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Ac Nucléique et Génétique-BCM 2502 Finals > Cour 4 HW- Contrôle de l'expression génique chez les eucaryotes > Flashcards

Cour 4 HW- Contrôle de l'expression génique chez les eucaryotes Flashcards

1
Q

Vrai ou Faux
Les régions décondensé sont transcriptionnellement active donc les euchromatines vont transcrire toute les chromatine décondensée

A

Faux
Ce n’est pas nécessairement toute la chromatine décondensé qui va être transcrite, cet état favorise la transcription mais n’Est pas suffisant pour l’expression des gènes

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2
Q

Quelles sont les 2 types d’hétérochromatine

A

-Constitutive
-Faculatative

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Q

Quelle type d’hétérochromatine existe dans tous les types de cellules

A

Hétérochromatine constitutive

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4
Q

Quelles sont les propriétés de l’hétérochromatine constitutive (2)

A
  • Présente peu ou pas d’expression génique en tout temps
    -Densité des gènes faibles
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5
Q

Nommer des exemple d’hétérochromatine constitutive (2)

A

Séquences répétées près des centromères
Régions télomériques

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6
Q

Où est-ce qu’on retrouve l’hétérochromatine falcultative (2)

A

Présente seulement dans certains types cellulaires
Ou à certaines stades de développement

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7
Q

Vrai ou Faux
L’hétérochromatine facultative inactive la transcription de blocs de chromosomes indéfinnement

A

Faux
Ces régions inactivées peuvent redevenir permissive à la transcription

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8
Q

Vrai ou Faux
L’ADN des régions actives en transcription est sous forme de chromatine décondensée

A

Vrai

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9
Q

L’ADN active est plus sensible à quoi

A

Aux protéines de transcription

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10
Q

Nommer des exemples de protéines de transcription (2)

A

ADNase 1
Nucléase

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11
Q

Qu’est-ce qu’un site d’hypersensibles

A

Des régions de chromatine où il y a absence de nucléosomes, ou à des régions ou ceux-ci sont déstabilisés

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12
Q

Vrai ou Faux
La machinerie transcriptionnelle et facteurs de transcriptions ont ainsi accès au promoteur d’un gène qui contient des hypersensibles

A

Vrai

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13
Q

Qu’est-ce que permet les sites d’hypersensibilité

A

Permet la liaison de facteurs de transcription

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14
Q

Vrai ou Faux
Les sites hypersensibles sont des régions discontinues de sensibilité

A

Faux
des régions ponctuelles de sensibilité

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15
Q

Après que les sites sont coupés par l’ADNase comment agit les facteurs de transcription

A

Les facteurs de transcription protègent l’ADN dans une région qui est flanqué de sites coupés par l’ADNase (footprinting)

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16
Q

Expliquer les étapes de la technique ChIP

A
  1. Pontage de la chromatine au formaldéhyde
  2. Après pontage, les protéines liées à leur région d’ADN sont purifiées par immuni-précipitation
    3.Chromatine pontée couplé incubée avec résine couplée à un anticorps d’intérêt
  3. Isolation des protéines et purification de l’ADN associé
  4. PCRq = Analyse ADN/ ChIP-seq= indetifie tous les sites de liaison à travers le génome
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17
Q

Vrai ou Faux
Il existe juste des sites proximaux au promoteurs

A

Faux
Il existe aussi des sites hypersensibles à l’ADNase 1 distants

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18
Q

Nommer un exemple d’élément distant qui peut faire partie des sites hypersensibles distant

A

Les sites hypersensible peuvent représenter des enhancers distaux, qui doivent être eux aussi liés par des protéines

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19
Q

Quel effet la chromatine et les nucléosomes induisent sur la transcription

A

un effet inhibiteur sur la transcription

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20
Q

Comment est-ce que l’inhibition intrinsèque d’accessibilité est causé

A

Il est causé par la chromatine

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21
Q

Comment rendre l’ADN accesible malgré l’inhibtion causé par la chromatine

A

À l’aide des complexes protéiques remodeleurs de la chromatine

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22
Q

Quel énergie utilisent les complexes protéiques remodeleurs

A

L’hydrolyse de l’ATP

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23
Q

Comment est régulé le recrutement des complexes de remodelage à l’ADN

A

Par des facteurs de liaisons à l’ADN ou des modifications d’histones

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24
Q

Nommer les 4 familles principales de complexes de remodelage

A
  • SWI/SNF
  • ISWI
  • CHD
  • INO80/SWR
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25
Q

Quels sont les propriétés communes de complexes de remodelage (4)

A
  • Affinité pour les nucléosomes et histones
  • Domaines protéiques qui reconnaissent histones modifiées
  • Domaine ATPase pour modules les contacts histones-ADN
  • Domaine ou sous-unités qui interagissent avec des facteurs de transcription, permet recrutement à des gènes spécifiques
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26
Q

Nommer des exemples de domaines protéiques reconnaissant des histones modifiées (2)

