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SBM-1003 Introduction à la génétique moléculaire > Chapitre 4 - Mécanisme de transcription > Flashcards

Chapitre 4 - Mécanisme de transcription Flashcards

1
Q

Vrai ou faux.
L’ARN polymérase nécessite une amorce.

A

Faux.
L’ARN polymérase ne nécessite pas d’amorce.

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2
Q

Vrai ou Faux.
La transcription est moins fidèle que la réplication.

A

Vrai

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3
Q

Quelles sont les 3 ARN polymérases chez les eucaryotes et leurs fonctions ?

A

Pol 1 : Transcrit précurseur ARNr
Pol 2 : Plupart des gènes (codant pour protéines)
Pol 3 : ARNt et ARNr 5S

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4
Q

Vrai ou faux.
Il y a une seule ARN polymérase chez les bactéries.

A

Vrai

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5
Q

Quel cofacteur retrouve-t-on dans le centre catalytique de l’ARN polymérase ?

A

Mg2+

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6
Q

Quelles sont les phases du cycle de transcription ?

A
  1. Initiation
  2. Élongation
  3. Terminaison
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7
Q

L’ARN polymérase n’a pa besoin d’amorce, mais a besoin de quoi ?

A

D’un promoteur dans la séquence d’un gêne.

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8
Q

Quelles sont les 3 étapes de l’initiation de la transcription ?

A
  1. Formation du complexe fermé
  2. Formation du complexe ouvert
  3. La pol démarre la transcription et se détache du promoteur.
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9
Q

Qu’est-ce que la synthèse abortive ?

A

Synthèse initiale inefficace de l’ARN

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10
Q

Vrai ou Faux.
La formation du complexe fermé est une étape réversible.

A

Vrai

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11
Q

Vrai ou Faux.
La formation du complexe ouvert est une étape réversible.

A

Faux.
C’est une étape irréversible car il y a fusion du promoteur.

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12
Q

Quelle phase s’active une fois la réussite de la synthèse initiale ?

A

La phase d’élongation

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13
Q

Quel facteur d’initiation doit-on ajouter à l’ARN polymérase minimale ?

A

Le facteur d’initiation sigma 70

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14
Q

Comment se nomme le complexe formé de l’ARN pol minimale et de sigma 70 ?

A

L’holoenzyme de l’ARN polymérase

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15
Q

Quels éléments partagent les promoteurs reconnus par sigma 70 ?

A

Éléments -10 et -35

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16
Q

Quel élément augmente la liaison de la polymérase : qui permet l’interaction spécifique supplémentaire enzyme/ADN ?

A

Élément UP (upstring promoter)

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17
Q

Vrai ou Faux.
Certains promoteurs sigma 70 n’ont pas d’élément -35.

A

Vrai.
Ils possèdent des régions -10 allongées (comme le gêne gal pour le galactose)

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18
Q

Vrai ou Faux.
L’élément UP est reconnu par une hélice alpha.

A

Faux.
Il est reconnu par l’a-CTD

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19
Q

Par quel canal sort le brin sens dans le complexe ouvert ?

A

Le canal NT

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20
Q

Par quel canal sort le brin matrice dans le complexe ouvert ?

A

Le canal T

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21
Q

Quel est le modèle d’initiation le plus plausible ?

A

Le modèle compression ou “scrunching”

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22
Q

Quels sont les 3 modèles des mécanismes d’initiation de la transcription ?

A
  • Modèle d’excursion transitoire
  • Modèle inchworming
  • Modèle compression
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23
Q

Quel est le rôle du linker ¾ ?

A

Mime moléculaire qui va diminuer la force de liaison de sigma à l’enzyme

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24
Q

En terme d’énergie, que permet le processus de compression ?

A

conservation d’énergie / libération d’énergie

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25
Q

Lors de la phase d’élongation, des erreurs d’incorporation surviennent. Quelles sont les 2 corrections que possède l’ARN polymérase ?

A
  1. Correction pyrophospholytique
  2. Correction hydrolytique
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26
Q

Quel est le nom du facteur qui recrute l’endonucléase UVR[A]BC ?

A

TRCF ( Transcription repair coupling factor)

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27
Q

Vrai ou faux.
La terminaison de la transcription dépend de signaux dans la séquence de l’ARN.

A

Vrai

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28
Q

Chez les bactéries, il existe 2 types de terminateurs. Quels-sont-ils ?

A
  1. Rho dépendants
  2. Rho indépendants
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29
Q

Vrai ou Faux.
L’ARN pol fait une pause à un site RSPS (rho sensitive pause site) situé 100nt en aval du site rut.

