Chapitre 6 - Bactériophage Flashcards
1
Q
Quels sont les composantes principales du virus?
A
Tête ou capside de forme isocahédrale
Cou ou collier
Queue (pour les Caudovirales)
Fibre caudales (seulement certain)
2
Q
Où se retrouve le génome viral?
A
Dans la tête
3
Q
Qu’est-ce qui permet au virus de reconnaître les bactéries?
A
Leur queue et s’il en ont leurs fibres caudales.
4
Q
À quel moment le génome phasique est-il éjecté hors de la tête?
A
Un fois que l’absorption du phage est réussi
5
Q
Vrai ou faux, la taille des génomes des virus est sensiblement la même?
A
Faux, la taille de leur génome varie autant sinon plus que leur taille.
6
Q
Quel type de phage possède une queue?
A
Les Caudovirales
7
Q
Sur quel caractère est basée la classification des phases?
A
Sur la nature de leur acide nucléiques et de leur stucture
8
Q
Les Caudovirales représentent quelle portion de la population de phage et quelles sont leurs caractéristiques?
A
- 95%
- Génome d’ADN double brin et possèdent une queue
9
Q
Existe-t’il une autre classification que les ordres?
A
Oui, les Caudovirales sont aussi divisé en famille selon la morphologie de leur queue.
10
Q
Quels sont les types d’acides nucléiques possible pour les phases?
A
- ADN ou ARN
- Simple ou double brin
11
Q
Quels sont les 3 résultats possible lorsqu’un virus rencontre une bactérie?
A
- Absolument rien pcq la bactérie est résistante ou le virus ne la reconnaît pas
- Le virus infecte la bactérie et insère sont ADN dans le génome de la bactérie
- Le virus infecte la bactérie et détourne son métabolisme pour produire des virions
12
Q
Quels sont les mécanismes de résistances de la bactérie face au virus?
A
- Prévention de l’absorption
- Prévention de l’entré de l’ADN
- Coupure de l’ADN phasique
- Avortement de l’infection
13
Q
Comment fonctionne la prévention de l’absorption?
A
La bactérie bloque l’accès au récepteur du phage, elle peut produire une matrice extra-cellulaire, elle peut excréter des inhibiteurs compétitifs ou muter le récepteur.
14
Q
Par quel système, la bactérie prévient l’entré de l’ADN dans la cellule?
A
Les systèmes Sie
15
Q
Comment fonctionne la coupure d’ADN phagique?
A
2 méthodes:
- À l’aide d’un système de restriction-modification
- Système CRISPR/Cas
16
Q
Comment fonctionne le système Abi, qui produit l’avortement de l’infection?
A
Ce sont des protéines anti-virale qui ciblent une étape critique de la fabrication des phage qui induisent ce système. Au final, la bactérie meurt toujours, mais elle protège les cellules non infecté.
17
Q
Quels sont les étapes du cycle lysogénique?
A
- Attachement du phage à la surface de la bactérie (nécessite reconnaissance cellule-phage)
- Pénétration de l’acide nucléique du phage dans la bactérie
- Insertion du prophage dans l’ADN bactérien
- L’ADN du phage est répliqué en même temps que le génome bactérien
- Sous certaine condition le prophage sera excisé et le cycle lytique s’enclenchera
18
Q
Quels sont les étapes différentes du cycle lytique?
A
- Le virus détourne les système de la bactérie pour induire sa reproduction
- La cellule est l’user pour permettre au virion d’infecter d’autres cellule
19
Q
Combien de phage sont produit lors d’un cycle lytique?
A
Environ 100
20
Q
Quels sont les rôles environnementaux des phages?
A
- Contrôle des populations microbiennes
- Contrôle de certains pathogènes spécifiques
- Contrôle des cyanobactéries marines
- Interactions avec les chaînes alimentaires
- Interaction avec les cycle biogéochimique
- Amplification de la diversité génétique par transfert horizontale de gène
21
Q
Comment les phages influencent les populations microbiennes?
A
Ils tuent quotidiennement 25% des bactéries.
Ils sont très actifs et efficaces
Les bactéries et le virus coévolue toujours pour contrer les effets de l’autre.
22
Q
Quelle serait la principale conséquence si les phages ne contrôleraient pas la population bactérienne?
A
Déséquilibre des écosystèmes
23
Q
Comment les phages contrôle les pathogènes?
A
Dans certaine situation, on dirige les phages vers certains pathogène comme Pseudomonas plecoglossicida en aquaculture pour les arrêter.
