tout noeud qui n’a pas été considéré avant, considérer tous les voisins n de ce noeud et les rajouter au complexe s’ils n’ont pas été considérés avant et si leur score est supérieur au seuil choisi. Répéter pour les voisins de n.