celbio 1 - Bollen - Exam week

Question 1

Wat houdt een “lysogene cyclus” in bij bacteriofagen?

Answer 1

DNA is ingebracht in het bacterieel genoom, dit DNA is nu ‘besmet’ en is nu een pro-faag. De bacterie deelt nietsvermoedend in nieuwe cellen die opnieuw bacteriofaag-DNA dragen.

Question 2

Waaruit bestaat een nucleosoom?

Answer 2

2 windingen dsDNA ron de histonen; H2A;H2B; H3; H4 (+ook H1 als stabilisator van grotere eenheden).

Question 3

Hoeveel poriën telt een celkern ongeveer?

Answer 3

3000 - 4000 poriën; elk een grootte van 120nm MAAR er is maar een opening van 9nm!

Question 4

Specifieer de voorwaarden voor diffusie of actief transport naar/uit de kern:

Answer 4

Diffusie: diameter porie is 9nm; max. bovengrens is 60kDa; optimaal is ongeveer 30kDa

Actief transport vergroot de groep tot moleculen tot diameter 26nm

Question 5

Snelheden van transport in/uit de kern:

Answer 5

1) Tijdens transcriptie (UIT) 20 000 ribosomale subunits/minuut
2) Tijdens DNA-replicatie (IN) 300 000 histonen/minuut

Question 6

Dit molecule migreert Ran-GDP weer naar zn plaats:

Answer 6

NTF2; het neemt Ran-GDP weer mee naar de kern

Question 7

Wat zijn de functies van fibrillen/granulen in de nucleolus?

Answer 7

1) Fibrillen: rRNA synthese

2) Granulen: assemblage van (pro-)ribosomale subeenheden

Question 8

Wat is ongeveer de snelheid van basenpaar replicatie (voor 1 polymerase) bij eukarya en prokarya?

Answer 8

• Eukarya: 2000bp/minuut

- Prokarya: 50 000bp/minuut

Question 9

Wat zijn de functies van de proteïnen die te maken hebben met de DNA replicatie bij bacteriën?

Answer 9

• DnaA = bindt aan 4 9-meren=> effect is ontwinding van de 3 13-meren
• DnaB = helicase
• DnaC = transporter voor DnaB
• SSB = Single-Strand Binding protein bindt op ssDNA zodat deze niet opnieuw dsDNA vormt.

Question 10

Hoezeer verbetert proofreading bij DNA de foutenmarge?

Answer 10

voor proef: 1 per 10^5
na proef: 1 per 10^7
=> verbetering van factor 100 WAUW!

Question 11

Wat is het primosoom? Waar komt het voor?

Answer 11

Primosoom komt NIET voor bij eukaryoten; het is in bacteriën het complex dat bestaat uit proteïnen + helicase + primase. De proteïnen activeren het primase en enkel zo kunnen primers gevormd worden op de ssDNA in bacteriën.

Question 12

Wat is DNA gyrase? Waar komt het voor?

Answer 12

Het komt voor bij bacteriën. Gyrase is een type 2 topoisomerase (knipt dus dsDNA); ontwinding van positieve supercoiling adhv. negatieve supercoiling.

Question 13

Welke moleculen zijn allemaal nodig in de DNA replicatie bij bacteriën? (In de juiste volgorde aub)

Answer 13

• DNA helicase
• DNA gyrase
• SSB
• Primase
• DNA polymerase
• DNA ligase

Question 14

Hoe groot is ongeveer het gat van de “sliding clamp” op het DNA?

Answer 14

35 Angstrum (= 3,5 nanometer)

Question 15

Welke moleculen vind je zoal terug in het replisoom? In welke organismen vindt dit plaats?

Answer 15

alle moleculen voor DNA replicatie PLUS enkele bijzonderheden:

• Sliding clamp: houdt DNApol vast zodat de 2 strengen symmetrisch repliceren
• Clamp loader: houdt Sliding clamps vast
• RNAse=> afbraak van de RNAprimers

Replisoom komt voor in bacteriën. (ook in eukaroyten, maar handboek bespreekt het bij bacteriën.

Question 16

Geef de sequentie die veelvuldig voorkomt aan de telomeren bij eukaryoten; hoe heet dit gen?

Answer 16

TTAGGG; TEL-sequentie

Question 17

Wat is de Hayflick limiet van een cel?

Answer 17

Het is de limiet die inhoudt hoe vaak een gemiddelde cel kan repliceren voordat ze afsterft (senescentie of apoptose). De limiet ligt om en bij de 50à60 replicaties.

Question 18

Geef de enzymen die inwerking treden tijdens BER:

Answer 18

1) Glycosylase = verwijdert de foute base
2) AP endonuclease = verwijdert de AP deoxyribose (AP=a-purine OF a-pyrimideine!!)
3) DNApolymerase
4) DNAligase

Question 19

Tijdens NER treden deze moleculen in werking:

Answer 19

1) excinuclease (aka NER endonuclease) = 2x knippen in DNA backbone => insluiting van de DNA fout

De Uvr proteïnen:

• UVR-AB = herkenning van DNA distortie (fout)
• UVR-C = endonuclease functie
• UVR-D = DNA helicase + helpt met verwijderen van de foutieve streng
• DNApolymerase
• DNAligase

NER is de BESTE repair tool! vb:bij TT dimeren is er volledig herstel.

Question 20

Hoe worden thymine dimeren nog hersteld?

Answer 20

Naast NER ook gebruik van ‘fotolylase’ = adhv. energie van zichtbaar licht (deze stof is aanwezig in zonnencrème!)

Question 21

De 2 excision repairs zijn handige hersteltools. Wanneer kunnen ze plaatsvinden?

Answer 21

TIJDENS de replicatie; NIET er na! Ze maken namelijk gebruik van DNA polymerase, kan dus maar plaatsvinden zolang DNApol gebonden is!

Question 22

Mismatch repair staat voor een moeilijke taak voor dat het kan herstellen; wat moet er gebeuren en hoe werkt dit?

Answer 22

Er moet een onderscheid gemaakt worden tussen oude(correcte) en nieuwe(met de fout) streng. Dit gebeurt door herkenning van bepaalde sequenties die pas na enige tijd gemethyleerd worden. Volgende proteïnen werken samen:

1) MutS = herkenning van niet-gemethyleerde site
2) MutH = herstel endonuclease
3) exonuclease knipt foute streng weg en brengt de correctie aan

Question 23

Wanneer zien we DNApolymerase η in actie? In welke organisme komt dit polymerase voor?

Answer 23

Het is een eukaryoot polymerase dat DNA repliceert terwijl er fouten aanwezig zijn; we noemen dit ook een “ByPass polymerase” Het is GEEN herstelfunctie maar eerder een soort schade beperking. Het proces heet “Translesie synthese”. Translesie is dus absoluut NIET fout vrij…

Question 24

Deze proteïnen voegen in bij een dsDNA breuk:

Answer 24

Ku70 en Ku80: zij binden elk aan de gebroken stukken DNA en rekruteren EXOnucleasen in de hoop de dsDNA breuk weer te herstellen. De enige fase waarin dit herstel mogelijk is = G0/G1; VOOR DNA is gerepliceerd.