cours 2 Flashcards
C’est quoi le dogme de la biologie moléculaire ?
ADN -> ARN -> Protéine
Transcription -> Traduction
Combien de temps prend la décision cellulaire ?
16h
Combien de temps prend la réplication de l’ADN ?
10h
Chaque brin d’ADN _____ sert de moule pour le brin
_____, en codant la séquence ________ et _________.
Mère, fille, inverse et complémentaire.
Quelles sont les 4 caratéristiques de la réplication de l’ADN ?
– Complexe : plusieurs protéines impliquées
– Hautement spécialisée.
– Vitesse impressionnante.
– Fidélité quasi parfaite.
Quels sont les deux éléments que nécessite la réplication de l’ADN ?
1- dNTP (desoxyribonycléotides triphosphates)
2: Joncyion amorce: matrice
À quoi servent les dNTPs (2) ?
Ils fournissent :
1 – les bases azotées pour la synthèse du nouvel ADN (N) ;
2 – l’énergie pour former les liaisons phosphodiester entre les nucléotides.
D’où proviennent les dNTPs qui s’ajouteront à l’amorce ?
Du noyau
Dans quelle direction se fait la réplication ?
5’-3’
Quelle est la matrice dans la jonction amorce : matrice ?
Le brin-mère simple brin
Quelle est l’amorce dans la jonction amorce : matrice ?
Le brin complémentaire et inverse du brin-mère
Quoi va effectuer une attaque nucléophile sur le groupement phosphate du dNTP ?
L’extrémité 3’-OH du brin de l’amorce
Vrai ou faux : la liaison entre le dNTP et l’amorce peut se faire même si les bases ne sont pas appariées correctement ?
Vrai, mais la liaison se fera 10 000 fois moins efficacement.
À quoi servent les deux ions métalliques divalents (paume de la main) (3) ?
1 Modifient chimiquement l’environnement de l’extrémité 3’ OH et du dNTP.
2- Un des ions vont résuire l’extrimité 3’OH en 3’O-
3- L’autre ion va stabiliser les phosphate beta et gamma
Quelle est l’activité qui se produit à l’intérieur de la paume de la main de l’ADN ?
La polymérisation
Qu’est-ce qui est impliqué dans les mésappariements de la polymérisation et quel est son mécanisme d’action ?
L’exonucléase.
1 Le brin mesapparié ralentie la catalyse et diminue l’affinité de la polymérase pour la jonction amorce:matrice et sort du site actif.
2- L’amorce va alors se lier a l’exonucléase.
3- L’ADN mesapparié est enlevé.
Quelle est l’activité qui se produit à l’intérieur des doigts de la main de l’ADN ?
Lors d’un réappariement correct, les doigts se referment sur le dNTP.
Quels sont les effets de la fermeture des doigts sur les dNTP (2) ?
1 – Le rapprochement du nucléotide aux ions métalliques
2 L’augmentation de la vitesse de catalyse
Qu’est-ce qui empêche le dNTP de se réapparier avec une 2ᵉ base et comment ?
Les doigts vont faire une rotation de 90° entre la première et la deuxième base de la matrice : la courbure de la matrice.
Quelle est l’activité qui se produit à l’intérieur du pouce de la main de l’ADN (2) ?
– Le pouce maintient l’amorce et le site actif de la paume en position optimale.
– et permet de maintenir une association forte entre l’ADN polymérase et son substrat.
Donner un résumer des étapes du fonctionnement de la polymérase (main de l’ADN) (5).
1 – Le dNTP entre dans la main et s’apparie à la première base disponible de la matrice.
2- Un bon appariement va provoquer une fermeture des doits autours du dNTP sapparié.
3- La fermeture des doigts va placer les ions métallique en position qui permet de catalyser la formation de la nouvelle lisaion phosphodiester.
4- L’attachement du nucléotide (du DNTP) a l’amorce provoque l’ouverture des doigts et permet la jonction amorce:matrice d’avancer d’une paire de base.
5- L’ADN polymérase esr prête pour un nouveau cycle d’ajout de nucléotide sur l’amorce.
Si nous avons un fragment d’ADN (le brin mère), quelles sont les trois autres choses dont nous avons besoin pour le répliquer ?
1 – dNTP
2-ADN polymérase
3. Amorce
L’ADN polymérase est ____________, pourquoi ?
Processive, parce qu’elle peut ajouter plusieurs nucléotides consécutivement sans se détacher de l’ADN matrice (son substrat).
Quelle est l’étape limitante de la polymérisation ?
La liaison de la polymérase à sa jonction amorce:matrice.
C’est quoi la fourche de réplication ?
L’endroit où l’ADN passe de 1 ADN bicatenaire à 2 ADN icarternaires.
Vrai ou faux : les deux brins d’ADN sont répliqués simultanément ?
Vrai
C’est quoi et à quoi sert la primase ?
ARN polymérase qui fabrique des courtes amorces sur la matrice monocaténaire discontinue, pour avoir accès à des extrémités 3’-OH libres.
Comment on fait pour se débarrasser des amorces d’ARN générées par la primase ?
RNase H.
Elle dégrade les ARN appariés à l’ADN.
