CM2: microbio médicale partie 1 Flashcards
quels sont les trois étapes du traitement des échantillons?
pré analytique
analytique
post analytique
décrire étape pré analytique
test demandé par professionnel de la santé
échantillon prélevé et acheminé au labo
réception de l’échantillon au labo de microbiologie
qu’est-ce qui est important sur une requête de test?
identifier le patient!
dire si allergie pénicilline
identifier l’échantillon
décrire l’étape analytique
-étalement échantillon sur une lame microscopique (coloration de GRAM)
-étalement sur gélose mis dans des incubateurs à 37C (gélose=milieux nutritifs pour les bactéries)
nommer les principales gloses
-sang de mouton
-de chocolat
(les 2 très générales, voit bcp bactéries)
-macconkey
(plus sélective= inhibe GRAM+)
décrire l’atmosphère d’incubation
-étuve air ambiant (21% O2)
-étuve CO2
-tente anaérobique (permet croissance et survie des bactéries anaéorbies strictes)
trois test pouvant être fait à l’étape d’analyse
-hémolyse (rapide, voit bêta-gamma-alpha, peut dire si cocci, battonet, en amas etc../ donne beaucoup d’infos vite!)
-coagulase (regarde si coagulation)
-catalase (test rapide, si petite bulle le test est positif)
décrire étape post analytique
rapporte résultats
transmettre résultats
interpréter résultats
quand le médecin doit prescrire des hémocultures?
-patient présente fièvre avec signes d’atteintes systémiques sévères
-atteinte de l’état générale
-frissons intenses
-TA basse
ou si diagnostic graves évoqués
-méningite
-endocardite
combien d’hémocultures médecin prescrit?
en général 2 hémocultures
*chaque hémo= 2 bouteilles (1 aérobie, 1 anaérobe)
*chaque bouteille=10 ml
donc pour 2 hémocultures ont va collecter 4 bouteilles de sang
pourquoi on a besoin de prélever une bouteille aérobie et une autre anaérobie?
-volume idéal de sang par hémoculture= 20 mL
-ration bouillon/sang par bouteille= 10 mL
-si 10 mL ana et 10 ml a.= meilleur recouvrement de bactéries (meilleure croissance de certaines bactéries aérobies dans les bouteilles anaérobies)
pourquoi prélever 2 hémocultures (soit 40 mL de sang)
*probabilité de trouver la bactérie dans le sang dépend du volume de sang cultivé!!
-plus le volume est grand et plus la probabilité est haute
-risque cout bénéfice devient moins intéressant après 40 mL
-facteur le plus important pour trouver des bactéries dans le sang si elles sont présentes
dans quel contexte prescrire plus que 2 hémocultures?
-endocardite aigue (3 hémos en bas de 2h avant de commencer traitement)
-endocardite subaigue (germe peu virulent et patient non instable); 3 hémos en bas de 24h, si première série négative prélever 2 autres hémocultures après 24 h
pourquoi prélever en 2 temps?
éviter contamination cutanée
évaluer caractère continu de la bactériémie
décrire les étapes du traitement des hémocultures au laboratoire
-bouteilles hémocultures déposées dans appareil maitenant température à 37 et qui brasse bouteille de façon continue
-appareil détecte présence de croissance bactérienne grâce aux métabolites généré par les bactéries dans la bouteille
-coloration de gram sur le liquide de la bouteille d’hémoculture positive et ensemence des milieux de cultures (gélose)
=identifer bactérie et procédé à antibiogramme
important de savoir laquelle des 2 bouteilles est +?
pas vraiment…
s epidermisis dans les 2 bouteilles d’une hémoculture est pas plus significatif que s’il était seulement dans une bouteille (contaminant probable)
*même si trouve BGN seulement dans bouteille ana. probabilité demeure élevé qu’elle soit aérobe
le médecin doit analyser quels indices afin de savoir si il y a présence d’une bactériémie ou d’un contaminant?
-bactérie est reconnue comme pathogène colonisant la peau?
-nombre d’hémos positives (et non le nombre de bouteilles!); 1/2 vs 2/2
-après combien d’heures d’incubation appareil détecte croissance bactérienne?
