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Biologie moléculaire > Chapitre 1 > Flashcards

Chapitre 1 Flashcards

1
Q

Qu’est-ce qu’un nucléotide?

A

Un phosphate attaché à un sucre, le 2’- désoxyribose et un nucléotide

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Q

Pourquoi le sucre s’appelle-t-il le 2’-désoxyribose?

A

Parce qu’il ne contient pas de groupement hydroxyle sur son carbone 2’

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Q

Comment la base est-elle reliée au sucre?

A

Par une liaison glycosyle

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4
Q

Comment est appelé le complexe du pentose et de la base?

A

nucléoside

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Q

Quelle est la liaison entre le phosphate et le sucre?

A

liaison 5’-phosphomonoester

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6
Q

Quelle est la liaison entre les nucléotides?

A

liaison phosphodiester

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7
Q

Que forment les liaisons phosphodiester?

A

le squelette sucre-phosphate

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8
Q

Quelles sont les deux classes des bases de l’ADN?

A

Purines et pyrimidines

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9
Q

Quelles sont les purines?

A

l’Adénine et la guanine

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10
Q

Quelles sont les pyrimidines?

A

la cytosine et la thymine

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11
Q

Qu’est-ce qu’une purine?

A

une molécule bicyclique

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12
Q

Qu’est-ce qu’une pyrimidine?

A

une molécule monocyclique

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13
Q

Quelle est la liaison entre une base et un sucre?

A

Liaison glycosyle

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14
Q

Quel sommet des pyrimidine est impliqué dans la liaison glycosyle avec le sucre?

A

le sommet N1

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15
Q

Quel sommet des purines est impliqué dans la liaison glycosyle avec le sucre?

A

le sommet N9

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16
Q

Comment est l’orientation des deux brins d’ADN?

A

Antiparallèle

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17
Q

Qu’est-ce qui impose l’orientation opposée des deux brins?

A

l’appariement des bases

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18
Q

Quel est le nucléoside de la cytosine?

A

2’-Désoxycytidine

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19
Q

Quel est le nucléotide de la cytosine?

A

2’-Désoxycytidine 5’-phosphate

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20
Q

Quel est le nucléoside de la thymine?

A

2’- Désoxythymidine

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21
Q

Quel est le nucléotide de la thymine?

A

2’- Désoxythymidine 5’- phosphate

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22
Q

Quel est le nucléoside de l’adénine?

A

2’-Désoxyadénosine

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23
Q

Quel est le nucléotide de l’adénine?

A

2’-Désoxyadénosine 5’-phosphate

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24
Q

Quel est le nucléoside de la guanine?

A

2’- Désoxyguanosine

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25
Q

Quel est le nucléotide de la guanine?

A

2’- Désoxyguanosine 5’-phosphate

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26
Q

Quelles sont les liaisons entre les bases complémentaires?

A

liaisons hydrogène

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27
Q

Que permet les liaisons hydrogènes entre les bases complémentaires?

A

Elles assurent la stabilité thermodynamique de l’hélice et la spécificité de l’appariement des paires de bases.

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28
Q

Quelles interactions contribuent fortement à la stabilité de la double hélice?

A

les interactions pi-pi

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29
Q

En général, dans quel sens est le pas de la double hélice de l’ADN?

A

à droite

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30
Q

Quelle est la périodicité hélicoïdale de l’ADN?

A

10 paires de bases par tour

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31
Q

Quel est le grand angle qui sépare les deux bases de chaque paires de bases?

A

240 degrés

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32
Q

Quel est le petit angle qui sépare les deux bases de chaque paires de bases?

A

120 degrés

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33
Q

Quelle est la lettre qui symbolise un accepteur d’hydrogène?

A

A

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34
Q

Quelle est la lettre qui symbolise un donneur d’hydrogène?

A

D

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35
Q

Quelle est la lettre qui représente un groupement méthyle?

