Chapitre 3 Flashcards
Qu’est-ce qui stimule la formation de la fibre de 30 nm?
l’association entre histone H1 et l’ADN
Comment l’association entre histone H1 et l’ADN stimule la formation de la fibre de 30 nm?
Les histones h1 lient deux hélices d’ADN double brin puis ressèrent les nucléosomes adjacents
Quels sont les 2 facteurs qui permettent la condensation de la fibre de 30 nm?
1) H1 qui rapproche les nucléosomes
2) les queues N-terminales qui stabilisent la structure par leurs interactions avec l’ADN internucléosomiques et les 147 pb associées au nucléosome
Où sont les deux sites d’ancrage de H1?
1) Au milieu des 147 pb associé au nucléosome
2) Sur de l’ADN internucléosomique à une extrémité du nucléosome
Avec quoi chacune des queues N-terminales fait un lien ionique
de l’ADN de liaison et/ou de l’ADN de la super hélice de l’octamère adjacent
Quel est le rôle des queues de certaines histones dans les liaisons nucléosome-nucléosome?
elles interagissent spéficiquements avec les queues du nucléosome suivant
Pourquoi les queues des histones sont-elles indispensables?
Car elles contribuent à la formation de la fibre de 30 nm
Combien de nucléosomes par tour y a-t-il dans la fibre de 30 nm?
6
Comment sont les faces de des disques d’octamères dans la fibre de 30 nm?
ils se font faces
Où est l’ADN de liaison dans la fibre de 30 nm?
À l’intérieur de la fibre de 30 nm sans jamais traverser l’axe
La compaction de l’ADN en nucléosomes puis en fibre de 30 nm équivaut à une réduction de longueur de combien?
40x
L’organisation en boucles de la fibre de 30 nm permet d’empaqueter par un facteur de combien?
400x
Comment sont les liaisons entre le nucléosome et l’ADN?
faibles
Que permettent les changements de structures de l’ADN et du nucléosome?
L’accès transitoire de certaines protéines de régulation à l’ADN pour l’activation ou la répression des gènes
Quelles sont les 2 actions du complexe de remodelage des nucélosomes?
1) Glissement de l’ADN autour de l’octamère pour exprimer différents gènes
2) transfert de l’octamère d’une double hélice à une autre
Comment appelle-t-on les complexes de remodelage des nucléosomes?
SWI/SNF et ISWI
Qu’est-ce qu’un complexe de remodelage SWI/SNF et ISWI?
des complexes multiprotéiques contenant 1 sous-unité enzymatique hydrolysant l’ATP (pour rompre les liaisons H ADN-octamère)
Que font les complexes de remodelage SWI/SNF et ISWI?
Ils effectuent un déplacement directionnel sur l’ADN double brin
Quels sont les 3 sous-domaines des complexes de remodelage des nucléosomes?
1) pince de positionnement
2) domaine ATPase
3) pince de torsion
Quel est le mécanisme du complexe de remodelage des nucléosomes?
a) Tire sur l’ADN internucléosomique depuis le site de liaison le plus proche en utilisant de l’ATP
b) Brise les 5 sites de liaison entre les histons et l’ADN positionnés entre le site de l’ATPase et l’ADN internucléosomique
c) les 5 contacts se reforment avec l’ADN transloqué (plis)
d) le plis est transmis en rompant et recollant un à un les autres sites de liaison (vague)
Lorsque tous les sites de liaison sont reformés le nucléosome a changé de position sur l’ADN
Comment des protéines de liaisons peuvent rendre un site de liaison accessible à une protéine de régulation?
En se liant à des séquences d’ADN spécifique, elles empêchent la formation de nucléosomes si le fragment mesure plus de 150 pb
Que permet les régions sans nucléosomes?
de rendre accessible les sites de liaisons de plusieurs protéines de régulation
En quoi une protéine de liaison permet de positionner spécifiquement un nucléosome?
Elle lui sert de guidage
Qu’arrive-t-il lorsqu’on modifie les queues N-terminales des histones?
On altère l’accessibilité à la chromatine
Que peut-on faire subir aux Lysines (K) des queues N-terminales?
Acétylisation
Méthylisation
Que peut-on faire subir aux Sérines (S) des queues N-terminales?
Phosphorylisation
Qu’est-ce que les modifications des queues N-terminales des histones crée?
Le code des histones
Qui peut lire le code des histones?
Les protéines de régulation de l’expression de gènes
Quelles sont les trois caractéristiques principales des modifications des queues des histones?
Elles sont Site et Histone spécifiques
Elles sont graduelles
Quel enzyme peut acétyler une Lysine?
HAT
Histone acetyl transferase
La réaction de l’enzyme HAT est-elle réversible?
Non, il faut passer par une autre enzyme: une désacétylase (HDA)
Quel est l’objectif de l’acétylation de l’histone?
