Alineamiento De Secuencias

Question 1

¿Que es el alineamiento de secuencias?

Answer 1

una forma de organizar las secuencias de DNA, RNA o proteinas.

Question 2

Elementos del alineamiento de secuencias

Answer 2

1 secuencia de consulta (Query)
1 secuencia de referencia

Question 3

Proposito del alineamiento de secuencias

Answer 3

Identificar regiones similares entre ellas que pueden ser debido a:

• relaciones evolutivas,
• estructurales
• funciones entre ellas

Question 4

¿Como se interpretan las diferencias entre 2 secuencias con 1 ancestro en comun?

Answer 4

como:
- mutaciones puntuales
- Indeles (insercion o delecion)

Question 5

Que cambios geneticos se puedeb detectar en un alineamiento genetico?

Answer 5

Inserciones o Deleciones: que alteren o no el marco de lectura

Sustituciones: relacionadas a variantes, ejmplo: misense

Question 6

Un ejemplo de la aplicacion del alineamiento de secuencias es:

Answer 6

La comparacion de secuencias en alguien enf. y alguien sano

Question 7

Los nucleotidos marcados en azul representan?

*agregar foto

Answer 7

mutaciones puntuales

Question 8

los nucleotidos y guiones marcados en rojo representan?

Answer 8

indeles

Question 9

Herramientas/metodos para el analisis de secuencias

Answer 9

• Dot-plot
• Alineaciones locales o globales para analisis de residuos

Question 10

A que se refiere la Alineacion de secuencias por pares?

Answer 10

alineacion y comparacion de 2 secuencias biologicas (ADN,ARN o prot)

Question 11

Categorias de la Alineacion de secuencias por pares?

Answer 11

alineamiento global
alineamiento local

Question 12

herramientas para alineamiento de pares de secuencia

Answer 12

BLAST, LAIGN, EMBOSS Needle, EMBOSS Water

Question 13

Que hace BlastP?

Answer 13

Alinea aminoacidos en secuencias de proteinas

Question 14

que hace BlastN?

Answer 14

Alinea Nucleotidos

Question 15

que hace Blastx?

Answer 15

busca bases de datos de proteínas mediante una consulta de nucleótidos traducida

Question 16

que hace BlastN?

Answer 16

Alinea Nucleotidos

Question 17

Como se hace el alineamiento Global?

Answer 17

Comparas todo el genoma con una base de datos de referencia

Question 18

Como se hace el alineamiento Local?

Answer 18

Alineas pequeñas regiones del genoma y comparas con base de datos de referencia…. Busca genes particulares

Question 19

Caracteristicas del alineamiento local:

Answer 19

Se hace Comparacion de secuencias con homologia parcial

• Alineamiento de alta calidad
• analisis por residuo

Question 20

Caracteristicas del alineamiento Global:

Answer 20

**Se comparan secuencias en su longitud total

Propositos:
* Encontrar hallazgos de grandes indeles
* Revisar la calidad de los datos
* Identificar mutaciones

Question 21

El alineamiento global sirve para:

Answer 21

identificar a quien o a que pertenece dicho genoma….

(Ejemplo: bacterias, virus, etc)

Question 22

Para que sirve el alineamiento local?

Answer 22

Para buscar genes especificos

Question 23

¿Que es el Dotplot?

Answer 23

Es una representación grafica de la similitud por pares

Se hace una exploración general de la secuencia

Question 24

Que podemos identificar con el dotplot?

Answer 24

• Similitudes entre 2 secuencias
• Hallazgos de Grandes indeles
• Características que pueden aparecer en distinto orden
• Patrones Complejos

Question 25

Dotplot consiste en?

Answer 25

Hacer matriz de secuencia referencia y secuencia de estudiada.

1. buscar match entre ellas y agregar un punto.
2. Hacer lineas rectas en regiones de alineamiento (donde son parecidas)
   * las zonas donde se pierde la continuidad indica mutaciones o variaciones en el genoma.

Agregar foto:

Question 26

Si en un dotplot la linea disgonal es continua indica que el genoma viene de la misma especie y abarca todo el grafico

VoF

Answer 26

Verdadero

Question 27

Que tipo de algoritmo es el de Needleman-Wunch?

Answer 27

Algoritmo de programacion directa

Question 28

Caracteristicas del Algoritmo Needleman Wunch

Answer 28

• Metodo de alineacion y busqueda continua
• No es manual.
• usa el Dot-plot

Poner imagen.

Question 29

Que es lo que se califica o evalua en el Alg. Needle W.?

Answer 29

Match
Mismatch
Gap

Question 30

Caracteristicas del Algoritmo Smith and Waterman (1981)

Answer 30

• Optimo para alineamientos locales (encuentra las regiones de mayor incidencia)
• La via del alineamiento puede iniciar desde cualquier parte
• el valor minimo permitido es 0

Question 31

Que son los alineamientos de secuencias multiples(MSA)

Answer 31

A la alineacion y comparacion de tres o mas secuencias biologicas

Question 32

Para que sirve el MSA?

Answer 32

• Para ver similitudes o diferencias entre genomas de distintas especies.
• Para detectar regiones de variabilidad o conservación en una familia de proteínas.
• Para hacer Análisis filogenético.
• Detección de homología entre un gen recién secuenciado y una predicción de estructura de proteína de una familia de genes existente.

Ejmplo: bacterias, cebolla, etc

Question 33

Caracteristicas de alineamientos multiples de secuencia (MSA)

Answer 33

• Algoritmo mas conplejo y sofisticado
• utiliza la alineacion global
• Se hace entre varias secuencias
• Sirve para ver similitudes o diferencias entre genomas de distintas especies.

Question 34

Programas que realizan MSA

Answer 34

• Clustal W/X
• T-COFEEE
• 3DCOFFEE
• MUSCLE

Question 35

Que tipo de Algoritmo es el programa CLUSTAL?

Answer 35

De alineamiento progresivo

Question 36

Que tipo de Algoritmo es el programa T-COFFEE?

Answer 36

De arbol y alineamiento basado en consistencia

Question 37

Que tipo de Algoritmo es el programa 3DCOFFEE?

Answer 37

De un alineamiento basado en estructura

Question 38

Que tipo de Algoritmo es el programa MUSCLE?

Answer 38

progresivo basado en puntaje de expectativa de registro alineacion y refinamiento dependiente del arbol.

Question 39

Que tipo de alineamiento es? agregar foto de MSA

Answer 39

MSA