Chapitre 4 Flashcards
Les chaînes d’ADN sont _________.
Anti-parallèles
Au pH physiologique, les acides nucléiques sont des _________.
polyanions
Nomme les purines:
Adénine et guanine
Nomme les pyrimidines:
Cytosine et thymine
Nommez les formes tautomériques qui prédominent à l’équilibre :
Céto et amino
Combien il y a d’acides aminés pour un tour complet de l’ADN-B?
10.5
Quelle est la distance qui sépare les deux hélices de l’ADN-B?
20 Amstrongs (2nm)
La hauteur du sillon mineur de l’ADN-B est de :
1.2 nm
La hauteur du sillon majeur de l’ADN-B est de :
2.2 nm
Qu’est-ce qui cause la migration d’une base azotée à l’extérieur de l’hélice ?
Les enzymes impliquées dans la recombinaison et la réplication de l’ADN.
Qu’est-ce qu’il y a de plus dans le grand sillon par rapport au petit ?
Il y a un donneur d’hydrogène, ce qui favorise les interactions faibles.
Nommez le sens du pas pour chaque type d’ADN:
ADN-Z: Gauche
ADN-A: Droite
ADN-B: Droite
Nommez celui avec le plus grand diamètre et celui avec le plus petit:
ADN-Z à le plus petit diamètre
ADN-A à le plus grand diamètre
Qualifier le grand sillon pour chaque type d’ADN:
ADN-A : Très étroit et très profond.
ADN-B : Large et profond.
ADN-Z: Inexistant
Qualifier le petit sillon pour chaque type d’ADN:
ADN-A: très large, superficiel
ADN-B: Étroit, profond.
ADN-Z: Très étroit et très profond.
Nommez quel type de liaison glycosidique se trouve dans chaque type d’ADN:
ADN-A : Anti
ADN-B: Anti
ADN-Z: Anti(pyr), Syn(pur)
Par quoi peut-on suivre la dénaturation de l’ADN ?
Par l’effet hyperchrome
Qu’est-ce qui interagie avec les groupements phosphates anionique et qui augmente la Tm ?
Les cations
Dans la topologie de l’ADN, que signifie LK ?
Il s’agit du nombre d’enlacement
Dans la topologie de l’ADN, que signifie T ?
Il s’agit du nombre de torsion
Dans les cellules, de quel manière l’ADN est toujours superenroulée ?
Négative
Qu’est-ce qui est nécessaire pour catalyser les réactions de topoisomérase?
Le groupement OH d’une tyrosine (ou deux)
Vrai ou Faux? Est-ce que le superenroulement de l’ADN affecte sa migration électrophorétique ?
Vrai
Pourquoi l’ADN-B est-il acide?
car le groupement phosphate perd un proton
Qu’est-ce qui caractérise un grand et un petit sillon au niveau de l’angle?
L’angle entre les liens glycosidique (entre la base et le sucre)
- 120° : petit sillon
- 180° : grand sillon
Quels sont les caractéristiques de chaque sillon?
grand sillon: lien chimique faible, car plus accessible aux protéines et aux molécules et permet une spécificté de contact
petit sillon: plus symétrique, ainsi plus difficile à distinguer les bases
Nomme moi les liens du sillon majeur et du sillon mineur de Guanine:
Sillon majeure: AADH
Sillon mineure: ADA
Nomme moi les liens du sillon majeur et du sillon mineur de Cytosine:
Sillon majeure: HDAA
Sillon mineure: ADA
Nomme moi les liens du sillon majeur et du sillon mineur de Adénine:
Sillon majeure: ADAM
Sillon mineure: AHA
Nomme moi les liens du sillon majeur et du sillon mineur de Thymine:
Sillon majeure: MADA
Sillon mineure: AHA
Qui suis-je? Je suis la forme favorisé in vitro.
ADN-A
Qui suis-je? Je suis la forme majeur pour l’ARN
ADN-A
Qui suis-je? Je suis la forme utiliser lorsque le pH change.
l’ADN-A
Qui suis-je? Je suis la forme utiliser lorsque l’ADN ou l’ARN s’apparie
l’ADN-A
Qui suis-je? Je suis la forme la plus commune
l’ADN-B
Qui suis-je? Je suis la forme qui a le plus haut taux de réussite dans la cellule
l’ADN-B
Qui suis-je? Je suis la forme zig-zag par alternance purine/pyrimidine à forte concentraiton de saline
l’ADN-Z
Qui suis-je? Je suis la forme que sont unité répétitive est le dinucléotide
l’ADN-Z
Qui suis-je? Je suis la forme qu’utilise l’ADN-microsatellite
l’ADN-Z
Qui suis-je? Je suis la forme de l’ADN utilisé par une enzyme
l’ADN-Z
Comment se fait la conversion de l’ADN-B ou l’ADN-A vers l’ADN-Z pour les purines?
Les bases subis une rotation autour de C1, ce qui change la configuration de anti à syn
Qu’est-ce que le C1?
Le carbone du sucre dont la base est attachée par un lien glycosidique
Qu’est ce que anti?
Les 2 gros de côté opposé
Qu’est-ce que syn?
Les 2 gros du même coté
Comment se fait la conversion de l’ADN-B ou l’ADN-A vers l’ADN-Z pour les pyrimidine?
Une rotation dunucléotide entier (sucre + base) autour des liens phosphodiesters, car il est symétrique
Quel lien permet l’appariement spécifique des base et une stabilité de la double hélice d’ADN?
Lien hydrogène
Quel lien permet l’interaction entre les paire de base empilé au centre de l’hélice?
Les force de Van der Waals
Quels liens se retrouve entre les groupements phosphate chargé négativement et les cations en solutions?
Les interactions ioniques
Que ce passe-t-il si on augmente le %G:C?
En augmentant %G:C, cela augmente la stabilité de l’ADN, donc cela augmente la température de fusion
Qu’est-ce que la température de fusion?
La température nécessaire pour dénaturé 50% de l’ADN
Que ce passe-t-il si l’on augmente la concentration de saline?
En augmentant la concentration de saline, cela neutralise la charge négative, ce qui stabilise plus l’ADN et augmente la température de fusion
Lors de l’effet hyperchrome, que se passe-t-il avec les doubles brins?
Les double brin limite l’exposition, alors l’absorbance est plus faible
Lors de l’effet hyperchrome, que se passe-t-il avec les simplesbrins?
Les simple brin ont leur base exposé, ce qui augmente l’absorbance
Quels sont les 2 types de superenroulement?
-Torsade (ex: ADN plasmique)
-Torons (ex: nucléosome)
Qu’est-ce qu’une tosade?
S’entrelace sur lui-même et est plus naturel
Qu’est-ce qu’un torons?
Créer un rond et est plus efficace et dense, mais il a besoin d’aide pour ce former
Décrit moi la topoisomérase de type 1
Elle coupe un brin d’ADN et modifie le nombre d’enlacement d’un tour à la fois
Décrit moi la topoisomérase de type 2
Elle coupe 2 brins d’ADN, requiert de l’ATP, modifie le nombre d’enlacement de 2 tour à la fois
Quel topoisomérase de type 2 est propre aux procaryotes?
Les gyrases, qui catalyse la formation de supertours négatif
Quel topoisomérase est capable de décaténation?
La topoisomérase de type 2
