Cours 11 - Cancer II et édition génique Flashcards

1
Q

Quelles sont les 2 manières utilisées par les virus pour manipuler le cycle cellulaire?

A
  • Induire le cycle cellulaire

- Inhiber les freins du cycle cellulaire

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2
Q

La protéine p53 active peut faire quoi? (3) Comment?

A
  • Arrêt du cycle cellulaire
  • Sénescence
  • Apoptose

Souvent, l’activité de p53 se fait en inhibant les CDK, ce qui empêche l’avancement du cycle cellulaire.

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3
Q

Les CKI sont-ils des suppresseurs de tumeurs ou des oncogènes?

A

Des suppresseurs de tumeurs.

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4
Q

Quel est le gène le plus souvent muté dans tous les cancers?

A

Le gène codant pour p53.

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5
Q

p53 est souvent ciblée par les virus pour avoir une plus grande prolifération. Quelle autre protéine est également souvent ciblée par les virus? Expliquer le rôle de cette protéine et comment les virus font pour l’inhiber.

A

La protéine Rb est un répresseur de traduction du gène EDEF impliqué dans la formation des protéines nécessaires pour le cycle cellulaire. Les virus comme le VPH vont produire une protéine qui vont séquestrer Rb et ainsi permettre l’initiation continue des cycles cellulaires.

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6
Q

Lorsque la voie Myc (importante dans la division cellulaire) est trop active, quelle protéine est produite pour mener à la mort cellulaire? Quel est son mécanisme?

A

Arf sera produit. Arf peut dissocier Mdm2 (une E3 ubiquitine-ligase) de p53 qui va diminuer la dégradation de p53 et en conserver un plus grand niveau, ce qui va permettre l’arrêt de la division cellulaire ou l’apoptose.

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7
Q

Qu’est-ce qu’est un oncosome?

A

C’est un exosome impliqué dans l’oncogenèse.

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8
Q

En quoi une mutation dans des protéines transmembranaires comme des RTK peut être avantageux dans des cancers?

A

Certaines mutations permettent l’activation constitutive de certains récepteurs transmembranaires comme des EGFR (récepteurs de facteurs de croissance) qui font croire à la cellule qu’il y a plein de facteurs de croissance = plus de croissance cellulaire.

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9
Q

Comment serait-il possible de transférer des protéines transmembranaires d’une cellule à l’autre?

A

Via les exosomes envoyés dans le stroma.

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10
Q

En quoi est-ce que les exosomes peuvent avoir un effet sur le développement de métastases?

A

Plus que le cancer avance, plus il y a d’EGFR dans le sang qui peuvent fusionner avec d’autres cellules et induire la formation de cancers.

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11
Q

La plupart des cellules qui se détachent de cancers ne peuvent pas s’installer ailleurs et faire une tumeur secondaire. Pourquoi?

A

Parce que ces cellules vont perdre leur adhésion cellulaire via les intégrines qui agissent comme un facteur anti-apoptique.

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12
Q

En quoi est-ce que les intégrines peuvent être considérés comme des facteurs anti-mort cellulaire?

A

Intégrines via peuvent recruter via la talin des facteurs de signalisation qui vont au bout de la ligne recruter des facteurs de signalisation semblables aux RTK comme Ras… Empêche la mort.

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13
Q

Expliquer l’importance des endoadhésomes pour la migration de cellules cancéreuses.

A

Les endoadhésomes sont des endosomes de signalisation qui incorporent des intégrines. Si la cellule quitte la tumeur primaire, on veut garder la voie de signalisation. Complexe intégrine-fibronectine endocytosé - vésicule avec de la fibronectine à l’intérieur! Lie les mêmes intégrines = mêmes voies de signalisation = pas d’apoptose.

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14
Q

Certains cancers ont plus de chance d’avoir des métastases dans des organes précis du corps. Pourquoi?

