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Biologie moléculaire > Chapitre 4 > Flashcards

Chapitre 4 Flashcards

1
Q

Via quel élément du désoxyribose les 3 phosphates sont-ils attachés?

A

Le groupe Hydroxyle en 5’

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Q

Avec quelle liaison les nucléotides sont-ils reliés entre eux?

A

Phosphodiester (covalente)

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3
Q

Quels éléments des deux nucléotides sont reliés par la liaison phosphodiester?

A

1) le phosphate alpha attaché au groupe hydroxyle en C5 du nucléotide triphosphate
2) le groupement hydroxyle libre en C3 du 2’-désoxyribose

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4
Q

Comment l’énergie est-elle fournie dans la liaison phosphodiester entre deux désoxyribonucléotides?

A

par la libération du pyrophosphate

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5
Q

Dans quel sens se fait la synthèse du brin complémentaire?

A

5’ vers 3’

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6
Q

Quelle est la différence majeure entre l’ARN polymérase et l’ADN polymérase?

A

L’ADN polymérase ne peut pas ajouter seule des nucléotides: elle a besoin d’une amorce (donc ARN polymérase avant ADN polymérase)

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7
Q

Comment se déroule l’appariement des bases sur un nouveau brin?

A

1) Le groupement hydroxyle (OH-) en C2 du 2’ désoxyribose attaque le phosphate alpha du nucléotide triphosphate entrant
2) Le brin matrice choisit le nucléotide complémentaire

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8
Q

quels sont les 4 désoxyribonucléotides?

A

dGTP, dATP, dCTP, dTTP

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9
Q

Comment l’ARN polymérase peut-elle reconnaître le bon désoxyribonucléotide?

A

Il se fie à l’angle

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10
Q

Quel type de réaction est l’addition d’un nucléotide?

A

Réaction spontanée

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11
Q

Que signifie cette affirmation: La constante d’équilibre de la réaction de synthèse de l’ADN est de 10^5

A

C’est une réaction irréversible!

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12
Q

Quelle est la grande particularité de l’ADN polymérase?

A

elle catalyse 4 types de réactions avec le même site actif

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13
Q

Quels sont les 4 types de réactions catalysées par l’ADN polymérase?

A

l’ajout d’une guanine
l’ajout d’une thymine
l’ajout d’une cytosine
l’ajout d’une adénine

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14
Q

Comment l’ADN polymérase peut catalyser l’ajout du bon nucléotide parmi les 4 possibilités?

A

Elle se base sur la complémentarité des liaisons Watson-crick

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15
Q

Qu’est-ce qui empêche l’attaque nucléophile du 3’ OH libre sur le phosphate alpha du mauvais nucléotide entrant?

A

L’encombrement des liaisons non complémentaires et surtout l’angle qu’elles forment

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16
Q

Comment se nome le principe qui permet à l’ADN polymérase de catalyser l’ajout du bon nucléotide?

A

la sélectivité cinétique

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17
Q

La liaison phosphodiester se fait-elle avant ou après la liaison watson-crick lors de l’ajout du nucléotide?

A

après

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18
Q

Quel mécanisme l’ADN polymérase utilise-t-elle pour distinguer les riboNTP(s) des désoxyriboNTP(s) ?

A

l’exclusion stérique

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19
Q

Expliquez le mécanisme d’exclusion stérique

A

La cavité de liaison aux nucléotides est trop petite pour accueillir les deux OH des ribonucléotides

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20
Q

Par quoi est délimité la cavité de liaison aux nucléotides?

A

2 acides aminés qui font des contacts électrostatiques Van der vaals avec l’anneau du sucre (le désoxyribose)

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21
Q

Qu’arrive-t-il si les 2 acides aminés qui délimitent la cavité de liaison aux nucléotides sont changés?

A

Plus aucune distinction entre rNTP et dNTP

22
Q

à quoi peut-on comparer les 3 domaines de l’ADN polymérase?

A

Une main:

  • paume
  • doigts
  • pouce
23
Q

Quelles sont les deux fonctions de l’ADN polymérase?

A

polymérase

exonucléase

24
Q

De quoi est composée la paume de l’ADN polymérase?

A

D’un feuillet beta

25
Q

Que contient le feuillet beta de l’ADN polymérase?

