AN Flashcards
Fonctions des AN
Stockage de l’info génétique
Expression
Prod et stockage d’E
Orchestration de l’expression des gènes
Composition d’un AN
BA
Sucre
Phosphate a, B, gamma
Quels sont les types d’AN
ADN
HNA
TNA
GNA
Combien d’atomes du sucre cyclisé sont dans le plan
4 sur 5
Quelle liaison entre BA et un sucre
N glycosidique
Quels sont les deux classes de bases
Puriques
Pyrimidiques
Quel est le nom de l’adénine
6-aminopurine
Quel est le nom de la guanine
2amino-6oxypurine
Quel est le nom de la cytosine
2oxy-4aminopyrimidine
Quel est le nom de la thymine
2,4-dioxy-5-méthylpyrimidine
Quel est le nom de l’uracile
2,4-dioxypyrimidine
Qu’est ce que la lactame
Cycle carbonné contenant une fonction amide
Qu’est ce que la lactime
Tautomère du lactame avec une fonction énol
Qu’est ce que la tautomérisation
Isomérisation dépendante du pH (mvmt d’H)
Qu’est ce que les conséquences des tautomérisations
Implication dans la reconnaissance et catalyse par l’ARN
Génère des erreurs de trad
Ou est retrouvé majoritairement la pseudouridine
ARNr
ARNt
Qu’est ce qu’un nucléotide
Un nucléoside mono/di/triphosphate
D’où vient l’E du ribosome
Du GTP
De quoi dérive l’AMPc
De l’ATP
Quelle est l’activité de l’AMPc
Active l’expression des gènes du métabolisme des sucres
Est ce que les nucléotides peuvent être des cofacteurs
Oui (cycle de krebs)
Quand a été découvert les AN
19ème
Est ce que les AN sont orientés
OUI
Sens de la synthèse enzymatique
5->3
Sens de la lecture enzymatique
3->5
Convention d’écriture des AN
5->3
Qu’est ce qu’il faut préciser lors de l’écriture des séquences d’AN
La nature des grpmt terminaux
Quels sont les propriétés des AN
Neutralisation des charges négatives par des cations
Excellente hydrosolubilité
Quel est le principe de la précépitation alcoolique r
Déstruction des couches d’hydratations
Précipitation
Quelles sont les différents exemples d’appariement de bases
Paire de watson-crick
Parie de Hoogsteen
Triplet de bases
Quartet de purines
Vitesse d’incorporation de la polymérase bacterienne
30 à 750 incorporations/s
Distance ente les C1 des liaisons N glycosidiques
Combien de liaisons H entre AT et GC
AT: 2
GC: 3
Combien de bases par tour d’hélice
10,5
Qu’est ce un réduit l’absorbance des AN
L’empilement
Qu’est ce que l’effet hyperchrme
On le comprend okam
Def de la température de fusion Tm
T° a laquelle la moitié de l’ADN est sous forme simple brin
Quel est la différence entre entre syn et anti
Syn : base au dessus du sucre
Anti: position «normale»
Est ce que les pyrimidiques peuvent être anti ou syn
OUI
Par quoi est induit la forme A de l’ADN
Déshydratation
Quand est ce qu’on a une forme Z de l’ADN
Alternance de purine/pyrimidines
Taille du sillon majeur
12 A°
Taille du sillon mineur
6 À°
Par quoi se fait la reconnaissance spécifique préférentiellement
Sillon majeur
Pourquoi reconnaître les AN par des protéines
Transcrire
Réguler la transcription
Modifier l’ADN
Par quoi est catalyser la méthylation des bases
Méthyltransférase DAM
Par une méthyle transferase quel est le donneur du méthyl
Méthionnine
Sur quoi est modifié l’ADN des pro et eucaryotes
Procaryotes: séquences CCAGG et CCTGG
Eucaryotes: îlots CpG
Qu’est ce que la Méthylation des cytosines pour les eucaryotes
Marquage épigénétique réversible
Quel est le premier degré de compactions de l’ADN
Par les histones
Combien de bases par tour d’histones
146
Qu’est ce qu’un nucléosome
Cœur d’histone + 200 Pb
De quoi est formé un cœur histone
2 copies de :
H2A
H2B
H3
H4
H1 fait parti du cœur de histone ?
