celbiologie 2 Flashcards
1) geef de naam voor gamma-tuRC + leg uit
2) geef de naam voor GRiPs + leg uit
3) wat is MAPs? geef naam + leg uit
1) gamma-tubuline Ring Complex
= vormt centrosoom samen met centriolenpaar; bol rond centriolen met allemaal gamma-tubulines erop die microtubuli vormen weg van centrosoom (minpool hangt vast op tuRC; +pool naar buiten gericht voor groei)
2) Gamma-tubuline Ring Proteins
= mee in bouw van GtuRKs
3) MAP= Microtubule Associated Proteins
= stabiliseren de microtubuli (vb: Tau en MAP2)
(microtubulus polymerisering)
1) Wat gebeurt er indien: polymerisering»GTP hydrolyse?
2) Wat gebeurt er indien:
polymerisering
1) er is snellere groei dan afbraak van de microtubulus, deze zal dus groeien=> er ontstaat een “GTP cap”
2) er is meer afbraak (- pool) dan polymerisering (+pool)=> Geen GTP cap;=> CATASTROFE(uit elkaar pellen als een banaan)
2 soorten microtubuli
- cytoplasmatische microtubuli
= dynamisch dooheen cytosol; axonen; kabeltransport; delingsspoel bij mitose/meiose - axonemale microtubuli
=stabiele en geordend; cellulaire beweging; flagella; basal bodies
actine is …..vormig. Welke pool ligt waar?
“hoefijzer”
holle kant: minpool; “pointed end”
bolle kant: +pool; “barbed end”
een ander woord voor microfilament is …… Het is dan ook opgebouwd uit …..
“F-actine”; “G-actine”
er zijn 4 bouwstijlen voor microfilamenten: geef ze en geef hun kenmerken
1) stress fibers
=>@trailing edge;kabels door cytosol; focale adhesie(vast aan PM); bevatten myosine voor contractie; bieden stevigheid
2) cel cortex (schors)
=> @trailing edge; 3D structuur, net onder PM; geeft vorm aan de cel
3) lammellipodia (branched) en 4) filopodium (parallel)
=> @leading edge; sleurt de hele cel mee in beweging; dynamische actine structuur; +pool naar PM gericht om WEG te duwen bij groei
er zijn….. isovormen van actine; geef hun namen en in welke cellen ze terug zijn te vinden
“3”
alfa-actine=> spiercellen
beta; gamma-actine=> niet-spiercellen
geef de geneesmiddelen die ingrijpen/interageren met microtubuli
-colchicine, colcemide => inhibor polymerisatie -nocadazol => inhibitore polymerisatie -vincristine; vinblastine => aggregatie tubuline heterodimeren; inhibitor polymerisatie - taxol =>stabiliseert microtubuli (onbeweeglijke "dikke kabels") er is geen dynamiek meer
geef de naam voor: microtubulus wordt afgebroken aan +pool; scheidt in verschillende protofilamenten
catastrofe
geef de toxines die ingrijpen op microfilamenten en leg uit
- Cytochalasine D => blokkeert +eind voor polymerisering - Latrunculine A => depolymerisering van de +pool - Phalloidine => stabiliseren van microfilamenten (net zoals taxol doet bij microtubuli) - Jaspakinolide => inducer van nucleatie proces (snellere polymerisering)
hoe liggen de microtubuli in de neuronen?1) in axonen en 2) in dendrieten?
1) in axonen liggen ze parallel met +pool weg van kernlichaam, gestabiliseerd met Tau (=MAP)
2) in dendrieten liggen ze antiparallel, gestabiliseerd met MAP2
hoe ligt het MTOC tijdens de interfase vd cel? hoe noemen we het MTOC dan? Waaruit bestaat MTOC?
perinuclear, dan is het centrosoom. Het is opgebouwd uit 2 keer 9 tripletten van microtubuli; de 2 spoelfiguren staan loodrecht op elkaar (centriolenpaar)
hoe noemen we de bijzondere structuur van een rode bloedcel? waarvoor is deze handig?
Bi- concave structuur; is handig om aan hoog tempo doorheen capillairen te transporteren zonder verstopt te geraken
hoe zijn intermediaire filamenten opgebouwd? Wat is hun voornaamste functie?
=>parallele heterodimer
=>antiparallelle tetramer (van 2 dimeren)
=>plakken samen tot een protofilament
=> 8 protofilamenten vormen 1 intermediare filament
FUNCTIE: mechanische sterkte van de cel
leg uit: Treadmilling; in welke situatie gebeurt dit?
= polymerisering aan de (+)pool van de microtubulus en afbraak aan de (-)pool; lengte blijft hetzelfde maar de microtubulus “beweegt zich voort”
Listeria bacterie is gewapend tegen fagocytose; leg uit.