24
Q
Comment les phages influencent-ils les cyanobactéries?
A
L’ADN de plusieurs cyanophages continent 2 gènes essentiels à la photosynthèse. C’est deux gènes sont exprimé lors de l’infection. La production du gène est proportionnel à l’activité photosynthétique.
25
La lyse de plusieurs cellules bactérienne simultanément apporte quelle conséquence?
Apporte le relâchement de beaucoup de matière organique dans l'environnement, tel que le carbone. Donc, cela affecte les cycle biogéochimique.
26
Comment les phages favorisent le transfert horizontales des gènes?
Lors de son cycle lytique, une partie du génome de l'hôte est incorporé dans la capside. Lorsque ce phage infecte une autre bactérie, il lui transfert des gènes de l'autre bactérie.
27
Quels gènes des bactéries sont souvent aussi associé aux prophage?
Les gènes reliés à la virulence.
28
Quels sont les autres utilisations ou problèmes causés par les phages?
1. Thérapie
2. Appliquation industrielle
3. Diagnostic
5. Biologie moléculaire
29
Qu'est-ce que la thérapie par les phages?
C'est l'utilisation des phages pour contrer les infections bactériennes.
30
Quels sont les avantages de la thérapie par les phages?
Grande spécificité assure que seulement les cellules bactériennes seront affectées. L'action est très rapide. Aucune conséquence sur la flore normale. Pas d'effet sur les cellules eucaryotes. Ne nécessite pas une grande dose. Capable de traiter les bactéries résistantes aux antibiotiques.
31
Quels sont les désavantages de la thérapie par les phages?
Les phages sont très spécifique, on doit connaître la bactérie ciblée. Effets secondaires suite à la lyse des bactéries. Les bactéries peuvent devenir résistante. Diffuse moins bien dans le corps.
32
Quels sont les applications des phages en industrie?
Négatifs:
Amène des pertes importantes pour l'industrie laitière
Positifs:
Utiliser pour contrer Listeria monocytogenes à la surface des carcasse d'animaux
33
Qu'est ce que le diagnostique à l'aide de phage?
Si nous détectons la présence d'un phage, c'est que son hôte est présent. Les phages peuvent donc servire d'indicateur.
34
Qu'est ce que la lysotypie et pourquoi peut-on en faire?
La lysotypie est l'identification de bactérie à l'aide de phage. Nous pouvons le faire, car certains bactériophages sont capables d'infecter toutes les espèces d'un même genre.
35
Qu'est-ce que les phages ont permis avec la biologie moléculaire?
Ils ont permis de découvrir que c'est l'ADN qui contient l'information génétique.
Le premier génome séquencé était un phage
Apparition de la méthode phage display
36
Qu'est ce que la méthode phage display?
Le phage M13 est utilisé comme vecteur de clonage et comme vecteur d'expression. Le gène cloné est exprimé sur la surface du bactériophage. On peut donc bâtir une banque de phage M13 pour connaître tous les clones viraux capables de se fixer à une molécule ou un structure particulière.
37
Comment se fait la métagénomique des phages?
De la même façon que les bactéries, sur une population enrichie et purifié.
38
Quelles sont les méthodes d'isolement de phages?
1. Approche physique
| 2. Approche biologique
39
Comment fonctionne l'approche physique?
On filtre l'échantillon avec un filtre sans enrichissement et on obtient une suspension concentrée de virus.
40
Comment fonctionne l'approche biologique.
Les échantillons sont collectés
Ils sont enrichient à l'aide de leur bactérie hôte
Ils sont mis en évidence sur gélose à l'aide de plage de lyse. (Par striation ou dilution)
41
Comment les phages sont-ils caractérisé?
Il faut faire leur analyse en microscopie électronique (taille et morphologie), déterminer la diversité de ses hôtes potentielles et faire l'analyse de son génome
42
Quels sont les étapes nécessaires pour obtenir une culture pure?
L'échantillonnage
L'enrichissement
L'isolement
La caractérisation
43
Quels sont les deux objectifs possible de l'échantillonage?
Obtenir une culture pure ou connaître la diversité de genre et d'espèce présente.
44
Quelle étape est essentielle lorsque l'on veut obtenir une culture pure?
L'enrichissement
45
Qu'est-ce qui nous empêche de bien comprendre comment les MO vivent et communique ensemble?
La culture sous estime les comptes réels
46
Quels sont les 3 aspects généraux de la vie microbienne que cible les études microbiologique?
- La structure de la communauté microbienne
- L'abondance des espèces
- Les activités
47
Qu'est-ce qui a permis de faire des modifications substantielles des méthodes traditionnels?
