celbio 1 - Van Eynde - exam week Flashcards
deze retrovirussen coderen voor een reverse transcriptase:
HIV, RNA tumor virussen
deze reverse transcriptases komen voor in eukarya
- telomerase
- retrotransposons
COVID-19 codeert voor een…?
RNA-dependent RNA polymerase
De genetische code is niet overlappend MAAR welke uitzonderingen zijn er?
- sommige bacteriën en virussen
- ook soms in humaan genoom
“De genetische code is gedegenereerd.”=> hoeveel tRNA’s voor hoeveel codons?
+/-35 tRNAs voor 61 (64 met de stopcodons) codons
er zijn 2 opties voor een sequentie met maar 2 verschillende AZ’en in: hoe heten ze en hoe zien ze eruit?
- Copolymeren: ABA-ABA-BAB-ABA-BAA-ABA-AABA (random)
- Alternerend :ABA-BAB-ABA-BAB-ABA (afwisselend)
waar ligt het discriminator element? in welke organismen?
ligt downstream van de -10 sequentie; te vinden bij prokarya aan de bacteriële promotor
Hoe ziet de Pribnow box eruit? Hoe ziet de -35 sequentie eruit?
@prokarya=> (-10 sequentie) = TATAAT
(-35 sequentie) = TTGACAT
welke groeven ken je in RNApolymerase bij prokarya?
1) beta pincer = houden van ss DNA (displaced)
2) beta’ (accent) pincer = houden van RNA-DNA heteroduplex
3) beta flap = herwinden van de dsDNA (dicht bij de beta pincer)
4) Exit = RNA exit
proofreading leest een foute nucleotide; wat gebeurt er?
1) RNApol wacht, NT gaat eraf
2) RNApol gaat achteruit, fout NT + vorige NT gaan eraf (NT kan functioneel worden als ribozyme)
terminatie van transcriptie bij prokarya: 2 opties
1) Rho-onafhankelijk = GC-rijke (haripin loop) + UUUUU
2) Rho-afhankelijk = Rho is een ATP-afhankelijke helicase die de heteroduplex uit elkaar haalt
welke RNApolymerase heeft als functie de 5S rRNA eenheid transcriptie? in welke organismen is dit?
RNApol III
Wat zijn de overgeschreven units van RNApol 1? Waar vindt het plaats?
- 28S rRNA
- 18S rRNA
- 5,8S rRNA
@nucleolus (ALS ENIGE)
geef RNApol 1 promotor
[-180;-107] = up-stream [-45;+20] = kern promotor => hier ligt TSS in (+1)
Geef de RNApol 2 promotor
BRE=>TATA(-25)=>Inr(bevat TSS)=>DPE
BRE = TFIIB Recognition Element DPE = Downstream Promotor element
Geef volgorde van associatie in het pre initiatie complex van de transcriptie:
Op TATA-box: TF2D(met TBP = TATA-BindingProt.)=>A en B=>F (met RNApol 2)=> E en H
terminatie signaal van de RNapolymerasen (eukaryoten):
1: 18nt terminatie signaal herkenning
2: stoppen 10-35 nt na herkenning polyA-signaal (AAUAAA)
3: UUUUU regio
Waarom gebruikt men EMSA?
controle “Bindt het eiwit aan het DNA?”
juist/fout: Spacers worden nooit afgeschreven
FOUT!=> worden wel afgeschreven ‘intron’ achtig
Hoe bekom je een inosine (I) nucleotide?
Deaminering van adenine (A)
noem de eigenschappen van 5’-capping:
- altijd pas NA initiatie
- 7-methylguanosine
- 5’-5’ binding ipv. 5’-3’
- soms methylering van 1e en 2e ribose
Spliceosoom: Waar bindt de U2 snRNP?
U2 bindt aan de A “branch point” => hier zal “GU” start sequentie van intron binden ter vorming van de lariat.
functie van Cajal Bodies; Speckles:
Cajal Bodies: snoRNA en snRNA processing
Speckles: interchromatine clusters, RNA stockage
functie van APOBEC3G:
= een antivirale factor
=> deoxycytidine deaminase (A wordt een U) ter vernietiging van vreemd ssDNA
Hoeveel verschillende aminoacyl-tRNA’s zijn er?
