Biologie moléculaire 1 Flashcards
Qu’est-ce qu’un plasmide?
Élément génétique du cytoplasme (séparé et indépendant du chromosome), hébergé par un hôte bactérien et dont la réplication est autonome.
Qu’est-ce qu’un vecteur de clonage?
Petite molécule d’ADN autoréplicative - généralement un plasmide ou un chromosome viral - dans laquelle un ADN étranger est inséré lors du processus de clonage de gènes ou de séquences nucléotidiques d’interêt. Il peut transporter l’ADN inséré et être multiplié dans une cellule hôte.
Qu’est-ce que l’ADN recombinant?
L’ADN recombinant (ADN recombiné) est une molécule d’ADN artificiel formée délibérément in vitro (par des méthodes de laboratoire de recombinaison génétique) par la liaison de séquences d’ADN de deux organismes différents qui ne se trouvent normalement pas ensemble. Cette réunion du matériel génétique provenant de sources multiples crée ainsi des séquences qui ne seraient pas autrement trouvées dans le génome.
Qu’est-ce qu’une enzyme de restriction?
Une enzyme de restriction est une protéine capable de couper un fragment d’ADN au niveau d’une séquence de nucléotides caractéristique appelée site de restriction. Chaque enzyme de restriction reconnaît ainsi un site spécifique.
Qu’est-ce qu’une carte de restriction?
Schéma représentant les sites des séquences reconnues par des enzymes de restriction
Qu’est-ce que des extrémités cohésives?
Extrémité d’une séquence d’ADN coupée de telle façon qu’elle puisse s’apparier à l’extrémité d’une autre séquence.
Qu’est-ce que des extrémités franches?
Extrémités de fragments d’acides nucléiques en double brin ne portant pas de prolongements simple brin.
Qu’est-ce qu’un palindrome?
C’est une séquence de bases azotées que l’on peut lire indifféremment de gauche à droite ou de droite à gauche.
Comment l’ADN peut-il se dénaturer?
NaOH ou chaleur
Comment l’ADN peut-il se renaturer?
Baisse du pH ou refroidissement lent
Combien de paires de bases contiennent les plasmides?
3000 à 10 000
Comment se produit une colonie de bactéries génétiquement modifiées (grandes étapes)?
L’ADN de la cellule qui porte le gène d’intérêt est prélevé. On prend un plasmide dans une bactérie et on le coupe avec une enzyme de restriction. On forme un ADN recombinant avec le plasmide et le gène d’intérêt. On insère l’ADN recombinant dans une bactérie. Le plasmide va se reproduire pour finalement former une colonie de bactéries génétiquement modifiées.
Qu’est-ce que l’endonucléase?
C’est une enzyme de restriction reconnaissant une séquence spécifique, généralement de 4 à 8 nucléotides, qui présentent un motif de palindrome.
Vrai ou faux? Chaque enzyme reconnaît et coupe une séquence palindromique qui lui est spécifique.
Vrai.
Comment décrire la polarité de l’ADN?
Chaque brin possède une extrémité 5’-phosphate et une extrémité 3’-OH. Par convention, on lit toujours une séquence d’ADN de l’extrémité 5’ vers l’extrémité 3’
Qu’est-ce qu’une ligase?
C’est une enzyme qui catalyse la formation du lien phosphodiester.
Quelles sont les 4 étapes générales pour la préparation d’un plasmide?
- Centrifugation pour récolter les bactéries
- Lyse des bactéries (Lyse alcaline avec SDS-NaOH)
- Précipitation des protéines et ADN chromosomique et renaturation des plasmides
- Précipitation des plasmides
Décrivez la première étape de préparation des plasmides.
Premièrement, on centrifuge un culot de culture bactérienne. Cela va former un culot de bactéries dans le fond qu’on va pouvoir resuspendre dans un tampon (TRIS, glucose, EDTA).
Expliquez en détails la deuxième étape de la préparation des plasmides.
Après avoir fait la resuspension, on va ajouter dans le tube du SDS et du NaOH. Cela aura comme effet la lyse des cellules et la dénaturation de l’ADN. À la fin de cette étape, on retrouve dans le tube un mélange visqueux, les plasmides dénaturés ainsi que l’ADN chromosomique dénaturé.
