ARN Flashcards
Petite sous unités ARNr
40 S
ARN 18s + 30/35 proteines
Grande sous unité ARNr
60 S
ARN 5s, 28s et 5,8s + 45/50 protéines
Il existe deux gènes différents pour l’ARNr
Gène qui code pour l’ARN 5s sur le chro 1
Gène qui code pour l’ARN 45s ensuite clivé en ARN 5,8s, 18s et 28s sur les chro accrocentriques ( 13,14,15,21 et 22)
% ARNt + taille
15%
Petite taille ( de 75 à 85nt)
Hypoxantine (dérivé de …)
Dérivé de la guanine
Inosine (1) (très présente dans les anticodons
1 methyl guanine
1 methyl guanosine ( m¹G)
Pseudo uracile
Pseudouridine (Ψ)
Dihydro uracile
Dihydro uridine ( DHU)
% ARNm
Moins de 5%
% ARNr
80%
% ARNt
15%
SnARN def + taille
Petits ARN nucléaires
Taille: de 60 à 300nt
MiARN taille + role
21 a 25nt
Régulateurs de l’expression des gènes => riboregulateurs
Permettent le blocage de la traduction par liaison a l’ARNm cible
Gène de type 1
ARN pol 1
Dans le nucléole
Produit de l’ARNr ( 45S)
Activité relative de 50 a 70%
Gène de type 2
Arn poly 2
Dans le nucleoplasme
Produit ARNm, ARNsn( sauf U6) et miARN
Activité relative: 20 a 40%
ARN pol 3
Dans le nucleoplasme
Produit de l’ARNt, des petits ARN ( sc) et U6
Activité relative de 10%
ARN polymérase mitochondriale
Dans la mitochondrie
ARNm, ARNr et ARNt mitochondrial
Boîte tata localisation
-25
Boîte caat
-90
Boîte GC
- 50
Localisation des ARN
Nucleaire, cytoplasmique et mitochondriale
Taille ARN
Variable, de 20 à + de 10000 nt
ARN sensible à… Car
Sensible à hydrolyse alcaline, fragile
Quantification par spectromerie ( pic d’absorption)
Pic d’absorption à 260 nm
Taux d’erreur transcription
10-⁴
Empoisonnement ammanite phalloïde ( toxine, inhibe quoi, phases)
Toxine : alpha amanitine non détruite par la cuisson
cause la plus fréquente de mort par ingestion de champignons
inhibition de l’ARN polymérase 2 voir de l’ARN polymérase 3 à forte concentration
cela inhibe la synthèse protéique
trois phases
- gastro-entérite
- amélioration des symptômes atteinte hépatorénales
- mort
Taille promoteur generique
100 nt
( Différentes seq comme boîte tata, caat, gc)
Boite tata + facteur TIIB permet de définir précisément site d’initiation
+ Facteurs transregulateurs parfois, dépend des cellules
Étapes initiation
Les facteurs de transcription généraux s’assemblent de manière séquentielle et dans un ordre strict pour former le complexe de préinitiation
- 1 étape: Fixation TFII-D en amont de boite TATA
TFII-D = TBP ( commun au TFII-D) + TAFs (plusieurs, permet a l’ARNpol de reconnaitre plusieurs promoteurs)
- 2 étape:
TBP se fixe sur le petit sillon de l’ADN courbure ADN - 3 étape:
TFII A stabilise le complexe TFII-D-ADN - 4e étape:
TFII-B permet à l’ARNpol de savoir où commencer précisément - 5 étape:
TFIIF amène ARNpol au niveau du promoteur - 6e étape: Implication facteur TFII-E et TFII-H
TFII-H
- Plusieurs sous unités
- Impliqué dans transcription et réparation
- ATPase ADNdépendante, kinase, hélicase
- Activité kinase phosphorylation du domaine Cterm (CTD) de l’ARNpol II, nécessaire a l’élongation
- Mutation activité hélicase du TFII-H• Xeroderma pigmentosum (enfant lune)
- Syndrome de Cockayne
- anomalies de réparation de l’ADN lors de l’exposition aux UV
In vivo, ADN compacté : il faut rendre le promoteur accessible
Intervention de complexe de remodelage de la chromatine + enzyme HAT
+ activateur de la transcription qui peuvent interagir avec le complexe d’initiation par le biais du complexe médiateur : pontage entre facteurs activateurs et domaine CTD de l’ARN polymérase 2
- il peut aussi y avoir des facteurs inhibiteurs
Elongation ( déplacement ARN polymerase) permise par…
La phosphorylation du domaine CTD ( domaine C term)
=> ARN polymerase se detache des facteurs de transcription et rendre en phase d’élongation
( S’accompagne de facteurs qui modifie la chromatine pour permettre à l’enzyme d’avancer, empêche la formation d’obstacle et facilite l’avancée de la polycondensation)
En même temps on a les facteurs de maturation de l’ARN ( epissage)
