Caractérisation des microorganismes Flashcards
Sur quoi est basée la hiérarchie des taxons?
Sur une proportion de caractères communs
Pourquoi dit-on que la hiérarchie des taxons est non chevauchante?
Parce qu’un organisme fait partie d’un seul taxon à un niveau donné de la hiérarchie
Quel est le taxon de base?
Espèce
Quels sont les 7 taxons (en ordre)?
- Espèce
- Genre
- Famille
- Ordre
- Classe
- Phylum
- Domaine
Quel est le groupe le plus homogène des taxons?
Espèce
La taxonomie est composée de quels 3 éléments?
Identification + nomenclature + classification
Qu’est-ce qu’une culture pure?
Culture (population) de microorganismes où tous les individus ont les mêmes caractéristiques
Qu’est-ce qu’une souche?
Tous les descendants (sous-culture/isolat) d’une culture pure
Dans le contexte des cultures pures, à quoi correspond l’espèce?
Groupe de souches dont les caractéristiques sont presque identiques
Qu’est-ce qu’une souche type?
Souche (fréquemment la 1ère), possédant toutes les caractéristiques représentatives de l’espèce
Quels sont les centres de références des souches?
- American Type and Culture Collection
- National Type Culture Collection
Quel pourrait être un exemple d’espèces de souches?
Escherichia Coli de différents individus
Vrai ou faux. Dans une espèce de souches, tous les membres du groupes sont identiques.
Faux, 75-85% est identique, mais le reste est différent
Quel est le préalable pour procéder à l’identification d’un organisme?
Avoir une culture pure
Selon quels caractères de type peut-on faire l’identification d’un organisme?
- Morphologie
- Composition chimique
- Physiologie
- Métabolisme
- Génétique
- Interactions avec l’hôte
- Écologie
- Moléculaires
Selon quels critères peut-on identifier la morphologie d’un organisme?
- Taille, forme, arrangement
- Structure cellulaire/endospore
- Réaction aux colorants
Selon quels critères peut-on identifier la composition chimique d’un organisme?
- Membrane
- Paroi cellulaire
Qu’est-ce qui peut différer dans la membrane des organismes?
Types de lipides et d’alcools (Ex: archae vs eubactérie)
Qu’est-ce qui peut différer dans la paroi cellulaire des organismes?
- Polysaccharides
- Protéines
De quoi peut être faite la paroi cellulaire des organismes?
- Peptidoglycane (eubactéries)
- Pseudomuréine (archaea)
- Cellulose (mycètes/algues)
Selon quels critères peut-on identifier la physiologie d’un organisme?
- Éléments nutritifs
- Conditions d’incubation
À quoi correspondent les conditions d’incubations?
- Température
- O2
- Lumière
Selon quels critères peut-on identifier le métabolisme d’un organisme?
- Produits finaux de fermentation
- Enzymes extracellulaires
Quelles peuvent être les enzymes extracellulaires d’un organisme?
- Protéines
- Exotoxines
- Hémoglobines
Selon quels critères peut-on identifier la génétique d’un organisme?
- Composition en bases G+C
- Nombre de chromosomes
- Plasmides
Avec quel instrument peut-on identifier la composition en bases G+C?
Un spectrophotomètre UV
À quoi correspond la composition en bases G+C%?
Au ratio (G+C)/(A+T)
Quelle est la longueur d’onde d’absorption des acides nucléiques?
260 nm
Vrai ou faux. L’absorbance diminue lors de la séparation des brins d’ADN.
Faux, elle augmente
Comment est la densité optique selon les 2 formes d’ADN?
Densité optique monocaténaire est 2x plus élevée que bicaténaire
Qu’est-ce que la température de fusion de l’ADN?
Température lorsque la moitié des brins sont séparés
Quel est le lien entre la composition en bases G+C et la température de fusion?
Plus la composition en bases G+C est élevée, plus la température de fusion sera élevée
Pourquoi un grand nombre de bases G+C augmente la température de fusion?
Car ils sont reliés avec 3 liens hydrogènes, comparés à 2 pour les bases A+T
Vrai ou faux. La composition en bases G+C est exclusive à une espèce.
Faux, elle est typique, mais pas exclusive (plusieurs espèces peuvent avoir la même composition)
Comment est la valeur intragenre de la composition en bases G+C?
Très similaire
Quelle est la composition en bases G+C des plantes et animaux?
30-50%
Quelle est la composition en bases G+C des microorganismes?
25-80%
Selon quels critères peut-on identifier les plasmides chez un microorganismes?
Tailles, nombre, gènes plasmidiques
Selon quels critères peut-on identifier les interactions avec l’hôte chez un microorganisme?
- Pathogénicité
- Symbiose
Qu’est-ce que la pathogénicité?
Capacité de provoquer une maladie chez différents hôtes
Qu’est-ce que la spécificité d’hôte?
Un humain ne peut pas attraper le sida de son chat (l’humain n’est pas un bon hôte pour le virus d’immunodéficience félin)
Chez quels types d’organismes retrouve-t-on des cas de symbiose?
Plantes et poissons
Selon quels critères peut-on identifier l’écologie d’un organisme?
- Habitat d’où provient l’isolat
- Niche écologique
- Rôles dans les cycles de la matière
Qu’est-ce qu’une niche écologique?
Rôle d’un espèce dans le fonctionnement d’un écosystème
Selon quels critères peut-on identifier les caractères moléculaires d’un organisme?
