Cours 5 - Introduction à l’analyse de données protéo(géno)miques

Question 1

Définir le terme protéomique

Answer 1

Étude à large échelle des protéines

Question 2

Qu’est-ce qui en inclus dans le protéomes?

Answer 2

protéines + protéines modifiées

Question 3

À quoi sert le pré-processing?

Answer 3

à simplifier et la clarifier le signal

Question 3

Quelles sont les étapes de la production de spectres de protéines?

Answer 3

• Données brutes
• Sprectres réduits (filtration des pics / pré-processing)
• Peptide-spectre (PSM) (moteur de recherche - assignation des spectres à un peptide)
• Peptides (validation des peptides)
• Protéines (inférence protéique)

Question 4

Que fait-on exactement lors du lissage?

Answer 4

on retire le bruit de haute fréquence. Lisse le graph.

Question 5

Quelles sont les étapes compris dans le pré-processing?

Answer 5

Lissage
Ajustement
Détection des pics

Question 6

Que fait-on exactement lors de l’ajustement?

Answer 6

On retire le bruit de basse fréquence, unifie le signal en le mettant à zéro.

Question 7

Que fait-on exactement lors de la détection des pics (pré-processing)?

Answer 7

On simplifie et on définie le signal

Question 8

Niveau méthode, comment fait-on le pré-processing (point de vue manip)?

Answer 8

On utilise un logiciel avec les paramêtres désirés.

Question 9

Quand on fait un spectre pour déterminer quelles protéines on a, est-ce que on analyse réellement les protéines présentes?

Answer 9

Non, on ne peut que ‘séquencer’ les peptides présents. On a donc aucune information sur la structures.

Question 10

Lors de la digestion enzymatiques précédent un spectre, où est faite la coupure?

Answer 10

Coupe au niveau des a.a. positifs, soit lysine et arginine.

Question 11

par spectre, peut-on différencier des a.a. de même poids moléculaire? Qu’est-ce que cela implique?

Answer 11

Non, on ne peut pas les différencier. Cela signifie que la leucine et l’isoleucine ne peuvent être différencié tout comme des modifications d’a.a. qui ne résultent pas en un changement de poids moléculaire.

Question 12

que ce passe-t-il si la force de fragmentation dest mal ajustée?

Answer 12

possibilité de fragmenter les peptides à des endroits inabituels (presque impossible de nos jours)

Question 13

Dans un monde idéal, à quoi ressemble un spectre ayant des fragments de direction b et y?

Answer 13

Il y a un fragment présent pour toutes a.a. donc pour un peptide de trois a.a. j’ai 1, 12, 123, 3, 32, 321.

Question 14

donner trois raisons qui rendent l’annotation d’un spectre difficile

Answer 14

1. fragmentation incomplète de certains fragments (pi par défaut tu ne sais pas qui est mal fragmenté)
2. On ne sait pas quels fragments viennent d’un cote ou de l’autre (b VS y)
3. modifications port-traductionnnelles des a.a. .. on sait pas qu’est-ce qui est arrivé ou.

Question 15

Est-ce qu’il est possible de lire un spectre sans liste prédéfinie de protéines connues?

Answer 15

Ben si tu veux une réponse non, pas vraiment. On a besoin d’une base de données pour comparer les spectre potentiels avec le spectre obtenu.

Question 16

Quels sont les deux axes d’un spectre de masse?

Answer 16

Abondance en fonction de la masse / charge

Question 17

Comment détemrine-t-on qu’un score de spectre est bon?

Answer 17

En fonction d’un seuil, si le score est différent du seuil c’est un bon score

Question 18

Comment mon score de spectre est affecté si j’augmente le nombre de pics présents dans le spectre?

Answer 18

le score augmente aussi

Question 19

À quoi correspond le score donné par le logiciel SEQUEST?

Answer 19

Système de score selon l’intensité. Fait la somme de l’intensité des pics du spectre théorique.

Question 19

À quoi correspond le score donné par le logiciel MASCOT / andromeda?

