Chapitre 10 - Introduction A La Taxonomie Et A La Nomenclature Flashcards
Qu’est-ce que la taxonomie ?
C’est la science qui étudie la diversité des organismes
À quoi s’intéresse la classification?
Au regroupement logique et ordonné des organismes en rangs taxonomique
Quel est le but de l’identification ?
Utiliser les caractéristiques les plus importantes d’un groupe taxonomique afin de les appliquer à d’autres organismes dans le but de vérifier leur appartenance à ce groupe.
Qu’est-ce qu’une espèce candidate?
C’est une espèce qui n’est pas encore caractériser et classifier
Vrai ou faux, la classification doit absolument ce faire dans une ordre d’idée scientifique?
Faux, elle doit être pratique
Quels types de caractéristique ont été acceptés et très peu rediscutés?
Les liens entre les organismes possédant des caractères physionomistes facilement observable
Pourquoi chez les bactéries, il a toujours été difficile de déterminer les liens ou relations?
Car les caractères morphologiques sont difficilement observable et qu’il n’existe pas ou peu de différence entre les organismes
Qu’est-ce que la classification des microorganismes permet?
Rend intelligible l’immense diversité de mo
Développe des procédures systématique pour leur identification
Met en place une nomenclature infomative
Pourquoi l’identification est l’aspect le plus délicat?
Par ce que la notion d’espèce est mal définie chez les bactéries
Pourquoi l’identification est un des aspect les plus important?
Car elle est indispensable pour identifier et différencier les microorganismes pathogènes
Qui a été le premier à faire de la classification et avec quel organismes?
Leewenhoek avec les animalcules
Sur quoi étaient basée les premières vrai tentatives de classification des bactéries?
Sur les bases morphologiques
Qu’est-ce que l’avènement des cultures pures à amené?
Création de certains groupes avec précision
Quel a été le premier ouvrage de référence en microbiologie et en taxonomie?
Le Berguey’s
Quels sont les 3 critères qui permettent de diviser le systèmes de classification en 5 règnes?
- Type cellulaire
- Niveau d’organisation
- Type de nutrition
Vrai ou faux, une ressemblance de caractère signifie une homologie?
Faux
L’arbre de la vie à 3 domaines permet une nouvelle classification. Comment peut-on qualifier cette classification?
Consécutive aux analyses génétiques de nombreux organismes
Que requière la classification et la description adéquate des bactéries?
La connaissance de leurs caractères:
- Mophologique
- Biochimique
- Physiologique
- Génétique
Qu’est-ce qu’a permit l’analyse de séquences?
La découverte de nouveaux groupes bactériens
Vrai ou faux, grâce à la systématique il n’y a plus d’ambiguïtés dans la définition de l’espèce bactérienne
Faux
Comment ce nomme le rang le plus éléver en taxonomie?
Le domaine
Quels sont les niveaux taxonomique régis par la lois?
De la classe à la sous-espèces
Quel est la définition de l’espèce?
Regroupe tous les individus qui possèdent des caractéristiques distinguables similaire
Que défini le terme souche?
Les descendants d’un isolat en culture pure
Qu’est-ce que la souche type?
C’est la souche qui porte la définition de l’espèce, elle représente l’exemple permanent des caractères de l’espèce et est le spécimen de référence de cette espèce
Qu’est-ce qui permet de placer les limites des espèces?
Les différences et similarité phénotypique et génétiques
Pourquoi les critères morphologiques ont peu d’intérêt en bactériologie?
Car les bactéries sont morphologiquement simples
Comment est définie l’espèce chez les procaryotes?
Similitude de l’identité génétique et capacité de reproduction limité aux membres d’une même espèce
Comment peut se faire l’évolution divergente(création d’une nouvelle espèce) ?
Par séparation physique d’un groupe d’un espèce
Comment pouvons nous savoir que deux individus ne font plus partie de la même espèce?
Ils ne peuvent plus se reproduire
Pourquoi les concepts définissant l’espèce chez les eucaryotes ne peuvent être valable pour les bactéries?
Le nombre de caractères morphologique propre est limité
L’absence de stage embryonnaire
L’absence de fossil
Mode de reproduction asexué
Certaines espèces différentes peuvent échanger du matériel génétique
Qu’est-ce qui permet de définir l’espèce chez les bactérie?