A

le site catalytique

26
Q

En quoi les ions métalliques dans la paume aident à incorporer le nucléotide?

A

En réduisant l’affinité de l’hydrogène pour son oxygène. Le résultat (3’ O-) attaque alors le phosphate alpha du dNTP

27
Q

Pourquoi les ions métalliques coordonnent les charges négatives des deux autres phosphates (autres que alpha)?

A

1) s’assurer que le 3’O- attaque bien le phosphate alpha du dNTP
2) Stabiliser le pyrophosphate

28
Q

Qu’arrive-t-il lorsqu’il y a tout de même un mésappariement par l’ADN polymérase?

A

Catalyse ralentie
affinité réduite
rejet de l’amorce du site catalytique de la polymérase
le mécanisme de réparation se lie au brin mésaparié

29
Q

Quelle fonction de l’ADN polymérase commence lorsqu’il y a mésappariement?

A

Exonucléase

30
Q

Quel est le rôle des doigts de l’ADN polymérase?

A

Catalyse

31
Q

Comment les doigts participent ils à la catalyse?

A

1) liaison avec le dNTP entrant
2) Blocage de son appariement près des ions métalliques qui favorisent la catalyse
3) s’associent au brin matrice et le coude

32
Q

Quel est l’angle formé par les doigts et la paume? (pas sur que c’est la question mais je me rapelle que le prof à dit que l’angle était à savoir donc…)

A

40 degrés

33
Q

Comment les ions métalliques Mg2+ de la paume tiennent en place?

A

Grâce aux interactions avec 2 aspartates (AA acides très conservés dans la paume)

34
Q

Quel est l’angle entre les doigts et le brin matrice et le coude?

A

à 90 degrés

35
Q

Quelle est la conséquence de l’association des doigts au brin matrice et au code?

A

Cela expose seulement la première base de la matrice au site catalytique

36
Q

Qu’arrive-t-il à chaque fois que l’ADN polymérase ajoute un nucléotide au brin néoformé?

A

1) le dNTP s’apparie avec la première base libre du brin matrice
2) les doigts emprisonnent l’appariement

37
Q

Que permet la conformation où les doigts emprisonnent l’appariement?

A

cela permet de placer les ions métalliques dans une position idéale pour favoriser la catalyse de la liaison phosphodiester

38
Q

Qu’est-ce qui conduit à la réouverture des doigts?

A

la fixation du nouveau nucléotide apparié à l’amorce par la formation d’une liaison phosphodiester

39
Q

Lequel des 3 domaines de l’ADN polymérase n’est pas lié à la catalyse?

A

le pouce

40
Q

Quels sont les fonctions du pouce?

A

1) maintient l’amorce pour garantir une position vacante en face de la première base libre de la matrice et du site catalytique
2) Maintient la polymérase à son substrat

41
Q

L’ADN polymérase est une enzyme dite processive. Qu’est-ce que cela signifie?

A

Elle a la capacité de catalyser de nombreuses réactions de manière consécutive

42
Q

Combien de temps est le temps de fixation?

A

1 seconde

43
Q

pourquoi l’ADN polymérase n’a pas d’intérêt à interagir avec le sillon majeur?

A

Car son affinité pour son substrat n’est pas spécifique à la nature de la séquence

44
Q

Comment sont placés les différentes parties de l’ADN polymérase pour faciliter le mouvement le long de l’ADN?

A

Interaction Paume-Sillon Mineur

Pouce-Squelette phosphodiester

45
Q

Quel type d’interaction permet à la polymérase de glisser sur l’ADN?

A

Électrostatiques

46
Q

Entre quels éléments les interactions électrostatiques ont-elles lieux?

A

Entre l’exosquelette (phosphates) et le pouce

47
Q

Qu’arrive-t-il aux liaisons hydrogènes entre la polymérase et le sillon mineur après chaque ajout d’une base?

A

Elles sont rompues

48
Q

Qu’arrive-t-il avec les interactions pouce-exosquelette lors du glissement de la polymérase?

A

elles sont maintenues

49
Q

Qu’est-ce qui accentue la processivité de la polymérase?

A

la pince coulissante PCNA

50
Q

Quel est le rôle principal du pouce?

A

Empêche la polymérase de se décrocher

Biologie moléculaire (6 decks)

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