Chapitre 5 - Régulation de la transcription chez les procaryotes Flashcards
La régulation de la transcription se produit principalement dans quelle phase ?
Initiation
Vrai ou Faux.
L’expression des gènes est contrôlée par des signaux extracellulaires chez les procaryotes.
Vrai
Comment nomme-t-on les régulateurs positifs et négatifs ?
Positif : Activateurs
Négatifs : répresseurs
Que signifie le niveau basal de transcription ?
C’est le niveau le plus basique. Aucunes protéines d’impliqués. Va permettre de transcrire avec ou sans régulateur.
Vrai ou faux.
Sans les protéines régulatrices, l’ARN pol se lie sur les promoteurs avec une forte affinité.
Faux.
L’affinité sera faible et l’étape limitante de la réaction sera la liaison à l’ARN polymérase elle-même.
Comment se nomme le site où se lie le répresseur sur l’ADN ?
L’opérateur
Comment appelle-t-on le type de répression d’un répresseur qui se lie sur un opérateur pour empêcher la transcription ?
Répression par encombrement
À quoi sert l’activateur ?
Il aide l’ARN pol à se fixer à son promoteur. Il se lie en général sur un site proche qu’on appelle le site de liaison de l’activateur.
Quel type de liaison le mécanisme de recrutement possède-t-il ?
Liaison coopérative.
Vrai ou faux.
L’activateur va favoriser le changement de conformation de l’ARN pol.
vrai
Vrai ou faux.
Certains régulateurs ont leurs site de liaison distants du promoteur.
Vrai.
L’ADN va former une boucle pour rapprocher les 2 sites de liaison. Ça peut aller jusqu’à plus de 1kb
Lorsque le site de liaison du régulateur est distant, il arrive que que l’activateur seul n’arrive pas à réguler. Qu’est-ce qui est alors ajouté et considérer comme un activateur ?
Une 3eme protéine : DNA-bending protein qui va aider à courber l’ADN pour que l’activateur distant puisse faire son travail
Quelle est la source primaire d’énergie chez E.Coli ?
Le glucose
L’opéron lac donne un ARNm polycistronique. Qu’est-ce que ça veut dire ?
La transcription donne un seul ARNm qui contient les 3 gènes de l’opéron lac : lacZ, lacY, lacA. Ils seront traduits en 3 protéines.
Où se situe le promoteur de l’opéron lac ?
en 5’ du gène lacZ
Quelle est l’enzyme principale des gènes lac ?
lacZ
À quoi sert lacZ ?
Code pour la B-galactosidase, une enzyme qui coupe le lactose en galactose et en glucose
À quoi sert lacY ?
Code pour la lactose perméase. C’est une protéine trans membranaire qui importe le lactose dans la cellule
À quoi sert lacA ?
Code pour la thiogalactoside transacétylase. Cette enzyme débarasse la cellule des des thiogalactoside toxiques qui sont importés avec le lactose par la lactose perméase
Quel est le défaut de lacY ?
Laisse entrer des thiogalactoside qui sont toxiques avec le lactose dans la cellule
Dans quelles conditions la cellule a-t-elle besoin de produire les gènes lac ?
- carence en glucose
- présence de lactose
Quelles sont les 2 protéines régulatrice impliqués pour l’expression des gènes lac ?
- CAP (un activateur)
- se lie sur le site CAP
- transmet le signal du glucose
- Répresseur lac (un répresseur)
- codé par lacI
- se lie sur l’opérateur
- transmet le signal du lactose
S’il y a présence de lactose ET de glucose dans l’environnement de la cellule, que se passera-t-il au niveau des gènes lac ?
Il n’y aura pas d’expression du gène lac
S’il y a présence de lactose mais PAS de glucose dans l’environnement de la cellule, que se passera-t-il au niveau des gènes lac ?
Il n’y aura pas d’inhibition. CAP va optimiser la transcription des gènes lac
S’il y a présence de glucose mais PAS de lactose dans l’environnement de la cellule, que se passera-t-il au niveau des gènes lac ?
Le répresseur sera lié à l’opérateur et il n’y aura pas de transcription des gènes lac (pas de lactose dans l’environnement)
Vrai ou faux.
S’il y ni a pas de glucose, ni de lactose, les gènes lac ne seront pas exprimés.
Vrai.
Le répresseur est dominant. Il y aura un activateur et un inhibiteur
Vrai ou faux.
L’élément UP est présent dans le promoteur lac.
Faux.
Dans le promoteur lac, la queue CTD lie CAP et le site d’ADN adjacent
Vrai ou faux.
CAP induit une torsion de l’ADN qui s’enveloppe autours d’elle.