Les trous entre les grappes (groupe) de bactéries rapprochées dans une population données.
Qu’arriverait-il si l’évolution n’avait pas fait en sorte que les similarités et différences étaient graduellement étendues?
La définition et la reconnaissance de l’espèce serait impossible
Pourquoi les différents individus d’une même espèces peuvent présenter des différences?
Variabilité génétique toujours présente
Quel est la meilleure définition d’espèce possible?
Groupe de souche démontrant plusieurs similarités phénotypique et génotypique et qui diffèrent des groupes de souches apparentés
Sur quoi se base la définition de l’espèce bactérienne selon le comité Wayne?
Homologie ADN-ADN
Quels sont les avantages des hybridations ADN-ADN?
Applicable à toutes les espèces cultivables
Résultat NON-affectés par mutation ou plasmide
Porte sur l’ensemble du génome
Quel est le taux d’hybridation nécessaire pour définir une espèce?
Supérieur ou égale à 70%
Qu’est-ce qu’un nom périlleux?
C’est un nom dont l’application peu représenter un risque pour la santé
Pour quelle raison, dans la première classification des organismes vivants en 5 règnes, les procaryotes occupent une toute petites place au niveau des racine de l’arbre?
- Faible nombre de caractères morphologiques
- Quasi-absence de fossiles
À l’aide de quels outils les lacunes consernant le passé évolutif procaryote on été corrigés?
Technique de biologie moléculaire
Détermination de séquences nucléotidiques
Horloges moléculaire
Qu’est-ce que la phylogénétique moléculaire tente de faire?
Elle tente de reconstituer les filiations évolutives aboutissant aux séquences ADN, ARN ou protéiques actuelles, en faisant appel à des comparaisons de séquences moléculaires
Quels sont les principes de la phylogénie moléculaire?
- Les mutations se produisent au hasard
- Les mutations s’accumulent au cours du temps
- Les mutations se produisant chez un individu se fixent dans sa descendance
Comment fait-on pour reconstituer des phylogénies?
On utilise des gènes ou des protéines et on analyse le taux de mutation.
Un taux de mutation faible permet quoi?
D’accéder à un passé lointain
À quels types d’information un taux de mutation éléver donne t’il accès?
Évènements de divergences proches
Qu’est-ce que la phylogénie moléculaire permet?
Estimer le temps de divergence d’espèces en comparant leur diversité moléculaire
Quels sont les critères définissant le parfait chronomètre?
- La molécule choisie doit être présente et avoir les mêmes fonction dans tous le groupe bactérien
- Moins possible soumis aux phénomènes de transfert latéral et de recombinaison
- Possèdes des régions conservées
- La séquence de molécule choisie doit réfléter l’ensemble des changements évolutifs de l’organisme
Quel est le marqueur le plus utilisé comme horloge moléculaire?
Le gène de l’ARNr 16S
Pourquoi les ARNr sont de bonne horloges moléculaire?
Toute les cellules en contiennent
Ces molécules ont évolué plus lentement que le reste du génome
Quel est le caractère du gène de l’ARNr 16S qui fait de lui une excellente horloge?
Il est constitué de domaine hautement conservés
À quoi à mené la découverte des archées?
Création d’un arbre phylogénétique à trois domaines
Comment fonctionne la nouvelle approche de métagénomique qui a entrainé une explosion de description de nouveaux phyla?
Analyse de la séquence et de la fonction des génomes de communautés microbiennes contenue dans un échantillon environnemental
Quel est le but de la taxonomie bactérienne?
Établir des groupes de bactéries présentant des caractères communs (taxons) auxquels elle va attribuer un nom.
Quels sont les utilités de la taxonomie?
Faciliter le transfert d’information
Permettre de regrouper les mo selon des groupes selon leurs similitude et pouvoir les utiliser pour identifier d’autre mo
Obtenir de l’information sur la parenté des organismes et les entiers évolutif empruntés.
Quels sont les critères que doit remplir la classification?
- Doit contenir beaucoup d’information (permet au groupe donné d’avoir des bases solides)
- Doit être stable (évite la confusion et rend facile d’utilisation)
- Doit être non-empirique, scientifique et reproductible
Vrai ou faux, il existe aucun classification officielle des procaryotes?
Vrai
Pour quels raison n’existe t’il pas de classification officiel des procaryotes?