A

Vrai.
Permet à rho de rattraper l’ARN pol

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30
Q

Quel est l’autre nom des terminateurs rho-indépendants ?

A

Terminateurs intrinsèques

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31
Q

L’épingle à che veux induit par les terminateurs rho-indépendants fonctionnent efficacement uniquement si quoi ?

A

Si elle est suivie par une série de base T ( U dans l’ARN )

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32
Q

Vrai ou faux.
les bactéries ont plusieurs polymérases.

A

Faux.
Les bactéries n’ont qu’une seule polymérase et ne requièrent qu’un seul facteur d’initiation additionnel (sigma 70)

33
Q

Qu’est-ce que le promoteur minimal ?

A

Le plus petit ensemble d’éléments de séquence nécessaire pour assurer l’initiation de la transcription par la machinerie de Pol II in vitro

34
Q

De quoi le promoteur minimal de Pol II est composé ?

A
  • BRE : élément reconnu par TFIIB
  • Élément (boîte) TATA
  • Élément initiateur (inr)
  • Éléments d’aval du promoteur : DPE, DCE, MTE
35
Q

Quels sont les éléments requis en amont du promoteur minimal pour une transcription efficace in vivo ?

A
  1. Éléments proximaux du promoteur
  2. Les séquences activatrices amont (UAS)
  3. Les “enhancers”
  4. Les “silencers”, éléments frontières et isolateurs
36
Q

De quoi est composé le PIC (complexe de préinitiation) ?

A

FGTs + Pol II liés au promoteur

37
Q

Quel est le premier FGT à se lier ?

A

TFIID et ses sous-unités TBP + TAFS

38
Q

Mettez en ordre les FGT selon leur ordre de liaison.

A
  1. TFIID
  2. TFIIA
  3. TFIIB
  4. TFIIF + polymérase
  5. TFIIE
  6. TFIIH
39
Q

Quel FGT a une activité hélicase ?

A

TFIIH

40
Q

Où se fait la phosphorylation de la Pol II ?

A

Au niveau de la queue CTD sur les sérines en position 2 et 5

41
Q

TAF42 et TAF62 ont des similitudes avec quelles structures du nucléosome ?

A

Les histones

42
Q

Quel facteur stabilise TBP/TFIID ?

A

TFIIA

43
Q

Quelle est l’action de TFIIA ?

A

Neutralise les répresseurs qui empêchent la formation du complexe d’initiation

44
Q

Vrai ou faux.
TFIIB possède un DLA.

A

Vrai.
TFIIB a la capacité a lié l’ADN : Le grand sillon en amont BRE, et le petit sillon en aval de TATA

45
Q

Quel est le rôle de TFIIF ?

A

Stabilise le complexe ADN-TBP-TFIIB

46
Q

Quelles sont les 2 sous-unités essentielles de TFIIF ?

A

RAP74 et RAP30

47
Q

À quoi contribuerait TFIIF au niveau de l’ADN ?

A

À maintenir un enroulement serré

48
Q

Quelles sont les 3 sous-unités de TFIIF essentielles chez la levure ? (2 sont essentielles, l’autre non)

A

Tfg1, Tfg2, et Tfg3 (non essentielle)

49
Q

Quel est le rôle de TFIIE ?

A

Recrute et régule TFIIH

50
Q

Quel est le rôle de TFIIH ?

A

Contrôle la transition du complexe fermé au complexe ouvert (nécessite de l’ATP)

51
Q

Quel est le plus gros et le plus complexe des FGTs ?

A

TFIIH

52
Q

Quelles sont les activités des 2 sous-unités XPD et XPB de TFIIH ?

A
  • Activité ATPase (hélicase)
  • Activité protéine-kinase (CTD kinase)
53
Q

In vivo, la transcription requiert des protéines supplémentaires. Lesquelles ?

A

Le médiateur

54
Q

Quelle est la fonction du médiateur ?

A

Facilite l’initiation en régulant l’activité CTD kinase de TFIIH

55
Q

À travers l’ensemble des médiateurs, lequel ne peut-ont pas enlever ?

A

Med17

56
Q

Vrai ou faux.
Lors de la phase d’élongation, la Pol II se débarasse de la plupart des facteurs d’initiation.

A

Vrai.
Il y aura de nouveaux facteurs : TFIIS et hSPT5 —­> facteurs d’élongation

57
Q

À quel système peut-on apparanter la queue CTD de la polymérase ?

A

Un système de transport

58
Q

Vrai ou faux.
La queue CTD est très courte.

