Chapitre 2 Flashcards
Pour quels liens sont unis les acides aminés qui forment la structure primaire d’une protéine ?
Des liaisons peptidiques
Par quoi commence et termine une protéine ?
Commence par la partie N terminale et termine par la partie C terminale
Quelles sont les parties qui composent une acide aminé ?
Un carbone asymétrique, un groupement amine (NH2), un groupement carboxyle, un atome d’hydrogène et une chaîne latérale R.
À quoi sert la chaîne R d’un acide aminé ?
À faire des liaisons qui lui sont propre (ex. lysine peut faire des liaisons ioniques, mais pas la glycine)
Quels sont les 2 structures secondaires des protéines ?
Hélice a (chaînes R vers l’extérieur) et feuillet B (chaînes R vers le haut et le bas)
Que veut on dire par les structures secondaires se forment spontanément ?
Presque immédiatement à cause d’un bilan énergétique favorable
Comment se forme les structures secondaires ?
Par des liens H au niveau des cœurs des acides aminés
Qu’est-ce que la structure tertiaire possède que la structure secondaire ne possède pas ?
Des domaines fonctionnels (régions ayant des activités enzymatiques/ ou des sites de liaisons pour d’autres molécules)
Est-ce que un domaine donné se replie toujours de la même façon ?
Oui
Qu’est-ce qui détermine la fonction d’un domaine fonctionnel ?
Sa forme
Est-ce qu’un même domaine peut se trouver plusieurs fois dans la même protéine ?
Oui
Est-ce que toutes les protéines ont une structure quaternaire ?
Non
Comment est formé la structure quaternaire ?
Elle est formée de l’interaction entre plusieurs chaînes peptidiques (structures tertaires)
Exemples 2 de protéines avec des structures quaternaires ?
Hémoglobines et actine
Combien de chromosomes possèdes les bactéries ?
Un chromosome circulaire
Combien de chromosomes possède l’humain ?
46
Dans quelle structure se situe le matériel génétique des bactéries ?
Nucléoïde
Vrai ou faux, des petites protéines aident à l’organisation spatiale de l’ADN bactérien, rôle similaire aux histones eucaryotes ?
Vrai
On dit du nucléoïde qu’il est…
dynamique
Qu’est-ce que H-NS ?
Histone-like nucleoid-structuring
Quel est le rôle des H-NS ?
Tenir l’ADN dans une position spécifique ou former un pont
Quels sont les deux autres façon de compacter l’ADN dans le nucléoïde ?
L’enrouler avec des protéines d’enroulement et plier l’ADN avec des protéines pliant l’ADN
Pourquoi est-ce que le nucléoïde est dynamique ?
Parce qu’il change de forme selon les besoins de la cellule
Combien de fois l’ADN doit être condensé chez les humains ?
200 000 fois
De quoi dépend la condensation de l’ADN d’une cellule ?
De son cycle cellulaire
Quels sont les 2 niveaux de condensation ?
Chromosome mitotique : ADN très condensé
Chromatine : ADN moins condensé
À l’interphase, à quel degré de condensation est la cellule ?
Chromatine
Durant la division cellulaire (mitose) à quel degré de condensation est l’ADN ?
Chromosomes mitotiques (les protéines représentent la moitié de la masse du chromosome)
Qu’est-ce qu’une chromatine ?
Un ensemble d’ADN et de protéines associés
La majorité des protéines de la chromatine sont…
Des histones
Quel est le rôle des protéines non histones dans la chromatine ?
Elles jouent des rôles de transcription, réplication, réparation et recombinaison de l’ADN
Qu’est-ce qu’un hétérochromatine ?
Région non transcrite, condensé à plus de 30 nm
Qu’est-ce qu’une euchromatine ?
Région active pour la transcription, entendu à 11 nm
Qu’est-ce que le nucléosome ?
Structure de base de la chromatine et le premier niveau de compaction
Quels sont les 8 histones qui font parties du nucléosome ?
2XH2A + 2XH2B + 2XH3 + 2xH4
Combien de fois l’ADN s’enroule-t-il sur lui-même autour du noyau du nucléosome ?
1,65 fois
Qu’est-ce que l’ADN intercalaire ?
L’ADN se situant entre deux noyaux de nucléosome
Pourquoi est-ce que les histones sont riches en lysines et arginines ?
Ce sont des acides aminés chargés positivement qui leur permet d’avoir de meilleures interactions avec l’ADN
Pourquoi est-ce que l’interaction avec les histones se situent principalement au niveau du sillon mineur ?
Parce qu’il est plus flexible que le sillon majeur, moins d’encombrement stérique
Pourquoi est-ce que le nucléosome a plus tendance à se lier avec les nucléotides A:t ?