Answer 19

Système de score selon le nombre de pics, score statistique. inclus la probabilité que un pic N corresponde à pic K aléatoire, donc est un p-value.

Question 20

À quoi correspond le score donné par le logiciel X!Tandem?

Answer 20

Système de score hybride, somme des intensitées des pics associés et du nombre d’ions b et y associés, donc est un e-value.

Question 21

Comment je fais pour choisir le logiciel adéquat pour l’analyse de mon spectre?

Answer 21

J’utilise un autre logiciel! SearchGUI / PeptideShaker, qui combiner les scores obtenus de divers locigiels

Question 22

Comment analyse-t-on les chances d’avoir des faux positifs dans notre spectre?

Answer 22

On fait une distribution nulle qui contient un ramassi de séquences peptidiques aléatoires

Question 23

Quelles sont les trous méthodes possibles pour faire des peptides inconnus? Quel est le plus utilisé?

Answer 23

• Séquence inverse (The best)
• Séquence aléatoire
• Nouvelles séquences

Question 24

Quel est le problème lié à la formation de peptides aléatoire dans la BD de faux-positif?

Answer 24

Ne prend pas en compte les patrons présents dans la fragmentation.

Question 25

Comment fonctionne la stratégie du target-decoy?

Answer 25

On crée une BD de séquences peptidiques qui n’existent pas vraiment. Le tout va former une distribution nulle, sur un graphe regroupant le score des peptides non-existant + les notres en fonction du PSM (peptide spectrum match). Puis on cherhce le seuil des scores pour lequel j’ai un minimum de faux-positif ET un minimum de faux-négatif.

Question 26

À quoi correspond le taux de découverte locale?

Answer 26

À la proportion de decoy / cible

Question 27

Expliquer le principe de Occam’s razor en inférence protéique.

Answer 27

Garder le plus petit ensemble de protéines qui explique tous les peptides

Question 28

Expliquer le principe de vrai Occam en inférence protéique.

Answer 28

Garder le plus petit ensemble de protéines avec annotation qui explique
tous les peptides. implique qu’on est des données biologiques sur le tout.

Question 28

Expliquer le principe de Anti-Occam en inférence protéique.

Answer 28

Garder toutes les protéines qui ont au moins un peptide

Question 28

Qu’est-ce que l’inférence protéique?

Answer 28

Deviner (parce que cela revient à quand même beaucoup de chance) les protéines preésentes dans un échantillons à partir d’un spectre.

Question 29

Quel est le plus gros déni de l’inférence protéique?

Answer 29

les isoformes et les paralogues

Question 30

à partir d’inférence protéique, est-ce possible d’avoir une résolution complète du problème?

Answer 30

Nop

Question 31

La liste des prot utilisé pour l’inférence est en fait une liste de groupe de protéines

Answer 31

La liste des prot utilisé pour l’inférence est en fait une liste de groupe de protéines

Question 32

Vrai ou faux? Une analyse de protéomique par spectrométrie de masse permet d’identifier toutes les protéines présentes
dans l’échantillon? pourquoi?

Answer 32

Faux, due aux limitations des connaissances de la BD utilisées et car plus une protéines est présentes plus l’échantillons contient de ses fragments.

Question 33

Qu’est-ce que la protéogénomique?

Answer 33

L’étude à large échelle des protéines
selon des données génomiques associées

Question 34

Quelles sont les limitations de la protéogénomique si on part de données de RNA-seq?

Answer 34

• Probabilité d’expression
• Mutations
• Grosse BD
• Seuil de détection du transcrit
• inférence
• protéines non-annotées

Question 35

Quelles sont les 3 étapes de la protéogénomiques?

Answer 35

• Créer une BD
• Stratégies de recherche pour une grande BD
• Vérifier ses découvertes

Question 36

Quand j’analyse un spectre, est-ce que je favorise la présence d’ions y ou b?

Answer 36

La chimie dit y

Question 37

La protéogénomique est bien meilleure que la protéomique?

Answer 37

Cela dépend de ce que l’on veut / de ce que l’on recherche