Compléments du cours 11 Flashcards
Description Arn messager
inclut toute les informations spécifiant la séquence des acides aminés d’une protéine
En terme de masse, quel ARN est le plus abondant?
ARN ribosomal (80/90%)
Différencie arn codant de non-codant
Codant : porte l’info pour déterminer la séquence d’une protéine
Non-codant: ne codent pas pour des protéines et leur fonction est directement accomplie par l’ARN
nomme deux arn non codant les plus importants
ARN ribosomal
ARN de transfert
Ils jouent un rôle dans la traduction
En terme de nombre de molécule, quel ARN est le plus nombreux
ARN t
Niomme les caractéristiques de la structure de l’ArN
ribose au lieu de desoxyribose (donc 2’ OH)
U au lieu de T
Monocaténaire
Appariement des bases intramoléculaire (s’attache à lui mm)
Régions appariées plus courtes
Plusieurs bases modifiées
Quelle est la forme de l’ARN de transfert
Forme de treffle
Quelles modifications on voit fréquemment sur les bases des nucléotides de l’ARNt?
Méthylation des bases (ajout d’un CH3 sur un des N du nucléotide)
Pseudo-uridylation (liaison glycosidique entre ribose et N de la base change passe de N-glycosidique à C-glycosidique) ex: conversion d’uridine en pseudouridine
À l’origine, des polymères d’…. formaient les premiers organismes vivants et l’… et les … ont été ajoutés après
ARN
ADN et les protéines
Donne exemple de ribozyme et ses caractéristiques
Ribozyme: Rnase P (qui joue un rôle dans la matiration de l’ArNt en catalysant) et ribosome
Les ribozymes sont des ARN doués d’activité enzymatique (spécificité du substrat, non modifié par la rx, accélèrent les rx)
Nomme les ARN qui participe au transfert d’info génétique de l’ADN aux protéines
ARN de transfert : apporte les acides aminés à la machinerie de traduction
ARN ribosomique: occupe la plus grande partie du riboseome
ARN messager: séquence complémentaire à un des brins d’ADN qui est traduit au niveau des ribosomes en protéines
Qui est ce qui cataluse la synthèse de l’ArN et sous quelle forme est libérée l’ARN nouvellement synthétisé?
ARN polymérase
Libéré sous la forme d’une molécule simple brine excepté une petite hélice ARNADN de 8-9 nucléotides
Combien de sous-unités dans l’ARN polymérase bactérienne et a quoi ressemble la structure de l’arn pol?
5, une pince de crabe
Explique les étapes de la synthèse d’ARN
3 OH’ attaque le P alpha d’un nucléotide
formation de liaison phosphodiester
Libération de PPi
Par contre pas besoin d’amorce !!!!
En quoi consiste le promoteur et qu’est ce qui le reconnait chez les bactérie et chez les eucaryotes
Promoteur=région de l’AdN ou s’amorce la transcription
Chez les bact: l’élément sigma de l’arn polymérase sert à reconnaitre le promoteur
chez les euca: facteurs généraux de transcription reconnaissent le promoteur
Def: PLusieurs gènes sont souvent transcrits comme un tout sous la commande d’un promoteur commun
Opéron (chez les bact seulement)
Vrai ou faux
Dans la cellule eucaryote, chaque gène possède en général son propre promoteur
vrai
Décrit les séquences promotrices chez e.coli
5’—-(-35 région=TTGACA)————–(-10 région=TATAAT)——(+1=N transcription start site)—3’
Quelle partie de l’Arn polymérase lie les séquences promotrices -35 et -10?
sous unité sigma
Explique pourquoi chez les eucaryotes l’ARN pol ne peut pas directement se lier aux séquences promotrices de l’AdN
- ADN beaucoup trop abondant
- ADN condensé en chromatine donc pas accessible
Explique les 3 étapes de l’initiation de la transcription chez les eucaryotes
- Remodelage de la chromatine
(facteurs de transcription spécifiques ne lient pas le promoteur, complexe de remodelage ouvre la chromatine)
- Recrutement du médiateur
- Recrutement de facteurs généraux de la transcription et de l’ARN polymérase
Comment on appelle les facteurs de transcription et que font-ils?
nommés pionniers recrutent des complexes de remodelage de la chromatine qui vont ouvrir la chromatine et exposer la région du promoteur.
Explique l’action du complexe de remodelage
Contient une ATPase de la superfamille SNF2
Catalyse le glissement ou le déroulement de nucléosomes, l’éviction des histones ou l’échange des histones
Le remodelage de la chromatine implique la modification des queues … des histones
N-terminales
Le code des histones détermine la conformation ouverte ou fermée de la chromatine, explique des types de modification chez les histones
Parmi les modifications qui ferment la chromatine et donc servent à la répression des gènes: méthylation des lysines 9 et 27 de la H3
(H3K9me2)
(H3K27me3)
Parmi les modifications qui servent à l’activation de la chromatine : méthylation de la lysine 4 de la H3, acétylation des lysines 9 de H3 et acétylation de la lysine 16 de H4.
