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Genómica y proteómica > Análisis genómicos y proteómicos > Flashcards

Análisis genómicos y proteómicos Flashcards

1
Q

Metodología que permite la identificación de moléculas de ADN o ARN mediante hibridación en una estructura de vidrio o silicona.

A

Microarreglos

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Q

Fundamento de los microarreglos

A

Hibridación de ácidos nucleicos (ADN o ARN)
Principio de complementariedad

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2
Q

Tipos de microarreglos

A

ADN
RNA
Metilación
Proteínas

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3
Q

Colecciones de clonas de DNA

A

Librerías

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4
Q

¿Qué generan las librerías?

A

Fragmentos de restricción de distinto tamaño que se traslapan

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5
Q

Uso de los microarreglos de ADN

A

Identificación de un polimorfismo específico en cada celda
Uso forense y en ciencias de la salud

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6
Q

Molécula que se amplifica en los microarreglos de RNA

A

cDNA

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7
Q

Uso de los microarreglos de RNA

A
  • Identificación de rutas metabólicas implicadas en enfermedades
  • La intensidad de la fluorescencia es directamente proporcional al nivel de expresión del gen
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8
Q

Es la transferencia de grupos metilo en el carbono 5 de la citocina presentes en islas CpG

A

Metilación

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9
Q

Los microarreglos de metilación son mediados por:

A

ADN metiltransferasas

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10
Q

Los microarreglos de metilación se encuentran altamente asociado a:

A

Desarrollo de cáncer

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11
Q

Técnica utilizada para los microarreglos de metilación

A

Human Methylation 450 Beadchip (Illumina)

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12
Q

Microarreglos que cubre el 99% de genes referenciados y 250,000 islas CpG

A

Microarreglos de metilación

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13
Q

Técnica de replicación in vitro de una molécula de ADNg

A

PCR

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14
Q

La longitud del fragmento que se quiere replicar por PCR estará delimitado por:

A

Primers o cebadores u oligonucleótidos

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15
Q

PCR que amplifica una región genética específica y se evalúa por medio de gel de agarosa o acrilamida

A

PCR convencional

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16
Q

PCR que permite identificar la presencia o ausencia de un fragmento específico, sirve para el diagnóstico de enfermedades

A

PCR cualitativo

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17
Q

PCR que permite conocer los niveles de expresión de un gen (ARNm) (biopsias)

A

PCR semicuantitativo

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18
Q

PCR que permite medir la cantidad de microorganismos o en ARNm de un gen en particular, utiliza como referencia una curva con muestras con concentraciones conocidas.

A

PCR cuantitativo

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19
Q

Componentes de la amplificación de la PCR

A

ADN
Primers
DNA polimerasa
dNTPs
Magnesio

20
Q

Proceso de la PCR

A

Inicio de la desnaturalización (95°C, 5 minutos)
Ciclos de amplificación
* Temperatura de desnaturalización (95°C; 30s)
* Temperatura de alineamiento (50-60°C; 30-40s)
* Temperatura de extensión (72°)
Amplificación final (72°C)
Almacenamiento temporal (4°C)

21
Q

Pasos de la PCR en tiempo real

A

Amplificación
* Desnaturalización
* Alineamiento
* Extensión
Detección mediante fluorescencia

22
Q

Técnicas de detección de la PCR en tiempo real

A

Syber green
TaqMan

23
Q

Su principal objetivo es entender la expresión, función y regulación del conjunto completo de proteínas codificadas por un organismo.

A

Proteómica

24
Q

Técnicas utilizadas para el análisis de proteínas

A

Electroforesis mono y dimensional
Espectrometría de masas
Técnicas in silico (análisis en bases de datos)

25
Q

¿En qué consiste la purificación por afinidad-MS de las proteínas?

A

La proteína de estudio se aísla por la afinidad que tiene con un anticuerpo y las proteínas que están pegadas a ellas se analizan por espectrometría de masas.

26
Q

Criterios para eliminar proteínas contaminantes en los análisis de la estructura proteíca

A

Diferencia de tamaño, carga e hidrofobicidad.

27
Q

Técnica que monitoriza la purificación de proteínas

A

SDS-PAGE

28
Q

Técnica de separación de proteínas utilizando geles de poliacrilamida dos dimensiones

A

Electroforesis bidimensional

29
Q

Dimensiones de la electroforesis bidimensional

A

Isoelectroenfoque (IEE) –> punto isoeléctrico (PI)
Masa molecular

30
Q

Metodo de secuenciación de proteínas

A

Espectometría de masas

31
Q

Técnica mediante la cual es posible la identificación de proteínas

A

Huella peptídica (peptide mass fingerprint)

32
Q

Técnica utilizada por la huella peptídica (peptide mass fingerprint) para la identificación de proteínas

A

Espectometría de masas

33
Q

Clasificación de la interacción de proteínas

A

Ocurren entre dominios de una misma cadena polipeptídica
Las que ocurren entre dominios de diferentes cadenas polipeptídicas
Las que ocurren en diferentes complejos formados entre proteínas dependientes

34
Q

Técnica que detecta interacción entre dos proteínas

A

Y2H (yeast two hibrid screening: técnica de doble híbrido en levadura)

35
Q

En la técnica Y2H, partes en las que se divide el factor de transcripción

A
  • Dominio de unión a DNA
  • Dominio de activación
36
Q

Método microscópico que puede monitorear la interacción entre proteínas en tiempo real

A

FRET (Fluorescence resonance energy transfer)

37
Q

Técnica utilizada en el FRET

A

Las proteínas se marcan con fluoróforos aceptores y donadores: al haber interacción se observa la fluorescencia

38
Q

Ventajas del FRET

A

Se puede medir el tiempo de interacción entre las proteínas

39
Q

Las modificaciones postraduccionales determinan

A

Actividad
Localización
Interacciones con otras proteínas

40
Q

Activación/desactivación de actividad enzimática

A

Fosforilación

41
Q

Estabilidad de proteínas, regulación de la interacción proteínas-DNA (histonas)

A

Acetilación

42
Q

Regulación de la transcripción

A

Metilación

43
Q

Modificación de lípidos, localización, anclaje de membrana

A

Acilación

44
Q

Señal para degradación de proteínas

A

Ubiquitinación

45
Q

Técnicas para identificar modificaciones postraduccionales

A

Western Blot
Elisa
Espectometría de masas

46
Q

Separación de proteínas por medio de gel de electroforesis, estas se transfieren a una membrana, la cual será expuesta a un anticuerpo específico. La unión anticuerpo-proteínas es detectada usando un marcador radioactivo

A

Western Blot

47
Q

Uso de MALDI-TOF

A
  • Identificación de cepas bacterianas y fúngicas mediante las variantes de masa carga
  • Diagnóstico
48
Q

Marcadores que se pueden utilizar en medicina para la detección precoz, el diagnóstico, la estadificación o el pronóstico de enfermedades

A

Biomarcadores

Genómica y proteómica (7 decks)

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