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Genómica y proteómica > Análisis genómicos y proteómicos > Flashcards

Análisis genómicos y proteómicos Flashcards

1
Q

Metodología que permite la identificación de moléculas de ADN o ARN mediante hibridación en una estructura de vidrio o silicona.

A

Microarreglos

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Q

Fundamento de los microarreglos

A

Hibridación de ácidos nucleicos (ADN o ARN)
Principio de complementariedad

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2
Q

Tipos de microarreglos

A

ADN
RNA
Metilación
Proteínas

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3
Q

Colecciones de clonas de DNA

A

Librerías

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4
Q

¿Qué generan las librerías?

A

Fragmentos de restricción de distinto tamaño que se traslapan

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5
Q

Uso de los microarreglos de ADN

A

Identificación de un polimorfismo específico en cada celda
Uso forense y en ciencias de la salud

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6
Q

Molécula que se amplifica en los microarreglos de RNA

A

cDNA

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7
Q

Uso de los microarreglos de RNA

A
  • Identificación de rutas metabólicas implicadas en enfermedades
  • La intensidad de la fluorescencia es directamente proporcional al nivel de expresión del gen
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8
Q

Es la transferencia de grupos metilo en el carbono 5 de la citocina presentes en islas CpG

A

Metilación

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9
Q

Los microarreglos de metilación son mediados por:

A

ADN metiltransferasas

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10
Q

Los microarreglos de metilación se encuentran altamente asociado a:

A

Desarrollo de cáncer

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11
Q

Técnica utilizada para los microarreglos de metilación

A

Human Methylation 450 Beadchip (Illumina)

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12
Q

Microarreglos que cubre el 99% de genes referenciados y 250,000 islas CpG

A

Microarreglos de metilación

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13
Q

Técnica de replicación in vitro de una molécula de ADNg

A

PCR

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14
Q

La longitud del fragmento que se quiere replicar por PCR estará delimitado por:

A

Primers o cebadores u oligonucleótidos

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15
Q

PCR que amplifica una región genética específica y se evalúa por medio de gel de agarosa o acrilamida

A

PCR convencional

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16
Q

PCR que permite identificar la presencia o ausencia de un fragmento específico, sirve para el diagnóstico de enfermedades

A

PCR cualitativo

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17
Q

PCR que permite conocer los niveles de expresión de un gen (ARNm) (biopsias)

A

PCR semicuantitativo

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18
Q

PCR que permite medir la cantidad de microorganismos o en ARNm de un gen en particular, utiliza como referencia una curva con muestras con concentraciones conocidas.

A

PCR cuantitativo

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19
Q

Componentes de la amplificación de la PCR

A

ADN
Primers
DNA polimerasa
dNTPs
Magnesio

20
Q

Proceso de la PCR

A

Inicio de la desnaturalización (95°C, 5 minutos)
Ciclos de amplificación
* Temperatura de desnaturalización (95°C; 30s)
* Temperatura de alineamiento (50-60°C; 30-40s)
* Temperatura de extensión (72°)
Amplificación final (72°C)
Almacenamiento temporal (4°C)

21
Q

Pasos de la PCR en tiempo real

A

Amplificación
* Desnaturalización
* Alineamiento
* Extensión
Detección mediante fluorescencia

22
Q

Técnicas de detección de la PCR en tiempo real

A

Syber green
TaqMan

23
Q

Su principal objetivo es entender la expresión, función y regulación del conjunto completo de proteínas codificadas por un organismo.

A

Proteómica

24
Técnicas utilizadas para el análisis de proteínas
Electroforesis mono y dimensional Espectrometría de masas Técnicas in silico (análisis en bases de datos)
25
¿En qué consiste la purificación por afinidad-MS de las proteínas?
La proteína de estudio se aísla por la afinidad que tiene con un anticuerpo y las proteínas que están pegadas a ellas se analizan por espectrometría de masas.
26
Criterios para eliminar proteínas contaminantes en los análisis de la estructura proteíca
Diferencia de tamaño, carga e hidrofobicidad.
27
Técnica que monitoriza la purificación de proteínas
SDS-PAGE
28
Técnica de separación de proteínas utilizando geles de poliacrilamida dos dimensiones
Electroforesis bidimensional
29
Dimensiones de la electroforesis bidimensional
Isoelectroenfoque (IEE) --> punto isoeléctrico (PI) Masa molecular
30
Metodo de secuenciación de proteínas
Espectometría de masas
31
Técnica mediante la cual es posible la identificación de proteínas
Huella peptídica (peptide mass fingerprint)
32
Técnica utilizada por la huella peptídica (peptide mass fingerprint) para la identificación de proteínas
Espectometría de masas
33
Clasificación de la interacción de proteínas
Ocurren entre dominios de **una misma cadena polipeptídica** Las que ocurren entre dominios de **diferentes cadenas polipeptídicas** Las que ocurren en diferentes **complejos formados entre proteínas dependientes**
34
Técnica que detecta interacción entre dos proteínas
Y2H (yeast two hibrid screening: técnica de doble híbrido en levadura)
35
En la técnica Y2H, partes en las que se divide el factor de transcripción
* Dominio de unión a DNA * Dominio de activación
36
Método microscópico que puede monitorear la interacción entre proteínas en tiempo real
FRET (Fluorescence resonance energy transfer)
37
Técnica utilizada en el FRET
Las proteínas se marcan con fluoróforos aceptores y donadores: al haber interacción se observa la **fluorescencia**
38
Ventajas del FRET
Se puede medir el tiempo de interacción entre las proteínas
39
Las modificaciones postraduccionales determinan
Actividad Localización Interacciones con otras proteínas
40
Activación/desactivación de actividad enzimática
Fosforilación
41
Estabilidad de proteínas, regulación de la interacción proteínas-DNA (histonas)
Acetilación
42
Regulación de la transcripción
Metilación
43
Modificación de lípidos, localización, anclaje de membrana
Acilación
44
Señal para degradación de proteínas
Ubiquitinación
45
Técnicas para identificar modificaciones postraduccionales
Western Blot Elisa Espectometría de masas
46
Separación de proteínas por medio de gel de electroforesis, estas se transfieren a una membrana, la cual será expuesta a un anticuerpo específico. **La unión anticuerpo-proteínas es detectada usando un marcador radioactivo**
Western Blot
47
Uso de MALDI-TOF
* Identificación de cepas bacterianas y fúngicas mediante las variantes de masa carga * Diagnóstico
48
Marcadores que se pueden utilizar en medicina para la detección precoz, el diagnóstico, la estadificación o el pronóstico de enfermedades
Biomarcadores

Genómica y proteómica (6 decks)

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