(H3K4me3)
(H3K9ac)
(H4K16ac)
Les histone acétyltransférases (HAT) aident à …. la chromatine en ajoutant des groupement …. sur la chaîne latérale des … . Des histones désacétylases (HDAC) … cette modification.
Décondenser
Acétyles
Lysines
Annulent
Explique la liaison des différents éléments nécessaires au début de la transcription
Assemblage des amplificateurs(enhancers) avec les activateurs(facteurs de transcription) avec le groupe médiateur avec les facteurs généraux sur le promoteur pour lier l’ARN pol2
Quel facteur général de l’ARN pol 2 a un rôle similaire au facteur sigma chez les bact
TFIIB est similaire aux facteurs sigma bactériens.
Explique le rôle du médiateur
Médiateur est recruté au promoteur. C’est en fait le Médiateur qui recrute les facteur généraux et l’ARN polymérase. Le Médiateur fait des contacts avec les facteurs de transcription, la chromatine modifiée et les facteurs généraux.
Comment on nomme les facteurs généraux de la pol 2
À noter que l’ARN polymérase qui synthétise l’ARN messager est nommé pol II. En conséquence, les facteurs généraux de la pol II portent tous le chiffre romain II.
Les FG son identifiés avec des lettres, alors nous avons TFIIA jusqu’au TFIl-I. Les mieux étudiés sont: TFIID et TFIIH.
Quels éléments du promoteur TfIIB lie
les éléments BRE
Quelle sous-unité de TFIID lie le TATA box?
TBP (TATAbindingprotein)
POurquoi la reconnaissance du promoteur nécessite autant de liaisons avec les facteurs généraux?
Parce que un gène donné peut contenir plusieurs éléments promoteurs mais pas tout (on a donc besoin de tous les facteurs généraux pour etre sure de reconnaitre les éléments promoteurs
Quel facteur général est un complexe protéique et quelles sont ses deux sous-unités importantes ?
TFIID (sous-unités = TBP (tata binding protein) et TAF1)
Explique les rôles de TAF1 et dit elle fait partie de quel facteur généraux
1- lier TBP, 2- activité HAT, 3- Bromodomaine qui peut lier les lysines acétylées (des histones modifiées par exemple) 4- activité kinase et 5- Activité monoubiquitine ligase de l’histone H1.
Elle fait partie de TFIID
À quel moment le facteur TFIIH est recruté?
Une fois la pol II avec quelques facteurs généraux liés au promoteur
TFIIH est important pour deux étapes de l’initiation via des activités catalytiques importantes explique les!
a) Formation de la bulle de transcription: TFIIH possède des hélicases qui déroulent l’ADN et permettent la formation de la bulle de transcription et l’activation de l’ARN polymérase: L’activité kinase de la sous-unité CDK7 de TFIIH sur la sérine 5 du domaine C terminal (CTD) de la sous-unité RBP1 génère la forme active de la pol II. Cette forme active fait par contre des transcriptions abortives (tri-nucléotides).
b) Dégagement du promoteur, l’ARN polymérase dégage le promoteur, l’hybride ARN-ADN atteint sa longueur mature (10 ntds) et la bulle de transcription avance (direction 5’-3’ par rapport au brin codant)
c) Mode élongation: Recrutement de la kinase CDK9 pour phosphoryler le CTD en sérine 2 et le recrutement du facteur d’élongation TEFb. La phosphorylation en sérine 2 du CTD change la pol II du mode d’initiation au mode d’élongation.
Le domaine …. de mammifères contient 52 pseudorépétitions de la séquence YSPTSPS
C-terminal
Résume les différents acteurs de la transcription chez les eubactéries, archea et eucaryotes
Eubactéries : le facteur sigma aide l’ARN polymérase à lier le promoteur. Un élément enhancer est généralement proximal au promoteur de base, et est occupé par un ou quelques activateurs.
Archea: Les facteurs généraux (TBP, TFB et TFE) substituent le facteur sigma. Plusieurs enhancers agissent en amont du promoteur pour recruter l’ARN polymérase et les facteurs généraux.
Eucaryotes: Les facteurs généraux augmentent en nombre. Plusieurs activateurs lient des enhancers qui peuvent être éloignés du promoteur de base. Le complexe médiateur aide les activateurs à recruter l’ARN polymérase et les facteurs généraux.
