C5 : Régulation de la traduction Flashcards
Nommer des composantes faisant partie de la structure d’un ARNm mature chez les eucaryotes.
- Coiffe en 5’
- Queue poly A en 3’
- Codon start et stop
- ORF (open reading frame)
- UTR (5’ et 3’)
Quelles sont les 3 choses qui peuvent être contrôlées pour réguler la traduction des protéines?
- Contrôle de la localisation des ARNm
- Contrôle de l’accès aux facteurs de traduction
- Contrôle de la stabilité des ARNm
Les 3’ UTR sont souvent impliqués dans le contrôle de la traduction par le contrôle de différents mécanismes. Quels sont ces 3 mécanismes?
- Localisation
- Déstabilisation
- Inhibition directe
Quelle partie de l’ARNm permet son routage?
Les parties qui vont lier des protéines.
Vrai ou faux : la traduction d’un ARNm peut être influencée par la structure secondaire de l’ARN.
Vrai
Quelle protéine est importante pour la réponse de la cellule selon le niveau de fer en se liant aux ARNm?
L’aconitase
Pourquoi est-ce que la séquestration du fer dans les cellules par les ferritine est si importante?
Parce que le fer libre dans les cellules est toxique.
Pourquoi est-ce qu’il est mieux de réguler les gènes de la ferritine au niveau de la traduction et non au niveau de la transcription?
Parce que ça permet une réponse beaucoup plus rapide et le fer est pas super abondant et quand même important.
Comment sont appelées les régions sur l’ARNm de la ferritine qui peut contrôler si la traduction se fait ou non?
Les IRE (iron response elements)
Vrai ou faux : lorsque le fer est abondant, la traduction de la ferritine va être faite grâce à l’attachement de IRE-BP (l’aconitase) sur les sites IRE de l’ARNm.
Faux : lorsque l’aconitase s’active et se lie sur l’IRE, la traduction arrête.
Pourquoi est-ce que l’aconitase ne lie pas le site IRE de l’ARNm s’il y a beaucoup de fer dans la cellule?
Parce que IRE-BP (l’aconitase) lie soit le fer, soit la région IRE de l’ARNm.
L’aconitase a comme 2e ‘‘job’’ de lier le fer. Sur quel processus métabolique agit-il habituellement?
Sur le cycle de krebs.
Lorsqu’il y a abondance de fer dans la cellule, est-ce que l’aconitase va faire dégrader la transferrine? Pourquoi?
Oui, on va vouloir la dégrader parce que la transferrine va aller chercher le fer à l’extérieur de la cellule pour l’amener dans la cellule.
Lorsqu’il y a une abondance de fer dans la cellule, est-ce que l’aconitase va faire en sorte qu’il y ait plus de ferritine? Pourquoi?
Oui, parce que la ferritine est importante pour chélater le fer dans la cellule et empêcher son action toxique.
Expliquer pourquoi l’attachement de l’aconitase sur l’ARNm de la transferrine empêche sa dégradation et que son attachement sur la ferritine empêche la traduction.
Sur la ferritine : liaison sur le site UTR 5’, ce qui entrave l’attachement des ribosomes et empêche la traduction.
Sur la transferrine : liaison sur le site UTR 3’ qui n’empêche pas la liaison du ribosome et qui chevauche un site riche en AU (ARE) qui donne aux protéines une demie-vie de courte durée.
Quel est l’impact de régions riches en AU sur des protéines?
ARE recrutent de façon constitutive les mécanismes de dégradation d’ARNm.
Quelle partie de l’ARNm est très importante pour leur circularisation?
La queue poly-A
Pourquoi est-ce que les ARNm sont sous forme circulaire?
Pour les protéger les bouts de l’ARN et ré-initier la traduction plus rapidement.
Les queues poly-A protègent les ARNm de 2 façons. Lesquelles?
- Il s’agit d’une région non-codante. Sa dégradation par des exonucléases n’a donc pas d’impact sur la traduction du gène et protège l’ARNm de la dégradation.
- PABP lient les queues poly-A qui va les protéger de la dégradation.
Les PABP se lient aux queues poly-A des ARNm. À quoi se lient ces protéines et quel est l’impact de cette liaison?
Elles se lient à eIF4G qui permet l’interaction avec toute la machinerie d’initiation de la traduction.
Expliquer comment la queue poly-A peut être impliquée dans l’inhibition de la traduction chez les ovocytes de grenouille et pourquoi ce mécanisme est présent dans ce cas précis.
Dans ce cas : besoin de produire beaucoup d’ARNm, mais de ne pas les exprimer tout de suite.
Les ARNm auront une queue poly-A très courte et il n’y aura pas de recrutement de PABP, ce qui signifie qu’il ne peut pas y avoir la structure circulaire requise pour la traduction. On va alors recruter le CPEB qui va recruter MASKIN qui va se lier à eIF4E et l’inhiber.
Quand on veut produire les protéines avec les hormones : CPEB sera phosphorylé suite à plusieurs voies de signalisation et ne pourra plus interagir avec MASKIN, ce qui va permettre la polyadénylation et le recrutement de la machinerie de traduction.
BREF : masquage de la production avec des complexes non-productif empêchant la polyadénylation.
Vrai ou faux : les processus d’initiation, d’élongation, de terminaison et de réinitiation se produisent en même temps sur les polyribosomes.
Vrai
Vrai ou faux : plus il y a de ribosomes sur un même ARNm, plus la traduction est efficace .
Vrai
De quelle façon est-ce possible de vérifier la densité de ribosomes sur un ARNm par profilage des polylysosomes? Décrire un protocole.
Le profilage de polylysosomes peut se faire par ultracentrifugation en condition native en présence de cycloheximide. Il y aura formation d’un gradient de densité sur glucose où les ARNm avec plus de ribosomes iront dans des zones avec une plus grande densité.