CM2 - Prévention, diagnostic et antibiotiques #1 Flashcards
Quelles sont les 4 grandes classes traditionnelles des microorganismes?
- Bactéries
- Virus
- Mycoses (champignons)
- Parasites
Caractéristiques de la nomenclature des microorganismes
- genre (commence par majuscule)
- espèce (commence par minuscule)
- italique ou souligné
- spp. -> species
- virus (parfois en latin, parfois non)
Différentes classifications des bactéries
Forme: cocci, bâtonnet, spiralée
Affinité tinctoriale: gram +, gram -
Atmosphère incubation: anaérobie facultative, anaérobie stricte, aérobie stricte
Différence entre les bactéries gram + et gram -
Gram +: membrane cellulaire > paroi épaisse de peptidoglycane
Gram -: membrane cellulaire > espace périplasmatique > paroi fine de peptidoglycane > espace périplasmatique > membrane externe
Paroi cellulaire des bactéries gram + et gram -
Gram +
> couche épaisse de peptidoglycane (/) résistance)
> acide lipoteichoïque (polysaccharides)
Gram - > couche mine de peptidoglycane > porines > lipopolysaccharides (LPS) > protéines
Utilités de la coloration de gram
- permet de détecter bactéries dans un échantillon clinique
- aide à l’identification d’une bactérie présente dans un bouillon d’enrichissement ou une bouteille d’hémoculture
- aide à l’identification d’une bactérie capable de croître sur des milieux de laboratoire (ex.: gélose au sang de mouton)
Étapes pour gram sur échantillon ou bouillon
- Déposer échantillon sur lame de microscope
- Laisser sécher
- Fixer à la chaleur
- Recouvrir lame de gouttes de violet de cristal (30-60 secondes), puis rincer à l’eau courante
- Recouvrir lame de gouttes de lugol (iode) (30-60 secondes), puis rincer à l’eau courante
> formation de complexes violet de cristal-iode - Décolorer lame avec gouttes d’acétone-alcool (1-5 secondes), puis rincer à l’eau courante
> Gram + retiennent violet de cristal - Contre-coloration avec gouttes de safranine (30-60 secondes)
- Examen microscopique à immersion (1000x)
Limites de la coloration de gram
- en faible qté, coloration de gram pourrait être négative
- certaines bactéries non-visibles à la coloration de gram (Chlamydia trachomatis, Mycobacterium tuberculosis, Treponema palidum, Mycoplasma pneumoniae)
Bactéries cocci gram + (3)
Staphylococcus (amas)
Streptococcus (chaînes, sauf S. pneumoniae -> paires)
Enterococcus (chaînes)
Bactéries cocci gram - (3)
Neisseria meningitidis
Neisseria gonorrhoeae
Neisseria spp.
Moraxella catarrhalis
Où retrouve-t-on les espèces de Neisseria non-pathogènes le plus souvent?
Sur les muqueuses
Bactéries bâtonnets gram + (sporulés)
Bacillus spp.
Clostridium spp. (anaérobie)
Bactéries bâtonnets gram + (lettres chinoises)
Corynebacterium spp.
Bactéries bâtonnets gram + (longs et minces)
Listeria monocytogenes
Lactobacillus spp.
Erysipelothrix spp.
Bactéries bâtonnets gram + (embranchés)
Nocardia spp.
Actinomyces spp.
Par quoi peuvent être détruites les spores?
Stérilisation, eau de javel et peroxyde d’hydrogène
Espèces de bacillus (2)
Bacillus anthracis (anthrax) Bacillus cereus (intoxication alimentaire) Bacillus spp. (flore normale de la peau)
Espèces de clostridium (4)
Clostridium difficile (colite, diarrhée) Clostridium perfringens (gangrène gazeuse) Clostridium botulinum (botulisme) Clostridium tetani (tetanos) Clostridium spp. (flore normale du colon)
Bactéries bâtonnets gram - (entérobactéries) (7)
Escherichia coli Klebsiella pneumoniae Proteus mirabilis Salmonella spp. Shigella spp. Yersinia enterocolitica Enterobacter spp.