Expliquez la troisième étape de la préparation des plasmides.
Après la deuxième étape (SDS+NaOH), on obtient un lysat à pH alcalin. L’étape 3 consiste à la neutralisation par l’ajout d’un tampon acétate de potassium. Cela aura comme résultat la précipitation des protéines et de l’ADN chromosomique.
Décrivez la quatrième étape de la préparation des plasmides.
Après la troisième étape, on obtient un lysat (après neutralisation). Il faut centrifuger celui-ci pour obtenir un surnageant (ADN plasmidique) ainsi qu’un culot (protéines et ADN chromosomique).
Le surnageant est transféré dans un autre tube. Il y a précipitation à l’éthanol et centrifugation pour obtenir un culot d’ADN plasmidique.
Quel est le principe de l’électrophorèse?
Procédé permettant la séparation de molécules chargées sur la base de leur mouvement dans un champ électrique.
Quelle charge a l’ADN à pH plus grand que 7?
Il est chargé négativement.
La vitesse de migration des molécules d’ADN dans un gel d’agarose dépend de plusieurs facteurs. Quels sont-ils?
Le % d’agarose
La force du courant électrique
La force ionique du tampon d’électrophorèse
La conformation de l’ADN (linéaire ou circulaire)
La taille de la molécule
Quelle est l’influence du % d’agarose sur la migration de l’ADN?
Plus c’est élevé, plus l’ADN va migrer loin. C’est pour cette raison que plus un gel d’agarose est concentré, plus il va servir à séparer des petites molécules.
Comment déterminer la taille des fragments d’ADN?
Pour des fragments linéaires, la distance de migration est inversement proportionnelle au logarithme de la taille (poids moléculaire) des fragments.
Que signifie l’intensité de la bande sur gel d’agarose?
Pour une longueur donnée, la quantité d’ADN est proportionnelle à l’intensité de la bande.
Quel est l’effet de la conformation de l’ADN sur sa distance de migration?
S’il est relâché, il ne va pas migrer loin. S’il est linéaire, il va aller un peu plus loin. S’il est super enroulé, il va aller encore plus loin.
Comment une carte de restriction est-elle construite?
Une cartes est construite en digérant l’ADN avec plusieurs enzymes de restriction (digestions simples et multiples) et en analysant les fragments résultants par électrophorèse sur gel.
À quoi servent les cartes de restriction?
Les cartes de restriction servent à identifier les fragments d’ADN ou à mettre en évidence des polymorphismes.
Quels sont les sucres de l’ADN et de l’ARN?
Le sucre de l’ADN est le désoxyribose; le ribose est celui de l’ARN.
Comment s’associent les bases azotées?
Les bases s’associent par liaison hydrogènes spécifiques, A=T et G ≡C.
Qu’est-ce que permet la complémentarité des bases azotées?
La complémentarité des bases est à la base des propriétés de dénaturation/renaturation de l’ADN, de l’hybridation et de la polymérisation de l’ADN.
Quelles sont les caractéristiques des brins d’ADN?
Dans la molécule d’ADN double brin, les deux brins sont antiparallèles et complémentaires.
Donnez la définition de l’ADN/ARN
L’ADN et l’ARN sont des polymères de nucléotides réunis par des liaisons phosphodiesters.
Quels sont les éléments faisant partie de la structure d’un nucléotide?
Une purine ou une pyrimidine, un phosphate 5´, un OH 3´, un pentose.
Quelles sont les bases de l’ADN? Et de l’ARN?
ATGC sont les bases de l’ADN
AUGC sont les bases de l’ARN
La triple liaison étant la plus forte, comment cela a une influence au niveau de la dénaturation de l’ADN?
Les C et G étant reliés par des triples liaisons prennent plus d’énergie pour se briser.
Comment on représente une section d’ADN?
Par convention : on ne représente que le brin 5’➔ 3’ de la séquence d’ADN, de gauche à droite.
De quel sens l’ADN est-il polymérisé?
De 5’ vers 3’.
Qu’est-ce que le génome?
C’est ensemble du matériel génétique d’un être vivant donné, qui regroupe les séquences codantes (les gènes) et les séquences non codantes. Le genome de la plupart des êtres vivants est sous forme d’ADN double brin
Quel % de notre ADN est non-codant?
98,5%