A

M

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36
Q

Quelle est la lettre qui représente un hydrogène non polaire?

A

H

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37
Q

Quel est le code de la paire A:T dans le grand sillon?

A

ADAM

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38
Q

Quel est le code de la paire T:A dans le grand sillon?

A

MADA

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39
Q

Quel est le code de la paire G:C dans le grand sillon?

A

AADH

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40
Q

Quel est le code de la paire C:G dans le grand sillon?

A

HDAA

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41
Q

Que permettent les codes dans le grand sillon?

A

Ils permettent aux protéines agissant sur l’ADN de reconnaître une paire de base sans ambiguïté et sans ouvrir la double hélice.

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42
Q

Quel est le code de la paire A:T dans le petit sillon?

A

AHA

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43
Q

Quel est le code de la paire T:A dans le petit sillon?

A

AHA

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44
Q

Quel est le code de la paire G:C dans le petit sillon?

A

ADA

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45
Q

Quel est le code de la paire C:G dans le petit sillon?

A

ADA

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46
Q

Quels sont les 3 configurations de la double hélice?

A

A
B
Z

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47
Q

Quelle est la périodicité de la double hélice A?

A

11 pb/tours

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48
Q

Quelle est la périodicité de la double hélice Z?

A

12 pb/tours

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49
Q

Quel est le pas de l’hélice et comment sont le petit et le grand sillon de la double hélice A?

A

Pas: droit
Petit sillon: superficiel
Grand sillon: Étroit et profond

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50
Q

Quel est le pas de l’hélice et comment sont le petit et le grand sillon de la double hélice z?

A

Pas: Gauche
Petit sillon: Étroit et profond
Grand sillon: Absent

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51
Q

Dans quel milieu retrouves-t-on la double hélice A?

A

Privé d’eau

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52
Q

Dans quel milieu retrouves-t-on la double hélice Z?

A

Milieu hypertonique

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53
Q

Quelles sont les 3 différences entre l’ADN et l’ARN?

A
  • ARN contient du ribose au lieu du 2’-désoxyribose
  • ARN contient de l’Uracile au lieu de la thymine
  • ARN généralement à l’état monocaténaire
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54
Q

Quelle est la formule pour connaître le nombre d’entrelacements? Et que représente chaque variable?

A

E= T+S
E: entrelacements
T: Torsions
S: Supertours

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55
Q

Quelle est la définition d’un entrelacement?

A

Nombre de fois qu’il faut faire passer un brin d’ADN à travers l’autre pour séparer complètement les deux brins

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56
Q

Quelle est la définition d’une torsion?

A

Nombre de fois que les deux brins se croisent

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57
Q

Quelle est la définition d’un supertour?

A

L’ADN s’enroule sur lui-même de sorte que l’axe longitudinal de la double hélice s’entrecroise sur lui-même un certain nombre de fois zzzzzz….

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58
Q

L’ADN cellulaire présente-elle un superenroulement positif ou négatif?

A

négatif

59
Q

Quelles enzymes peuvent relâcher l’ADN superenroulé?

A

Topoisomérase

60
Q

Combien de brins coupe une topoisomérase de type 1?

A

1

61
Q

Combien de brins coupe une topoisomérase de type 2?

A

2

62
Q

La réaction de coupure de la topoisomérase de type 1 est-elle réversible?

A

oui

63
Q

La réaction de coupure de la topoisomérase de type 1 utilise-t-elle de l’ATP?

A

Non

64
Q

La réaction de coupure de la topoisomérase de type 2 utilise-t-elle de l’ATP?

A

Oui

65
Q

Quelle partie du 2’-Désoxyribonucléotide est hydrophobe?

A

La base

66
Q

Quelle partie du 2’-Désoxyribonucléotide est hydrophile?

A

Le ribose

67
Q

Qu’est-ce qu’un nucléoside?

A

La base + désoxyribose

68
Q

Quelle liaison relie la base au désoxyribose?

