Cours 11: ARN Flashcards
quelle est la structure de l’ARN
Ribose en 2’ (OH)
Uracile au lieu de Thymine
Ribonucléotide monocaténaire avec appariement des bases intramoléculaire
structure secondaire et tertiaire plus complexes et variées (ex: ARNt structure secondaire en trèfle.)
que sont les bases modifiés et qu’est ce qu’elles confèrent à l’ARN
les bases modifiées sont des bases qui subissent un traitement chimique (ex: méthylation) et permet d’augmenter la diversité structurale au delà des 4 nucléotides de base.
ces bases modifiés peuvent déterminer liaison avec protéines ou autre ARN
Comment se forme la synthèse D’ADN
3’OH attaque le P alpha d’un NTP
Formation de liaison phosphodiester
Libération de PPi
pas contre, pas d’amorces
Procaryote vs Eucaryote début de transcription
Procaryote = élément sigma de l’ARN polymérase est indispensable à la reconnaissance au promoteur . un seul Opéron qui définit plusieurs gènes qui sont transcrit comme un tout souis la commande d’un promoteur commun
Eucaryote = reconnaissance au promoteur se fait grâce aux protéines facteur généraux de transcription
(chaque gène possède son propre promoteur en général
comment positionner ARN polymérase correctement pour la bactérie
Sigma (sous unité ARN Polymérase) lie séquence -35 et -10 du promoteur
quel sont les trois étapes d L’initiation de la transcription chez les eucaryotes et les expliquer
1) remodelage de la chromatine = commence quand les protéines du facteur de transcription reconnaissent site de liaison spécifique autour de la région promotrice du gène qui sera activé. Ensuite, ces protéines recrutent des complexes de remodelage de la chromatine qui l’ouvrent et exposent région promoteur
2) recrutement du médiateur
3) recrutement de l’ADN polymérase et des facteur généraux de transcription
Comment fonctionne le remodelage de la chromatine par rapport a sa structure
Les histones qui forment les nucléosomes one une Queue N-terminale avec des lysines qui peuvent être modifiées par acétylation ou méthylation.
Combien d’histones et de combien de type différents dans un nucléosome
8 histones de 4 types différents
= plusieurs combinaisons de modification qui forment un code de régulation = code des histones
la modification ___ des queue de lysines ferment la chromatine
la modification ___ des queue de lysines ouvrent la chromatine
méthylation lysines 9 27 de histone 3
méthylation lysine 4 de histone 3 ou acétylation lysines 9 de de Histone 3 et lysine 16 de histone 4
enzyme qui aide a décondenser la chromatine et comment elle fait
Histone acétyltransférase HAT . en ajoutant des groupements acétyles sur les queues de Lys. des HDAC histones désacétylase annulent la modification
EN GÉNÉRAL, acétylation des histones sur résidus lysine = décondensation chromatine = activation catalysé par HAT
Que fait le médiateur dans ll’initiation de la transcription
il est recruté au promoteur et il est responsable du recrutement de Pol II en réponse aux facteurs de transcription.
il assemble les complexe de préinitiation
en gros ce que médiateur amène au promoteur, c’est un complexe de l’ARN Polymérase avec plusieurs facteurs généraux. (ARN polymérase = Pol II)
qui sont les facteurs généraux
TFIIB
TFIID Lient tout deux plusieurs éléments du promoteurs
TFIID formé de TATA binding protein et TAF1
qui est TATA box d’ou elle vient
TFIID (facteur généraux) est composé de TBD (tata binding box) .
cette sous-unité lie la TATA box. cette liaison est essentielle afin d’alligner correctement ARN Polymérase (Pol II) au bon endroit , près du site d’initiation
Qui est TAF1 et d’ou il vient
TAF1 est une protéine sous-unité qui provient du facteur de transcription TFIID.