Est-ce que l’ARN apparié par la primase sur l’ADN est dégradé totalement par la RNase H ?
Non, elle peut juste cliver des liens ARN-ARN, alors le dernier ribonucléotide est enlevé par l’exonucléase 5’.
Une fois que l’ARN apparié par la primase sur l’ADN est dégradé totalement, comment remplissons -nous le trou ?
L’ADN polymérase remplit le trou et la césure est réparée par une ligase.
Quel type d’énergie utilisent les hélicases ?
L’ATP
Vrai ou faux : La polarité d’une hélicase est seulement dans la direction de la réplication ?
Faux, la polarité peut être soit en direction de la réplaictaion (5’-3’), soit 3’-5’.
À quoi servent les SSB ?
Des protéines liant l’ADN simple brin, après l’ouverture par l’hélicase, pour la stabiliser.
À quoi servent les topoisomérases ?
Des enzymes qui coupent l’ADN et font passer les brins dans la coupure pour éliminer le surenroulement positif généré par l’hélicase après la fourche de réplication.
Quelles sont les 5 protéines présentes dans la fourche de réplication en ordre d’utilité ?
1 L’hélicase
2 – Les SSB
3 La primase
4 – L’ADN polymérase
5 – Les topoisomérases
Combine y a-t-il de polymérases dans la réplictaion de l’ADN et les nommés ?
3
1- ADN polymérase α (alpha)
2- ADN polymérase δ (delta)
3- ADN polymérase ε (epsilon)
Quel est le rôle de l’ADN polymérase α (alpha) et sa processivité ?
L’initiation de la réplication est une processivité faible.
Quel est le rôle de l’ADN polymérase δ (delta) et sa processivité ?
Synthétiser le brin discontinu et à une processivité élevée.
Quel est le rôle de l’ADN polymérase ε (epsilon) et sa processivité ?
Synthétiser le brin continu et à une processivité élevée.
À quoi sert l’anneau coulissant ?
À augmenter la processivité de l’ADN polymérase.
Quel est le mécanisme d’action de l’anneau coulissant ?
L’ADN polymérase se détache souvent, alors l’anneau l’empêche de s’éloigner en étant fortement lié à l’ADN polymérase à cause de sa grande affinité.
De quoi est formé l’holoenzyme de la polymérase III (4) ?
1-2 noyaux de l’ADN Pol III
2 – 2 protéines T
3. Complexe Y (poseur d’anneau coulissant)
4 L’anneau coulissant
Quelles structures se trouvent dans le réplisome (3) ?
1 – L’ADN polymérase de l’holoenzyme
2 – l’hélicase
3 - La primase
Où se fait initialement la formation d’une fourche de réplication ?
Au niveau des séquences internes des chromosomes.
Comment se nomment les sites où débute la réplication ?
Origine de réplication.
Quelles sont les 2 composantes de l’initiation ?
1 – Le réplicateur
2 – L’initiateur
Quelles sont les 2 composantes du réplicateur ?
- Des séquences de fixation de l’initiateur
2 Des séquences facilement déroulées
C’est quoi l’initiateur ?
Une protéine qui reconnait une séquence du réplicateur.
C’est quoi les trois rôles des initiateurs ?
1 Se lient à l’ADN du réplicateur.
2 Dénature la région adjacente à son site de liaison
3. Recrutent des protéines nécessaires à l’initiation de la réplication.
Quels sont les deux évènements distincts de l’initiation de la réplication eucaryote ?
1- La sélection des réplicateurs
2- L’activation des origine de réplication
À quel moment et quoi se passe (2) pendant la sélection des réplicateurs ?
En G1
1 L’identification des séquences qui dirigent l’initiation
2 L’assemblage d’un complexe de protéines sur chaque réplicateur.
À quel moment et quoi se passe (2) pendant l’activation des origines de réplication ?
En S
Séparation des brins au réplicateur et recrutement des ADN polymérases.
À quel moment se passe la formation du préréplicatif et en quoi consiste-t-il (3) ?
Pendant la sélection des réplicateurs, G1.
1- reconnaissance du réplicateur par l’initiateur (ORC)
2- L’initiateur recrute 2 poseur d’hélicase
3- Ce complex recrute l’ADN polymérase
C’est quoi les télomères et quelles sortes de structures recrute quelle enzyme ?
Un télomère est une extrémité d’un chromosome qui contiennent les sdéquences répétées bicaténaires possèdent une extrémité monocaténaire 3’ qui recrute une polymérase appelée la télomérase.
C’est quoi la télomérase et comment fonctionne-t-elle ?
Une ADN polymérase qui n’a pas besoin de matrice exogène
Allonge l’extrémité 3’ du télomère à l’aide d’une ribonucléoprotéine, un bout d’ARN qui sert de matrice.
La TERT rétro-transcrit l’ARN en ADN.
Comment est régulée la longueur de la télomérase ?
Par des protéines liées à l’ADN double brin qui inhibent la télomérase.
Pourquoi ya-t-il formation de boucle-T aux extrémités des chromosomes ?
Pour permettre de garder intacte l’extrémité monocaténaire.