A

Pont glycosidique

69
Q

Comment les nucléotides sont-ils reliés entre eux? (quelle liaison entre quoi et quoi?)

A
  • Liaison phosphodiester
  • Entre le phosphate du groupement hydroxyle en C5 du nucléotide triphosphate et le groupement hydroxyle en C3 du désoxyribose
70
Q

Comment l’énergie est-elle fournie lors de la liaison phosphodiester entre le phosphate du groupement hydroxyle en C5 du nucléotide triphosphate et le groupement hydroxyle en C3 du désoxyribose?

A

Par la libération du Pyrophosphate

71
Q

Que permet l’attaque nucléophile?

A

L’élongation de la chaîne d’ADN

72
Q

Quel type de liaison est une liaison phosphodiester?

A

Covalente

73
Q

Grâce à quoi se forme la liaison phosphodiester?

A

Grâce à une attaque nucléophile

74
Q

Que se passe-t-il dans une attaque nucléophile?

A

Le doublet libre du Réactif nucléophile (O-) cherche à engager une liaison covalente avec l’atome électrophile attaqué (P)

75
Q

Quel type d’interactions y a-t-il entre les anneaux aromatiques des bases qui sont superposés en parallèle?

A

Interactions hydrophobes

76
Q

À quoi servent les interactions hydrophobes entre les anneaux aromatiques des bases qui sont superposés en parallèle?

A

stabiliser la molécule

77
Q

Le squelette sucre-phosphate est-il hydrophobe ou hydrophile?

A

Hydrophile

78
Q

Avec quelles molécules les sucres du squelette sucre-phosphate forment-ils des liaisons hydrogènes?

A

Molécules d’eau

79
Q

Que font les liaisons Watson-Crick dans l’ADN?

A

Maintiennent les deux hélices ensemble

80
Q

Les liaisons hydrogènes sont elles des liaisons faibles ou fortes? (Nécessitent-elles beaucoup d’énergie pour être rompues?)

A

Faibles (nécessitent peu d’énergie pour être rompues)

81
Q

Les liaisons covalentes sont elles des liaisons faibles ou fortes? (Nécessitent-elles beaucoup d’énergie pour être rompues?)

A

fortes

82
Q

Entre Covalente et hydrogène, quelle liaison est polarisée?

A

covalente

83
Q

Quelles sont les deux choix d’association de nucléotides pour les liaisons Watson-Crick et Combien de ces liaisons chacune d’elles possèdent?

A

Adénine-Thymine : 2 liaisons WC

Cytosine-Guanine: 3 liaisons WC

84
Q

Nommez les différentes liaisons Watson-Crick

A
  • 1 entre le radicaux Carbonyle de la Thymine et le groupement amine de l’Adénine
  • 1 entre un azote d’Adénine et un radicale amine de Thymine
  • 1 entre un azote de Cytosine et un radical amine de Guanine
  • 2 entre radicaux carbonyle et amine (Cytosine-Guanine)
85
Q

Quelle sont les trois règles de Chargaff?

A
  1. n adénines = n thymines
    et
    n Cytosines = n Guanines
  2. Liaisons Cytosine-Guanine est plus robuste que liaison Thymine-Adénine
  3. C’est la complémentarité des bases qui permet la complémentarité des chaines nucléotiditiques
86
Q

Quelles informations sur la molécule d’ADN l’expérience de diffraction des rayons X de Rosalind Franklin a-t-elle révélé?

A
  • La molécule d’ADN est Hélicoïdale
  • La périodicité de l’hélice est de 3,4 nm
  • Structure en double hélice
  • Il y a un décalage entre les 2 hélices
  • molécule complexe formée d’atomes de sucre et de phosphate
87
Q

À plus haute résolution, quelles informations supplémentaires sur la molécule d’ADN peut-on voir?

A

il y a 10 unités de pb par tour.

Il y a donc un espacement de 0,34 nm entre deux pb.