A

Bromodomaine (lysine acétylées)
Chromodomaine (lysines méthylées)

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27
Q

Vrai ou Faux
Les complexes remodeleur sont toujours des activateurs

A

Faux
Le déplacement d’une nucléosome peut aussi causer la réduction de l’accessibilité à un site de liaison de l’ADN en cachant une séquence dans un nucléosome

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28
Q

Nommer 3 méthodes de remodelage effectué par les complexes de remodeleur

A
  • Glissement des nucléosome
    -Éjection des nucléosomes
    -Remplacement d’histone
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29
Q

Nommer les deux familles de remodeleur qui effectuent une éjection du nucléosome

A

SWI/SNF et certain ISWI peuvent éjecter des dimères d’histones = cela peut mener à l’éviction complète du nucléosome

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30
Q

Vrai ou Faux
Les sites sans nucléosomes sont hypersensibles à l’ADNse 1

A

Vrai

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31
Q

Nommer la famille de remodeleur qui effetue un remplacement d’histone

A

Le SWR1 = qui remplace H2A par le variant H2AZ dans un promoteur pour augmenter le niveau de transcription

32
Q

Vrai ou Faux
Un nucléosome peut rester sans 1 ou 2 dimères de H2A/H2B

A

Faux
Sans 1 ou 2 dimères l’ADN sous-jacent est plus accessible, mais c’est un état transitoire. Ce n’est pas stable à long terme

33
Q

Nommer 4 ex de modification qui peuvent être apporter aux histones pour influencer la structure de la chromatine

A

-Phosphorylation (ph)
-Acétylation (ac)
-Méthylation (me)
-Ubiquitination (ub)

34
Q

Quelle est la cible des modification aux histones et sa structure

A
  • Surtout les extrémités N-terminales
  • Extrémités N-terminales sortent du nucléosome = pour faciliter l’accès aux enzymes de modification
35
Q

Vrai ou Faux
Les modifications épigénétiques de l’activité des gènes peuvent être transmises à la descendance cellulaire dans certains cas mais réversibles, et n’altèrent pas la séquence d’ADN

A

Vrai

36
Q

Quelle est la fonction de l’acétylation des histones et où est-ce qu’on peut le retrouver

A
  • Neutralise la charge + des lysines = décompaction de la chromatine
    -Associé à l’euchromatine et rarement dans l’hétérochromatine
37
Q

Vrai ou Faux
Toutes les lysines sont liés à la transcription/ condensation de la chromatine

A

Faux
ex: Lysine 56 acétylée lié à la réparation de l’ADN

38
Q

Comment nomme t-on les enzymes qui acétyles les lysines d’histones et ceux qui acétyles d’autres protéines

A

Histone:
-Acétyltransférases (HAT)
-Déacétylases (HDAC)
Protéine: Lysine
-Acétyltransférases
-Déacétylases

39
Q

Les modifications aux histones (ex: acétylation) dépendent de quel facteur

A

Les changements métaboliques influencent la capacité des cellules à opérer ces modifications (la génération d’Acétyl coA et NAD)

40
Q

Qu’est-ce qui favorise l’activation d’un gène

A

Le recrutement des HAT au promoteur des gènes par des enhancers ou éléments activateurs

41
Q

Expliquer comment la liasion de facteurs de transcription permet des modification à la chromatine

A

En rapprochant des enzymes de modification des histones au promoteur

42
Q

Comment est-ce que l’acétylation peut être reconnu par des domaines protéiques (ex: bromodomaine) et influencer l’expression de la chromatine

A

L’acétylation peut influencer l’expression/structure de la chromatine de façon indirecte = en faisant des interaction entre protéines et lysines acétylés via domaine spécifique

43
Q

Vrai ou Faux
Il y a peu de domaines protéiques qui peuvent lier les lysines acétylés dans les histones et ne font pas partie du complexe de remodelage

A

Faux
-Plusieurs type de domaines protéiques
-Les lysines acétylés font souvent partie de complexes de remodelage de la chromatine

44
Q

Quelle est la fonction des HDAC et sa compositon

A

-Recrutement au promoteur peut inactiver un gène
-Plusieurs complexes impliqués = multifonctionnels, s-u ayant des fonctions variées

45
Q

Quelle est la différence entre la méthylation et l’acétylation

A

une lysine méthylé va gardernsa charge + et n’influence pas directemenr la compaction

46
Q

Quelle est la fonction de la méthylation

A

Maintient de la charge + des arginines ou lysines dans le but d’infleuncer la fonction de la chromatine

47
Q

Quels sont les effets de l’activité de la méthylation des histones

A

Recuter des protéines à la chromatine pour activer ou inhiber la transcription selon le résidu

48
Q

Quel est le niveau de méthylation des lysines et arginines

A

Lysine:
-mono, di ou triméthylées
Arginine:
-mono, diméthylées

49
Q

Nommer les 2 enzymes qui ajoute des méthylation et 1 enzyme qui retire les méthylations