Bactéries bâtonnets gram - (autres) (7)
Haemophilus influenzae (type B -> méningite) Pseudomonas aeruginosa Campylobacter spp. Vibrio cholerae Pasteurella multocida Bordetella pertusis Bacteroides fragilis (anaérobie)
Comment faire pousser les bactéries anaérobies strictes?
Remplacer O2 par azote
Bactéries anaérobies strictes (3)
Clostridium spp. (bâtonnet gram +) Bacteroides fragilis (bâtonnet gram -) Streptococcus anaerobius (cocci gram +)
Bactéries anaérobies facultatives
Entérobactéries Streptocoques B-hémolytiques (groupe A, B, C et G) Streptococcus viridans Bacillus anthracis Enterococcus spp. Staphylococcus spp.
Pratiques de base pour la prévention des infections
- Hygiène des mains avec solutions hydroalcooliques ou eau/savon
- avant de toucher au patient
- avant intervention aseptique
- après risque de contact avec liquide biologique
- après tout contact avec patient ou son environnement - Hygiène respiratoire
- tousser dans son coude
- porter masque si Sx respiratoires - EPI au besoin
- gants, blouses, protection du visage - Utilisation des objets tranchants
Précautions de contact
- pratiques de base
- gants et jacquettes
Ex.: SARM, virus endogènes, C. difficile, gastro-entérites…
Précautions respiratoires
- gouttelettes >5 microns (1 mètre)
- masque de procédure + protection oculaire
- chambre individuelle
Ex.: COVID-19, infections invasives à Streptococcus pyogenes, influenza/autres virus respiratoires, méningite…
Précautions aériennes
- particules <5 microns
- masque N-95
- chambre à pression négative
- chambre individuelle avec salle de bain
Ex.: COVID-19?, TB, VZV, rougeole, MRSI (maladie respiratoire sévère infectieuse)
Quand le médecin doit-il prescrire des hémocultures?
- fièvre avec signes d’atteinte systémique sévères (atteinte état général, frissons solennels, tension artérielle basse…)
- lorsque certains diagnostics graves sont évoqués (méningite, endocardite, infection rénale, pneumonie avec dyspnée…)
- fièvre chez femme enceinte et immunosupprimé (cancer, VIH+, greffé)
- fièvre ou hypothermie chez personne âgée
Combien d’hémocultures le médecin prescrit-il en général?
2 hémocultures:
- 2 bouteilles aérobies
- 2 boutilles anaérobies
> 40 mL de sang au total
Étapes de prélèvement d’une hémoculture
- Laver ses mains
- Nettoyer peau du patient avec alcool
- Nettoyer bouchons des 2 bouteilles d’hémoculture
- Mettre garrot
- Mettre gants
- Désinfecter peau du patient avec chlorhexidine
- Ponctionner veine
- Déposer environ 10mL de sang dans chaque bouteille
- Retirer garrot et aiguille
- Enlever gants
- Laver ses mains
Quand se fait le 2e prélèvement?
15-20 minutes plus tard
Pourquoi prélever 2 hémocultures (40mL de sang)?
- plus le volume de sang est grand, plus la probabilité de trouver la bactérie dans le sang est haute
- risque coût-bénéfice devient moins intéressant après 40mL
Quand prescrire > 2 hémocultures?
Endocardite subaiguë (germe en général peu virulent, patient non-instable):
- 3 hémocultures en 30-60 minutes
- prélever 2 autres hémocultures si la première série est négative après 24h
Pourquoi prélever en “2 temps”?
- Évaluer contamination cutanée
- isolement d’une bactérie peu pathogène et reconnue comme colonisant la peau dans une seule hémoculture sera interprété par le MD comme un contaminant - Évaluer caractère continu de la bactériémie
- si S. aureus dans 1/2 hémocultures, bactériémie continue peu probable, et 2/2 -> plus probable
- plus le délai entre les 2 hémocultures est grand, plus la probablilité de bactériémie continue est grande
Pourquoi une bouteille aérobie et une anaérobie?
- volume de sang idéal/hémoculture = 20mL
- ration bouillon:sang/bouteille = 10mL
- littérature montre que 10mL (aé) + 10mL (ana) = meilleur recouvrement des bactéries
> à cause des anaérobies (augmentation légère)
> meilleure croissance de certaines bactéries aérobies dans les bouteilles anaéroboies (principale raison)
Comment sont traitées les hémocultures au laboratoire?