-lien entre site infection et le germe identifié est plausible?
que veut dire être un contaminant?
la bactérie ne vient pas de la personne!!
quelle bactérie est un contaminant?
bacillus spp. (bacille gram +)
quelles bactéries peuvent être des contaminants?
staphylocoque à coagulase neg (gram + en amas)
strep groupe viridans (gram + en chaine)
quelles bactéries ne sont jamais des contaminants?
s aureus (gram + en amas)
s pneumoniae (gram + en pair)
strep pyogenens groupe A (gram + en chaine)
listeria monocytogenes (gram + bacille)
E coli (gram - bacille)
Candida albicans (levure)
cocci gram + en amas
staph
cocci gram + en chainettes
strep, entero, pneumocoque
cocci gram + en paires
pneumocoque
cocci gram - en paires
neisseria, moraxella
bâtonnets gram -
e coli, k. pneumoniae, pseudomonas, bacteroides fragilis
cocobaccile gram -
haemophilus influenzae
ba^tonnets gram +
listeria monocytogenes, clostridium spp, corynebacterium spp, bacillus spp.
si bactériémie, la majorité des hémocultures seront + en…
moins de 24h
(on incube les bouteilles d’hémocultures un maximum de 5 jours avant de conclure qu’elles sont négatives)
quels agents infectieux significatifs pourraient croitre après 24h?
bactéries anaérobes, levures, certaines bactéries fastidieuses (HACEK)
est-ce que lien est plausible si on trouve présence strep viridans dans une hémoculture d’un enfant hospitalisé pour une méningite?
non!
strep viridians ne cause pas de méningite
nommer des exemples de germe de la flore normale de la peau
staph coagulase neg, Corinne bacterium, bacillus
comment savoir si infection cathéter vasculaire?
si hémo 2/2 à germe de la flore normale de la peau
bactériemie communautaire est attribuable à?
infection acquise dans la communauté
-survient en bas de 48h après arrivée hôpital
bactériémie est qualifiée de nosocomiale si?
-condition infectieuse qui n’était pas présente à l’arrivée à l’hôpital
-survient plus de 48 heures après l’arrivée à l’hôpital
nommer 2 types d’examens de laboratoire pour échantillon urinaire
-analyse d’urine (labo de biochimie)
-culture d’urine (labo de microbio)
est-ce que l’urètre discale est stérile?
non!
mais l’urine est normalement stérile
comment faire différence entre croissance de bactéries provenant urètre et celles provenant vessie?
prélèvement mi jet
culture quantitative de bactéries (en haut de 10^8 UFC/L)
décrire l’étape pré analytique avec échantillon d’urine
-indication culture d’urine
-clinicien questionne si symptômes ou non
(présence de bactérie dans les urines sans symptômes associés nécessite très rarement un traitement)
décrire la technique de prélèvement mi jet pour femme
-écarter genoux
-dégager le méat urinaire avec mains préalablement nettoyée
-nettoyer région vulvaire en commençant au dessus du méat urinaire
-débuter miction dans toilette
-puis transférer pot stérile sous le jet urinaire
-terminer miciton dans toilette
décrire la technique de prélèvement mi jet pour homme
-rétracter prépuce si non circoncis
-avec mains préalablement nettoyer, nettoyer région méat urinaire
-miction dans toilettes
-puis transférer pot stérile sous le jet urinaire
-terminer miciton dans toilette
quel type de jet pour gonorrhée et chlam ?
début jet
(prélèvement requis pour TAAN)
quel type de jet pour culture d’urine?
mi jet
combien de mL pour une culture quantitative urinaire?
0.001 mL
**soit sur gélose au sang ou de Mackonkey; voir si plus de 100 colonies sur les géloses et si oui= préparation pour l’antibiogramme!
quelle quantité de bactériurie est significative?
en haut de 10^8 UFC/mL
-voies urines parfois en haut 10^5 UFC/L
est-ce que culture d’urine positive= automatiquement infection urinaire?
non!
si faible décompte urinaire: absence de croissance significative (ne veut pas dire que pas de bactéries mais juste dire pas beaucoup)
temps de réponse pour un antibiogramme?
