Chapitre 5 - partie 2 Flashcards
vrai ou faux: le génome d’un organisme multicellulaires détiens des gènes se suivant et sont colles.
faux; ils possèdent bcp d’espaces entre les gènes
Vrai ou faux: tous les gènes sont monocistroniques
vrai, chez les eucaryotes !!!!!!
Qu’est-ce des gènes monocistroniques
un promoteur par gene transcrit et un gène par ARN
A quoi l’expression génique doit répondre (3)
L’expression génique doit répondre au programme du
(transcription +/- traduction)
développement ET aux changements internes-externes « un tel gène dans une telle cellule et à un tel moment »
La transcription chez les eucaryotes se fait par combien de transcriptase
3
C’est l’intron ou l’exon la partie codante?
exon
qui a besoin dune régulation fine
transcriptase 2 =arnm
comment la transcriptase 2 est variable?
La pol-II doit donc reconnaître des milliers de promoteurs et les transcrire avec une efficacité variable! par…
-fact de transcription
-force du promoteur
Vrai ou Faux: Il existe une seule transcriptase-II comparé aux autres types.
Vrai
Transcriptase-II a 3 similarités
avec la transcriptase procaryote:
-canaux d’entrées et sorties
-ions positives (sites catalytiques)
-forme de la transcriptase
-fonction helicase
Pourquoi different ARNm sont produits par cellule?
il y a différents transcrits selon la cellule et la quantité varie selon le besoin -> variation par la régulation
la transcriptase est compose de combien de sous unités?
Elle est composé-e de 12 sous-unités
(protomères): RPB1-2-3…12.
A quoi sert rpb1
sous unité qui contient un prolongement ctd ) c terminal domain)
a quoi sert ctd?
a une analogie avec quoi?
chaine d’acides amines ou on fait du recrutement de proteines ( facteurs incitation, d’élongations et terminaison, aussi facteurs de maturations) par la phosphorylation de différentes positions d’acides amines selon la phase de transcription
analogie avec les queues N des histones
De quoi est compose CTD
répétitions en tandem de l’heptapeptide
Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser
Recrutement des facteurs de maturation
des pré-ARNm se fait durant quel étape de la transcription
elongation
Quel acide amine est phosphore au fil de la transcription
au début :
1er heptapeptide +P sur la Ser en position 2
Les heptapeptides #2 à 6: +P sur la Ser en position 5
ser 5 au début -> on passe a ser2
A quoi sert rtt103?
terminaison de transcription
A quoi sert pcf11
maturation arnm - couper et faire queue A
nombre de copies ctd chez la levures? mammifères?
26
52
qui désigne la fin du gène
pas
qui est plus important entre rtt103 et pcf11?
rtt103 car il a 2 sites de liaison et il faut une terminaison pour ramener la maturation
Que fait
1- Tyr1p
2-ser2p
3-thr4p
1- Bloque l’arrivée de rtt103 et pcf11
2- recrute rtt103 ou pcf11
3- recrute rtt103
Vrai ou Faux: Chaque phase de la transcription détient des +P similaires
faux Chaque phase de la transcription nécessite des +P different
Comment rendre visible le promoteur?
Regroupe complexe remodelant
et modif des queues N des e ajout d’acety histone.s Agit sur la chromatine et enlève ou pusse les histones
-> complexe médiateur
Est-ce que le complexe ferme et l’isomérisation implique une phosphorylation ?
non
Est-ce que le complexe initial implique une phosphorylation
oui, ser2, ser5 et ser7
5-7 surtout puisque 2 sert à la maturation
Est-ce que le complexe ternaire stable implique une phosphorylation
oui, ser2, ser5 et ser7
Est-ce que la terminaison implique une phosphorylation
oui ser2 et thréonine 4
Les promoteurs de la transcriptase-II ont combien de séquences conservées? nommes les?
