Chapitre 4 - Mécanisme de transcription Flashcards
Vrai ou faux.
L’ARN polymérase nécessite une amorce.
Faux.
L’ARN polymérase ne nécessite pas d’amorce.
Vrai ou Faux.
La transcription est moins fidèle que la réplication.
Vrai
Quelles sont les 3 ARN polymérases chez les eucaryotes et leurs fonctions ?
Pol 1 : Transcrit précurseur ARNr
Pol 2 : Plupart des gènes (codant pour protéines)
Pol 3 : ARNt et ARNr 5S
Vrai ou faux.
Il y a une seule ARN polymérase chez les bactéries.
Vrai
Quel cofacteur retrouve-t-on dans le centre catalytique de l’ARN polymérase ?
Mg2+
Quelles sont les phases du cycle de transcription ?
- Initiation
- Élongation
- Terminaison
L’ARN polymérase n’a pa besoin d’amorce, mais a besoin de quoi ?
D’un promoteur dans la séquence d’un gêne.
Quelles sont les 3 étapes de l’initiation de la transcription ?
- Formation du complexe fermé
- Formation du complexe ouvert
- La pol démarre la transcription et se détache du promoteur.
Qu’est-ce que la synthèse abortive ?
Synthèse initiale inefficace de l’ARN
Vrai ou Faux.
La formation du complexe fermé est une étape réversible.
Vrai
Vrai ou Faux.
La formation du complexe ouvert est une étape réversible.
Faux.
C’est une étape irréversible car il y a fusion du promoteur.
Quelle phase s’active une fois la réussite de la synthèse initiale ?
La phase d’élongation
Quel facteur d’initiation doit-on ajouter à l’ARN polymérase minimale ?
Le facteur d’initiation sigma 70
Comment se nomme le complexe formé de l’ARN pol minimale et de sigma 70 ?
L’holoenzyme de l’ARN polymérase
Quels éléments partagent les promoteurs reconnus par sigma 70 ?
Éléments -10 et -35
Quel élément augmente la liaison de la polymérase : qui permet l’interaction spécifique supplémentaire enzyme/ADN ?
Élément UP (upstring promoter)
Vrai ou Faux.
Certains promoteurs sigma 70 n’ont pas d’élément -35.
Vrai.
Ils possèdent des régions -10 allongées (comme le gêne gal pour le galactose)
Vrai ou Faux.
L’élément UP est reconnu par une hélice alpha.
Faux.
Il est reconnu par l’a-CTD
Par quel canal sort le brin sens dans le complexe ouvert ?
Le canal NT
Par quel canal sort le brin matrice dans le complexe ouvert ?
Le canal T
Quel est le modèle d’initiation le plus plausible ?
Le modèle compression ou “scrunching”
Quels sont les 3 modèles des mécanismes d’initiation de la transcription ?
- Modèle d’excursion transitoire
- Modèle inchworming
- Modèle compression
Quel est le rôle du linker ¾ ?
Mime moléculaire qui va diminuer la force de liaison de sigma à l’enzyme
En terme d’énergie, que permet le processus de compression ?
conservation d’énergie / libération d’énergie
Lors de la phase d’élongation, des erreurs d’incorporation surviennent. Quelles sont les 2 corrections que possède l’ARN polymérase ?
- Correction pyrophospholytique
- Correction hydrolytique
Quel est le nom du facteur qui recrute l’endonucléase UVR[A]BC ?
TRCF ( Transcription repair coupling factor)
Vrai ou faux.
La terminaison de la transcription dépend de signaux dans la séquence de l’ARN.
Vrai
Chez les bactéries, il existe 2 types de terminateurs. Quels-sont-ils ?
- Rho dépendants
- Rho indépendants
Vrai ou Faux.
L’ARN pol fait une pause à un site RSPS (rho sensitive pause site) situé 100nt en aval du site rut.
Vrai.
Permet à rho de rattraper l’ARN pol
Quel est l’autre nom des terminateurs rho-indépendants ?