Les nouvelles connaissances relatives au stress engendrés par le processus d'échantillonnage.
48
Quel est le soucis principal de tout principe d'échantillonnage?
Obtenir un échantillon représentatif de la densité et de la diversité de l'environnement échantillonné.
49
Quel est la condition essentielle à des données analytiques solides?
La qualité des échantillons
50
La sélection des sites et des méthodes d'échantillonnage doit être bâtie en fonction de quoi?
Des hypothèses et les objectifs du travail
51
Qu'est-ce qui conduit à la plus grande proportion d'erreurs dans les études?
L'échantillonnage
52
Vrai ou faux, l'échantillonnage permet d'isoler la totalité des microorganismes de l'environnement.
Faux, l'échantillon est un sous-ensemble de la population cible totale.
53
La puissance des résultats dépend de quoi?
Du plan d'échantillonnage et de la robustesse statistique
54
Qu'est-ce que des échantillons représentatifs?
La moyenne, l'écart-type, la distribution des données de la diversité des espèces doivent être similaire à ce qui serait obtenu si tout l'environnement étudié était analysé.
55
Qu'est-ce qui garantie une estimation non biaisé et un représentativité statistique?
Une prise des échantillons alléatoire.
56
Qu'est-ce qui doit absolument être éviter los de la prise d'échantillon?
La contamination des échantillons par des organismes exogènes.
57
Quels sont les deux conditions qui doivent être respectés pour obtenir de bon échantillons avant l'analyse?
- Le nombre de mo ne doit pas être affecté
| - La viabilité des mo ne doit pas être affecté
58
Quels sont les trois paramètres à prendre en considération avant l'échantillonnage?
Le site
Les procédures
Les méthodes de mesure
59
Quels sont les deux types d'échantillons qu'il ne faut absolument pas oublier pour donner de la crédibilité aux résultats?
L'échantillon blanc : préparer au laboratoire, mais non échantillonner, devrait donner une valeur nulle
L'échantillon de contrôle: pris lions du site d'échantillonnage et sert de comparaison.
60
En fonction de quoi sont choisi les méthodes de mesures?
Paramètres analytique ou mo recherchée en fonction des niveaux attendus.
61
En quoi consiste essentiellement les méthodes d'échantillonnage de l'eau?
Le prélèvement d'un volume connu à une profondeur connue à l'aide d'un contenant stérile.
62
Que doit-on faire si la présence de chlore est suspectée dans l'échantillon?
Ajouté du thiosulfurique.
63
Que doit-on faire si la présence de cuivre ou de zinc est supecté?
Ajouté du sel de sodium d'EDTA.
64
Quel est le délai maximum possible entre l'échantillonnage de l'eau et l'analyse?
24H
65
À quel température les échantillons d'eau doivent être conservé?
10 degré ou moins.
66
Qu'est-ce qu'un échantillon homogène?
Un échantillon où l'intégrité est conservée
67
Comment doivent être prélever des échantillons de sol homogène?
Avec des instruments propres et stérile et ils doivent êtres mis dans les contenants d'acier stérile.
68
Pour un échantillon homogène, quel délai peut s'écouler avant l'analyse? Après se délai que doit on faire au échantillon si on veut les analyser?
48 à 72 heures. Les mettre a 4 degré et en aérobiose
69
Qu'est ce qu'un échantillon hétérogène?
C'est un échantillon où l'intégrité n'est pas nécessaire. Les échantillons prient à différents niveaux peuvent être mélanger.
70
Comment doit-on conserver les échantillons si les analyses se font immédiatement après l'échantillonnage?
Il faut garder les échantillons à la même température que le sol.
71
S'il y a une longue période qui s'écoule avant l'analyse des échantillon de sol homogène, comment doit-on conserver les échantillons?
À 4 degrés
72
Que doit-on faire avec les échantillons lorsque les échantillons sont pris pour de l'analyse des acides nucléiques?
Congélation rapide à très basse température.
73
Quels sont les caractéristiques particulières des l'échantillonnage de l'air?
Les organismes sont présent en faible quantité, il faut donc les concentré avant de les détecter et ce type d'échantillonnage est le plus stressant.
74
Quels sont les 4 approches d'échantillonnage de l'air?
1. Impaction inertielle/ impacteurs
2. Barboteur
3. Impaction par centrifugation
4. Filtration
75
Qu'est-ce que l'impaction inertielle?
C'est le dépôt d'une particule qui a dévié du flot d'écoulement de l'air à cause de la force d'inertie.