il peut : 1) Lier TBP (TATA Binding Protein)
2) Activité HAT (Histone acetyltransférase = décondense chromtatine)
3)Bromodomaine qui peut lier les lysines acétylés
4) activité kinase
5) Activité Monoubiquitine ligase de l’histone H1
Qui est TFIIH et d’ou il vient
Après que Pol II avec quelques facteurs généraux se soit liés au promoteur, TFIIH est recruté
il forme 1) bulle de transcription grace aux hélicase que TFIIH possède et active ARN Polymérase
2) dégagement du promoteur , L’ARN Polymérase dégage le promoteur l’hybride ARN-ADN atteint sa longeuur mature, la bulle avance de 5’ a 3’ au brin codant
3) mode élongation = transition mode initiation en mode élongation
A quoi sert TFIIS
Lorsque il y’a un ARN Mésapparié, il ressort du site actif à travers le canal ou rentre les ribonucléotides
TFIIS simule ARN Polymérase à retracher ARN , la transcription peut reprendre à l’extremité 3’ de l’ARN TRONQUÉ
Expliquer terminaison chez les procaryotes
on destabilise hybride ADN-ARN
1) séquence d’ADN, aprés leur transcriptin, rendent complexe d’élongation instable (boucle en épingle de cheveux)_
2) protéine particulière en jeu qui favorise dislocation du complexe d’élongation (Rho).
Rho lie des séquences libres de ribosomes dans l’ARNm. ces séquences sont riches en C pauvres en G et ne forment pas des structures secondaires.
grâce à quel enzyme on peut utiliser le lactose comme source d’énergie
grâce a la B-galactosidade . elle converti le lactose en glucose et en galactose
elle converti aussi le lactose en alloalctose (isomérisation)
enzyme inductible = présente en grande quantité de lactose.
que fait l’allolactose
il ajuste le répresseur lac, dont l’expression dépend du gène lacl.
lorsque beaucoup de lactose comme source de carbon = induction B-galactosidase== formation allolactose = binding to represseur lac I = transformation qui entraîne la dissociation du répresseur lac I de son site de liaison sur l’opérateur
cette inactivation du lac I permet à l’ARN polymérase de commencer à traanscrire l’opéron et d’induire l’expression des gènes
Quelle est la relation entre AMPc et CRP
qu’est ce que la liaison CRP à ADN fait
En absence de AMPc, CRP à une faible affinité avec l’ADN
En présende de AMPc , CRP à une grosse affinité avec l’ADN (s’y fixe)
CRP = Catabolyte activator protein)
la laison CRP-ADN permet d’accélérer initiation transcription par ARN Polymérase
quel est l’inhibiteur de l’AMPc pour la trancription ?
le glucose
Manière pour répresseurs d’agir (2)
1) empêcher ARN Polymérase d’atteindre le promoteur (site fixation du répresseur très proche du promoteur , plus d’espace pour ARN polymérase de contact avec promoteur)
2) inhibition des réactions d’initiation (ex: isomérisation ou empêche enzyme de quitter promoteur)
que sont les deux domaines des FT
1) un ou des domaines de fixation à l’ADN Spécifiques
2) Domaine qui module la transcription
(1 FT régule des milliers de gènes) (peuvent aussi réprimer les gènes)
que sont les éléments de réponse
c’est les sites de fixation initiale des FT qui vont recruter les médiateurs , les facteurs généraux et l’ARN Polymérase
Vrai ou FAUX: les éléments de réponses peuvent agir à distance du promoteur
Vrai , de plusieurs kilobases
comment les FT Sont régulés (3)
1) pas un autre FT
2) Par une modification post traductionnelle
3) par liaison d’hormone
que sont les amplificateurs et quels sont leur propriétés
c’est des séquences d’ADN qui augmentent la transcription et peuvent agit à distance du promoteur , soit en amont ou en aval (Comme protéines CRP)
Propriétés = plusieurs centaine de bps , plusieurs éléments de réponse, lient plusieurs FT, la liaison est coopérative
Corépresseurs et coactivateurs
Coactivateurs= (inclut remodelage de la chromatine) enlèvent effet répresseur des histones, modifient les histones
Corépresseurs = opposent les coactivateurs , modifient aussi la chromatine
Quels sont les trois type de remaniement qui font partie de la maturation de l’ARN ?
