Chapitre 4 Flashcards
Via quel élément du désoxyribose les 3 phosphates sont-ils attachés?
Le groupe Hydroxyle en 5’
Avec quelle liaison les nucléotides sont-ils reliés entre eux?
Phosphodiester (covalente)
Quels éléments des deux nucléotides sont reliés par la liaison phosphodiester?
1) le phosphate alpha attaché au groupe hydroxyle en C5 du nucléotide triphosphate
2) le groupement hydroxyle libre en C3 du 2’-désoxyribose
Comment l’énergie est-elle fournie dans la liaison phosphodiester entre deux désoxyribonucléotides?
par la libération du pyrophosphate
Dans quel sens se fait la synthèse du brin complémentaire?
5’ vers 3’
Quelle est la différence majeure entre l’ARN polymérase et l’ADN polymérase?
L’ADN polymérase ne peut pas ajouter seule des nucléotides: elle a besoin d’une amorce (donc ARN polymérase avant ADN polymérase)
Comment se déroule l’appariement des bases sur un nouveau brin?
1) Le groupement hydroxyle (OH-) en C2 du 2’ désoxyribose attaque le phosphate alpha du nucléotide triphosphate entrant
2) Le brin matrice choisit le nucléotide complémentaire
quels sont les 4 désoxyribonucléotides?
dGTP, dATP, dCTP, dTTP
Comment l’ARN polymérase peut-elle reconnaître le bon désoxyribonucléotide?
Il se fie à l’angle
Quel type de réaction est l’addition d’un nucléotide?
Réaction spontanée
Que signifie cette affirmation: La constante d’équilibre de la réaction de synthèse de l’ADN est de 10^5
C’est une réaction irréversible!
Quelle est la grande particularité de l’ADN polymérase?
elle catalyse 4 types de réactions avec le même site actif
Quels sont les 4 types de réactions catalysées par l’ADN polymérase?
l’ajout d’une guanine
l’ajout d’une thymine
l’ajout d’une cytosine
l’ajout d’une adénine
Comment l’ADN polymérase peut catalyser l’ajout du bon nucléotide parmi les 4 possibilités?
Elle se base sur la complémentarité des liaisons Watson-crick
Qu’est-ce qui empêche l’attaque nucléophile du 3’ OH libre sur le phosphate alpha du mauvais nucléotide entrant?
L’encombrement des liaisons non complémentaires et surtout l’angle qu’elles forment
Comment se nome le principe qui permet à l’ADN polymérase de catalyser l’ajout du bon nucléotide?
la sélectivité cinétique
La liaison phosphodiester se fait-elle avant ou après la liaison watson-crick lors de l’ajout du nucléotide?
après
Quel mécanisme l’ADN polymérase utilise-t-elle pour distinguer les riboNTP(s) des désoxyriboNTP(s) ?
l’exclusion stérique
Expliquez le mécanisme d’exclusion stérique
La cavité de liaison aux nucléotides est trop petite pour accueillir les deux OH des ribonucléotides
Par quoi est délimité la cavité de liaison aux nucléotides?
2 acides aminés qui font des contacts électrostatiques Van der vaals avec l’anneau du sucre (le désoxyribose)
Qu’arrive-t-il si les 2 acides aminés qui délimitent la cavité de liaison aux nucléotides sont changés?
Plus aucune distinction entre rNTP et dNTP
à quoi peut-on comparer les 3 domaines de l’ADN polymérase?
Une main:
- paume
- doigts
- pouce
Quelles sont les deux fonctions de l’ADN polymérase?
polymérase
exonucléase
De quoi est composée la paume de l’ADN polymérase?
D’un feuillet beta
Que contient le feuillet beta de l’ADN polymérase?
le site catalytique
En quoi les ions métalliques dans la paume aident à incorporer le nucléotide?
En réduisant l’affinité de l’hydrogène pour son oxygène. Le résultat (3’ O-) attaque alors le phosphate alpha du dNTP
Pourquoi les ions métalliques coordonnent les charges négatives des deux autres phosphates (autres que alpha)?
1) s’assurer que le 3’O- attaque bien le phosphate alpha du dNTP
2) Stabiliser le pyrophosphate
Qu’arrive-t-il lorsqu’il y a tout de même un mésappariement par l’ADN polymérase?
Catalyse ralentie
affinité réduite
rejet de l’amorce du site catalytique de la polymérase
le mécanisme de réparation se lie au brin mésaparié
Quelle fonction de l’ADN polymérase commence lorsqu’il y a mésappariement?
Exonucléase
Quel est le rôle des doigts de l’ADN polymérase?
Catalyse
Comment les doigts participent ils à la catalyse?
1) liaison avec le dNTP entrant
2) Blocage de son appariement près des ions métalliques qui favorisent la catalyse
3) s’associent au brin matrice et le coude
Quel est l’angle formé par les doigts et la paume? (pas sur que c’est la question mais je me rapelle que le prof à dit que l’angle était à savoir donc…)
40 degrés
Comment les ions métalliques Mg2+ de la paume tiennent en place?
Grâce aux interactions avec 2 aspartates (AA acides très conservés dans la paume)
Quel est l’angle entre les doigts et le brin matrice et le coude?
à 90 degrés
Quelle est la conséquence de l’association des doigts au brin matrice et au code?
Cela expose seulement la première base de la matrice au site catalytique
Qu’arrive-t-il à chaque fois que l’ADN polymérase ajoute un nucléotide au brin néoformé?
1) le dNTP s’apparie avec la première base libre du brin matrice
2) les doigts emprisonnent l’appariement
Que permet la conformation où les doigts emprisonnent l’appariement?
cela permet de placer les ions métalliques dans une position idéale pour favoriser la catalyse de la liaison phosphodiester
Qu’est-ce qui conduit à la réouverture des doigts?
la fixation du nouveau nucléotide apparié à l’amorce par la formation d’une liaison phosphodiester
Lequel des 3 domaines de l’ADN polymérase n’est pas lié à la catalyse?
le pouce
Quels sont les fonctions du pouce?
1) maintient l’amorce pour garantir une position vacante en face de la première base libre de la matrice et du site catalytique
2) Maintient la polymérase à son substrat
L’ADN polymérase est une enzyme dite processive. Qu’est-ce que cela signifie?
Elle a la capacité de catalyser de nombreuses réactions de manière consécutive
Combien de temps est le temps de fixation?
1 seconde
pourquoi l’ADN polymérase n’a pas d’intérêt à interagir avec le sillon majeur?
Car son affinité pour son substrat n’est pas spécifique à la nature de la séquence
Comment sont placés les différentes parties de l’ADN polymérase pour faciliter le mouvement le long de l’ADN?
Interaction Paume-Sillon Mineur
Pouce-Squelette phosphodiester
Quel type d’interaction permet à la polymérase de glisser sur l’ADN?
Électrostatiques
Entre quels éléments les interactions électrostatiques ont-elles lieux?
Entre l’exosquelette (phosphates) et le pouce
Qu’arrive-t-il aux liaisons hydrogènes entre la polymérase et le sillon mineur après chaque ajout d’une base?
Elles sont rompues
Qu’arrive-t-il avec les interactions pouce-exosquelette lors du glissement de la polymérase?
elles sont maintenues
Qu’est-ce qui accentue la processivité de la polymérase?
la pince coulissante PCNA
Quel est le rôle principal du pouce?
Empêche la polymérase de se décrocher