- Composition des séquences protéiques et nucléiques
- Hybridation d’acides nucléiques (ADN-ADN)
Comment appelle-t-on une séquence d’ADN présente chez tous les organismes d’un espèce?
Séquence signature
À quoi sert l’hybridation d’acides nucléiques?
À regarder la complémentarité des séquences d’ADN chromosomique
Combien de % d’hybridation doit-il y avoir pour qu’on considère que deux organismes font partie de la même espèce?
80%
Quelles sont les 4 étapes de l’hybridation ADN-ADN?
- 2 séquences
- Marquage
- Chauffage
- Hybridation
Dans quels ouvrages peut-on retrouver la compilation des caractères et la comparaison avec espèces connues?
- Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology
- Manuel d’identification pour microorganismes eucaryotes
Quel est le processus pour attribuer un nom à une nouvelle espèce identifié
Soumettre au comité international de systématique des procaryotes/eucaryotes nos obervations
Comment appelle-t-on la nomenclature crée par Carl von Linné?
Nomenclature linnéenne
Par quoi doivent commencer le genre et l’espèce dans la nomenclature binomiale?
Genre avec une majuscule et espèce avec une minuscule
Que nous donne comme information le genre bacillus?
Forme de la cellule sphérique
Que nous donne comme information le genre lactococcus?
Environnement (laitier) et forme (ronde)
Que nous donne comme information le genre pyrococcus?
Pyro = feu, donc croît à température élevée, et coccus = forme ronde
Nommer des exemples de genre nommés ainsi en raison de leur découvreur.
- Pasteurella (Pasteur)
- Neisseria (Neisser)
Quels sont les types de classification des organismes?
- Naturelle
- Phénétique
- Numérique
- Phylogénétique
- Polyphasique
Qu’est-ce que la classification naturelle?
Classification selin la nature biologique des organismes (anatomiques)
Quelle a été la première classification avant la technologie?
La classification naturelle
Qu’est-ce que la classification phénétique?
Selon la similarité des caractères phénotypiques (morphologiques, métaboliques, génétiques)
Qu’est-ce que la classification numérique?
Comparaison de plusieurs organismes en les comparant 2 par 2 et avec un minimum de 50 caractères
Qu’est-ce que le coefficient d’appariement?
Valeur entre 2 organismes qui détermine leur proximité au niveau des caractères
Qu’est-ce que le pourcentage de similarité?
Nombres de caractères similaires/nombre total de caractères
Sous quelles formes sont représentées les % de similarité?
Sous forme de dendogrammes
À quoi correspondent les embranchements dans un dendogramme?
Ils relient les branches aux pourcentages de similarité
Quelle est la principale limite de la classification numérique?
Pondération des cractérères
Pourquoi dit-on qu’il n’y a pas de pondération différentielle dans la classification numérique?
Parce que tous les caractères ont le même “poids”
Qu’est-ce que la classification phylogénétique?
Basée sur les ancêtres communs et les relations évolutives probables
Pourquoi la classification phylogénétique pose problème pour les procaryotes?
Car il existe très peu de fossiles utiles
Pourquoi dit-on que la classification phylogénétique agit comme chronomètre moléculaire?
Parce qu’elle donne des informations sur l’évolution des séquences de gènes/protéines/mutations conservées avec le temps
Quelle information peuvent nous donner les différences dans les régions variables de l’ARN ribosomique?
Plus il y a de différences, plus il y a du temps depuis la divergence avec un ancêtre commun
Qu’arrive-t-il s’il y a une mutation dans une région conservée ou variable de l’ARN ribosomique?q
Conservée: gros problème (arrête de se multiplier)
Variable: n’altère pas la fonction
À quoi correspondent les noeuds sur l’arbre phylogénétique?
Aux événements de divergence
Compléter la phrase. La longueur des branches dans l’arbre phylogénétique augmente avec…
L’augmentation des changements moléculaires
Qu’est-ce que la classification polyphasique?
Donne des informations phénétiques et phylogénétiques
Vrai ou faux. La classification polyphasique est conservée et stable
Faux, il y a des remaniements continus
Comment classait les microorganismes Linnaeus en 1753?
Selon l’anatomie, il y avait 2 règnes: animaux et plantes
Comment classait les microorganismes Haeckel en 1865?
Ajout d’un 3e règne: les protistes (tout ce qui n’est pas animaux et plantes)
Comment classait les microorganismes Whittaker en 1969?
Selon la nutrition et l’organisation cellulaire, il y a 5 règnes:
- Monera
- Protista
- Animalia
- Fungi
- Plantae
Comment classait les microorganismes Woese en 1977?
Selon l’approche phylogénétique, il y a 3 domaines:
- Eucarya
- Bacteria
- Achaea
Que signifie LUCA?
Last Universal Common Ancestor
Comment est le chromosome des mitochondries et des chloroplastes?
Unique et circulaire
Qu’est-ce que la théorie de l’endosymbiose?
Symbiose à l’intérieur de la cellule (une cellule a ingéré une mitochondrie/chloroplaste)
Quel type d’organisme est l’ancêtre des mitochondries?
Bactérie (Rickettsia)
Quel type d’organisme est l’ancêtre des chloroplastes?
Cyanobactéries (Prochloron)
Quel est un exemple d’endosymbiose récente et multiple?
Cyanophora paradoxa (peptidoglycane)