4:
BRE
TATA
lnr
DPE
un promoteur est constitue de combien de sequences des 4 séquences conserves
2-3
A quoi sert TATA
endroit flexible servant a la formation du complexe pro incitation lorsque présent (n’es pas obligatoire)
A quoi sert lnr
element + frequent, c’est ou commence la bulle
Quelles sont les facteurs de transcriptions généraux qui lient les 4 sequences consensus
BRE - TFIIB
TATA- TBP
lnr - TFIID
DPE - TFIID
Quel promoteur est constitue de 2-3 des 4 éléments
Le promoteur basal -
(core promotor):
min. nécessaire pour la transcription in vitro
Les facteurs de transcription eucaryote équivaut a quel élément bacterien?
sigma
À part les GTF, quels autres facteurs de transcription peut-on avoir?
facteurs spécifiques
Les facteurs de transcription généraux (GTF) permettent ?
Les facteurs de transcription généraux (GTF) permettent l’association de la transcriptase au promoteur et l’initiation de la transcription (isomérisation + échappement au promoteur).
La plupart des GTF sont quels types de complexes?
La plupart sont des complexes protéiques multimériques (plusieurs sous-unités ou protomères),
et ils sont désignés TFIIA, TFIIB, TFIIC…
Qu’est-ce que TFIID?
TFIID = le plus grand et 1ier à agir pour former le complexe d’initiation
constitué de : TBP (TATA binding protein) + 13 TAF (TBP associated factor).
Que reconnait TBP et TAF
TBP-TATA
TAF- lnr ou DPE
Laquelle entre la liaison TBP ou TAF est la plus forte
TBP-TATA
Vrai ou faux: TAF peut reguler TAB-TATA
vrai, car il peut cacher son site
Vrai ou Faux: TBP et TAF sont suffisantes pour initier la transcription in vitro .
faux que TBP , IN vitro
Assemblage du complexe d’initiation de la transcription
1-TBP parcourt l’ADN et
lorsqu’il rencontre TATA cette région se plie
(la seule séquence qui peut pliersouseffetdeTBP).
2- TBIIB lie TBB
3- Qui recrute pol 2 avec TFIIF
4-Qui recrute TFIIE qui recrute TFIIH
Que se passet-il-lorsquon recrute TFIIH
hydrolyse de l’ATP, hélicase, phosphorylation de CTD
Qui provoque le passage du complexe initial au ternaire
TFIIH (+P sur CTD de la transcriptase)
cela permet de recruter les facteurs d’élongations et par la suite d’échapper au promoteur.
Qui provoque le complexe ouvert?
TFIIH (hélicase)
Interaction directe de TBP pour commencer à plier dans sillon majeur ou mineur
sillon mineur
interaction ‘kind of’ séquence spécifique
Pas de reconnaissance de paires de bases.
À l’elongation, tous les GFT partent sauf TBP, pourquoi il reste?
pour que TBP puisse recommencer car les transcriptases se suivent
Vrai ou Faux: durant l’élongation le CTD va être phosphorylé par d’autres protéines
vrai
Qu’est-ce qui donne accès a l’adn nu? pour?
Le complexe médiateur permet l’accès à l’ADN ‘nu’ Pour la transcriptase &
les facteurs de transcription (généraux et spécifiques)
De quoi est compose le complexe médiateur?
complexes remodeleurs de chromatine + modificateurs d’histones
Que provoque l’élimination dune sous unique des facteurs de transcription?
L’élimination d’une sous-unité particulière n’affecte l’expression que d’un sous-ensemble de gènes (selon l’activateur/inhibiteur avec lequel elle faisait l’interaction)
Vrai ou Faux: Modificateurs d’histones, peuvent faire partie que du médiateur.
faux, Modificateurs d’histones, peuvent faire partie du médiateur ou agir en avance pour lui faire de la place
Durant l’élongation les nucleosmes sont modifies par?
FACT qui enlève8un dimère H2A-H2B du
nucléosome devant la transcriptase.
Cela donne assez d’espace à l’enzyme pour transcrire l’ADN enroulé
Qu’est-ce qui se passe durant l’étape de la terminaison?
L’étape de terminaison: la transcriptase-II synthétise l’ARN jusqu’à ce que la séquence
de clivage-polyadénylation (poly-A signal: PAS) soit dépassée & encore un peu plus
Etape de la terminaison, comment cela se produit?
- Le complexe du clivage-polyadénylation (CstF, CPSF) s’attache en avance au CTD-P.
- Il transfère sur le PAS transcrit (ARN).
- Il coupe l’ARNm et ajoute 200 adénines sur son bout 3’.