- Elle est fait dans un but pratique
- Il y a constamment des changements
- Opinion des bactériologiste diverge
- Abscence de définition précise des rangs hiérarchique
Progressivement, une chose à été reconnu par tous en rapport avec la classification, laquelle?
La classification doit réfléter le plus fidèlement possible les relations naturelles entre les bactéries
Quelle méthode très utilisé en identification ne l’est pas en taxonomie?
Technique de typage basées sur la PCR
Quelles techniques sont comprises dans les techniques phénotypiques?
Toutes les techniques ne faisant pas appel aux acides nucléiques et reposant sur la détermination des caractéristiques morphologiques, physiologiques et biochimiques via techniques standardisées
Sur quoi sont basées les méthodes génomiques et génétiques?
Sur l’analyse d’ADN et d’ARN
Quels sont les techniques qui permettent d’étudier le génome dans son ensemble?
- Hybridation ADN-ADN
- Pourcentage G+C
- Cartographie chromosomique après ECP
Quel méthodes est reconnu comme l’une des plus classiques et fait partie intégrante de la description standard d’un taxon bactérien?
%GC
Comment est déterminé le pourcentage GC?
Mesure de la température de fusion de l’ADN
Quel est le % GC observé au sein d’un même genre et d’une même espèce?
Genre: <10%
Espèce:<5%
Qu’indique une valeur de %GC identique?
Cela ne prouve en rien que les deux bactéries proviennent du même ancêtres.
Quel types d’information la valeur d’hybridation entre les ADN totaux de deux souche noirs donne t’elle?
Elle permet d’indiquer la similaité de séquence entre des génomes entiers
Sur quel phénomène est basé le taux d’hybridation ADN-ADN?
Renaturation de l’ADN
Quel mesure est utilisée pou déterminer le taux d’hybridation?
La stabilité thermique, plus les ADN sont stable, moins il y a de différences dans leur séquences.
Pour que deux isolat soit considéré dans la même espèce quel doit être minimal de taux d’hybridation?
70%
Quel est le désavantage de la détermination du taux d’hybridation?
Sa détermination nécessite des techniques longues à mette en œuvre et des quantités importantes d’ADN.
Quelles sont les deux bases de données principales pour la classification?
- Berguey’s
- List or Prokaryotic names
Qu’est-ce que le site NCBI Taxonomy Browser?
C’est une banque qui contient les noms de tous les organismes présenté dans la GenBank par au moins une séquence nucléotidique ou protéique.
Quel est la différence entre le Bergey’s Determinative et Systamatic?
Determinative: Utilile pour identifié les espèces bactérienne
Systematic: Référence pour les taxonomiste, contient beaucoup plus d’information.
Lorsque le nom d’un procaryotes se retrouve su la LPSN que cela implique t’il?
Signifie que la description du taxon est conforme aux règles du Code de Nomenclature
Quels sont les règles de description et de publication des nouveaux organismes valables pour tous les taxons?
- Description selon plan cohérent et standardisé (règle 27(2) code nomenclature)
- Doit inclure la séquence complète de l’ADNr 16S
- Doit inclure le contenu G+C de la souche-type
- Doit inclure les pourcentages d’hybridation
- Doit contenir plusieurs souches
- La souche type doit être déposées dans 2 collections distinctes
Quel est le critère le plus important dans la détermination de la parenté phylogénique des bactéries?
La comparaison des ARNr 16S
Qu’est-ce que l’étude de l’ARNr a permis de découvrir?
L’ARNr 16S contient des séquences nucléotidiques signature, qui exclusivement présente dans les ARN d’un seul groupe.
Quelle molécule est révélatrice de l’évolution microbienne?
L’ARN 16S
Que représente la racine de l’arbre de la vie?
L’Ancêtre commun, universel.
Vrai ou faux, il existe des gènes conservés dans les 3 domaines de la vie?
Vrai
Qu’est-ce que la phylogénie nous a apprise?
-Mycoplasme n’ont pas de membrane, mais sont Gram +
Ils aurait évolués d’ancêtre commun en réduisant la taille du génome qui aurait mené à la perte de la membrane
-Cellule eucaryote dérivé des procaryotes
Combinaison d’archées et de bactéries
-Chloroplastes originerait des cyanobactérie
-Mitochondries origineraient des alpha-protéobactéries
