Cours 11: ARN

Question 1

quelle est la structure de l’ARN

Answer 1

Ribose en 2’ (OH)
Uracile au lieu de Thymine
Ribonucléotide monocaténaire avec appariement des bases intramoléculaire
structure secondaire et tertiaire plus complexes et variées (ex: ARNt structure secondaire en trèfle.)

Question 2

que sont les bases modifiés et qu’est ce qu’elles confèrent à l’ARN

Answer 2

les bases modifiées sont des bases qui subissent un traitement chimique (ex: méthylation) et permet d’augmenter la diversité structurale au delà des 4 nucléotides de base.

ces bases modifiés peuvent déterminer liaison avec protéines ou autre ARN

Question 3

Comment se forme la synthèse D’ADN

Answer 3

3’OH attaque le P alpha d’un NTP

Formation de liaison phosphodiester

Libération de PPi

pas contre, pas d’amorces

Question 4

Procaryote vs Eucaryote début de transcription

Answer 4

Procaryote = élément sigma de l’ARN polymérase est indispensable à la reconnaissance au promoteur . un seul Opéron qui définit plusieurs gènes qui sont transcrit comme un tout souis la commande d’un promoteur commun

Eucaryote = reconnaissance au promoteur se fait grâce aux protéines facteur généraux de transcription
(chaque gène possède son propre promoteur en général

Question 5

comment positionner ARN polymérase correctement pour la bactérie

Answer 5

Sigma (sous unité ARN Polymérase) lie séquence -35 et -10 du promoteur

Question 6

quel sont les trois étapes d L’initiation de la transcription chez les eucaryotes et les expliquer

Answer 6

1) remodelage de la chromatine = commence quand les protéines du facteur de transcription reconnaissent site de liaison spécifique autour de la région promotrice du gène qui sera activé. Ensuite, ces protéines recrutent des complexes de remodelage de la chromatine qui l’ouvrent et exposent région promoteur

2) recrutement du médiateur

3) recrutement de l’ADN polymérase et des facteur généraux de transcription

Question 7

Comment fonctionne le remodelage de la chromatine par rapport a sa structure

Answer 7

Les histones qui forment les nucléosomes one une Queue N-terminale avec des lysines qui peuvent être modifiées par acétylation ou méthylation.

Question 8

Combien d’histones et de combien de type différents dans un nucléosome

Answer 8

8 histones de 4 types différents

= plusieurs combinaisons de modification qui forment un code de régulation = code des histones

Question 9

la modification ___ des queue de lysines ferment la chromatine

la modification ___ des queue de lysines ouvrent la chromatine

Answer 9

méthylation lysines 9 27 de histone 3

méthylation lysine 4 de histone 3 ou acétylation lysines 9 de de Histone 3 et lysine 16 de histone 4

Question 10

enzyme qui aide a décondenser la chromatine et comment elle fait

Answer 10

Histone acétyltransférase HAT . en ajoutant des groupements acétyles sur les queues de Lys. des HDAC histones désacétylase annulent la modification

EN GÉNÉRAL, acétylation des histones sur résidus lysine = décondensation chromatine = activation catalysé par HAT

Question 11

Que fait le médiateur dans ll’initiation de la transcription

Answer 11

il est recruté au promoteur et il est responsable du recrutement de Pol II en réponse aux facteurs de transcription.

il assemble les complexe de préinitiation

en gros ce que médiateur amène au promoteur, c’est un complexe de l’ARN Polymérase avec plusieurs facteurs généraux. (ARN polymérase = Pol II)

Question 12

qui sont les facteurs généraux

Answer 12

TFIIB
TFIID Lient tout deux plusieurs éléments du promoteurs

TFIID formé de TATA binding protein et TAF1

Question 13

qui est TATA box d’ou elle vient

Answer 13

TFIID (facteur généraux) est composé de TBD (tata binding box) .

cette sous-unité lie la TATA box. cette liaison est essentielle afin d’alligner correctement ARN Polymérase (Pol II) au bon endroit , près du site d’initiation

Question 14

Qui est TAF1 et d’ou il vient

Answer 14

TAF1 est une protéine sous-unité qui provient du facteur de transcription TFIID.