48-72h
donc souvent commence à traiter avant d’avoir les résultats!
comment expliquer une inflammation avec une culture urine neg?
si culture faite après début anitbio
inflammation vient d’ailleurs que l’urine
inflammation causée par microorganisme non cultivable
nommer les principaux agents responsables infections urinaires
E coli (le plus!!!)
proteus mirabilis
klebsiella penumonae
enterococcus spp.
staphylococcus saprophiticus
symptômes infections urinaire basse
brulement micitonnels
hématurie macroscopique
urgence micitonnelle
symptômes infections urinaire haute
pareille que symptômes infection urinaire basse mais en plus;
douleur loge lombaire (punch rénal +)
fièvre
leucocytes
comment détecter pharyngite à step pyogenes
culture de gorge!
culture de gorge permet la recherche de… (si pas d’autres précisions)
strep bêta hémolytique A, C, G
quoi regarder quand examine gorge?
inflammation amygdales
pétéchies
sécrétions purulentes/exsudat
rôle du labo dans une culture de gorge?
enregistre demande analyse
ensemencement gélose sang de mouton
incubation 24h
examine gélose
absence de colonies bêta hémo = négatif
présence de colonies bêta hémo = typage de Lancefield (A, C, G)
culture gorge vs test rapide vs TAAN;
sensibilité
TAAN> culture > test rapide
culture gorge vs test rapide vs TAAN;
quels strep détecter
cutlure= ACG
test rapide=A
TAAN= A
culture gorge vs test rapide vs TAAN;
résultat après combien de temps?
test rapide= en 1 heures
TAAN= résultat rapide mais dépend du type de TAAN
culture= 24-48h
culture gorge vs test rapide vs TAAN;
antibiogramme
test rapide et TAAN= pas d’antibiogramme
culture= fait sur demande seulement (si patient allergique à la pénicilline)
culture gorge vs test rapide vs TAAN;
cout
TAAN> test rapide> culture
*encore une fois dépend du type de TAAN utilisé
qu’est-ce que la sérologie ASO?
anticorps antistreptolysine
-après infection SGA: produit Ac
-Ac détectable après 7-14 jours suite début des symptômes
-utile pour supporter un diagnostique de RAA
**ne pas faire si suspicion infection aigue à strep pyogènes
comment faire une culture de plaie de surface?
nettoyer plaie
peser sur les tissus au pourtour
prélever des sécrétions purulentes
culture de plaie de surface sera de type..
aérobe seulement
-faire coloration de gram
*Souvent infecté par les bactéries de la flore normale cutanée
avec gram; décrire résultat pour culture de plaie de surface
absence de polynucléaire
rare cellules squameuses
présence de bactéries
*on mesure la qualité d’un prélèvement de plaie par;
présence de polynucléaires (ne devrait pas en avoir si bien fait)
absence de cellules squameuses
décrie culture de pus profond
coloration gram
culture aérobe et anaérobe
(risque de contamination théoriquement moindre que pour une plaie de surface)
avec gram; décrire résultat pour culture de plaie profonde
présence polynucléaires
présence de bactéries
pas de cellules squameuses
que sont les liquides biologiques normalement stériles (LBNS)
liquide;
articulaire
péricardique
péritonéal
pleural
céphalo rachidien
coloration de gram avec LBNS
présence neutrophiles
beaucoup bactéries (réponse rapide)
sensibilité faible à modérée (on pourrait ne pas voir la bactérie)
culture LBNS
aérobie
anaérobies
même dans bouteilles d’hémocultures
on rapporte tout!
comment diagnostiquer c difficile
selles non formées
recherches de toxines
-test rapide EIA
-recherche du gène de la toxine par TAAN (donc on ne cherche pas la toxine mais si la bactérie à le gène pour sécréter la toxines)
décrie la technique EIA
GDH (Ag)= sensible mais non spécifique
toxine=spécifique mais non sensible
GDH +
toxine +
conclue que…
positif
GHD +
toxine -
indéterminée (TAAN)
GDH -
TOXINES -
négatif
TAAN détecte quoi?
détecte le gène de la toxine et non la toxine
-donc peut être trop sensible?
-risque traiter porteur sains de souches toxinogènes
-de plus en plus de labos utilisent cette méthode
-algorithme diagnostique souvent nécessaire
GHD vs EIA (toxine) vs TAAN;
sensibilité
TAAN= élevé
GDH= élevé
EIA/toxines= faible/modérée
GHD vs EIA (toxine)vs TAAN;
spécificité
TAAN=faible-modérée
GDH=faible
EIA/toxines= modéré/élevé
GHD vs EIA(toxine) vs TAAN;
substance détectée
TAAN=gène de la toxine C diff
GDH=Ag commun pour C diff (toxigénique ou non)
EIA= toxines libres de C diff
qu’est-ce que la recherche de pseudomembranes pour c diff?
