BIOINFORMÁTICA Flashcards
A bioinformática é uma ciência multidisciplinar. Quais são as matérias que se combinam?
biologia, ciência da computação, estatística é matemática.
Qual a utilidade da bioinformática?
Organizar, analisar e interpretar grandes volumes de dados biológicos.
Há duas vertentes principais da bioinformática. Quais são e para que servem?
BIOINFORMÁTICA CLÁSSICA: analisa sequências de nucleotídeos e aminoácidos como DNA, RNA e proteínas. Identifica padrões e relações evolutivas.
BIOINFORMÁTICA ESTRUTURAL: analisa a estrutura tridimensional de biomoléculas, visando compreender suas funções e interações.
Cite o objetivo e a funcionalidade da bioinformática.
Decodificar a linguagem biológica por meio das sequências de nucleotídeos e aminoácidos. Logo, gera conhecimento bioquímico e funcional. Ainda, a exploração de estruturas de proteínas, identificando assim sua função e possível alvo terapêutico.
A bioinformática lida com diferentes tipos de dados biológicos. Estão agrupados em dois grandes grupos, sendo eles ….
Sequências de biomoléculas (organização linear) e estruturas de biomoléculas (3D).
Há 3 informações da molécula que não aparecem na estrutura 3D, porém, são evidenciadas na sequência linear, quais são?
Regiões promotoras (controlam expressão gênica); Peptídeos sinal (direcionam a proteína para o local correto na célula); íntrons (sequências não codificantes removidas antes da expressão da proteína).
Cite uma vantagem da manipulação de sequências.
Uma vantagem pode ser a manipulação de sequências inteiras, genomas inteiros. Também é menos custosa.
O que é uma CPU?
Conhecida como unidade central de processamento, é a responsável por executar as instruções dos programas no computador. Atualmente possuem múltiplos núcleos, chamados de multicore.
O que é uma GPU?
É a unidade de processamento gráfico, inicialmente desenvolvidas para processar gráficos em computadores, sendo parte essencial das placas de vídeo. Podem ter centenas ou milhares de núcleos.
Qual a primeira coisa a identificar quando se analisa uma sequência de DNA desconhecida?
Descobrir se é codificante de proteínas ou não (sua função). Caso seja uma sequência codificante, é importante descobrir qual é a proteína e qual é a sua função.
Por qual lei são governados os processos moleculares?
Pela lei da termodinâmica. Essa lei descreve reações químicas, ação de enzimas e enovelamento de proteínas.
Quais os desafios da validação de dados experimentais?
Ausência de dados disponíveis;
Adequação dos dados experimentais ao estudo computacional;
Consideração da margem de erro experimental;
Condições experimentais.
O que é o BLAST e qual a sua principal função?
Basic local alignment serch tool, compara sequências biológicas como DNA, RNA e proteínas e identifica as similaridades. Logo, identifica similaridades entre a sequência de consulta e sequências em bancos de dados.
Temos o BLASTn (nucleotídeos), BLASTp (proteínas) e o BLASTx (nucleotídeos para se comparar com proteínas).
O que é o Clustal e qual a sua função?
Ferramenta que compreende o Clustalx, Clustalw e o Clustal Omega, cuja função é alinhar sequências biológicas como DNA, RNA e proteínas.
Consegue como entrada 3 ou mais sequências biológicas.
O clustal Omega se utiliza de heurística. O que isso significa?
Significa que se usa da busca por soluções boas, mas não necessariamente a melhor possível. Utilizada para quando encontrar a solução ótima demanda alto período de tempo, sendo muito demorada ou computacionalmente inviável. São “atalhos inteligentes”.
Qual software pode ser utilizado para construção de árvores filogenéticas e análise de evolução molecular?
Clustal.
O que é o MEGA?
Molecular evolutionary genetics analysis. Facilita o estudo de evolução molecular e análises filogenéticas.
A finalidade central é a obtenção de informações sobre a história evolutiva de genes, proteínas e outras entidades biológicas.
O que é e para que serve o Uniprot?
Banco de dados para informações pertinentes à proteínas. É extremamente abrangente, sendo primeira escolha para qualquer pesquisador.
Fornece ainda funções como estrutura, função e localização celular.
O que é o PDB e qual a sua função?
O protein data bank é um dos principais banco de dados relacionado à estrutura tridimensional de biomoléculas. Fornece precisão no posicionamento de átomos que compõem a biomolécula. Útil para pesquisas de biologia molecular.
Para que serve o Galaxy?
cria e executa fluxos de trabalho em bioinformática. Analisa grandes volumes de dados biomédicos.
O que é o “R”?
linguagem de programação amplamente utilizada em análises estatísticas e gráficos.
O que é o Bioconductor?
conjunto de pacotes
especializados que permitem aos pesquisadores interpretar dados genômicos de alto rendimento,
enfrentando os desafios associados a grandes volumes de dados biológicos.
Função primordial do DNA, RNA e proteínas?
DNA armazena as instruções, o RNA as transcreve e as proteínas as traduzem em
funções biológicas.
O que é o conceito do Dogma Central na biologia molecular?
Esse conceito universal explica como a informação contida no DNA é transcrita em RNA e,
posteriormente, traduzida em proteínas, que desempenham funções essenciais para a manutenção da vida.