il peut : 1) Lier TBP (TATA Binding Protein)
2) Activité HAT (Histone acetyltransférase = décondense chromtatine)
3)Bromodomaine qui peut lier les lysines acétylés
4) activité kinase
5) Activité Monoubiquitine ligase de l’histone H1

Question 15

Qui est TFIIH et d’ou il vient

Answer 15

Après que Pol II avec quelques facteurs généraux se soit liés au promoteur, TFIIH est recruté

il forme 1) bulle de transcription grace aux hélicase que TFIIH possède et active ARN Polymérase
2) dégagement du promoteur , L’ARN Polymérase dégage le promoteur l’hybride ARN-ADN atteint sa longeuur mature, la bulle avance de 5’ a 3’ au brin codant

          3) mode élongation = transition mode initiation en mode élongation

Question 16

A quoi sert TFIIS

Answer 16

Lorsque il y’a un ARN Mésapparié, il ressort du site actif à travers le canal ou rentre les ribonucléotides

TFIIS simule ARN Polymérase à retracher ARN , la transcription peut reprendre à l’extremité 3’ de l’ARN TRONQUÉ

Question 17

Expliquer terminaison chez les procaryotes

Answer 17

on destabilise hybride ADN-ARN

1) séquence d’ADN, aprés leur transcriptin, rendent complexe d’élongation instable (boucle en épingle de cheveux)_

2) protéine particulière en jeu qui favorise dislocation du complexe d’élongation (Rho).
Rho lie des séquences libres de ribosomes dans l’ARNm. ces séquences sont riches en C pauvres en G et ne forment pas des structures secondaires.

Question 18

grâce à quel enzyme on peut utiliser le lactose comme source d’énergie

Answer 18

grâce a la B-galactosidade . elle converti le lactose en glucose et en galactose

elle converti aussi le lactose en alloalctose (isomérisation)

enzyme inductible = présente en grande quantité de lactose.

Question 19

que fait l’allolactose

Answer 19

il ajuste le répresseur lac, dont l’expression dépend du gène lacl.

lorsque beaucoup de lactose comme source de carbon = induction B-galactosidase== formation allolactose = binding to represseur lac I = transformation qui entraîne la dissociation du répresseur lac I de son site de liaison sur l’opérateur

cette inactivation du lac I permet à l’ARN polymérase de commencer à traanscrire l’opéron et d’induire l’expression des gènes

Question 20

Quelle est la relation entre AMPc et CRP

qu’est ce que la liaison CRP à ADN fait

Answer 20

En absence de AMPc, CRP à une faible affinité avec l’ADN

En présende de AMPc , CRP à une grosse affinité avec l’ADN (s’y fixe)

CRP = Catabolyte activator protein)

la laison CRP-ADN permet d’accélérer initiation transcription par ARN Polymérase

Question 21

quel est l’inhibiteur de l’AMPc pour la trancription ?

Answer 21

le glucose

Question 22

Manière pour répresseurs d’agir (2)

Answer 22

1) empêcher ARN Polymérase d’atteindre le promoteur (site fixation du répresseur très proche du promoteur , plus d’espace pour ARN polymérase de contact avec promoteur)

2) inhibition des réactions d’initiation (ex: isomérisation ou empêche enzyme de quitter promoteur)

Question 23

que sont les deux domaines des FT

Answer 23

1) un ou des domaines de fixation à l’ADN Spécifiques

2) Domaine qui module la transcription
(1 FT régule des milliers de gènes) (peuvent aussi réprimer les gènes)

Question 24

que sont les éléments de réponse

Answer 24

c’est les sites de fixation initiale des FT qui vont recruter les médiateurs , les facteurs généraux et l’ARN Polymérase

Question 25

Vrai ou FAUX: les éléments de réponses peuvent agir à distance du promoteur

Answer 25

Vrai , de plusieurs kilobases

Question 26

comment les FT Sont régulés (3)

Answer 26

1) pas un autre FT
2) Par une modification post traductionnelle
3) par liaison d’hormone

Question 27

que sont les amplificateurs et quels sont leur propriétés

Answer 27

c’est des séquences d’ADN qui augmentent la transcription et peuvent agit à distance du promoteur , soit en amont ou en aval (Comme protéines CRP)

Propriétés = plusieurs centaine de bps , plusieurs éléments de réponse, lient plusieurs FT, la liaison est coopérative

Question 28

Corépresseurs et coactivateurs

Answer 28

Coactivateurs= (inclut remodelage de la chromatine) enlèvent effet répresseur des histones, modifient les histones

Corépresseurs = opposent les coactivateurs , modifient aussi la chromatine

Question 29

Quels sont les trois type de remaniement qui font partie de la maturation de l’ARN ?

