Alineamiento De Secuencias Flashcards
¿Que es el alineamiento de secuencias?
una forma de organizar las secuencias de DNA, RNA o proteinas.
Elementos del alineamiento de secuencias
1 secuencia de consulta (Query)
1 secuencia de referencia
Proposito del alineamiento de secuencias
Identificar regiones similares entre ellas que pueden ser debido a:
- relaciones evolutivas,
- estructurales
- funciones entre ellas
¿Como se interpretan las diferencias entre 2 secuencias con 1 ancestro en comun?
como:
- mutaciones puntuales
- Indeles (insercion o delecion)
Que cambios geneticos se puedeb detectar en un alineamiento genetico?
Inserciones o Deleciones: que alteren o no el marco de lectura
Sustituciones: relacionadas a variantes, ejmplo: misense
Un ejemplo de la aplicacion del alineamiento de secuencias es:
La comparacion de secuencias en alguien enf. y alguien sano
Los nucleotidos marcados en azul representan?
*agregar foto
mutaciones puntuales
los nucleotidos y guiones marcados en rojo representan?
indeles
Herramientas/metodos para el analisis de secuencias
- Dot-plot
- Alineaciones locales o globales para analisis de residuos
A que se refiere la Alineacion de secuencias por pares?
alineacion y comparacion de 2 secuencias biologicas (ADN,ARN o prot)
Categorias de la Alineacion de secuencias por pares?
alineamiento global
alineamiento local
herramientas para alineamiento de pares de secuencia
BLAST, LAIGN, EMBOSS Needle, EMBOSS Water
Que hace BlastP?
Alinea aminoacidos en secuencias de proteinas
que hace BlastN?
Alinea Nucleotidos
que hace Blastx?
busca bases de datos de proteínas mediante una consulta de nucleótidos traducida
que hace BlastN?
Alinea Nucleotidos
Como se hace el alineamiento Global?
Comparas todo el genoma con una base de datos de referencia
Como se hace el alineamiento Local?
Alineas pequeñas regiones del genoma y comparas con base de datos de referencia…. Busca genes particulares
Caracteristicas del alineamiento local:
Se hace Comparacion de secuencias con homologia parcial
- Alineamiento de alta calidad
- analisis por residuo
Caracteristicas del alineamiento Global:
**Se comparan secuencias en su longitud total
Propositos:
* Encontrar hallazgos de grandes indeles
* Revisar la calidad de los datos
* Identificar mutaciones
El alineamiento global sirve para:
identificar a quien o a que pertenece dicho genoma….
(Ejemplo: bacterias, virus, etc)
Para que sirve el alineamiento local?
Para buscar genes especificos
¿Que es el Dotplot?
Es una representación grafica de la similitud por pares
Se hace una exploración general de la secuencia
Que podemos identificar con el dotplot?
- Similitudes entre 2 secuencias
- Hallazgos de Grandes indeles
- Características que pueden aparecer en distinto orden
- Patrones Complejos
Dotplot consiste en?
Hacer matriz de secuencia referencia y secuencia de estudiada.
- buscar match entre ellas y agregar un punto.
- Hacer lineas rectas en regiones de alineamiento (donde son parecidas)
* las zonas donde se pierde la continuidad indica mutaciones o variaciones en el genoma.
Agregar foto:
Si en un dotplot la linea disgonal es continua indica que el genoma viene de la misma especie y abarca todo el grafico
VoF
Verdadero
Que tipo de algoritmo es el de Needleman-Wunch?
Algoritmo de programacion directa
Caracteristicas del Algoritmo Needleman Wunch
- Metodo de alineacion y busqueda continua
- No es manual.
- usa el Dot-plot
Poner imagen.
Que es lo que se califica o evalua en el Alg. Needle W.?
Match
Mismatch
Gap
Caracteristicas del Algoritmo Smith and Waterman (1981)
- Optimo para alineamientos locales (encuentra las regiones de mayor incidencia)
- La via del alineamiento puede iniciar desde cualquier parte
- el valor minimo permitido es 0
Que son los alineamientos de secuencias multiples(MSA)
A la alineacion y comparacion de tres o mas secuencias biologicas
Para que sirve el MSA?
- Para ver similitudes o diferencias entre genomas de distintas especies.
- Para detectar regiones de variabilidad o conservación en una familia de proteínas.
- Para hacer Análisis filogenético.
- Detección de homología entre un gen recién secuenciado y una predicción de estructura de proteína de una familia de genes existente.
Ejmplo: bacterias, cebolla, etc
Caracteristicas de alineamientos multiples de secuencia (MSA)
- Algoritmo mas conplejo y sofisticado
- utiliza la alineacion global
- Se hace entre varias secuencias
- Sirve para ver similitudes o diferencias entre genomas de distintas especies.
Programas que realizan MSA
- Clustal W/X
- T-COFEEE
- 3DCOFFEE
- MUSCLE
Que tipo de Algoritmo es el programa CLUSTAL?
De alineamiento progresivo
Que tipo de Algoritmo es el programa T-COFFEE?
De arbol y alineamiento basado en consistencia
Que tipo de Algoritmo es el programa 3DCOFFEE?
De un alineamiento basado en estructura
Que tipo de Algoritmo es el programa MUSCLE?
progresivo basado en puntaje de expectativa de registro alineacion y refinamiento dependiente del arbol.
Que tipo de alineamiento es? agregar foto de MSA
MSA
