Chapitre 5 Flashcards
Qu’est-ce qui empêche l’ARN d’adopter la structure en double brin?
La présence du groupement OH en 2’ du ribose
Qu’est-ce qui rend l’ARN sensible à l’hydrolyse alcaline?
La présence d ’un groupe hydroxyl (OH) en position C2 du ribose
Si l’ARN est double brin, quel type d’hélice formera-t-elle?
Hélice de type ADN-A
Quelle structure d’ARN peut être particulièrement stable ? Et pour quelles raisons ?
Les tiges-boucles:
* interaction par empilement des bases
* pairage de type non-Watson-Crick
Vrai ou faux : La structure de l’ARN n’est pas statique et peut avoir
plusieurs fonctions biologiques
Vrai
(ex. contrôle de l’expression d’une protéine impliquée dans la virulence par la
température; Listeria monocytogenes)
Qu’est-ce qu’un aptamère ?
Un oligoribonucléotides
Nommez les étapes de la stratégie SELEX
ARN avec séquence aléatoire
Sélection des ARN qui s’associent au ligand
On récupère des ARN avec l’affinité
Amplification par PCR et mutation
Et on refait la boucle.
Laquelle parmi les étapes suivantes dans le « systematic evolution of ligands by
exponential enrichment (SELEX) » augmente la diversité des produits d’ARN
aptamères?
L’amplification des ARN aptamères avec une polymérase sujette aux erreurs
d’incorporation des nucléotides
La composante protéique du ribozyme de l’ARNaseP __________.
sert de chaperonne pour prévenir la répulsion entre les charges négatives de la
composante ARN de l’ARNaseP et les charges négatives des précurseurs des
ARNt
Laquelle des affirmations suivantes décrit correctement les aspects des sillons
majeur et mineur des double hélices d’ARN?
Le sillon majeur est étroit et profond alors que le sillon mineur est large et superficiel
Des chercheurs ont découvert un nouveau virus et caractérisé son génome en déterminant sa composition en base et le pourcentage de chaque base. Vous voudriez catégoriser le virus par son matériel génétique. Souvenez-vous qu’un virus peut contenir de l’ARN ou de l’ADN simple brin ou de l’ARN ou de l’ADN double brin. Compte tenu des informations déjà obtenues (voir ci-haut), comment pourriez-vous les utiliser pour distinguer s’il s’agit d’un virus à ARN ou ADN et pour établir si le matériel génétique est simple brin ou double brin ?
Afin de savoir s’il est simple brin on peut exploiter que l’ADN ou l’ARN absorbe plus de lumière lorsqu’il est simple brin (effet hyperchrome). On pourrait aussi vérifier si les acides nucléiques obéissent à la loi de Chargaff, ce qui voudrait dire qu’il s’agit d’ADN ou d’ARN double brin. S’il y a présence d’uracile, nous avons donc affaire à de l’ARN.
Laquelle parmi les réactions suivantes n’est PAS catalysée par un ribozyme ?
A. la formation d’un lien phosphodiester durant la transcriptioin (c. à d. synthèse
d’un brin complémentaire d’ARN à partir de l’ADN
B. le clivage des précurseurs d’ARNt en ARNt matures
C. l’excision des introns au cours des réactions de trans-estérification pour
l’épissage de certains ARNm
D. la formation de liens peptidiques au cours de la synthèse protéique
La formation d’un lien phosphodiester durant la transcriptioin (c. à d. synthèse
d’un brin complémentaire d’ARN à partir de l’ADN
Laquelle des affirmations suivantes sur les structures de l’ARN n’est PAS vraie ?
A. l’ARN est capable de former des structures secondaires
B. l’ARN est capable de former des structures tertiaires RNA
C. l’ARN est capable de former des pseudonoeuds
D. l’ARN est capable de former des feuillets β
D. l’ARN est capable de former des feuillets β
Le virus de souris provoquant la leucémie « Murine leukemia virus (MLV) » utilise
un pseudonoeud comme mécanisme de régulation pour__________:
A. transcrire l’ARNm Gag-Pol
B. aider à la maturation par épissage de l’ARNm Gag-Pol
C. transporter l’ARNm Gag-Pol
D. traduire la protéine Gag versus la protéine de fusion Gag-Pol
D. traduire la protéine Gag versus la protéine de fusion Gag-Pol
L’ARNaseP contient un ARN et une protéine, mais l’activité enzymatique est
connue pour être associée à l’ARN. Quel est le rôle de la protéine dans ce cas?
Quel type d’expérience pourrait être utilisé pour démontrer que l’activité de
l’enzyme repose sur l’ARN et non la protéine?
Même si l’activité réside seulement dans l’ARN, une simple expérience qui testerait l’activité enzymatique sans ARN ou sans protéine ne serait pas suffisante pour associer à quelle composante l’activité est liée. Dans les deux cas, aucune activité ne serait détectée parce que la protéine masque
les charges négatives de l’ARN pour permettre sa liaison avec son substrat chargé négativement. Sans la protéine l’ARN n’exhibera pas son activité propre. Donc, une autre expérience où la protéine est absente mais remplacée par une molécule qui pourrait imiter sa fonction doit être réalisée.
L’addition d’une petite molécule, chargée positivement, telle que la spermidine, masquerait également les charges négatives de l’ARN ce qui permettrait de détecter l’activité enzymatique de l’ARN, sans la présence de la protéine.
Le syndrome de l’X fragile est la forme héréditaire la plus commune du retard
mental chez l’humain. Le gène causant la maladie a été cloné et il code pour une
protéine de liaison à l’ARN qui se lie à divers pools spécifiques de ARNm dans le
cerveau. En vous basant sur ce que vous connaissez sur la structure des ARNs,
croyez-vous que ls protéine se lie aux ARNs de façon analogue aux protéines de
liaison à l’ADN ? Si non, comment la protéine se lie t-elle aux ARNs ?
Il est peu probable que les protéines se lient dans le grand sillon de l’ARN,
comme c’est souvent le cas pour l’ADN d’abord parce que l’ARN est souvnt
simple brin, et si double brin sous la forme d’une hélice ADN-A plutôt que
ADN-B. Puisque le sillon majeur de l’hélice-A est étroit et profond, il n’est
pas accessible. Les protéines de reconnaissance de l’ARN se lient
spécifiquement à des ARNs par le biais des structures qu’adoptent ces
ARNs comme, les tiges-boucles, épingles à cheveux et autres boucles
internes ou à la structure tertiaire particulière de ces ARNs.
En considérant l’hydrolyse spontanée de l’ARN en milieu alcalin :
Pouvez-vous expliquer pourquoi l’ARN, mais non l’ADN, est hydrolysé en
milieu alcalin ?
En raison de l’hydroxyle en C2
À pH alcalin, le groupement hydroxyl en 2’ du ribose peut devenir
déprotoné et la charge négative résultante de l’oxygène peut attaquer le
groupement phosphate en 3’. Comme l’ADN n’a pas de groupement
hydroxyl 2’ le pH alcalin ne peut donc pas induire d’hydrolyse de l’ADN.
En considérant l’hydrolyse spontanée de l’ARN en milieu alcalin :
Quelle est la fonction du Mg 2+ dans les réactions catalysées par l’ARN?
À pH neutre, l’ion Mg 2+ lié à l’ARN est impliqué dans la déprotonation du
groupement hydroxyl 2’ ce qui permet une attaque nucléophile sur le
groupement phosphate tout comme dans l’hydrolyse alcaline.
