chapitre 2 Flashcards
ARN, ADN et protéines sont des polymères de quoi?
ADN et ARN: polymères de nucléotides
protéines: polymères d’AA
qu’est-ce que l’hybridation? et en quoi est-ce fondamental?
appariement des bases dans l’ADN
fondamental pour le séquençage et l’amplification par polymérisation en chaine
quelles sont les 4 structures des protéines? et brève description
- primaire: séquences en AA
- secondaire: structure de l’ossature
- tertiaire: structure tridimensionnelle
- quaternaire: formation de complexe
comment les bases sont appariées et combien de liens H?
A-T 2 liens H
C-G 3 liens H (plus stable)
que révèle le patron de diffraction d’un cristal d’ADN?
- chaque tour d’hélice contient 10 group réguliers (bases)
- structure 2nm de largeur
- qu’un tour d’hélice mesure 3.4nm (0.34nm entre chaque base)
quelle est la structure de l’ADN? (5 info)
- deux chaines antiparallèles
- enroulées en hélice
- sucre et phosphate forment chaines continues vers l’extérieur de l’hélice et constitue le squelette
- bases orientées vers l’int et maintenues ensemble par pont H
- Accessible par sillon mineur et majeur ( causé par angle entre le squelette sucre phosphate base)
à quoi sert le sillon majeur? et c’est la base de quoi?
plus grande ouverture
Permet à structure protéique de venir s’y loger pour s’adapter et reconnaitre les bases qui y sont présentes
- la base de la reconnaissance des séquence spécifiques d’ADN, qui permettront de contrôler l’expression des gènes et autres phénomènes
qu’est-ce qu’une liaison phosphodiester?
deux liens phosphoester = un lien phosphodiester
- ADN polymérase hydrolyse phosphate y et bêta d’un nucléotide triphosphate pour l’attacher au group hydroxyle en 3’ d’un autre nucléotide (synthèse se fait en une seule direction)
les liens phosphodiester sont-ils symétriques?
non, le phosphate est d’un côté attaché au C 3’ d’un nucléotide et de l’autre au C 5’ du suivant
dans quel sens se fait l’élongation?
5’ vers 3’
les bases appariées à l’int de l’hélice forment une surface hydrophobe ou hydrophile?
hydrophobe
les bases forment des surfaces pleines dans l’hélice, qu’est-ce qui stabilise davantage la molécule?
les interactions Van der Waals entre les bases adjacentes
chaque paire de bases expose des groupes chimiques, ADM, que font chacune de ces lettres? et à quoi permet la succession de celles-ci?
A: accepteur de liens H
D: donneur de liens H
M: méthyle (hydrophobe)
- permet de reconnaitre des séquences spécifiques dans l’ADN
(surtout groupes exposés du côté grand sillon)
quelle est la différence entre forme A et forme B de l’ADN?
B: forme générale (molécule hydratée)
A: molécule déshydratée, plus compact ( grand sillon plus étroit et profond, petit sillon plus large et moins profond)
qu’arrive-t-il lorsqu’une base est tordue?
- il y a un changement local de la largeur des sillons
- la structure varie donc légèrement selon la séquence
qu’est-ce que l’ADN Z?
- hélice tourne vers la gauche au lieu de à droite (conformation anti des liens glycosidiques)
- pyrimidine conformation anti
- purine conformation syn
- squelette sucre-phosphate en zig-zag
- rôle physiologique inconnu
est-ce que l’ARN peut être double brin?
oui localement
- dans la conformation A seulement
- structure secondaire
quel est la structure de l’ARN?
- simple brin
- présence groupement OH en 2’ du ribose ( gr. polaire)
- même ossature sucre-phosphate que ADN sauf ribose qui est diff
- Uracile se lie à A
deux types d’appariement particulier?
tige-boucle
pseudo noeud
comment est le complexe tertiaire?
simple brin donc plus flexible donc les bases peuvent se positionner les unes par rapport aux autres pour former des appariements non conventionnels (ex.: U:A:U) triple base
- prot peuvent se lier à ces structures tertiaires et les stabiliser (formant des ribonucléoprotéines dans des cas particuliers)
qu’est-ce que le ribozyme?
enzyme qui est capable de lier son substrat, effectuer une rx chimique relâcher le produit et recommencer
par quoi les nucléotides sont-ils assemblés?
par des liens chimiques forts (liens phosphodiesters), liens covalents
par quoi les chaines anti-parallèles sont-elles maintenues?
par des liens faibles (liens faibles) mais stables
qu’arrive-t-il si on chauffe une molécule d’ADN double-brin à 95°C? comment appelle-t-on cette étape?
les brins vont se séparer, mais chacun des brins restent intacts
- dénaturation
qu’arrive-t-il quand la T° redescend à 65°C? et comment on appelle cette étape?
les brins pourront se réassocier grâce à leurs séquences complémentaires
- hybridation
qu’est-ce que l’hybridation permet?