Listeria bacterie kan ontsnappen uit het fagosoom, daarna kan ze zich verspreiden naar andere cellen ZONDER in extracellulair milieu te komen => vorming van “actine raket”
naam voor fase waar [vrije tubuline] = [kritische concentratie]
plateau-fase; hier bijft de microtubulus in evenwicht!
naam voor wanneer microtubulus in de groeifase zit
elongatie fase
opbouw microtubulus
- uit tubuline eiwitten (alfa en beta)
- heterodimer
- POLAIR/asymetrisch: -pool(START is een alfa) en +pool(hier is meeste groei)
- AFMETINGEN: diameter = 25nm(KAN ook veel groter); breedte van 1 dubbele ring = 8nm;
synoniem voor trage groeifase in vormingsproces microtubuli
nucleatie
van welke structuur zijn microvili een toepassing in bv. darmepitheel? Welke specifiek?
cytoskelet=> microfilamenten
waar/nietwaar: microfilamenten zijn polaire structuren.
Waar; er is een +pool (barbed end) en een minpool (pointed end)
waarvan zijn microvili een toepassing in het darmepitheel?
microfilamenten (cytoskelet)
wat is een +-TIP eiwit? (microtubuli)
wat is een catastrofine?
+-TIP= proteïne dat bindt op +pool van polymeriserende microtubulus, VOORKOMT catastrofe vb: EB1
catastrofine = eiwit dat bindt op +pool vd microtubulus en induceert afbraak door catastrofe vb: MCAK
wat is formine? wat is de functie?
ringvormige dimer aan +pool van F-actine; het rekruteert profiline (=verlenging van vertakte ketens op F-actines)
wat is MTOC?
= MicroTubule Organizing Center
=> aka centrosoom
wat is Tauopathie? Link dit met een gekende pathologie
tauopathie= verzwakkig van tau eiwit, neuron is minder stabiel=> afsterven neuron! dit is neurodegeneratie; symptoom bij ziekte van Alzheimer:
(tau en afgebroken neuron stapelen op in NFT’s=neuroFibrillary Tangles)
welke eiwitten komen aan bod bij nucleatie op de zijkant van F-actines?
SWAP; WAVE => Arp2/3
daarna verlengt profiline de vertakte ketens
welke eiwitten verbinden actine met membranen?
Integrines; denk aan focale adhesie
welke microtubuli en microfilamenten zijn terug te vinden bij eukarya?
Tubuline en actine
geef de membraanfosfolipiden bij bacteria, archaea en eukarya
Bac: glycerol-3-fosfaat + lineaire vetzuren
Arch: glycerol-1-fosfaat + vertakte polyisoprenoïden
Euk: glycerol-3-fosfaat + lineaire vetzuren
(table 4-1)
geef voor de 3 levensdomeinen alle info over de ribosomen (size, #proteins, #RNAs)
Bac: 70S; 54 proteinen en 3 RNAs
Arch: 70S; 65proteinen en 3-4 RNAs
Euk: 80S; +/-80 proteinen en 4 RNAs
wat gebeurt er niet in bacteriën dat wel gebeurt in zowel archaea als in eukarya?
RNA processing (table 4-1)
waar/niet waar: archaea hebben een cytoskelet.
niet waar (table 4-1)
leg uit waarom virussen wel/niet toebehoren aan de levende natuur.
3 voorwaarden:
- interactie met omgeving (X)
- groei (X)=> virion zelf kan niet groeien
- structuur (V)
virus voldoet aan 1/3 en is dus NIET-levend
Hoe is een virus opgebouwd?
- manteleiwitten (homodimer van zelfde eiwitten)
- genetische informatie (RNA of DNA
- soms ook membraan
=> 1 ring van manteleiwit bestaat uit 17 monomeren; steeds dubbele ring!
GEEN ribosomen; organellen
AFMETINGEN
breedte: +/- 18 nanom
lengte 25-300 nm
wat zijn de pH’s in de lumen van 1) lysosoom en 2) vacuole?
1) 4,5
2) 5 à 6
geef de voorname functies van een peroxisoom.
- afbraak H202
- oxidering lange, vertakte vetzuren
- afbraak toxines
geef de voordehandliggende functies van membranen:
- fysieke barrière
- organisatie
- transport
- communicatie
- celadhesie
antimicrobiële peptiden zijn gebouwd als (1). Hun (2) zijde bindt op het (3) membraan van (4). Daarna vormen verschillende peptiden een (5) die de bacterie ontregelt en vernietigt.