Terminateurs intrinsèques
L’épingle à che veux induit par les terminateurs rho-indépendants fonctionnent efficacement uniquement si quoi ?
Si elle est suivie par une série de base T ( U dans l’ARN )
Vrai ou faux.
les bactéries ont plusieurs polymérases.
Faux.
Les bactéries n’ont qu’une seule polymérase et ne requièrent qu’un seul facteur d’initiation additionnel (sigma 70)
Qu’est-ce que le promoteur minimal ?
Le plus petit ensemble d’éléments de séquence nécessaire pour assurer l’initiation de la transcription par la machinerie de Pol II in vitro
De quoi le promoteur minimal de Pol II est composé ?
- BRE : élément reconnu par TFIIB
- Élément (boîte) TATA
- Élément initiateur (inr)
- Éléments d’aval du promoteur : DPE, DCE, MTE
Quels sont les éléments requis en amont du promoteur minimal pour une transcription efficace in vivo ?
- Éléments proximaux du promoteur
- Les séquences activatrices amont (UAS)
- Les “enhancers”
- Les “silencers”, éléments frontières et isolateurs
De quoi est composé le PIC (complexe de préinitiation) ?
FGTs + Pol II liés au promoteur
Quel est le premier FGT à se lier ?
TFIID et ses sous-unités TBP + TAFS
Mettez en ordre les FGT selon leur ordre de liaison.
- TFIID
- TFIIA
- TFIIB
- TFIIF + polymérase
- TFIIE
- TFIIH
Quel FGT a une activité hélicase ?
TFIIH
Où se fait la phosphorylation de la Pol II ?
Au niveau de la queue CTD sur les sérines en position 2 et 5
TAF42 et TAF62 ont des similitudes avec quelles structures du nucléosome ?
Les histones
Quel facteur stabilise TBP/TFIID ?
TFIIA
Quelle est l’action de TFIIA ?
Neutralise les répresseurs qui empêchent la formation du complexe d’initiation
Vrai ou faux.
TFIIB possède un DLA.
Vrai.
TFIIB a la capacité a lié l’ADN : Le grand sillon en amont BRE, et le petit sillon en aval de TATA
Quel est le rôle de TFIIF ?
Stabilise le complexe ADN-TBP-TFIIB
Quelles sont les 2 sous-unités essentielles de TFIIF ?
RAP74 et RAP30
À quoi contribuerait TFIIF au niveau de l’ADN ?
À maintenir un enroulement serré
Quelles sont les 3 sous-unités de TFIIF essentielles chez la levure ? (2 sont essentielles, l’autre non)
Tfg1, Tfg2, et Tfg3 (non essentielle)
Quel est le rôle de TFIIE ?
Recrute et régule TFIIH
Quel est le rôle de TFIIH ?
Contrôle la transition du complexe fermé au complexe ouvert (nécessite de l’ATP)
Quel est le plus gros et le plus complexe des FGTs ?
TFIIH
Quelles sont les activités des 2 sous-unités XPD et XPB de TFIIH ?
- Activité ATPase (hélicase)
- Activité protéine-kinase (CTD kinase)
In vivo, la transcription requiert des protéines supplémentaires. Lesquelles ?
Le médiateur
Quelle est la fonction du médiateur ?
Facilite l’initiation en régulant l’activité CTD kinase de TFIIH
À travers l’ensemble des médiateurs, lequel ne peut-ont pas enlever ?
Med17
Vrai ou faux.
Lors de la phase d’élongation, la Pol II se débarasse de la plupart des facteurs d’initiation.
Vrai.
Il y aura de nouveaux facteurs : TFIIS et hSPT5 —> facteurs d’élongation
À quel système peut-on apparanter la queue CTD de la polymérase ?
Un système de transport
Vrai ou faux.
La queue CTD est très courte.
Faux.
Elle mesure au moins 7x la longueur de l’ARN pol
Quel est la nature et le rôle de P-TEFb ?