1) la soustraction de nucléotides aux transcrit primaires d’ARN
2) l’addition à ces derniers de séquences nucléotidiques non codées par le gène correspondant.
3) la modification covalente de certaines bases
Vrai ou faux: chez les procaryotes, la traduction débute avant même que la transcription finisse
Vrai
En quoi consiste la modification de l’extrémité 5’ du transcrit primaire de l’ARN
1) Phosphohydrolase = élimine groupe phosphate présent en 5’ = formation groupe 5’ Diphosphate
2) groupe diphosphate réagit avec GTP grâce à guanylyltransférase = Liaison 5’-5’ triphosphate = la coiffe
3) coiffe modifiée par méthylation de la nouvelle guanine
Quel est le rôle de la coiffe
1) vu que elle modifie l’extrémité 5’ car elle devient une liaison 5’-5’ , elle bloque donc cette extrémité 5’ et protège la molécule de l’action des 5’ endonucléase
la coiffe transforme aussi le précurseur d’ARNm en substrat pour d’autre enzyme de maturation (excision-épissage)
dans ARNm définitif, la coiffe= sert point d’ancrage aux ribosomes en vue de la synthèse protéique.
Nomme moi une autre modification importante en 3’
Pformation de queue Poly-A , lorsque ARN polymérase II transcrit séquence du signal de polyadénylation (AAUAAA) = ARN naissant est scindé = formation nouvelle extrémité 3’ servant d’amorce à l’addition d’une série d’adénosine par Poly-A polymérase. (réaction ATP Dépendante)
quelle est la différence entre les introns et les exons
introns = séquences qui sont excisés du transctit primaire d’ARN lors de l’épissage (qui sont donc absente de la molécule mature d’ARN.
exons = séquence présente à la fois dans le transcrit primaire ARN et dans la molécule d’ARN mature
que sont les spliceosome
complexe de 5 molécules ARN (snARN ,petit ARN)
besoins ATP pour le réarrangement du complexe mais pas besoin d’ATP pour les réaction de transesterification (découpage de l’intron, formation lasso etc.
U1 reconnait site d’épissage
que signifie l’épissage alternatif
signifie qu’on peut générer plusieurs protéines en partant de la même séquence. ( dépendant du tissus, 4 protéines différentes en supprimant un exon )
GÉNÈRE DIVERSITÉ , CONTRIBUE A ÉVOLUTION FORME COMIPLEXE DE LA VIE
quels sont les trois polymérase et à quoi elles servent
Pol I = Synthèse ARN Ribosomique
Pol II = synthèse ARNm
Pol III = Synthèse ARNt et ARNr 5S (TFIIC se lie aux boites A et B du promoteur = TFIIB qui arrive et recrute polymérase III
interaction avec TBP pendant le long
expliquer l’interférence ARN et les acteurs de cette interférence
inhibition de l’expression de l,ARNm par de petits ARN interférants
siRNA , miRNA , piRNA (ARN a simple brins)
fonctionnent comme des guides pour cibler ARN spécifiques
PRÉCURSEURS:
miRNA = épingle a cheveux
siRNA piRNA = ARN double brins
expliquer biogenèse et fonction de siRNA
voie d’interférence commence par ARN double brin (c’est le précurseur de siRNA)
'’Dicer’’ Catalyse conversion ARN double brin en siRNA
RISC choisit un brin de l’ARN double brin comme guide
RISC activité coupure de l’ARN cible
(siRNA binds to RISC)
différence miRNA et siRNA
siRNA = RISC Coupe les ARN cible
miRNA= RISC Inhibe leur traduction