- bouteilles déposées dans un appareil qui maintient la température à 37C et qui brasse bouteilles de façon continue
- appareil détecte présence de croissance bactérienne grâce aux métabolites générés par les bactéries dans les bouteilles
- coloration de Gram sur liquide de la bouteille d’hémoculture + et ensemence milieux de culture (géloses) -> identifier bactérie impliquée et procéder à antibiogramme
Est-ce important de savoir quelles bouteilles sont +?
Non
- > S. epidermidis dans les 2 bouteilles n’est pas plus significatif que s’il était retrouvé dans une seule bouteille (contaminant probable)
- > même si on retrouve bactérie gram - seulement dans la bouteille anaérobie, probabilité demeure élevée que c’est une bactérie aérobie
Interprétation des résultats: bactériémie ou contaminant?
1. Pathogène ou colonisant de la peau? Jamais considéré comme contaminants: - S. aureus - Pneumocoque - Entérocoque - S. pyogenes (groupe A) - E. coli - Pseudomonas aeruginosa - Candida
- # d’hémocultures positives?
- > si même germe isolé dans les 2 hémocultures prélevés à 20 min. d’intervalle, il s’agit probablement d’une bactériémie
- > si germe isolé dans 1 ou 2 hémocultures ET que germe est un représentant de la flore normale de la peau, il s’agit probablement d’un contaminant (S. à coagulase négative, Corynebactérium spp, Bacillus spp.)
- # d’heures d’incubation?
- > bactériémie: hémocultures + en <24h
- > hémocultures incubées max. 5 jours avant de conclure qu’elles sont négatives
- Lien entre site de l’infection et germe identifié est plausible?
- > plausible: présence de Neisseria meningitidis pour patient hospitalisé pour méningite
- > peu plausible: présence de Streptococcus viridans pour enfant hospitalisé pour méningite
Quels agents infectieux pourraient croitre après 24h?
- bactéries anaérobies
- levures
- certaines bacétires aérobies fastidieuses (ex.: HACEK)
Quand évoquer une infection de cathéter vasculaire?
Présence de 2/2 hémocultures positives à un germe de la flore normale de la peau:
- Staphylococcus à coagulase négative
- Corynebacterium spp.
- Bacillus spp.
Quand est-ce qu’une bactériémie sera qualifiée de nosocomiale?
- Survient >48h après l’arrivée de l’hôpital
2. Attribuable à une condition infectieuse qui n’était pas présente à l’arrivée de l’hôpital
Combien coûte une hémoculture?
15.20$/série (1 bouteille aé et 1 bouteille ana)
Comment faire le diagnostic de diarrhée à Clostridioides difficile (Cd)?
Recherche de toxines dans les selles non-formées:
> test rapide EIA
> recherche de toxine sur culture cellulaire
> recherche de toxine par TAAN
Technique peu utilisée au Québec: culture toxigénique de Cd
Qu’est-ce que la technique EIA?
Ag GDH: positif
Toxine: positif
Ag GDH: positif
Toxine: négatif
» recherche toxine par culture cellulaire
Ag GDH: négatif
Toxine: négatif
Coût: 18.70$
Qu’est-ce que la technique de recherche de toxines de Cd par culture cellulaire?
- plus sensible que le test rapide EIA
- résultat final après 24h
Coût: 35.00$
Qu’est-ce que la technique de recherche de toxines de Cd par TAAN?
- plus sensible que test rapide EIA et culture cellulaire
- risque de traiter des porteurs sains de souches toxinogènes
- de plus en plus de laboratoires utilisent cette méthode
Qu’est-ce que la culture toxigénique de Cd?
- gélose CCFA
- besoin de plusieurs jours
- besoin d’identifier la bactérie
- besoin de faire culture cellulaire pour prouver que la souche produit de la toxine
- long, coûteux et peu utilisé hors de la recherche
On peut faire la recherche de pseudomembranes pour le diagnostic de Cd. Décrire les caractéristiques de cette technique.
- examen assez rapide (colonoscope)
- examen très spécifique (diagnostic différentiel est très limité)
- examen peu sensible (plupart des patients n’ont PAS de pseudomembranes car c’est associé à des formes plus sévères)
Quels autres agents infectieux peuvent causer la diarrhée?