88
Q

Qu’est-ce qui est responsable de la structure spécifique en double hélice de l’ADN?

A
  • L’appariement complémentaire des bases

- L’angle fixe de liaison glycosidique

89
Q

Quelles interactions électrostatiques internes agissent dans la structure en double hélice?

A
  • Liaisons Watson-Crick

- Liaisons pi-pi

90
Q

Entre quels groupes se forment les liaisons pi-pi?

A

NH2 (Amine) et C=0 (Carbonyle)

91
Q

Que permet les interactions électrostatiques internes?

A

Empilement des bases

92
Q

Quels sont les deux sillons présent sur l’ADN de configuration B?

A

Sillon majeur

Sillon mineur

93
Q

Quels sont les deux angles des liaisons glycosidiques des sillons?

A

120 (mineur))

240 (majeur)

94
Q

Pourquoi y a-t-il deux sillons différents?

A

À cause de la géométrie des paires de bases

95
Q

Dans la liaison G:C du sillon majeur, combien d’accepteurs, de donneurs et d’hydrogènes non polaires sont présent?

A

2 accepteurs
1 donneur
1 hydrogène

96
Q

Dans la liaison A:T du sillon majeur, combien d’accepteurs, de donneurs et de grandes surfaces hydrophobes (groupe Méthyle) sont présents?

A

2 accepteurs
1 Donneur
1 grande surface hydrophobe (groupe Méthyle)

97
Q

Que permet les codes ADHM du sillon majeur?

A

Pas besoin de séparer les 2 brins pour reconnaître une zone de l’ADN

98
Q

Quel est le code du sillon majeur de C:G?

A

HDAA

99
Q

Quel est le code du sillon majeur de G:C?

A

AADH

100
Q

Quel est le code du sillon majeur de A:T?

A

ADAM

101
Q

Quel est le code du sillon majeur de T:A?

A

MADA

102
Q

Quel est le code du sillon mineur de C:G?

A

ADA

103
Q

Quel est le code du sillon mineur de G:C?

A

ADA

104
Q

Quel est le code du sillon mineur de A:T?

A

AHA

105
Q

Que lest le code du sillon mineur de T:A?

A

AHA

106
Q

Comment l’enzyme peut reconnaître une séquence dans le sillon majeur?

A

Par la liaison d’un facteur de transcription (une protéine en doigt de zinc) dans le sillon majeur

(Atome de zinc chanrgé + donc attiré par les groupes chargés - )

107
Q

Quel est l’avantage de ne pas avoir à ouvrir la double hélice lors de la reconnaissance des séquences d’ADN par les protéines? (utilisation des codes du sillon majeur)

A

Les liaisons hydrogènes restent intactes donc économie d’énergie

108
Q

Combien de topologies de la double hélice existe-t-il? Quels sont leur nom?

A

3
A
B
Z

109
Q

Combien de paires de bases par tour y a-t-il pour la double hélice A?

A

11

110
Q

Combien de paires de bases par tour y a-t-il pour la double hélice B?

A

10

111
Q

Combien de paires de bases par tour y a-t-il pour la double hélice Z?

A

12

112
Q

Quel est le pas de l’hélice A?

A

Droit

113
Q

Quel est le pas de l’hélice B?

A

Droit

114
Q

Quel est le pas de l’hélice Z?

A

Gauche

115
Q

Comment est le grand sillon de l’hélice A?

A

Étroit et profond

116
Q

Comment est le grand sillon de l’hélice B?

A

Large

117
Q

Comment est le grand sillon de l’hélice Z?

A

Absent

118
Q

Comment est le petit sillon de l’hélice A?

A

Superficiel

119
Q

Comment est le petit sillon de l’hélice B?

A

Étroit

120
Q

Comment est le petit sillon de l’hélice Z?

A

Étroit et profond

121
Q

Comment distinguer la forme A et B de la double hélice?

A

Par la conformation de leurs désoxyriboses

122
Q

À quoi sert la topoisomérase?