(1) amfipathische helices
(2) positieve
(3) negatief geladen
(4) bacteriën
(5) transmembranaire porie
wat is de volledige naam van het experiment dat de laterale mobiliteit in een membraan bewees:
FRAP = Fluorescence Recovery After Photo bleaching
wat zijn de regels van het Fluid Mozaic model?
- Fluid:
- fluïde karakter van de amfipathische dubbellaag (6-8 nm)
- Mozaic:
- integrale membraaneiwitten
- membraaneiwitten met vetanker
- perifere membraaneiwitten
waar/nietwaar: er is energie nodig voor de vorming van lipidendubbellaag in het cytosol.
niet waar: zelf assemblage!
welke verschillende klassen membraanlipiden komen voor in de membraan?
- fosfolipiden
- sterolen
- glycolipiden
fosfolipiden bestaan uit welke onderdelen? Welke 2 grote groepen fosfolipiden bestaan er?
- apolaire staart (vetzuurketen)
- polair hoofd(fosfaatgroep + restgroep)
fosfoglyceriden en fosfomyelines
glycerolruggengraat<>sfingosineruggengraat
er zijn enkele favoriete restgroepen bij de fosfolipiden; welke? Geef ook de lading van de restgroep en zo ook de nettolading vh fosfolipide
- choline (+1) => netto 0
- ethanolamine (+1) => netto 0
- serine (0) => netto -
- inotisol (0) => netto -
Geef de triviale naam voor C18:1
oleaat = oliezuur
Geef de triviale naam voor C18:2
linolaat = Linoleenzuur
hoe meer verzadigd het vet, hoe ….. de fluïditeit
lager; hoe meer verzadigd, hoe minder beweeglijk!
Geef de triviale naam voor C16:0
palmitaat=palmitinezuur
Geef 2 essentiële vetzuren die de mens uit voeding moet halen. Waarom per se uit eten?
linolzuur: (omega-6)=> C18:2
linoleenzuur: (omega-3)=> C18:3
[omega = tel starten vanaf einde keten]
=> mens kan maar verzadigen tot C9; saturaties vanaf C10 kan de mens niet produceren
Geef uitleg over de bouw van sfingomyeline.
Sfingomyeline:
- fosfaatgroep (op C1
- choline
- sfingosine ruggengraat (geknikt molecule)
- 1 VZketen (op C2)
vertel iets over de toepassing van ergosterol
ergosterol uit mandarijntjes => analoge functie aan antimicrobiële peptiden = afweermechanisme tegen schimmels in fruit
vat kort samen: de verdeling van lipiden in de membranen (PM en ER-membraan)
PM
- exo: PC-SL-Chol
- cyto: PS-PE-PI-Cho
E.R. (symmetrische verdeling)
- cyto: PC-PS-PE-Cho
- lumen: PC-PS-PE-Cho
Wat is het effect van cholesterol in de membraan?
Stabiliserend vermogen:
- bij hoge T°: stabilisering van de VZ
- bij lage T°: verstoring laterale stapeling vd VZ
Waaruit zijn ‘lipid rafts’ uit opgebouwd?
- lipiden
=> cholesterol; glyco/fosfolipiden - eiwitten
=> kinasen, receptoren…
er zijn 3 types membraaneiwitten; welk type kan je losweken in een 1M HCl bad?
perifere membraaneiwitten (deze interageren weinig of niet met het membraan)
hoe lang moet een eiwit minstens zijn opdat het de membraan volledig kan doorkruisen als zijnde een transmembranair eiwit?
20 à 30 aminozuren
er zijn verschillende vetankers voor membraaneiwitten, welke?
cytosolisch:
- vetzuurketen
- isoprenyl (farnesyl OF geranylgeranyl
extracellulair:
- GPI (glycosyl fosfatidyl inotisol) => is een fosfosfingolipide
Wanneer is een complex een multipass proteïne?
zodra meerdere passages doorheen membraan (vb: rhodopsine)
wat kan je aflezen op een ‘Hydropathy plot’?
= grafiek die waarneemt welke stukken van membraaneiwit hydrofoob/fiel zijn=> zo zijn ook de aantal membraan passes te zien
wat is glycolysering?
binding van suiker covalent op AZ
waar/nietwaar: glycophorine is een multipass eiwitcomplex. Waar vinden we glycophorine terug?
nietwaar: het is een singlepass eiwit in rode bloedcellen
hier wordt sfingomyeline geproduceerd
Golgi-apparatus
hier vindt de catalase reactie plaats
peroxisoom
hier gaan de Cytochrome P reacties door
S.E.R.
hier gebeurt cholesterol synthese, hoe heet die een bepaald reactie enzym voor dit proces?
S.E.R; HMG CoA reductase
hier worden fosfoglyceriden aangemaakt
S.E.R.