Neutraliser sa charge +
Quelles sont les étapes de l’acétylisation de l’histone?
1) attaque nucléophile du carboxyle ionisé de HAT sur le groupe amine protoné (NH3+) de la Lysine
2) Attaque nucléphile du groupe amine sur le groupe carbonyle
3) perte du pouvoir d’attraction de la lysine sur l’ADN
Quel coenzyme intervient dans la réaction d’acétylation de la lysine?
AcetylCoA
Que cause la neutralisation de l’acétylation de la lysine d’une queue d’histone?
la queue perd de son affinité pour le squelette sucre-phosphate de l’ADN chargé négativement
Que signifie HAT?
Histone acétyle transférase
Que signifie HDAC?
Histone désacétylase
Que signifie HMT?
Histone méthyle transférase
Que signifie HDM?
Histone déméthylase
Que fait l’acétylation de la lysine?
elle permet l’expression des gènes en relâchant l’ADN
Que fait la méthylation de la lysine?
elle inhibe l’expression des gènes en resserrant l’ADN
Quel est l’avantage d’avoir une acétylation graduelle?
Elle est plus précise
Qu’est-ce qu’un Bromodomaine?
C’est une protéine non-enzymatique qui reconnait et interagit spécifiquement avec les queues N-terminales acétylées (activation)
Qu’est-ce qu’un Chromodomaine et PHD?
Ce sont des protéines non-enzymatiques qui reconnaissent et interagissent spécifiquement avec les queues N-terminales méthylées (répression)
Comment sont les actions du bromo et chromodomaine?
Site et histone spécifiques
Expliquer les étapes de coopération entre HAT, Kinase d’histone et proténies à bromodomaine pour activer la transcription
a) une kinase de l’histone H3 est recrutée sur le promoteur par l’activateur transcriptionnel pour phosphoriler la sérine 10 sur H3
b) Le complexe de HAT de H4 est recruté sur le promoteur pour acétyler le résidu de la lysine sur H4
c) le complexe co-activateur Gcn5-HAT à Bromodomaine est recruté sur le promoteur pour acétyler la lysine 14 de H3
d) la modification post-traductionnelle de ces histones a pour effet de recruter l’ARN polymérase II et activer la transcription
magie du vomi
Quel est le problème de l’Assemblage des nucléosomes?
Les octamères d’histones ne sont pas répliquées en même temps que l’ADN mais il est nécessaire de doubler le nombre d’octamère d’histones
Quelle est la solution au problème de l’assemblage des nucléosomes?
La synthèse de nouvelles histones se fait avant G1
Quelles sont les étapes de l’assemblage des nucléosomes lors de la réplication de l’ADN?
1) À mesure que la fourche de réplication avance, les nucléosomes sont clivés en tétramères H3-H4 et dimères H2A-H2B
2) les tétramères retrouvent rapidement leur position d’origine sur l’une ou l’autre des doubles hélices soeurs
3) les dimères H2A-H2B sont relâchés dans le voisinage pour être repositionnées sur l’une ou l’autre des doubles hélices soeurs
À quoi servent les chaperons d’histones?
servent à l’assemblage des nucléosomes
Quel chaperon se lie à H3-H4?
CAF-1
Quel chaperon se lie à H2A-H2B?
NAP-1
Que permet CAF-1?
Il permet la première étape d’assemblage du nucléosome en déposant les tétramères H3-H4 nouvellement synthétisé sur l’ADN
où CAF-1 opère?
à la fourche de réplication
Avec quoi CAF-1 se lie?
PCNA
Quels sont les 2 motifs de liaison à PCNA de la sous-unité P150 de CAF-1?
PIP1 et PIP2
À quoi sert PIP1?
Il contribue à la liaison de P150 à PCNA à la fourche de réplication
À quoi sert PIP2?
1) à la liaison de P150 à PCNA à la fourche de réplication
2) à l’assemblage des nucléosomes lors de la réplication de l’ADN
Dans quelles fonctions sont impliqués les chaperons NAP?
Incorporation et échange de variants d’histones
Translocation de nucléosomes, prolifération cellulaire
Régulation du cycle cellulaire
Régulation transcriptionnelle
Réplication et apoptose
Quel est le rôle des chaperons NAP dans l’assemblage des nucléosomes?
Responsables de l’incorporation des 2 dimères H2A-H2B nouvellement synthétisé pour compléter le nucléosome (agit comme navette qui transporte les dimères du cytoplasme au noyeau)
De quoi sont constitués les chaperons NAP?
1 domaine NAP
1 queue N-terminale de séquence variable
1 queue C-terminale très acide chargée négativement
Quel partie du chaperon NAP est impliqué dans la liaison à l’histone?
le domaine NAP
Quel est le rôle de PCNA?
Pince coulissante qui maintient l’ADN polymérase pendant la synthèse des nouveaux brins