Parce qu’ils sont plus petit que GC, plus tendance à s’enrouler facilement
Comment sont agencé les histones au sein d’un nucléosome ?
2 dimères H2A-H2B et un tétramère H3-H4
La queue N-Terminale des histones se situe vers l’intérieur ou l’extérieur ?
L’extérieur
Quelle partie du nucléosome lie l’ADN ?
Le tétramètre H3-H4
À quoi servent les 2 dimères H2A-H2B ?
Ils stabilisent le complexe
À quoi sert que la queue N-Terminale soit à l’extérieure des histones ?
Stabilise davantage l’ADN autour du noyau et permettent des interactions entre les nucléosomes
Combien de points de contact entre l’ADN et les histones à l’intérieur du nucléosome ?
14 points de contact
Quel sillon fait face au noyau du nucléosome ?
Le sillon mineur
Combien de liens hydrogènes incluant quel élément sont formés dans le nucléosome ?
40 liens hydrogènes dont la plupart impliquant les O de la charpente
Est-ce que les queues N-terminale sortant des histones sont modifiables ?
Oui, par des enzymes
Où sont situées les queues H2B et H3 ?
Entre les deux brins d’ADN, où 2 sillons mineurs se font face
Où sont situées les queues H4 et H2A ?
En haut et en bas des deux hélices
Est-ce que les queues participent aux liaisons hydrogènes avec l’ADN ?
Oui
Quel est l’effet de l’acétylation sur les histones ?
Cache la charge positive sur les lysines des histones, perte d’interaction, ADN se détache, moins condensé
Quel est l’effet de la phosphorylation sur les histones ?
L’ajout du P va neutraliser une charge + voisine de la lysine ou arginine. Peut aussi augmenter la répulsion de l’ADN en ajoutant une charge moins.
Quel est l’effet de la méthylation et ubiquitination sur les histones ?
Permet l’ajout de groupement pour permettre la compatibilité avec d’autres protéines.
Les modifications aux histones sont réversibles ou irréversibles ?
Réversibles
Lorsque des protéines lient l’ADN à des intervalles inférieurs à 150 pb, on dit que le positionnement du nucléosome est…
Inhibé pour donner l’accès plus facile à l’ADN aux protéines
Qu’est-ce que l’assemblage préférentiel ?
Le fait que la présence d’un nucléosome recrute des protéines qui vont attirer d’autres nucléosomes pour lier l’ADN.
Vrai ou faux, le nucléosome est essentiel au maintient des niveaux de compactions supérieures ?
Vrai
À quoi sert l’histone H1 ?
Interagit avec l’ADN intercalaire et une partie d’ADN enroulés dans le nucléosome pour resserrer les nucléosomes et enrouler 20 pb de plus.
Quels sont les 2 modèles possibles concernant les interactions entre les nucléosomes via les queues des histones ?
Solénoïde et zig zag
Quel est le rôle des protéines Sir ?
Former une boucle avec les nucléosomes pour augmenter le niveau de compaction
Quel type de protéines stabilisent les boucles formées par les protéines Sir ?
Les protéines d’échafaudages nucléaires
Que sont les topoisomérases II ?
Ils participent dans le maintient de la structure et s’assurent que les bouclent demeurent séparées l’une de l’autre
Que sont les condensines ?
Pinces auto complémentaires qui permettent de retenir 2 chromatides sœurs en 1 chromosome mitotique.
Qu’est-ce que le génome ?
Ensemble des informations contenues dans l’ADN dont les séquences sont nécessaires pour coder tous les ARNm et toutes les protéines de l’organisme
Quels sont les fonctions du chromosome mitotique (4) ?
Compacter, protéger, organiser et transmettre
Qu’est-ce que le BLAST ?
Un logiciel qui permet d’aligner les séquences d’ADN entre les espèces et séquences connues
Est-il aussi possible d’aligner les séquences protéiques d’acide aminé avec un BLAST ?
Oui
En général, plus un génome est grand, plus l’organisme est…
complexe
Existe-t-il de grande variation de génome au sein d’organismes similaires ?
Oui, génome du blé 15x plus grand que celui du riz
Qu’est-ce qu’un plasmide ?
Ce sont des petites molécules d’ADN circulaire généralement indépendante du chromosome et susceptible d’être transmise d’un individu à un autre
Est-ce que le plasmide est essentiel à la survie de la cellule ?
Non, mais confère un avantage
Quels organismes eucaryotes ont leur propre génome ?
Mitochondries et chloroplastes
Quels sont les caractéristiques du génome des mitochondries et chloroplastes ?
Existe en plusieurs copies, réplication indépendante de la cellule, transmission non mendélienne, génome circulaire, etc
Qu’est-ce qu’un gène ?