C’est une kinase qui phosphoryle les résidus sérines de la queue CTD en positions 2. P-TEFb recrute, phosphoryle et active d’autres protéines comme le facteur d’élongation TAT-SF1
À quoi correspond la phosphorylation des sérines en position 5 de la queue CTD ?
Ajout de la coiffe
Quelle famille d’enzyme améliorent la processivité de l’ARN polymérase durant la phase d’élongation ?
La famille ELL (Eleven-nineteen Lysin-rich Leukemia protein)
TFIIS stimule le taux d’élongation en diminuant le temps de pause de Pol II sur les séquences qui ralentissent sa progression. Quelle autre fonction possède TFIIS ?
Contribue à la vérification de séquence par Pol II en stimulant l’activité RNase de la Pol II
In vivo, la chromatine gêne la transcription. Quel facteur permet de contourner le problème ?
le facteur FACT (FAcilitates Chromatin Transcription)
Comment fonctionne FACT ?
C’est un hétérodimère de 2 protéines très conservées : Spt16 et SSRP1.
Spt16 se lie au dimère H2A/H2B de l’octamère d’histone. SSRP1 lie le tétramère H3/H4.
FACT extrait un dimère H2A/H2B et permet à Pol II de passer ce nucléosome.
Il permet ensuite une activité chaperon d’histone en permettant de réinsérer H2A/H2B dans l’hexamère d’histones derrière Pol II
Vrai ou faux.
Dès que l’ARN émerge du canal de sortie de la Pol II, il y a ajout de la coiffe.
Vrai
Quelles sont les 3 étapes enzymatiques de l’ajout de la coiffe 5’ ?
- Groupe phosphate enlevé à l’extrémité 5’ ARN
- Ajout d’un nucléotide GMP
- Méthylation du GMP (guanine méthylée)
Quelles 2 étapes suivent la fin de l’ajout de la coiffe 5’ ?
- Déphosphorylation des sérines en position 5 de la queue CTD : Dissociation de la machinerie d’assemblage de la coiffe
- Phosphorylation des sérines en position 2 de la queue CTD : Assemblage de la machinerie d’épissage.
Quels sont les rôles de la coiffe 5’ ?
- Stabilise l’ARNm (protège des ribonucléases)
- Exporte l’ARNm dans le cytoplasme
- Recrutement des ribosomes
Lorsque la Pol II atteint la fin de gène, elle va rencontre une séquence spécifique. Laquelle ? Quelle est son transcrit ?
AATAAA
AAUAAA
Deux complexes protéiques sont transportés par Pol II (sur la queue CTD) lorsqu’elle s’approche de la fin du gène. Lesquels ?
CPSF (Cleavage and Polyadenylation Specificity factor)
CstF ( cleavage stimulation factor)
Quelle enzyme est recruté par CPSF ?
Poly-A polymérase (PAP)
Vrai ou Faux.
L’ADN polymérase ne s’arrête pas immédiatement après le clivage et la polyadénylation de l’ARN. Elle va même créer un 2eme brin d’ARN.
Vrai
En quoi consiste le modèle de terminaison torpille ?
Le nouvel ARN va être reconnu par la RNase : Rat1 (levure) ou Xrn2 (humain).
Rat1 est très processive et va ratrapper la Pol II en cours de transcription et va dégrader le brin. Elle va pousser la Pol II vers l’avant ce qui va arrêter la transcription.
Quel autre modèle que le modèle torpille existe pour la terminaison ?
Le modèle allostérique.
Il va réduire le caractère processif de Pol II ce qui va entrainer une terminaison spontanée.
Vrai ou Faux.
TBP n’est pas universel.
Faux.
Pol I et Pol III nécessitent TBP pour transcrire non pas des protéines, mais des ARN spécialisés
À quoi sert la Pol I ?
L’expression d’un seul gène : précurseur des ARNr
Dans quel facteur de transcription de la Pol III est compris TBP ?
TFIIIB
Vrai ou Faux.
Les promoteurs de la Pol III sont des éléments situés en aval ?
Vrai