- séquence exogène peuvent se mettre avec la matrice
- on peut donc forcer la liaison de n’importe quelle molécule cible (doit être en excès)
nommer quelques techniques moléculaires?
- Southern et Northen
- puce à ADN
- hybridation in situ
- séquençage
- PCR
qu’est-ce que la T° de dénaturation? Et de quoi dépend- elle?
T° à laquelle une molécule double brin est séparée en deux brins simples
- dépend de la longueur de la séquence double brin (+ long = + chaud)
- dépend de la séquence elle-même (T° aug avec la richesse en C et G ou à cause de l’empilement des bases)
ADN double brin absobe + ou - de luminère UV que les nucléotides?
moins
qu’est-ce que le Tm? et de quoi dépend-il?
le point d’inflection = hausse subite de l’absorbance = T° où les molécules se sont dissociées
- dépend de la salinité ( si ++ salé l’ADN est plus stable, si – salé, molécule déstabilisé)
qu’est-ce que la méthode Southern?
détection d’ADN sur membrane
qu’est-ce que la méthode Northern?
détection d’ARN su rmembrane
qu’est-ce que la méthode d’hybridation in situ?
détection d’Acide nucléiques dans la cellule fixée (ex.: sur embryon ou tissus)
qu’est-ce que la méthode de la puce à ADN?
détection de séquences complémentaires sur micropuce
qu’est-ce que la méthode de la sonde d’ADN?
permet de réveler la présence de cette séquence dans différent contexte
dans l’électrophorèse, l’ADN est séparé selon leur masse
ADN chargé - migre vers la bande +
- gros migre lentement
- petit migre vite
à quoi sert l’hybridation sur filtre?
pour rechercher une certaine séquence
comment l’hybridation sur filtre fonctionne?
-utilise une sonde simple brin complémentaire
- on fait migrer sur gel pour ordonner les frangements ensuite on transfert sur une membrane pour pouvoir hybrider avec la sonde
- si la séquence compl, à la sonde est présente, la sonde s’hybridera avec la séquence compl.
- donc attachée par des liens faibles, mais stable, on live pour enlever l’excédent
Qu’est-ce qu’une puce à ADN? et sur quoi c’est fait? qu’est-ce qu’un puit contient?
- réprésentent un réseau ordonné de séquences synthétique déposées sur une lame de verre
- les séquences d’ADN sont synthétisés et déposées sur une lame de façon ordonnée
- chaque puit contient une séquence spécifique, ADN simple brin est fixés aux puits
- l’ARN isolé de tissu est marqués et déposés sur la puce
- les ARN marqués s’hybrident aux puits contenant la séquence complémentaire à celle de l’ARN
à quoi sert la code génétique?
traduire l’ADN
- la clé pour passer de la séquence en nucléotides emmagasinée dans l’ADN, aux séquences protéiques permettant de former des molécules fonctionnelles dans la C
les autres ARN qui jouent un rôle secondaire dans la synthèse des prot?
snARN (nucléaire): participe à la modif des ARNm
ARN non codants: plusieurs rôles nucléaires: structure de la chromatine, régulation de la transcription
quels sont les trois types d’ARN qui ont comme unique but de permettre la synthèse des prot? et leur rôle?
ARNm: copie l’ADN traduite en protéine
ARNt: reconnaissance des codons et transfertdes acides aminés (enre nucléotide et protéine)
ARNr: forme les ribosomes, dont la fonction est de créer les liens peptidiques entre AA pour faire prot.
ADN peut servir de matrice pour la fabrication de quoi?
pour la fabrication des ARN par polymérisation de ribonucléotides complémentaires
pour combien d’AA codent les 4 nucléotides?
20 AA
combien de nucléotides pour un AA
3
combien de codons possibles
64 mais seulement 43 diff
besoin d’un intermédiaire entre ARNm et AA, pourquoi et quoi?
pour reconnaitre un triplet d’AA, le meilleur candidat est une autre molécules d’ARN complémentaire et capable de se lier aux AA et aux acides nucléiques
- ARNt
qu’est-ce que la colinéarité?
les triplet se suivent dans le même ordre que les AA qu’ils codent ( ils sont adjacents)
combien de codons STOP
3
de quoi dépend de l’association des AA en une chaine +/- longue
de la structure tridimentionnelle
quel lien peut pivoter?
les liens entre l’amine et le C alpha et entre le C alpha et le carbonyl
- comme la chaine latérale est liée au C alpha, les angles permettent de la situer par rapport aux plants des liens peptidiques adjacents
comment peut-on pédire la structure primaire d’une protéine?