-assez rapide (colonoscope)
-très spécifique (DD très limité)
-peu sensible (plupart des patients n’auront pas de pseudomembranes, associée à des formes plus sévères)
quelles autres bactéries peuvent causer la diarrhée?
bactéries entéropathogènes;
salmonella
shigella
yersinia enterocolita
e coli
campylobacter
quels virus causent diarrhée
norovirus (épidémique)
rotavirus (enfant)
quel parasite peut causer diarrhée?
giardase surtout
pratiques de bases pour la prévention des infections
hygiènes des mains
hygiène respiratoire
EPI (gants, blousons, protection visage)
utilisation et dispositon adéquate des objets tranchants
quand se laver les mains?
avant de toucher patient
avant intervention aseptique
après risque de contact avec liquide biologique
après tout contact avec son patient ou son environnement
SARM: transmission
contact direct et indirect
quelle protection pour transmission par contact ?
pratiques de base+ gants et jaquettes
donner exemples de bactéries qui se transmettent par contact
SARM
ERV
C.diff
quelle protection pour transmission par goutelettes?
2 mètres
masques + protection occulaire (surtout si risque de toux, éclaboussures, projection de goutelettes de sang)
*influenza (se transmet aussi par contact)
quelle protection transmission aérienne?
plus que 2 mètres
N95
aussi précautions additionnelles contacts (gants et jaquettes)
exemple bactéries transmission aérienne?
rougeole
covid 19
TB
VZV (Dans les poumons)
décrire principe d’une chambre à pression négative
-risque de transmission aérienne
-empêche pathogène d’aller infection d’autres personnes à l’étage (filtre HEPA)
**rougeole
une chambre à pression += pour protéger le patient
décrire le mécanisme d’action des bêta lactames
*structure bactérie;
possède paroi cellulaire avec peptidoglycan
-NAG et NAM de manière alternée
-grâce à PBP, phénomène de transpeptidation soit lier les chaines de peptides (sur les NAM) ensembles
-lien solide (paroi celluliare plus forte)
-penicilline ressemble aux chaines de tri peptides
-PBP se lie par accident aux bêta blactames vu la ressemblance et reste dans PBP pour toujours
-bactérie finit par mourir car PBP deviennent inactif et donc la paroi cellulaire devient de plus en plus faible
classe pénicilline
bêta lactamines
catégorie pénicilline
pénicillines
voies d’administration pénicilline
orale (V)
intraveineuse (G)
intramusculaire (benzathine)
spectre pénicillines
strep bêta hémo (A,B,C et G)
-strep penumoniae (maj)
-strep groupe viridans (Maj)
-strep anaérobes (maj)
-treponema pallidum (maj)
-bactéries anaérobes de la flore ORL (plusieurs)
spectre ampicilline
comme pénicilline mais en plus;
enterococcus faecalis
listeria monocytogenes
certains entérobactéries (e.coli, salmonelle, shigella, proteus)
haemophilus influenzae non producteur de bêta lactamase
ne couvre pas;
treponema pallidum
quelles bactéries produisent des bêta lactamases (donc résistant bêta lactamine)
staph aureus
35% haemophilus influenzae
plupart moraxella catarrhalis
tous les klebsiella pneumoniae
30% des E.coli
solutions pour prévenir la résistance aux bêta lactames?
-antibiotiques résistant aux bêta lactamases
(cloxacillines, oxacillines, méthicillines, céfazoline)
-inhibiteurs de bêta lactamases (acide clavulanique et tazobactam)
mécanisme d’action cloxacillines
chaine plus grande qui ne peut rentrer dans les bêta lactamase (donc y résiste)
spectre PIPTAZO
comme péniclline;
ajout:
-staph aureus non SARM (produit pénicillinase)
-e coli, k pneumoniae, p mirabilis (produisent bêta lactamases)
-plusieurs autres entérobactéries (produisent bêta lactamases)
-haemophilus influenzae (produisent bêta lactamases)
-mortadella catarrhalis (produisent bêta lactamases)
-pseudomonas aeruginosa
-anaérobies (b. fragilis, clostridum sp auters que Cd): (produisent bêta lactamases)
perte:
listeria monocytogenes
effets secondaires bêta lactamines
allergie (fièvre ou éruption)
néphrite interstitielle
gastro intestinal (diarrhée, nausée, colite C diff)
surinfection candida