Bactéries entéropathogènes:
- Salmonella
- Shigella
- Yersinia enterocolitica
- E. coli
- Campylobacter
Virus
- Norovirus (diarrhée épidémique)
- Rotavirus (enfants surtout)
Parasites
- au Québec, Giardiase surtout
Quels sont les 2 types d’examen d’urines?
- Analyse d’urine (laboratoire de biochimie)
2. Culture d’urine (laboratoire de microbiologie)
Différence entre prélèvement pour culture d’urine et pour Neisseria gonorrhoeae et Chlamydia trachomatis
Pour gono/chlamydia = début de jet
Pour culture d’urine = mi-jet
Principes de la culture d’urine
- urètre distal n’est pas stérile
- urine est normalement stérile
- pour faire différence entre colonie qui proviennent de l’urètre et celles qui proviennent de la vessie: mi-jet, culture quantitative (>10^8 UFC/L)
Qu’est-ce que la technique de prélèvement d’urine par mi-jet?
- débuter la miction dans la toilette
- au milieu de la miction, uriner dans le pot stérile
- terminer la miction dans la toilette
Comment faire la culture d’urine?
Gélose au sang et gélose MacConkey incubées à 37C jusqu’au lendemain matin
Différence entre gélose au sang et gélose MacConkey
gélose MacConkey -> surtout bâtonnets -
Préparation pour antibiogramme si:
> 100 colonies sur gélose au sang
>100 colonies sur gélose MacConkey
Combien de temps prend la culture d’urine?
48-72h
Comment expliquer inflammation avec culture d’urine négative?
- culture faite après début des antibiotiques
- inflammation vient d’ailleurs que l’urine (urètre, prostate…)
- inflammation causée par microorganisme non-cultivable
Principaux agents responsables des infections urinaires (6)
E. coli Proteus mirabilis Klebsiella pneumoniae Enterococcus spp. Staphylococcus saprophyticus Pseudomonas aeruginosa
Comparer les symptômes d’une infection urinaire basse VS haute
Infection urinaire basse:
- brulûres mictionnels
- hématurie macroscopique
- urgence mictionnelle
Infection urinaire haute:
- symptômes précédents
- douleur loge lombaire
- fièvre
- leucocytose
Combien coûte l’analyse et la culture d’urine?
Analyse: 1.70$
Culture: 7.40$
Caractéristiques de la péniciline
Classe: B-lactamines Voies d'administration: - orale - intraveineuse - intramusculaire (benzathine)
Mécanisme d’action des B-lactamines
Empêche formation de peptidoglycane
Bactéries productrices de B-lactamases
Staphylococcus aureus (pas SARM) 35% Haemophilus influenzae Plupart des Moraxella catarrhalis Tous les Klebsiella pneumoniae 30% E. coli
> P. mirabilis
Anaérobies (B. fragilis, Clostridium spp. autres que C. difficile)
Antiobiotiques contre bactéries productrices de B-lactamases
- Antibiotiques qui résistent aux B-lactamases
- cloxacilline/oxacilline/méthicilline
- céfazoline - Inhibiteurs de B-lactamases
- acide clavulanique
- tazobactam
Effets secondaires des B-lactamines
Allergie (fièvre et/ou éruption)
Néphrite interstitielle
Gastro-intestinal (diarrhée, nausée, colite à Cd)
Surinfection à Candida
Qu’est-ce qui est particulier avec le SARM?
Code pour des nouveaux PBP (penicillin-binding protein)
Antibiotique pour SARM
Vancomycine
Classe de vancomycine
Glycopeptide
Voies d’administration de vancomycine
Intraveineuse: pour infections autres que Cd
Orale: pour traitement de la diarrhée à Cd
» ne se rend pas dans le sang
Effets secondaires de la vancomycine IV
- réaction liée à la perfusion
- néphrotoxicité
- leucopénie
Concept de latence avec exemples de virus
HSV-1: stomato-gingivite -> feux sauvages
VZV: varicelle -> zona
EBV: mononucléose -> syndromes lymphoprolifératifs
CMV: mononucléose -> rétinite, colite, pneumonie, etc.