22:
- 20 voor de aminozuren
- 2 bijzonder voor 21e en 22e AZ (selenocysteïne en pyrrolysine)
Welke reactie geeft energie voor de aminoacyl-tRNA synthetase?
pyrofosfatase (PPi + H20 –> 2Pi) zeer exergonische reactie
initiatie translatie bij prokarya:
binding van IF1,2 en 3 aan 30S subunit => 2 heeft een GTP gebonden
Wat doet de Shine Dalgarno sequentie?
= seq. in mRNA dat complementair is aan het +/- 3’ uiteinde van het 16SrRNA=> binding van mRNA aan het ribosoom
initiatie translatie bij eukarya:
aan 40S subunit van ribosoom: eIF(1A; 1; 2(GTP gebonden); 3; 5) aan mRNA (aan 5'kant): eiF[4E(GTP gebonden = actief dan); 4G; 4A(GTP niet gebonden = actief dan); 4B]
We noemen de som van E, G enA ook wel eIF4F
Geef me de Kozak sequentie:
ACC AUG G
Geef de functies van EF-TuGTP/GDP en EF-GGTP/GDP:
EF-Tu: (=GEF) moet aminoacyl-tRNA’s aanbrengen en doen binden op de A-site van het ribosoom; weer dissociatie door hydrolyse. EF-Tu wordt weer “opgeladen” door EF-Ts
EF-G (=GEF) moet 50S of 60S subunit een plaatsje opschuiven (TRANSLOCATIE) zodat A-site weer vrijkomt voor nieuwe tRNAs.
Dit zijn processen in bacteriën, maar zijn gelijkend in eukarya (enkel anderen namen voor de GEFs)
in welke organismen komt Methionyl-tRNA^fMet voor?
NIET in eukaryoten!! in prokarya, voornamelijk bacteriën.
Hoe veel ATP’s worden verbruikt tijdens de translatie?
Bacteria (8) - Eukarya (9)
Initiatie: 3 4
elongatie: 4 4
terminatie: 1 1
nog is +1 per foute AZ insert!
een goed voorbeeld van een chaperone is…. Wat doet dit? Hoe is het opgebouwd?
Hsp60=> binden van een peptide (in totaal 14ATP) om te vouwen (een chaperone assisteert de correcte vouwing van een eiwitketen)
GroEL/GroES complex
- GroEL = 2 heptameer ringen
- GroES = 1 hetpameer ring
Welke oplossingen kent een organisme tegen mutaties tijdens de translatie?
1) Nonsense suppressor tRNA
invoegen van ander AZ, beter fout AZ dan een premature stopcodon
2) Nonstop mRNA Decay
afbraak van een mRNA zonder stopcodon, adhv. ribonuclease
3) Nonsense mediate mRNA decay
herkenning van premature stopcodons, zodra STOP tussen 2 EJC-complexen ligt=> afbraak van het mRNA (STOP moet namelijk normaal gezien in het laatste exon liggen, dus dat is NA het laatste EJC-complex
Geef de post-translationele modificaties en ook waar ze worden toegepast:
1) Methylering
- Lys; Arg=> op de aminogroep
2) Acetylering
- Lys=> op aminogroep
3) Fosforylering
- Ser; Thr; Tyr=> op hydroxylgroep
4) Glycosylering (suikergroep erop)
- O linked: Ser; Thr
- N linked: Asn
Glucose inhibeert adenylaat cyclase waardoor het minder cAMP wordt geproduceerd, dit noemen we….
katabolische repressie
Trp-operon wordt beïnvloed door haar eindproduct. We noemen dit:
repressie door eindproduct; Trp is een co-repressor
Vergelijk: Ribo schakelaars in E.coli en B. subtilis:
1) B. subtilis: attenuatie in operon voor FMN-FAD synthese, binding van riboschakelaar op riboRNA stopt de transCRIPTIE
2) E.coli: NIET in operon (ook synthese FMN en FAD = de riboflavines) binding stopt de transLATIE
3 soorten “potentie”:
1) omnipotent/totipotent=> volledig organisme (zygote)
2) pluripotent=> alle lichaamscellen (embryonale stamcel)
3) multipotent=> meeste lichaamscellen (adulte stamcel)
Wat is het nadeel aan Ips?
Weinig controle => vergrote kans op tumoren… (=therapeutisch klonen met ge de-differentieerde stamcellen)
Hoe zijn lymfocyten zo gevarieerd in hun voorkomen?
$ verschillende genomen
=> DNA-herschikkingen
=> verhoging in aantal mutaties (BER en AID helpen hier bij)
BER = Base-Excision-Repair: AID = Activator Induced cytidine Deaminase