Caractérisation et classification Flashcards
Qu’est ce que la taxonomie?
Établir des groupes naturels d’organismes présentant des caractères communs
Vrai ou faux: un organisme peut faire partie de plusieurs taxons à un niveau donné de la hiérarchie.
Faux
En quoi consiste la taxonomie?
Identification: description + caractérisation
Nomenclature
Classification systématique: arrangement et relations inter-groupes
Que sont des souches (isolats)?
Tous les descendants d’une culture pure
Qu’est ce qu’un espèce?
Groupes de souches dont les caractéristiques sont (presques) identiques
Qu’est-ce qu’une souche-type?
Souche possédant toutes les caractéristiques représentatives de l’espèce
Qu’elle est le préalable à la description et la caractérisation?
Culture pure
Donne les caractéristiques de l’identification par types de caractères.
Morphologie
Taille/forme/arrangement
Structures cellulaires/endospores (seulement 10%)
Réaction aux colorants (Gram)
Donne les caractéristiques de l’identification par la composition biochimique.
Membrane: types de lipides/alcools
Parois cellulaires: polysaccharides/protéines
Qu’est-ce qu’utilise les eubactéries pour former leur paroi cellulaire?
Peptidoglycane
Qu’est-ce qu’utilise les archaebactéries pour former leur paroi cellulaire?
Pseudomuréine
Qu’est-ce qu’utilise les mycètes/algues pour former leur paroi cellulaire?
Cellulose
Donne les caractéristiques de l’identification physiologique.
Exigences nutritionelles: milieur de culture (sources de C/facteurs de croissance)
Conditions d’incubation (T/O2/lumière)
Donne les caractéristiques de l’identification métabolique.
Produits finaux de fermentation (anaérobie stricte)
Enzymes extracellulaires
Donne les caractéristiques de l’identification génétique.
Composition en G+C%
Nombre de chromosomes (eucaryotes)
Plasmides
Donne les caractéristiques de l’identification par interaction avec l’hôte.
Pathogénicité
Capacité de provoquer une maladie chez différents hôtes
Symbiose
Donne les caractéristiques de l’identification écologique.
Habitats
Niche écologique, rôle dans les cycles de la matière
Donne les caractéristiques de l’identification moléculaire par comparaison de séquences.
Gènes conservés
Protéines conservées
Séquences signatures
Homologie des séquences (organismes apparentés)
Donne les caractéristiques de l’identification moléculaire par hybridation ADN-ADN.
Plus l’hybridation est forte, plus les espèces sont apparentés
Complémentarité des séquences d’ADN chromosomiques
Quelle est la condition pour nommer une nouvelle espèce?
Elle doit avoir de nombreuses caractéristiques différentes des autres espèces connus
Comment fonctionne la classification naturelle?
Nature biologique des organismes
Anatomiques
Ex: plantes vs animaux
Comment fonctionne la classification phénétique?
Similarités caractères phénotypiques (métaboliques, morphologiques, génétiques, …)
Comment fonctionne la classification numérique?
Comparaison de plusieurs organismes (nb de caractères: min. 50)
% de similarité
Limite: pondération des caractères
Comment fonctionne la classification phylogénétique?
Relations évolutives probables
Comparaison de séquences de gènes/protéines conservées
Mutations
Gène ARN ribosomal
Que signifie un noeud dans l’arbre de la vie?
Un événement de divergence
À quoi est proportionnelle la longueur des branches dans l’arbre de la vie?
Le nombre de changements moléculaire (longueur de l’évolution)
Quels outils permettent de faire la classification phylogénétique?
Bio-informatiques
En quoi consiste la classification polyphasique?
Informations phénétiques et phylogénétiques
Quel a été la contribution de Linnaeus pour la classification des microorganismes?
Anatomie
2 règnes: plantes et animaux
Quel a été la contribution de Haeckel pour la classification des microorganismes?
3e règne: protistes (bactéries, levures, protozoaires, algues)
Quel a été la contribution de Whittaker pour la classification des microorganismes?
Nutrition + organisation cellulaire
5 règnes (évolution originelle unidirectionnelle)
Quel a été la contribution de Woese pour la classification des microorganismes?
Approche phylogénétique/ARNr
3 domaines (eucarya, bacteria, archaea)
LUCA
Quelles sont les caractéristiques des mitochondries et des chloroplastes?
Autoréplicatives
Chromosomes uniques circulaires
Gènes ARNr (semblables à eubactéries)
Théorie de l’endosymbiose
