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biomol-2 > ADN > Flashcards

ADN Flashcards

1
Q

Quels sont les 3 composantes d’un nucléotide?

A

Base - sucre - phosphate

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Q

Que contient un nucléoside?

A

base + sucre

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3
Q

Quelles sont les purines?

A

A,G

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4
Q

quelles sont les pyrimidines?

A

T,C,U

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5
Q

Quelle est l’unité de base des acides nucléiques?

A

nucléotide

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6
Q

Quelle est la différence entre le ribose et le désoxyribose?

A

ribose: OH au lieu de H sur le carbone 2

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7
Q

Quels sont les noms complets des sucres?

A

ARN: beta-D-ribose
ADN: beta-D-2-deoxyribose

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8
Q

Quelle est la différence en terme de réaction chimique entre ADN et ARN?

A

Groupe OH réactif car instable sur le ribose

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9
Q

Qu’est-ce qui détient une charge négative dans le nucléotide?

A

phosphate

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10
Q

Par quoi sont liés les nucléotides?

A

liens phosphodiesters

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11
Q

entre quels carbones se font les liens phosphodiesters?

A

5’ 3’ des sucres

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12
Q

Quelle est la polarité de l’ADN?

A

5’ -> 3’

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13
Q

Comment décrire la structure de l’ADN?

A

double hélice

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14
Q

Comment sont les brins d’ADN?

A

antiparallèles et complémentaires

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15
Q

Combien de ponts H forme A-T?

A

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16
Q

Combien de ponts H forme C-G?

A

3

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17
Q

Qu’est-ce qui forme le squelette de l’ADN?

A

enchaînement de sucres et de phosphates

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18
Q

Quelle est la taille du génome humain?

A

3x10^9pb, 1-3m dans un noyau de 10um

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19
Q

Les sucres et les phosphates sont placés comment?

A

À l’extérieur de l’hélice

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20
Q

Qu’est-ce qui est à l’intérieur de l’hélice?

A

Bases

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21
Q

Quels sont les sillons de l’ADN?

A
  • mineur

- majeur

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22
Q

Comment peut-on décrire la réplication de l’ADN?

A

semi-conservative

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23
Q

Dans quelle phase a lieu la réplication?

A

S (interphase)

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24
Q

Quelle est l’utilité des télomères?

A

Préserver l’intégrité des chromosomes

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25
Q

Quels sont les 3 éléments requis pour permettre la réplication?

A

1) origines de réplication
2) centromère
3) télomères

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26
Q

Dans quel sens synthétise l’ADN polymérase?

A

5’ -> 3’

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27
Q

Qu’est-ce que requiert l’ADN polymérase?

A
  • Une amorce (ADN OU ARN)

- Une matrice (brin à copier)

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28
Q

Qu’est-ce qui fournit l’énergie pour la polymérisation?

A

nucléotides triphosphates

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29
Q

Combien de phosphates sont coupés lors de l’ajout d’un nucléotide triphosphates?

A

2

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30
Q

Quelle est l’efficacité de l’ADN polymérase?

A

100 nucléotides/s, 6 à 8h pour répliquer le génome

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31
Q

En quels nucléotides sont riches les origines de réplication?

A

AT

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32
Q

Qu’est-ce qui ouvre l’hélice d’ADN à l’origine de réplication?

A

protéines d’initiation

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33
Q

Qu’est-ce qui sépare les brins d’ADN?

A

Hélicase

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34
Q

Qu’est-ce qui appose les amorces d’ARN?

A

primase

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35
Q

Comment nomme-t-on les 2 brins lors de la réplication?

A
  • conducteur

- tardif

36
Q

Combien a-t-on besoin d’amorces pour le brin conducteur?

A

1

37
Q

Comment nomme-t-on les fragments du brin retardé?

A

Okazaki

38
Q

Quelle est la première étape de la synthèse du brin retardé?

A

Primase ajoute une amorce d’ARN de 10 nucléotides à tous les 200/300 nucléotides

39
Q

Que se passe-t-il suite à l’apposition d’une amorce d’ARN sur le brin retardé?

A

ADN polymérase III complète la fragment

40
Q

Que se passe-t-il suite à la complétion du fragment par l’ADN pol III?

A

ADN pol I remplace l’amorce d’ARN par de l’ADN

41
Q

Quelle est la dernière étape de la synthèse d’un fragment du bin retadé?

A

La ligase scelle les fragments

42
Q

Quelles sont les activité de l’ADN pol I?

A

1) nucléase (enlève l’amorce d’ARN)

2) ADN polymérase de réparation

43
Q

Quelle est l’activité de la ligase?

A

Lier deux bouts d’ADN en créant un lien phosphodiester en utilisant l’ATP

44
Q

À quoi sert la sliding clamp?

A

Protéine circulaire maintenant l’ADN polymérase et l’ADN pendant la synthèse d’ADN

45
Q

À quoi sert SSB (single stranded binding) protein?

A

fixer l’ADN simple brin, empêcher l’appariement

46
Q

À quoi sert Hélicase?

A

séparer les brins et les maintenir séparés

47
Q

À quoi sert la topoisomérase?

A

Prévenir les super-enroulement en faisant une coupure simple-brin dans l’ADN et en le re-ligant

48
Q

Quel est le dernier problème du brin retardé?