Answer 29

1) la soustraction de nucléotides aux transcrit primaires d’ARN

2) l’addition à ces derniers de séquences nucléotidiques non codées par le gène correspondant.

3) la modification covalente de certaines bases

Question 30

Vrai ou faux: chez les procaryotes, la traduction débute avant même que la transcription finisse

Answer 30

Vrai

Question 31

En quoi consiste la modification de l’extrémité 5’ du transcrit primaire de l’ARN

Answer 31

1) Phosphohydrolase = élimine groupe phosphate présent en 5’ = formation groupe 5’ Diphosphate

2) groupe diphosphate réagit avec GTP grâce à guanylyltransférase = Liaison 5’-5’ triphosphate = la coiffe

3) coiffe modifiée par méthylation de la nouvelle guanine

Question 32

Quel est le rôle de la coiffe

Answer 32

1) vu que elle modifie l’extrémité 5’ car elle devient une liaison 5’-5’ , elle bloque donc cette extrémité 5’ et protège la molécule de l’action des 5’ endonucléase

la coiffe transforme aussi le précurseur d’ARNm en substrat pour d’autre enzyme de maturation (excision-épissage)

dans ARNm définitif, la coiffe= sert point d’ancrage aux ribosomes en vue de la synthèse protéique.

Question 33

Nomme moi une autre modification importante en 3’

Answer 33

Pformation de queue Poly-A , lorsque ARN polymérase II transcrit séquence du signal de polyadénylation (AAUAAA) = ARN naissant est scindé = formation nouvelle extrémité 3’ servant d’amorce à l’addition d’une série d’adénosine par Poly-A polymérase. (réaction ATP Dépendante)

Question 34

quelle est la différence entre les introns et les exons

Answer 34

introns = séquences qui sont excisés du transctit primaire d’ARN lors de l’épissage (qui sont donc absente de la molécule mature d’ARN.

exons = séquence présente à la fois dans le transcrit primaire ARN et dans la molécule d’ARN mature

Question 35

que sont les spliceosome

Answer 35

complexe de 5 molécules ARN (snARN ,petit ARN)

besoins ATP pour le réarrangement du complexe mais pas besoin d’ATP pour les réaction de transesterification (découpage de l’intron, formation lasso etc.

U1 reconnait site d’épissage

Question 36

que signifie l’épissage alternatif

Answer 36

signifie qu’on peut générer plusieurs protéines en partant de la même séquence. ( dépendant du tissus, 4 protéines différentes en supprimant un exon )

GÉNÈRE DIVERSITÉ , CONTRIBUE A ÉVOLUTION FORME COMIPLEXE DE LA VIE

Question 37

quels sont les trois polymérase et à quoi elles servent

Answer 37

Pol I = Synthèse ARN Ribosomique

Pol II = synthèse ARNm

Pol III = Synthèse ARNt et ARNr 5S (TFIIC se lie aux boites A et B du promoteur = TFIIB qui arrive et recrute polymérase III

interaction avec TBP pendant le long

Question 38

expliquer l’interférence ARN et les acteurs de cette interférence

Answer 38

inhibition de l’expression de l,ARNm par de petits ARN interférants

siRNA , miRNA , piRNA (ARN a simple brins)

fonctionnent comme des guides pour cibler ARN spécifiques

PRÉCURSEURS:
miRNA = épingle a cheveux

siRNA piRNA = ARN double brins

Question 39

expliquer biogenèse et fonction de siRNA

Answer 39

voie d’interférence commence par ARN double brin (c’est le précurseur de siRNA)

'’Dicer’’ Catalyse conversion ARN double brin en siRNA

RISC choisit un brin de l’ARN double brin comme guide

RISC activité coupure de l’ARN cible

(siRNA binds to RISC)

Question 40

différence miRNA et siRNA

Answer 40

siRNA = RISC Coupe les ARN cible

miRNA= RISC Inhibe leur traduction