Un charactère transmissible (héréditaire) porté par ADN. Un ensemble de segments d’acides nucléiques contenant l’information nécessaire pour produire un ARN fonctionnel de façon contrôlée.
À quoi sert un promoteur ?
Il permet d’économiser de l’énergie et de garder le matériel génétique le plus petit possible.
Comment sont organisés les gènes bactériens ?
Ils sont généralement organisés en opérons.
Comment sont organisés les gènes eucaryotes ?
Les gènes eucaryotes sont longs et discontinus (présence d’introns)
Lequel du gène bactérien ou eucaryote code pour plusieurs protéines ?
Un gène bactérien code pour plusieurs protéines, un gène eucaryote code pour une seule protéine
Que peut on dire de la proportion de gènes codants et non codant dans le génome bactérien ?
Beaucoup de régions codantes et très peu de régions non codantes
Combien d’origine(s) de réplication possède le génome bactérien ?
Une seule
Que se passe-t-il avec les régions codantes lorsque l’organisme se complexifie ?
Ils deviennent de moins en moins nombreux par rapport aux régions non codantes (petite densité génique)
Qu’est-ce qu’un intron ?
Portion non codante d’ADN dans un gène, transcrite puis éliminé par épissage dans les ARN matures
La longueur moyenne d’ADN transcrit en ADN est de 27kb/gène. Combien de cette partie code actuellement pour une protéine (exons) ?
1,3 kb
Qu’est-ce qu’une séquence fossile ?
Ce sont des pseudogènes et fragments de gène créée par erreur (duplication, incorporation de gènes viraux, mutations, etc)
Qu’est-ce qu’un ARN régulateur ?q
C’est un ARN transcrit de l’ADN qui ne sera pas traduit, mais plutôt impliqué dans la régulation
Combien d’origine(s) de réplication a une organisme eucaryote ?
Plusieurs !
Quelles sont les séquences répétées dans l’ADN ?
Les microsatellites, les télomères et les transposons
Pourquoi est-ce que la chromatine doit toujours être déroulé et ré enroulée ?
Pour permettre aux protéines d’avoir accès aux gènes spécifiques en temps et lieu
Qu’est-ce qui favorise le dynamisme des histones ?
Les complexes remodelant de la chromatine (ATP dépendant) et les complexes de modifications post traductionnelles des queues d’histones.
Qu’est-ce qu’une région transcriptionnal silencing ?
C’est section qui ne sera jamais transcrite en ARNm comme l’hétérochromatine constitutive
Par quoi est recruté le complexe ATP dépendant ?
Par des facteurs de transcriptions ou les queues N du nucléosome
Pourquoi est-ce que les complexes ATP dépendant ont besoin d’ATP ?
L’énergie est utilisée pour permettre une redistribution des liens entre l’ADN et les histones
Comment est-ce que le complexe ATP dépendant permet de découvrir les régions d’ADN cachées ?
Il permet de déplacer les histones qui tiennent majoritairement grâce aux ponts H et ainsi de les faire glisser sur l’ADN pour découvrir une région d’ADN
Combien y a-t-il de sous complexes remodelant des complexes ATP dépendants de la chromatine ?
4
Est-ce que tous les complexes ATP dépendants permettent le glissement ?
Oui
Quel est le seul sous complexe qui permet l’éjection du nucléosome ?
SW1/SNF
Quelle famille du complexe ATP dépendant permet l’échange d’histone ?
INO80
Est-ce que tous les histones sont identiques ?
Non, certains histones sont différentes des autres de quelques acides aminés et ça change grandement leur fonction
Qu’est-ce que la transgénèse ?
L’induction d’un gène étranger dans un génome d’intérêt
Qu’est-ce qui différencie la voie classique de la voie génétique au niveau de la modification du génome d’un organisme ?
La voie classique pourrait arriver dans la nature, mais pas la voie génétique
Comment fonctionne la voie par croisement ?
On croise deux organismes spécifiques et on sélectionne les enfants qui ont les gènes voulus
Comment fonctionne la voie par mutagénèse ?
On applique une radiation ou un mutagène qui va permettre la sélection d’un trait recherché
Comment fonctionne la voie par transgénèse ?
On ajoute un gène au plasmide d’une bactérie ou dans un virus qui, en infectant un hôte, va transmettre le gène voulu
Transgénèse chez les plantes (juste lire) 6 étapes
Sélection du gène étranger, clonage dans le plasmide Ti, transformation bactérienne pour distribuer le plasmide avec le gène d’intérêt dans la cellule végétale, incorporation de l’ADN étranger dans le génome de la plante, sélection des cellules transformées et croissance de plantules, les plantes obtenus sont transgéniques