A

reste un gap pas synthétisé

49
Q

Comment pallier au problème du gap du brin retardé?

A

Télomérase synthétise une section supplémentaire sur le brin matrice

50
Q

Que se passe-t-il après que la télomérase rajoute une section sur le brin matrice?

A

ADN polymérase complète le brin retardé

51
Q

Quelles sont les 2 parties de la télomérase?

A
  • protéique

- ARN

52
Q

À quoi sert la partie protéique de la télomérase?

A

ADN polymérase, capable de reverse transcriptase

53
Q

À quoi sert la partie ARN de la télomérase?

A

Matrice d’ARN constante, permet d’agir comme une polymérase

54
Q

Quel protéine termine le brin tardif?

A

ADN polymérase alpha (activité primase)

55
Q

Quelles cellules voient leurs télomères réduits en taille avec l’age?

A
  • somatique

- premature aging cells

56
Q

Que cause une tumeur précoce en terme de longueur des télomères?

A

diminution

57
Q

Que cause une métastase en terme de longueur des télomères?

A

augmentation

58
Q

Quelle est une cible fréquente de traitement du cancer?

A

bloquer la réplication (avec un analogue de thymidine AZT)

59
Q

Quels médicaments peuvent bloquer la réplication?

A
  • analogue de thymidine (AZT)

- inhibiteur de topoisomérase

60
Q

Quels évènements peuvent léser l’ADN?

A
  • erreur d’incorporation durant la réplication

- lésion de l’ADN des cellules par mécanisme externe

61
Q

Quels sont des exemples de réactions pouvant léser l’ADN?

A
  • métabolisme (pH, ROS)
  • radiations (UV, X)
  • composés chimiques dans l’environnement
62
Q

Que se passe-t-il si une erreur n’est pas réparée?

A

Mutation de façon permanente transmise et perpétuée

63
Q

Que peuvent causer des changements dans la séquence d’ADN?

A

Maladies comme la Drépanocytose, fibrose kystique, cancer

64
Q

Quel type de maladie est la fibrose kystique?

A

autosomale récessive

65
Q

Quelle est la mutation la plus fréquente causant la fibrose kystique?

A

F508: délétion de 3 nucléotides codant pour la phénylalanine 508

66
Q

Il y a environ combien de mutations dans une cellule cancéreuse?

A

4-5 donc augmentation du risque avec l’âge

67
Q

Quel est le taux d’erreur sans et avec les corrections?

A

sans: 1/10^7
avec: 1/10^9

68
Q

Quels sont les 3 mécanismes de correction les plus importants?

A
  • proofreading
  • DNA mistmatch repair system
  • excision repair
69
Q

En quoi consiste le proofreading?

A

Vérification et autocorrection par ADN polymérase

70
Q

En quoi consiste le DNA Mismatch Repair System?

A

Reconnaissance du nucléotide mal incorporé: excision et réparation (post-réplication)

71
Q

En quoi consiste le Excision repair?

A

Reconnaissance des bases mutées par déamination, dépurination, radiation (dimères de thymine) par des nucléases et excision

72
Q

Une fois l’excision d’un base, qu’est-ce qui répare la lésion?

A

repolymérisation par ADN polymérase de réparation et ligation

73
Q

Quel brin d’ADN est utilisé comme matrice pour la réparation?

A

le brin indemne

74
Q

Quelle particularité de l’ADN permet de reconnaitre une erreur?

A

Sa forme en double hélice; on observe une déformation s’il y a mésappariement

75
Q

Comment se fait la reconnaissance d’une erreur en proofreading?

A

Reconnaitre une déformation de l’hélice par une différence de ponts H

76
Q

Comment se passe l’excision lors du proofreading?

A

Activité exonucléase de la polymérase détache le mauvais nucléotide en hydrolysant le lien phosphodiester

77
Q

Quels sont les 2 sites de l’ADN polymérase?

A
  • catalytique P

- édition E

78
Q

À quoi sert le site d’édition de l’ADN polymérase?

A

Lorsqu’une erreur est reconnue, le brin passe temporairement du site P au site E

79
Q

Comment sont reconnues les erreurs lors du DNA mismatch repair?

A

Les nicks(brèche, coupure, rupture) sont reconnues car elles engendrent une distorsion de la double hélice

80
Q

Quelle protéine dégrade le nucléotide erroné lors du DNA mismatch repair?

A

Exo1

81
Q

Qu’est-ce que la dépurination

A

Collisions thermiques causant le perte de purines générant des lésions en dents manquantes

82
Q

Qu’est-ce que la déamination

A

Perte d’un groupement amino des cytosines les transformant en uracile

83
Q

Qu’est-ce qu’un dimère de thymine?

A

UV provoque la formation de liens covalents entre 2 thymines

84
Q

Si la correction n’est pas effectuée, que se passe-t-il avec une dépurination?

A

Délétion de la paire de nucléotides

85
Q

Que se passe-t-il si la désamination n’est pas corrigée?

A

G est remplacé par A et U reste tel quel

86
Q

Que se passe-t-il chimiquement lors d’un dimère de thymine?

A

brise du double lien C=C qui devient simple, liaison covalente avec les C du haut ou du dessous

87
Q

Comment un dimère de thymine est-il réparé?

A
  • photoreactivation repair: lumière UV pour briser le lien

- uvr system excise le dimère et le gap est réparé par DNA pol 1

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