A

Faux.
Elle mesure au moins 7x la longueur de l’ARN pol

59
Q

Quel est la nature et le rôle de P-TEFb ?

A

C’est une kinase qui phosphoryle les résidus sérines de la queue CTD en positions 2. P-TEFb recrute, phosphoryle et active d’autres protéines comme le facteur d’élongation TAT-SF1

60
Q

À quoi correspond la phosphorylation des sérines en position 5 de la queue CTD ?

A

Ajout de la coiffe

61
Q

Quelle famille d’enzyme améliorent la processivité de l’ARN polymérase durant la phase d’élongation ?

A

La famille ELL (Eleven-nineteen Lysin-rich Leukemia protein)

62
Q

TFIIS stimule le taux d’élongation en diminuant le temps de pause de Pol II sur les séquences qui ralentissent sa progression. Quelle autre fonction possède TFIIS ?

A

Contribue à la vérification de séquence par Pol II en stimulant l’activité RNase de la Pol II

63
Q

In vivo, la chromatine gêne la transcription. Quel facteur permet de contourner le problème ?

A

le facteur FACT (FAcilitates Chromatin Transcription)

64
Q

Comment fonctionne FACT ?

A

C’est un hétérodimère de 2 protéines très conservées : Spt16 et SSRP1.
Spt16 se lie au dimère H2A/H2B de l’octamère d’histone. SSRP1 lie le tétramère H3/H4.
FACT extrait un dimère H2A/H2B et permet à Pol II de passer ce nucléosome.
Il permet ensuite une activité chaperon d’histone en permettant de réinsérer H2A/H2B dans l’hexamère d’histones derrière Pol II

65
Q

Vrai ou faux.
Dès que l’ARN émerge du canal de sortie de la Pol II, il y a ajout de la coiffe.

A

Vrai

66
Q

Quelles sont les 3 étapes enzymatiques de l’ajout de la coiffe 5’ ?

A
  1. Groupe phosphate enlevé à l’extrémité 5’ ARN
  2. Ajout d’un nucléotide GMP
  3. Méthylation du GMP (guanine méthylée)
67
Q

Quelles 2 étapes suivent la fin de l’ajout de la coiffe 5’ ?

A
  1. Déphosphorylation des sérines en position 5 de la queue CTD : Dissociation de la machinerie d’assemblage de la coiffe
  2. Phosphorylation des sérines en position 2 de la queue CTD : Assemblage de la machinerie d’épissage.
68
Q

Quels sont les rôles de la coiffe 5’ ?

A
  • Stabilise l’ARNm (protège des ribonucléases)
  • Exporte l’ARNm dans le cytoplasme
  • Recrutement des ribosomes
69
Q

Lorsque la Pol II atteint la fin de gène, elle va rencontre une séquence spécifique. Laquelle ? Quelle est son transcrit ?

A

AATAAA
AAUAAA

70
Q

Deux complexes protéiques sont transportés par Pol II (sur la queue CTD) lorsqu’elle s’approche de la fin du gène. Lesquels ?

A

CPSF (Cleavage and Polyadenylation Specificity factor)

CstF ( cleavage stimulation factor)

71
Q

Quelle enzyme est recruté par CPSF ?

A

Poly-A polymérase (PAP)

72
Q

Vrai ou Faux.
L’ADN polymérase ne s’arrête pas immédiatement après le clivage et la polyadénylation de l’ARN. Elle va même créer un 2eme brin d’ARN.

A

Vrai

73
Q

En quoi consiste le modèle de terminaison torpille ?

A

Le nouvel ARN va être reconnu par la RNase : Rat1 (levure) ou Xrn2 (humain).
Rat1 est très processive et va ratrapper la Pol II en cours de transcription et va dégrader le brin. Elle va pousser la Pol II vers l’avant ce qui va arrêter la transcription.

74
Q

Quel autre modèle que le modèle torpille existe pour la terminaison ?

A

Le modèle allostérique.
Il va réduire le caractère processif de Pol II ce qui va entrainer une terminaison spontanée.

75
Q

Vrai ou Faux.
TBP n’est pas universel.

A

Faux.
Pol I et Pol III nécessitent TBP pour transcrire non pas des protéines, mais des ARN spécialisés

76
Q

À quoi sert la Pol I ?

A

L’expression d’un seul gène : précurseur des ARNr

77
Q

Dans quel facteur de transcription de la Pol III est compris TBP ?

A

TFIIIB

78
Q

Vrai ou Faux.
Les promoteurs de la Pol III sont des éléments situés en aval ?

A

Vrai

79
Q
A

SBM-1003 Introduction à la génétique moléculaire (4 decks)

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