Vrai
De manière allostérique, qu’est-ce qui régule CAP ?
- Le glucose diminue la concentration d’AMPc
- l’AMPc a un effet allostérique de CAP, et ce dernier doit lier l’AMPc pour que sa conformation soit adéquate.
donc : diminution de glucose = augmentation d’AMPc, CAP se lie et active les gènes.
Comment le répresseur lac fonctionne-t-il sur l’opérateur ?
Par encombrement
Sous quels formes se lient les régulateurs bactériens ?
Homodimères
Par quelle structure secondaire se fait la reconnaissance des séquences spécifiques d’ADN par les régulateurs bactériens ?
structure hélice-coude-hélice
Vrai ou faux.
Le répresseur lac est un dimère.
Faux.
C’est un tétramère
Comment fonctionne le répresseur lac au niveau de l’ADN ?
Il va faire un encombrement et lié 2 opérateurs distants ce qui va plier l’ADN et empêcher la pol de passer
Vrai ou faux.
Lorsque le galactose est présent et que le glucose est absent, c’est l’opéron gal qui prend le relais.
Vrai.
Il fonctionne de la même manière que lac
Comment fonctionne le répresseur galR ?
Agit différemment du répresseur lac. Il retient l’ARN pol en empêchant la transition de complexe fermé à ouvert
Qu’est-ce que le contrôle combinatoire ?
Quand le même signal contrôle plusieurs gènes.
Les facteurs sigma alternatifs peuvent survenir dans quelles situations ?
Par exemple le choc thermique chez E. Coli qui va remplacer sigma70 par sigma32
Quel est le facteur qui augmente l’expression de sigma32 ?
Un stress à la cellule
Comment fonctionne le bactériophage SP01 ?
- infecte Bacillus subtilis
-induit une croissance lytique
- L’ARN pol bactérienne (sigma70) reconnait les promoteurs précoces du phage nécessaire au début de l’infection
- un des gènes qui sera traduit sur le virus : sigma28
- L’ARN pol sigma28 dirige la transcription des promoteurs intermédiaires
- l’un des gènes intermédiaires est sigma34
- L’ARN pol sigma34 dirige l’Expression des gènes tardifs
Comment fonctionne l’activateur MerR ?
En présence de mercure, MerR subit un changement de conformation qui va induire une torsion de l’ADN au centre du promoteur dans une configuration optimale pour sigma70. Les séquences -10 et -35 deviennent alors plus accessibles.
Qu’est-ce que le bactériophage lambda ?
Un virus qui infecte E.Coli
Quel est la différence entre la phase lytique et la phase lysogène ?
Dans la phase lytique, le virus va faire éclater la bactérie en se reproduisant en grande quantité.
Dans la phase lysogène, le virus va incorporer son génome dans celui de la bactérie et va demeurer en “dormance”
Quand est-ce que se produit le passage à l’induction lysogène ?
Lorsque la bactérie subit des dommages à l’ADN.
Quels sont les 3 promoteurs du bactériophage lambda ?
- Pr
- PL
- PRM (maintien de la répression)
Quels sont les 2 gènes du bactériophage lambda?
- Cro
- CI
Vrai ou faux.
Les promoteurs Pr et PRL du bactériophage lambda ont besoins d’activateur.
Faux.
Ce sont des promoteurs forts, constitutifs.
Si les promoteurs PL et Pr codent pour l’état lytique du bacétiophage lambda, que code Prm ?
L’état lysogène
Par quel gène est codé le répresseur lambda ?
CI
Vrai ou faux.
Le répresseur lambda est un répresseur et un activateur.
vrai
Mis à part lambda, quel est l’autre répresseur du bactériophage ?
Cro
Quels sont les 3 opérateurs droit qui peuvent liés lambda ou cro ?
Or1, Or2, Or3
Vrai ou faux.
Puisque le répresseur lambda est un tétramère, chaque dimère peut lié Or1 et Or2, mais pas Or3.
vrai
Vrai ou faux.
Dans les stades du bactériophage lambda :
Lytique = répresseur Cro sur opérateur Or3
Lysogene : Répresseur lambda sur opérateur Or1 et Or2
vrai
Qu’est-ce que la réponse SOS ?
Chez une bactérie, la réponse SOS induit des mécanismes de protection et de réparations suite à un dommage à l’ADN
Quel répresseur de la transcription est détruit lors de la réponse SOS bactérienne ?
Le répresseur LexA
Les dommages à l’ADN et la disparition de LexA mène à l’activation de quel gène ?
RecA
Qu’est- ce qui détermine l’efficacité du gène CII du bactériophage lambda ?
Le ratio Phage/bactérie