A

À rompre le squelette externe de la double hélice pour faire des isomères topologiques

123
Q

Que sont les isomères topologiques?

A

Différentes conformations d’un même brin d’ADN dont le nombre d’entrelacements (E de la formule E=T+S) est différent

124
Q

Pourquoi la topoisomérase est-elle importante pendant la réplication?

A

Parce qu’elle va supprimer les supertours en amont de l’enzyme qui sépare les brins (sinon cette dernière va être bloquée par trop de supertours)

125
Q

Combien de type de topoisomérase y a-t-il?

A

2

126
Q

Quelles sont les étapes de coupure de la topoisomérase de type 1?

A

1) coupure d’un simple brin
2) passage du brin non coupé
3) Collage du brin coupé

127
Q

Est-ce que la réaction de la topoisomérase de type 1 est réversible?

A

oui

128
Q

La topoisomérase de type 1 utilise-t-elle de l’ATP?

A

non

129
Q

Comment se déroulent les 2 attaquent nucléophiles de la topoisomérase de type 1?

A

1) le groupe phosphoryle exposé de l’ADN se lie par covalence à un résidu tyrosyle de l’enzyme
2) La liaison phosphotyrosine conserve l’énergie libre du pont phosphodiester coupé. Le Brin d’ADN peut donc être recollé en inversant la réaction de coupure du pont phosphodiester

130
Q

Combien de brins sont coupé par la topoisomérase de type II ?

A

2 brins

131
Q

Comment se déroule la coupure par la topoisomérase de type II?

A

1) L’enzyme s’ouvre pour accueillir un premier segment d’une molécule d’ADN double brin
2) un second fragment de la même molécule d’ADN s’y ajoute
3) L’enzyme accroche 2 molécules d’ATP et coupe le premier segment qui laisse alors passer le 2e segment au travers de cette brèche
4) la topoisomérase recolle le premier segment avant de relâcher les 2 segments

132
Q

Quel est le bilan global de la réaction enzymatique de la topoisomérase de type II?

A

Cela inverse le sens du croisement des segments

133
Q

À quoi sert l’hydrolyse de l’ATP dans la réaction de la topoisomérase de type II?

A

Opérer le changement de conformation de l’enzyme et non pas pour couper le double brin

134
Q

Quel type de topoisomérase peut décaténer?

A

Type II

135
Q

Quels type de topoisomérases peuvent relâcher?

A

type I et II

136
Q

Quel type de topoisomérase peut démêler?

A

Type II

137
Q

Dans quels domaines du vivant les topoisomérases de type I et II existent?

A

Les 3 domaines

138
Q

Quel est la différence entre le ribose de l’ARN et le désoxyribose de l’ADN?

A 
ARN= 2 groupes hydroxyles
ADN = 1 groupe hydroxyle
139
Q

Quelle est la conséquence pour l’ARN d’avoir un 2e groupe hydroxyle?

A

Rend l’ARN sensible à l’hydrolyse alcaline, ce qui entraîne la cyclisation du nucléotide donc à la coupure de la chaîne Ribose-Phosphate

140
Q

L’ARN peut-elle adopter les mêmes conformations que l’ADN?

A

oui

141
Q

Quelles sont les conformations de l’ARN les plus importantes?

A
  • Replis en trois dimensions
  • ARN de transfert
  • Molécules d’ARN ribosomiques
142
Q

L’Appariement des bases de l’ARN obéit-il aux mêmes règles que les liaisons Watson-Crick de l’ADN?

A

oui

143
Q

Pourquoi certains ARN ont des activités catalytiques?

A

À cause de leur structure tertiaire aussi complexe que celle des protéines (Ce sont des ribozymes)

144
Q

Quels sites possèdent les Ribozymes?

A

1 site actif
1 site de liaison avec le substrat
1 site de liaison avec un cofacteur

Biologie moléculaire (6 decks)

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