Cours 1 - Banque de données

Question 1

Dans une recherche sur ppubmed ou autre, comment je fais pour que le moteur de recherche inclus un titre PLUS un nom de journal?

Answer 1

Soit on va dans les options de recherche, soit on met un AND entre les items que l’on cherche.

Question 2

Donner une définition de la bio-informatique.

Answer 2

C’est l’application de méthodes et outils d’analyses
informatiques à la résolution de questions biologiques.

Question 3

Donner des exemples d’applications de la bio-informatique.

Answer 3

• Confirmer la séquence d’un fragment d’ADN clôné
• Déterminer des amorces pour une amplification PCR
• Identifier des régions conservées entre plusieurs
  séquences
• Analyser les lectures de séquençage d’un génome
• Prédire l’impact d’une mutation dans l’ADN
• Contrôler l’accès à des données cliniques

Question 4

Qu’est-ce qu’une bande de données?

Answer 4

Une collection de données reliée qui est structurée, cherchable, mise à jour et cross-référencé. Inclus aussi des outils associés, comme des logiciels, utile pour la régulation de la BD.

Question 5

Nommer les trois principales BD nucléotidde.

Answer 5

ENA, GenBank, DDBJ (regrouper dans INSDC)

Question 6

Que comprennent les génomique database?

Answer 6

les séquences EN PLUS des annotations

Question 7

Qu’est-ce qu’inclus RefSeq?

Answer 7

L’ADN génomique, ARNt, les produits protéiques, prédictions de gènes et annotations mannuelles de la majorité des organismes connus

Question 8

À quoi fait référence les transcripts sur GENCODE?

Answer 8

Aux isoformes d’un même gènes, donc avant l’épissage alternatif.

Question 9

À quoi GENCODE est spécifique?

Answer 9

Le génome humain

Question 10

Décrire la structure d’un gène humain.

Answer 10

• Région promotrice
• Initiation de la transcription qui commence avec UTR 5’, suivi de l’exon 1 avec ATG
• Suite d’introns puis d’exons
• codon STOP, suivi de UTR 3’ avec ou se lie queue poly A

Question 11

Qu’est-ce qu’un assemblage?

Answer 11

• C’est le nom de « version » d’une séquence génomique
• L’assemblage est une information aussi importante à donner que le nom de la ville lorsque vous donnez rendez-vous à quelqu’un (e.g. au 1234 rue Principale)

Question 12

Qu’est-ce qui distingue deux assemblages?

Answer 12

Ce sont les mutations, insertions et délétions qui distinguent deux assemblages

Question 13

Qu’est-ce qui peut changer la position chromosomique d’une séquence?

Answer 13

les insertions et les délétions

Question 14

Il y a des BD d’épigénomique

Answer 14

Il y a des BD d’épigénomique, donc pour un même génome, j’ai plusieurs épigénome possible

Question 15

dbSNP est une BD de quoi?

Answer 15

BD général des SNP présent chez l’homme

Question 16

Est-ce que dbSNP peut aider si on cherche un SNP lié à une maladie particulière?

Answer 16

Non, pas beaucoup de chance de trouver cette information sur dbSNP

Question 17

Quelle est la limitation de BD de séquence de protéine basé sur des séquences génomiques uniquement?

Answer 17

Ne donne pas d’information sur la protéine après la transcription, donc elle peut être modifiée par ensuite et on le sait pas.

Question 18

Comment fonctionne Inter Pro?

Answer 18

Donne une analyse des fonctions potentielles d’une protéine en les classant en famille et en prédictant les domaines et les sites importants. Utilise un consortium de BD pour accomplir cette tache.

Question 19

Quelle est la particuliarité de PDB (protein data bank)?

Answer 19

Seule BD qui donne de l’information sur la structure 3D

Question 20

Il existe des BD de voie métabolique

Answer 20

Il existe des BD de voie métabolique

Question 21

qu’est-ce que l’ontologie?

Answer 21

representation of knowledge showing the relationship
between concepts in a particular subject

Question 22

quelle est la particularité de Gene Ontology?

Answer 22

The Gene Ontology (GO) is a controlled vocabulary, a set of standard terms used for indexing and retrieving information.

Question 23

Quelles sont les limitations des BD?

Answer 23

• erreurs d’annotation (surtout celles automatiques)
• pas tooutes disponibles sur tous les servers
• sont mise à jour, mais quand …
• il peut ne pas y avoir de comparatif entre deux

Question 24

Quel mot clé devez-vous utiliser pour chercher les articles scientifiques de l’auteur Fred Sanger sur Pubmed?

Answer 24

=> Entre crochet ; Sanger F [author]

Question 25

Quelles parties de la séquence de l’ADN génomique n’est pas présentes che ARNm mature?

Answer 25

les introns

Question 26

pourquoi la séquence de l’ARNm mature n’est pas forcément un multiple de 3?

Answer 26

Car UTR 5’ et tout ce qui suit le codon stop n’est pas traduit.

Question 27

Les données de Uniprot et les modèles produit par Alphafold sont souvent différentes, expliquer comment cela est possible.

Answer 27

Uniprot prend des données d’article VS AlphaFold qui devine une structure.
- Uniprot peut donc avoir la forme quaternaire d’une prot, pas Alphafold
- Alphafold prend la séquence qu’on donne, donc peut amener un billet (exclus transformation post traductionnelles)

Question 28

Exercice de longueur de séquence / a.a.

Answer 28

Exercice de longueur de séquence / a.a.

Question 29

Excercice de position d’un gène

Answer 29

Excercice de position d’un gène