76
Comment fonctionne les barboteurs?
Il fonctionne grâce à l'impaction inertielle dans un liquide.
77
Dans quel type de liquide les échantillons sont recueillie?
- Eau saline
- Solution tamponés
- Bouillon de culture
78
Où s'impacte les aérosols dans un impacteur à centrifugation?
Sur les parois.
79
Quels sont les 4 méthodes d'échantillonnage des surfaces?
1. Écouvillonnage
2. Éponges et tissus
3. Gélose contact
4. Échantillonnage globe juice
80
Quels sont les conséquences d'un échantillonnage mal prélevé ou manipulé dans le domaine alimentaire?
Les résulats seront invalide
81
Que permet l'approche à deux classes?
Qualifier les unités d'échantillonnage comme acceptable ou non acceptable.
82
Que permet l'échantionnage à trois classes?
Permet de classer les aliment en trois niveaux.
83
Que représente n?
Nombre d'échantillon
84
Que représente m?
La concentration acceptable de mo.
85
Que représente M?
Concentration inacceptable de mo.
86
Que représente c?
Nombre maximal permis d'unité de concentration m.
87
Quels sont les conditions essentielles à respecter pour le prélèvement des échantillons alimentaires?
Respecter les règles d'asepsie et ne pas modifier la flore dans le produit
88
Que doit faire le transport des échantillons?
1) Maximiser l'efficacité de récupération des microorganismes
2) Minimiser les impacts du transport sur les propriétés de l'échantillon
89
Quel est le rôle de l'enrichissement?
Débalancer la population bactérienne en avantageant la bactérie recherchée.
90
Quelles sont les méthodes d'enrichissement possible?
1. Biophysique
2. Biochimiques
3. Biologique
91
Quels sont les moyens d'enrichissement biophysique?
- Température d'incubation basses
- Température d'incubation élevées
- Traitement à haute températures
- Dessication
- Motilité
- Filtration
- Lumière
- Traitement divers
92
Quels sont les moyens d'enrichissement biochimique?
PH
Substances inhibitrices
Milieux pauvre en nutriments
Substrat particulier
93
À quoi fait appel l'enrichissement biologique?
Le parasitisme et la symbiose
94
À quel moment pouvons nous utiliser la ressucitation?
Lorsque les bactéries sont viables, mais non cultivable
95
Comment ce fait la ressucitation?
En milieu liquide non-sélectif ce qui permet à la bactérie de retrouver son intégrité avant de passer en milieu d'isolement.
96
Est-ce que l'obtention de colonies isolé est signe de pureté?
Pas nécessairement, car les colonies isolé peuvent provenir d'agrégats de cellules aussi bien que de cellules isolées.
97
Qu'est-ce qui permet de choisir ou non un milieu de culture pour l'isolement?
L'état de stress des cellules
L'existence d'un milieu sélectif
La dominance ou non ce la bactérie recherchée.
98
Quels sont les trois désavantages qui existe pour la méthode de dilution agitation?
Les bactéries doivent résistés a une température de 45 degrés
Les colonies sont dans la gélose
Il faut bien choisir le gaz pour bulle
99
Dans quelle circonstance la dilution limite en milieu liquide est utilisé?
Lorsque les bactéries sont incapable de croître en milieu solide.
100
Qu'est-ce qui est extrêmement important lors de l'utilisation de la dilution limite?
La bactérie recherché doit être majoritaire.
101
Pour quelle type de bactérie l'isolement physique est possible?
Lorsque les cellules ont une taille importante
102
Pour quelle raison les nouvelles méthodes de cultures on été développé?
Car les technique classique sous estime les valeurs. Les espèces non-cultivable possèdent un grand potentiel
103
Quels sont les nouvelles méthodes de cultures?
1. Facteur de croissance
2. Dilution limite
3. Ichip
104
Quels sont les objectifs de la conservation des cultures?
1. maintenir les souche en vie
2. Maintenir les souches sans contamination
3. maintenir les souches sans mutations ni variation
105
Quels sont les méthodes de conservation à court terme?
Sous-culture (repiquage périodique des cultures)
| Congélation ordinaire (-20 degrés)
106
Quels sont les méthodes de conservation à long terme?
Lyophilisation
Congélation ultra-basse température (-196 degrés)
Congélation basse température (-80 degrés)
107
Quels sont les trois types de collections bactérienne existante?
1. Petite
2. De référence
3. Nationale
108
Que procure un collection bactérienne?
Des éléments de stabilité et de continuité