- transcriptase continue de transcrire, même si la majorité de son ARN a été enlevé.
La terminaison de la transcription survient n’importe où sur une région de 0,5 à 2 kb dépassé le PAS.
Le second ARN ainsi produit sera degradé rapidement
Que se passe-t-il après le clivage de l’ARNm (2 modele)
Après le clivage de l’ARNm → modèle torpille (torpedo) de la terminaison
protéine Rtt103 (en blanc) lie le CTD et recrute l’exonucléase Rat1 (en rouge)
Lorsque Rat1 rattrape la transcriptase, elle l’a détaché
Un 2ième modèle allostérique: le transfert des protéines du CTD vers l’ARNm provoque un changement de la conformation de la transcriptase et elle se détache.
Un plasmide naturel modifie devient?
un plasmide vecteur
ORI pour _________________
marqueur de sélection pour ________________
site de multiclonage pour _______________
replication
trouver les bactéries avec vecteurs
couper
Types de plasmide vecteur
vecteurs de propagation ( amplification)
expression (production de proteines )
Elememts importants pour chaque plasmide vecteur
propagation=ori
expression= promoteur
Les ORI influencent quoi?
Les ORI influencent le nombre de copies produites du vecteur par la cellule
Qu’est-ce le clonage
construction de l’ADN recombinant et son maintien dans des cellules:
les enzymes de restriction produisent des fragments d’ADN, la ligase soude ces
fragments dans les plasmides (vecteurs) et ces derniers sont insérés dans les bactéries.
Comment on appel Certains vecteurs limités à quelques copies
faible rendement
Vecteur de propagation est similaire a quelle technique
PCR
Décris les vecteurs d’expression
Les vecteurs d’expression possèdent un promoteur actif, qui8peut répondre à la régulation
génique. Le promoteur est généralement dérivé du génome de l’organisme hôte (celui qui reçoit le plasmide)
Comment on choisit le promoteur (clonage)
-force
-regulation
-provenance
Vous voulez produire ?
l’insuline de l’humain dans
E.coli pour les diabétiques.
Décrivez votre promoteur (5 elements)
-promoteur e.coli
-promoteur sigma 70 soit être reconnu
- sequence consensus -35 -10
-bonus
-promoteur constitutif
3 Types de promoteur dans le clonage
-promoteur original du gène (avec signal)
-constitutif (non regule )
-promoteur remplacé par celui de l’organisme hôte qui n’est pas un poisson
Comment peut-on détecter les recombinants?
Des marqueurs fluorescents (ex. GFP) ou détectables par anticorps peuvent être ajoutés pour suivre la production de protéines.
Vrai ou Faux: les insertions ne sont pas réussies a 100%
vrai
Le fragment d’ADN qu’on veut insérer et le vecteur doit être coupe avec quelle enzyme? et quelle type de coupure doivent être générées ?
Le fragment d’ADN qu’on veut insérer et le vecteur
doivent être coupés avec la même enzyme de
restriction ou les enzymes différentes, mais qui
génèrent des coupures cohésives compatibles.
pourquoi les insertions sont rares
plusieurs vecteurs et fragments se
referment sur eux-mêmes.
Que contient le site multiclonage
Site de multiclonage (“polylinker”) contient plusieurs sites de restriction pour l’insertion des fragments d’ADN.
Introduction de l’ADN recombinant (plasmide + gène introduit) dans une cellule hôte par
transformation
Moyen de rendre les bactéries compétentes
-choc thermique
-choc électrique
Qu’est-ce que les marqueurs de sélection
Marqueurs de sélection sont souvent des gènes de résistance à un antibiotique.
Deux sélections sont nécessaires pour trouver des clones réussis
1= milieu de sélection adapte au gène de resistance
2= Le site multiclonage est situé à l’intérieur du
gène lacZ (une enzyme). Si l’insertion a lieu, ce dernier ne sera plus transcrit.
En ajoutant le substrat de l’enzyme au milieu (+ x-gal),
il est possible de voir si ce gène est exprimé ou non:
x-gal hydrolysé par enzyme LacZ = couleur bleue
Comment peut-on remplacer la deuxième ? sélection dans le cas de vecteurs d’expression?
GFP, HA