A

-PRMT = protéine arginine méthyltransférase
-KMT = lysine méthyltransférase
-KDM = lysine deméthylase

50
Q

Quelles sont les propriétés des domaines protéiques face aux méthylation des histones (3)

A
  • Plusieurs domaines protéiques peuvent lier les histones méthylées
    -Les domaines des différentes protéines ont leur spécificité propre
    -Le même marques peut potentiellement être liés par plusieurs domaines différentes
51
Q

Quelle est la protéine fortement associé à l’hétérochromatine et par quelle intéraction

A

La protéine HP1
-Interaction avec lysine 9 triméthylée de l’histone H3

52
Q

Quelle enzyme permet de méthyler les nucléosomes adjacents de l’hétérochromatine

A

La méthyltransférase SUV39H1 interagit avec HP1

53
Q

Expliquer la formation de l’hétérochromatine

A

C’est une réaction en chaine qui dépend de HP1 et de la SUV39H1 pour interagir avec la lysine 9 triméthylée. Dans le but de causer une propagation de l’hétérochromatine le long d’une région d’ADN

54
Q

Qu’est-ce qui peut bloquer la propagation de l’hétérochromatine

A

Par des isolateurs = Forme des boucles de chromatine qui restreint la propagation

55
Q

Vrai ou Faux
La condensation de la chromatine est initiée par la méthylation de H3K9 et la réaction en chaine qui suit

A

Vrai

56
Q

Quelle est la fonction du méthyltransférase SUVAR

A

Interagir avec HP1 et avec HDAC = réduction de l’acétylation de la chromatine et le remplacer par des triméthylation de H3K9

57
Q

Pourquoi on dit que la formation de l’hétérochromatine condensée implique l’oligomérisation d’HP1

A

HP1 interagit aussi avec d’autres HP1

58
Q

Quelle est la fonction de la phosphorylation et ses cibles (3)

A

-Rend une charge négative au résidus ciblés
-Sérine, thréonine, tyrosine

59
Q

Quels sont les 2 propriétés de la phosphorylation

A
  • Reconnue par plusieurs domaines protéiques
    -Catalysé par des kinases = transfèrent un groupe phosphate de l’ATP sur leurs substrats
60
Q

Quel effet que la phosphorylation peut avoir sur certains résidus

A

Certains résidus favorise l’acétylation ou la méthylation/ déméthylation d’autres résidus par différents mécanismes

61
Q

Comment est-ce que la phosphorylation explique l’existence du cross-talk

A

L’existence est démontré entre les modification d’histones qui ultimement influence les fonctions de la chromatine

62
Q

Sur quels principes repose le modèle du code d’histone

A

Le modèle repose sur l’existence de protéines d’écriture, effacement, et lecture des modifications d’histones

63
Q

Pourquoi est-ce que le code d’histone est considéré comme complexe

A

-Certaines modification peuvent en influencer, ainsi, plusieurs modifications, grand nombre de protéines = cross-talks possibles sont donc très nombreux

64
Q

Quel est l’utilité du code d’histone

A

Il permet d’utiliser différemment le matériel génétique dans divers types cellulaires

65
Q

Vrai ou Faux
Le code d’histones ne permet pas de répondre à divers stimuli: horomones, stress, …

A

Faux
permet aussi de répondre à divers stimuli

66
Q

Quelle est la cible de la méthylation de l’ADN

A

Cible le carbone en position 5 de la cytosine dans l’ADN

67
Q

Quelle enzyme catalyse la méthylation de l’ADN

A

DNMT (de novo méthyl transférase)

68
Q

Quelle protéine catalyse la déméthylation de l’ADN

A

Des protéines TET

69
Q

Quelle est la différence de stabilité entre la méthylation de l’ADN et de l’histone

A

Méthylation de l’ADN généralement assez stable et beaucoup plus stable que les modification aux histones

70
Q

Sur quel site se produit la méthylation de la cytosine

A

Souvent à des sites CG (CpG pour C-phosphate-G)

71
Q

Comment on appelle des régions qui contiennent plusieurs répétitions CpG

A

Ilots CpG = généralement pas méthylés et sont souvent dans les promoteurs des gènes actifs

72
Q

Vrai ou Faux
La méthylation de l’ADN est souvent associé à la répression transcriptionnelle

A

Vrai

73
Q

L’activité du DMNT dépend de quel facteur

A

Le mécanisme qui cible les enzymes DNMT peut dépendre de leur interaction avec des complexes multifonctions

74
Q

Nommer 2 manières que la méthylation de l’ADN peut mener à la répression transcriptionnelle

A

-Protéine MBD (méthyl binding domaine) reconnu par méthylation
-Ilots CPG méthylé = empêche la liaison de facteurs de transcription à son élément de réponse

75
Q

Explique comme la reconnaissance de la méthylation par les protéines MBD réprime la transcription

A

La reconnaissance par les protéines MBD permet le recrutement de d’autres complexes enzymatique qui réprime la transcription

Ac Nucléique et Génétique-BCM 2502 Finals (4 decks)

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