celbio 1 - Bollen - Exam week Flashcards
Wat houdt een “lysogene cyclus” in bij bacteriofagen?
DNA is ingebracht in het bacterieel genoom, dit DNA is nu ‘besmet’ en is nu een pro-faag. De bacterie deelt nietsvermoedend in nieuwe cellen die opnieuw bacteriofaag-DNA dragen.
Waaruit bestaat een nucleosoom?
2 windingen dsDNA ron de histonen; H2A;H2B; H3; H4 (+ook H1 als stabilisator van grotere eenheden).
Hoeveel poriën telt een celkern ongeveer?
3000 - 4000 poriën; elk een grootte van 120nm MAAR er is maar een opening van 9nm!
Specifieer de voorwaarden voor diffusie of actief transport naar/uit de kern:
Diffusie: diameter porie is 9nm; max. bovengrens is 60kDa; optimaal is ongeveer 30kDa
Actief transport vergroot de groep tot moleculen tot diameter 26nm
Snelheden van transport in/uit de kern:
1) Tijdens transcriptie (UIT) 20 000 ribosomale subunits/minuut
2) Tijdens DNA-replicatie (IN) 300 000 histonen/minuut
Dit molecule migreert Ran-GDP weer naar zn plaats:
NTF2; het neemt Ran-GDP weer mee naar de kern
Wat zijn de functies van fibrillen/granulen in de nucleolus?
1) Fibrillen: rRNA synthese
2) Granulen: assemblage van (pro-)ribosomale subeenheden
Wat is ongeveer de snelheid van basenpaar replicatie (voor 1 polymerase) bij eukarya en prokarya?
- Eukarya: 2000bp/minuut
- Prokarya: 50 000bp/minuut
Wat zijn de functies van de proteïnen die te maken hebben met de DNA replicatie bij bacteriën?
- DnaA = bindt aan 4 9-meren=> effect is ontwinding van de 3 13-meren
- DnaB = helicase
- DnaC = transporter voor DnaB
- SSB = Single-Strand Binding protein bindt op ssDNA zodat deze niet opnieuw dsDNA vormt.
Hoezeer verbetert proofreading bij DNA de foutenmarge?
voor proef: 1 per 10^5
na proef: 1 per 10^7
=> verbetering van factor 100 WAUW!
Wat is het primosoom? Waar komt het voor?
Primosoom komt NIET voor bij eukaryoten; het is in bacteriën het complex dat bestaat uit proteïnen + helicase + primase. De proteïnen activeren het primase en enkel zo kunnen primers gevormd worden op de ssDNA in bacteriën.
Wat is DNA gyrase? Waar komt het voor?
Het komt voor bij bacteriën. Gyrase is een type 2 topoisomerase (knipt dus dsDNA); ontwinding van positieve supercoiling adhv. negatieve supercoiling.
Welke moleculen zijn allemaal nodig in de DNA replicatie bij bacteriën? (In de juiste volgorde aub)
- DNA helicase
- DNA gyrase
- SSB
- Primase
- DNA polymerase
- DNA ligase
Hoe groot is ongeveer het gat van de “sliding clamp” op het DNA?
35 Angstrum (= 3,5 nanometer)
Welke moleculen vind je zoal terug in het replisoom? In welke organismen vindt dit plaats?
alle moleculen voor DNA replicatie PLUS enkele bijzonderheden:
- Sliding clamp: houdt DNApol vast zodat de 2 strengen symmetrisch repliceren
- Clamp loader: houdt Sliding clamps vast
- RNAse=> afbraak van de RNAprimers
Replisoom komt voor in bacteriën. (ook in eukaroyten, maar handboek bespreekt het bij bacteriën.
Geef de sequentie die veelvuldig voorkomt aan de telomeren bij eukaryoten; hoe heet dit gen?
TTAGGG; TEL-sequentie
Wat is de Hayflick limiet van een cel?
Het is de limiet die inhoudt hoe vaak een gemiddelde cel kan repliceren voordat ze afsterft (senescentie of apoptose). De limiet ligt om en bij de 50à60 replicaties.
Geef de enzymen die inwerking treden tijdens BER:
1) Glycosylase = verwijdert de foute base
2) AP endonuclease = verwijdert de AP deoxyribose (AP=a-purine OF a-pyrimideine!!)
3) DNApolymerase
4) DNAligase
Tijdens NER treden deze moleculen in werking:
1) excinuclease (aka NER endonuclease) = 2x knippen in DNA backbone => insluiting van de DNA fout
De Uvr proteïnen:
- UVR-AB = herkenning van DNA distortie (fout)
- UVR-C = endonuclease functie
- UVR-D = DNA helicase + helpt met verwijderen van de foutieve streng
- DNApolymerase
- DNAligase
NER is de BESTE repair tool! vb:bij TT dimeren is er volledig herstel.
Hoe worden thymine dimeren nog hersteld?
Naast NER ook gebruik van ‘fotolylase’ = adhv. energie van zichtbaar licht (deze stof is aanwezig in zonnencrème!)
De 2 excision repairs zijn handige hersteltools. Wanneer kunnen ze plaatsvinden?
TIJDENS de replicatie; NIET er na! Ze maken namelijk gebruik van DNA polymerase, kan dus maar plaatsvinden zolang DNApol gebonden is!
Mismatch repair staat voor een moeilijke taak voor dat het kan herstellen; wat moet er gebeuren en hoe werkt dit?
Er moet een onderscheid gemaakt worden tussen oude(correcte) en nieuwe(met de fout) streng. Dit gebeurt door herkenning van bepaalde sequenties die pas na enige tijd gemethyleerd worden. Volgende proteïnen werken samen:
1) MutS = herkenning van niet-gemethyleerde site
2) MutH = herstel endonuclease
3) exonuclease knipt foute streng weg en brengt de correctie aan
Wanneer zien we DNApolymerase η in actie? In welke organisme komt dit polymerase voor?
Het is een eukaryoot polymerase dat DNA repliceert terwijl er fouten aanwezig zijn; we noemen dit ook een “ByPass polymerase” Het is GEEN herstelfunctie maar eerder een soort schade beperking. Het proces heet “Translesie synthese”. Translesie is dus absoluut NIET fout vrij…
Deze proteïnen voegen in bij een dsDNA breuk:
Ku70 en Ku80: zij binden elk aan de gebroken stukken DNA en rekruteren EXOnucleasen in de hoop de dsDNA breuk weer te herstellen. De enige fase waarin dit herstel mogelijk is = G0/G1; VOOR DNA is gerepliceerd.