A

Exosomes avec des oncomirs qui peuvent affecter des cellules métastatiques, ce qui permet au cellules d’avoir de meilleures chances de s’implanter en rendant l’environnement encore plus propice à l’implantation.

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15
Q

Définir l’édition génomique.

A

Ablation, insertion ou modification précise d’ADN à l’aide d’outils moléculaires, souvent des protéines ou ARNs conçus artificiellement pour lier l’ADN combiné avec des nucléases.

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16
Q

Décrire la structure d’un motif doigt de zinc.

A

Dans chaque doigt de zinc : une hélice α et un feuillet β coordonnent un ion zinc. La coordination est faite par des résidus cystéine et histidine. Habituellement, plusieurs en tandem qui vont se loger dans le grand sillon d’ADN.

17
Q

Quel principe se cache derrière le fonctionnement des TALEs?

A

Les effecteurs des bactéries qui vont affecter l’ADN chez les plantes. Dans le noyau : reprogrammation transcriptionnelle de l’ADN de la plante pour avantager les bactéries.

18
Q

Quelles sont les 2 possibilités d’édition génomique avec les TALEs et les doigts de zinc?

A
  • Modification du transcriptome

- Modification de l’épigénome

19
Q

La plupart du temps, l’édition génomique est basée sur l’induction de bris d’ADN suivi par la réparation. Par quelles 2 méthodes? En utilisant quoi?

A
  • Jonction d’extrémités non-homologues
  • Réparation dirigée par homologie

Les méthodes utilisent quelque chose qui brise l’ADN et les mécanismes naturels qui réparent l’ADN.

20
Q

En quoi est-ce que occasionner des bris fréquents dans l’ADN est une bonne méthode pour l’édition génomique?

A

Bris d’ADN fréquents : éventuellement, erreurs, gruger quelques bases…

21
Q

Dans le cas où on veut une mutation dans un gène mitochondrial, qu’est-ce qui serait mieux d’utiliser comme technologie? Pourquoi?

A

Des ZFN (Zinc-finger nuclease) parce qu’il n’existe pas de moyen d’envoyer un ARN dans la mitochondrie (Cas9). Les ZFN étant uniquement composés d’une protéine, ça devient plus facile.

22
Q

Dans la nature, à quoi servent les protéines CRISPR? Expliquer son fonctionnement.

A

Ce sont des mécanismes de défense des bactéries contre les bactériophages.

Quand une bactérie est infectée par un bactériophage : la bactérie a des mécanismes pour cliver un petit morceau du bactériophage et l’insérer dans le locus CRISPR entre des séquences répétées. Une fois inséré : bactérie devient immune. Production d’un ARN avec le morceau de bactériophage.

Les ARNs produits par le CRISPR peuvent s’apparier avec l’ADN du bactériophage et la Cas9 est une nucléase qui va cliver cet ADN.

23
Q

De quoi est composé l’ARN guide du CRISPR?

A
  • Une partie palindromique qui lie le Cas9
  • Un protospacer variable
  • Une séquence PAM
  • Une partie correspondant au gène d’intérêt.
24
Q

Quelle est l’activité de la Cas9?

A

Endonucléolytique - coupure des 2 brins d’ADN.

25
Q

CRISPR Cas9 peut permettre l’ajout de domaines d’activation, de répression, de la GFP… Comment?

A

En inactivant la protéine Cas9.

26
Q

Quel est l’avantage d’utiliser le DNA Base Editing? Et quelles activités sont utilisées dans ces cas?

A

Permet d’avoir une mutation précise sans briser l’ADN sans avoir besoin de ‘‘gabarit’’ en utilisant une activité nickase qui coupe un seul brin et une activité déaminase.

27
Q

La Prime Editor Cas9 est une fusion avec une reverse transcriptase. En quoi son utilisation peut être avantageuse?

A

Dans le pegRNA (équivalent au gRNA), il y a une partie d’ARN qui va servir de gabarit pour une RT, ce qui va permettre l’insertion d’une section et/ou le changement de quelques nucléotides.