Maturation des ARNm ( chez qui, lieu, 3 types ≠)
Chez les eucaryotes seulement, dans le noyau
3 grands types de modifs:
- Coiffe en 5’ 7-methylhguanosine (ARNm)
- Queue polyadénylée à l’extrémité 3’ (sauf histone et U ARN)
- Épissage = élimination d’intron (que ARNm)
Coiffe en 5’ structure+ etapes
- Dès le début de la transcription
- Guanosine méthylée sur N7, sur le premier nt
- Liaison 5’-5’ triphosphate au 1er nt: pas d’extrémité 5’ libre
- Méthylation éventuelle en 2’ du ribose sur les 2 nt adjacents
- Coiffe 0: 7mG seul = 7 methyl guanosine
- Coiffe 1: 1groupement + 7mG
- Coiffe 2 : 2 groupement + 7mG
Orga de différentes étapes coiffe en 5’
- ARN triphosphatase: élimine le phosphate Y (n°3) en 5’ de ARNpré-m
- ARN guanilytranférase (=enzyme de coiffage): ajout d’un GMP a partir de GTP en 5’ → liaison 5’-5’ triphosphate (Étape réversible)
ARN (guanine 7) méhyltransférase: méthylation en position 7 de la Guanine
=> Groupement méthyl fourni par le groupement SAM = S-adénosyl-Lméthionine
2 autres enzymes peuvent se lier au domaine COOHterm de l’ARNpol seulement si il est phosphorylé
Co transcriptionnelle: se déroule en même temps que la transcription (maturation ARNm)
Queue polyadénylée en 3’ ( chez qui + 2 signaux)
Sur presque tous les ARNm sauf histone
On a deux signaux
- le signal de polyadenylation en 3’: seq AAUAAA
- seq riche en GU ou U : 25 nt en aval
Etapes de la polyadenylation
Fixation du facteur CPS qui reconnait signal polyA te bi
Recrutement de différent facteur
CStF se liant à séquence riche en GU/U et interagit avec CPSF boucle Facteur de clivage CFI et CFII
La poly(A) polymérisé (PAP) coupure entre 10 à 30 nt en 3’ PAP synthétise la queue polyA grâce a l’ATP
Extrémité clivée est dégradé et facteur libéré
Au fur et a mesure de la synthèse, fixation de la protéine de liaison aux polyA (PABP) (polyA ajoute 200 à 250résidus adénylés recouvert par PABP (recouvre 10 à 20 résidus))
Rôle de la queue de polyA
Migration des ARNm dans le cytoplasme
Protège ARNm de la dégradation
Initiation de la traduction
Role de la coiffe
Role de stabilisation des ARNm (empêche la dégradation par exonucléase)
Transport des ARN mature vers le cytoplasme
Intervention dans l’epissage des ARNm
Initiation de la sythèse protéique in vitro
Autrement efficacité de liaison de la sous unité 40s ribosomique lors de la traduction
Epissage ( precision, lieu, on garde quoi?)
Dans le noyau
Très précis
Élimination intron
On ne garde que les extrémité 5’UTR et 3’UTR + exon
Structure epissage: loi de Breathmach et chambon
Loi de Breathnach et Chambon : système de reconnaissance intronique
Séquence GU en 5’ de l’intron = site donneur d’épissage
Séquence AG en 3’ de l’intron = site accepteur d’épissage
Moindre mutation empêche leur rôle
Site d’embranchement: 20 à 50nt de l’extrémité 3’ de l’intron
➤ C’est une adénine, au sein d’une séquence très conservé : YNCURAY
➤ Elle est suivie d’un élément polyPyr (riche en pyrimidine)
Epissage des ARNm ( 2 etapes de…)
Epissage des ARNm = 2 étapes de transesterification
- Clivage de l’extrémité 5’ de l’intron et liaison avec l’adénine du site de branchement (1ere transestérification)
=> formation du lasso. Puis il est coupé de l’extrémité 3’
Liaison groupement 3’OH libre de l’exon en amont avec le 5’-P de l’exon en aval (2 transesterification)
=> Sans apport d’energie
Spliceosome
=> particule d’épissage composée de
- Pré-ARNm
- Protéine accessoire
- Ribocunécloprotéine (=150) Snurps, contenant de petits snARN:
=> SnRNP U1, U2, U4, U5 et U6 (PAS U3)
U1 se lie au site de clivage 5’ de l’intron (donneur)
U2 se lie au site de branchement
US se lie au site de clivage 3’ de l’intron accepteur)
→ Permet clivage 5’, formation du lasso, clivage 3’
Spécificité des U ARN
Les U ARN ont eux aussi un coiffe en 5’ mais celle-ci est une guanosine triméthylée: la coiffe 2-2-7-triméthyl-guanosine
Dans ce cas cela se déroule dans le cytoplasme puis elle retourne dans le noyau