NON
Que fait H1
Interagit avec ADN linker
Fixe l’ADN
Qu’y a t t’il tout les 10Pb
AA
AT
Ou TT
Quel est la caractéristique du sillon majeur AT
Il est comprimable
Quel est la caractéristique du sillon mineur GC
Rigide
Que contactent les AA basiques
ADN nucléosomale
AA acides des cœurs d’H
Comment on module la compaction de l’AN
Modif des AA basiques
Quelles sont les principales réactions de modification
Acétykation des Lys, Arg par les HAT
Méthylation des Lys, Arg par des HMT
Phosphorylation des Ser Thr et Tyr par kinases
Qu’est ce que HAT
Histone acétyl transférase
Qu’est ce que HMT
Histone méthyl transférases
quelle partie des histones sont cible de nombreuses modifications
Les queues d’histones
Qu’est ce que le code histone
Marque épigénétique
Leur présence influence la présence des autres modif
Comment est compacté l’ADN bactérien
Actions de NAP
Quels sont les différents ARN
Messager
Ribosomal
Transfert
SnoRNA
IncRNA
MiARN
Quel est la proportion d’ARN codant et non-codant
Codant 5-10%
Non-codant : 90-95%
Quelle est la diff entre ARN et ADN
Désoxyribose
Dans quel sens est synthétisé l’ARN
5->3
Nb d’incorporation de l’ARN polymérase
30 a 200 nucléotides/s
Est ce que l’ARN polymérase a besoin d’amorce
NON
Qu’est ce qu’une RNase A
Endonucléase coupant après les pyrimidines non appariées
À quoi tend une molécule d’ARN
Former des structures secondaires
Quels sont les propriétés des hélices d’ARN
Interférences entre le 2OH et le phosphate
Sucres en C3-endo
Hélices sous forme A
Quelles sont les différentes structures des ARN
Tige-boucle
Bulge
Boucle interne
Interactions longues distances
Quelle est la fonction de la RNase P
Maturation de l’extrémité 5’ des ARNt
Quel est le rôle de l’anticodon dans l’ARNt
Lecture de l’ARN messager
Quelles sont les 2 capacités de l’ARN
Codant
Catalytique
Quels sont les principales classes technologiques ou on utilise de l’ADN
Amplification des AN
Séquençages
Transplantation de séquences
Édition de génomes
Dev d’AN artificiels
Nanotechnologies
Diapo 33
????
Quels sont les étapes de la PCR avec la T°
Dénaturation, 95°
Hybridation, 55°
Extension, 72°
Composition du milieu de PCR
Dinucléotides TP
ADN polymérase Thermostable (Taq)
Amorces spé de synthèse
Tampon et additifs
Quels sont les propriétés de la PCR
Le produit n’apparaît qu’au 3ème cycle
Amplification exponentielle
La plus part des techno de séquençage repose sur le principe….?
D’extension d’amorces
Quel est la techno de séquencage la plus utilisée en routine
Méthode danger
Omprendre la méthode de sanger
Avec la méthode de sanger sur quoi on lit la séquence AN
Autoradiogramme
Quelles sont les caractéristiques du séquençage a très haut débit
Analyse de millions de séquences en parallèle
Ouvre la voie a des analyses génomiques et transcriptomiques
Quels sont les différentes modifications de l’ADN
(Dé)phosphorylation
Adénylation
Méthylation
Légation
Digestion
Quel est l’origine des enzymes de restriction
Système bactérien de défense antivirale impliquant des enzymes de modif et de restriction
Quels sont les types d’enzymes de restriction
types:
I
II
III
Quels sont les caractéristiques des enzymes de restrictions I
Plusieurs sous-unités
Nécessite ATP et Mg
Coupure à distance du site de reco
Que reconnaît une enzyme I
Une séquence spé
Quelles sont les caractéristiques des enzymes II
Enzymes dimériques
Uniquement la restriction
Nécessite Mg
Coupure dans le site de reco
Comment marche CRISPP-Cas9
Reconnaissance et clivage par une prot unique (Cas9)
Par quoi est dirigée CRISPR
Par un ARN guide
Qu’est ce qu’un aptamère
Petit oligonucléotide simple brin reconnaissant spécifiquement une molécule cible
Qu’est ce que SELEX
Systematic Évolution of Ligand by EXponential enrichissement
Qu’analyse t on en SELEX
Les fluorescentes individuelles
Quel sont les intérêts et applications des aptamères
Outils de détection
Peu immunogènes
Prod en mass très reproductible
Facilement modifiable
Alternative aux AC