si on connait la séquence d’ADN qui code une protéine, car elle dépend directement du code génétique
de quoi est composé la structure secondaire?
hélice alpha
feuillet bêta
qu’est-ce que permet l’hélice alpha?
permet l’alignement précis des atomes des AA et la formation de nombreux liens H (tourne vers la droite)
- arrangement le plus stable de l’ossature protéique
quelle est la conformation de l’hélice alpha?
les chaines latérales de tous les AA sont vers l’ext. de l’hélice, ce qui les positionne pour réagir avec d’autres molécules, comme l’ADN ou une autre prot.
de quoi vient la stabilité des feuillets bêta?
provient de la possibilité d’étyablir des liens H entre les atomes de l’ossature de 2 brins adjacents
de quoi est formé les feuillets bêta?
4-6 brins de chacun 8-10 AA
parallèle ou anti-parallèle
ne sont pas complètement plats, mais tournent un peu vers la droite le long d’un axe central
de quoi tient en compte la structure tertiaire? à quoi sert-elle?
de la structure secondaire de l’ossature et du positionnement optimal des chaines latérales
- pour maximiser les liens faibles entre atomes de l’ossature et atomes des chaines latérales
qu’est-ce que la structure quaternaire décrit?
- décrit comment les protéines s’associent ensemble pour former des unités fonctionnelles
- pas toutes les prots ont besoin de ça
quelle est la diff entre homodimère et hétérodimère?
homodimère: structure quaternaire composée de +s prot identique
homodimère: structure quaternaire composée d’un seul type de prot
de quoi sont souvent constitué les grosses prot?
de plusieurs domaines structuraux (endroit fonctionnel de la prot)
de quoi est formé un domaine? qu’arrive-t-il aux domaines similaires?
- d’une suite continue d’AA dans la séquence
- ils apparaissent dans de nombreuses protéines aux fonctions différentes
par quoi peuvent être reconnu les motifs structuraux?
par l’alignement des séquence d’AA
que veut dire une séquence similaire?
une structure similaire
par quoi est caractérisée chaque protéine?
par sa séquence d’AA unique
comment on peut séparer les prot
par leur masse ou leur charge
quelles sont les trois principales techniques et sur quoi reposent-elles?
reposent sur masse, charge et affinité des prot pour une certaine molécule
- séparer selon leur masse: filtration sur gel ou électrophorèse en gel de plyacrylamine
- séparer selon la charge: colonne échanseuse d’ions et focalisation électronique
- selon leur affinité: colonne d’affinité ou Ac spécifiques
à quoi sert chromatographie? et le principe pour charge et masse?
séparer les prot selon leur masse
- colonne en microbilles aqueuses
- les petites prot vont dans bille et les grosse passe direct (filtration sur gel)
- ou billes enrobées de groupement (ex.: -)
- donc prot de charge opposée sont retenues et les autres passent graduellement selon leur charge
- on ajoute un tampon qui relâche les prot prise (échangeuse d’ions)
comment fonctionne la chromatographie d’affinité?
- la résine de la colonne est couplé à une molécule capable d’intéragir spécifiquement avec une prot
- l’extrait protéine passe dans la colonne, les prot spécifique reste pris dans la résine et le reste passe
- après lavage, on peut obtenir les prots (solution brise intéraction (pH, salinité))
qu’est-ce que le SDS-Page et comment ça marche?
- séparation selon la masse
- échantillon dénaturé dans du SDS ( détergent qui se fixe partout sur la prot et lui donne une charge -
- migration sur gel polyacrylamide
le SDS sépare les prot selon quel principe?
selon la masse seulement, car toutes les prots sont neg
qu’est-ce qui fait varier la charge nette d’une prot? et qu’est-ce qu’une charge nette?
- selon le pH de la solution
- est une mesure de protons libres (pH d’une solution) (proton libre en mesure d’annuler la charge d’AA - et les anions annuler la charge des AA +)
qu’est-ce que le point isoélectrique?
le pH où une prot est neutre
qu’est-ce que la focalisation électrique? comment ça marche?
- utilise une bande de polyacrylamide où un grandient de pH est créé
- on dépose l’échantillon sur le gel et on met un courant électrique (borne +: acide, borne -: basique
- prot - vont vers borne + et inversement
- prot s’imobilisent complètement quand charge nette nulle
que combine le gel 2D?
la focalisation électrique et l’électrophorèse dénaturant SDS-Page
comment ça marche le gel 2D?
- On sépare les prot selon leur charge par focalisation électrique sur une mince bande de gel contenant un gradient de pH
- on dénature ensuite les prot séparées par le gradient de pH avec le tampon SDS
- on place bande sur un gel de poly dénaturant et on sépare les prot selon leur masse
- on obtient ensuite un plan de l’ensemble des prot contenues dans un échantillon
