ADN Flashcards
Quels sont les 3 composantes d’un nucléotide?
Base - sucre - phosphate
Que contient un nucléoside?
base + sucre
Quelles sont les purines?
A,G
quelles sont les pyrimidines?
T,C,U
Quelle est l’unité de base des acides nucléiques?
nucléotide
Quelle est la différence entre le ribose et le désoxyribose?
ribose: OH au lieu de H sur le carbone 2
Quels sont les noms complets des sucres?
ARN: beta-D-ribose
ADN: beta-D-2-deoxyribose
Quelle est la différence en terme de réaction chimique entre ADN et ARN?
Groupe OH réactif car instable sur le ribose
Qu’est-ce qui détient une charge négative dans le nucléotide?
phosphate
Par quoi sont liés les nucléotides?
liens phosphodiesters
entre quels carbones se font les liens phosphodiesters?
5’ 3’ des sucres
Quelle est la polarité de l’ADN?
5’ -> 3’
Comment décrire la structure de l’ADN?
double hélice
Comment sont les brins d’ADN?
antiparallèles et complémentaires
Combien de ponts H forme A-T?
2
Combien de ponts H forme C-G?
3
Qu’est-ce qui forme le squelette de l’ADN?
enchaînement de sucres et de phosphates
Quelle est la taille du génome humain?
3x10^9pb, 1-3m dans un noyau de 10um
Les sucres et les phosphates sont placés comment?
À l’extérieur de l’hélice
Qu’est-ce qui est à l’intérieur de l’hélice?
Bases
Quels sont les sillons de l’ADN?
- mineur
- majeur
Comment peut-on décrire la réplication de l’ADN?
semi-conservative
Dans quelle phase a lieu la réplication?
S (interphase)
Quelle est l’utilité des télomères?
Préserver l’intégrité des chromosomes
Quels sont les 3 éléments requis pour permettre la réplication?
1) origines de réplication
2) centromère
3) télomères
Dans quel sens synthétise l’ADN polymérase?
5’ -> 3’
Qu’est-ce que requiert l’ADN polymérase?
- Une amorce (ADN OU ARN)
- Une matrice (brin à copier)
Qu’est-ce qui fournit l’énergie pour la polymérisation?
nucléotides triphosphates
Combien de phosphates sont coupés lors de l’ajout d’un nucléotide triphosphates?
2
Quelle est l’efficacité de l’ADN polymérase?
100 nucléotides/s, 6 à 8h pour répliquer le génome
En quels nucléotides sont riches les origines de réplication?
AT
Qu’est-ce qui ouvre l’hélice d’ADN à l’origine de réplication?
protéines d’initiation
Qu’est-ce qui sépare les brins d’ADN?
Hélicase
Qu’est-ce qui appose les amorces d’ARN?
primase
Comment nomme-t-on les 2 brins lors de la réplication?
- conducteur
- tardif
Combien a-t-on besoin d’amorces pour le brin conducteur?
1
Comment nomme-t-on les fragments du brin retardé?
Okazaki
Quelle est la première étape de la synthèse du brin retardé?
Primase ajoute une amorce d’ARN de 10 nucléotides à tous les 200/300 nucléotides
Que se passe-t-il suite à l’apposition d’une amorce d’ARN sur le brin retardé?
ADN polymérase III complète la fragment
Que se passe-t-il suite à la complétion du fragment par l’ADN pol III?
ADN pol I remplace l’amorce d’ARN par de l’ADN
Quelle est la dernière étape de la synthèse d’un fragment du bin retadé?
La ligase scelle les fragments
Quelles sont les activité de l’ADN pol I?
1) nucléase (enlève l’amorce d’ARN)
2) ADN polymérase de réparation
Quelle est l’activité de la ligase?
Lier deux bouts d’ADN en créant un lien phosphodiester en utilisant l’ATP
À quoi sert la sliding clamp?
Protéine circulaire maintenant l’ADN polymérase et l’ADN pendant la synthèse d’ADN
À quoi sert SSB (single stranded binding) protein?
fixer l’ADN simple brin, empêcher l’appariement
À quoi sert Hélicase?
séparer les brins et les maintenir séparés
À quoi sert la topoisomérase?
Prévenir les super-enroulement en faisant une coupure simple-brin dans l’ADN et en le re-ligant
Quel est le dernier problème du brin retardé?
reste un gap pas synthétisé
Comment pallier au problème du gap du brin retardé?
Télomérase synthétise une section supplémentaire sur le brin matrice
Que se passe-t-il après que la télomérase rajoute une section sur le brin matrice?
ADN polymérase complète le brin retardé
Quelles sont les 2 parties de la télomérase?
- protéique
- ARN
À quoi sert la partie protéique de la télomérase?
ADN polymérase, capable de reverse transcriptase
À quoi sert la partie ARN de la télomérase?
Matrice d’ARN constante, permet d’agir comme une polymérase
Quel protéine termine le brin tardif?
ADN polymérase alpha (activité primase)
Quelles cellules voient leurs télomères réduits en taille avec l’age?
- somatique
- premature aging cells
Que cause une tumeur précoce en terme de longueur des télomères?
diminution
Que cause une métastase en terme de longueur des télomères?
augmentation
Quelle est une cible fréquente de traitement du cancer?
bloquer la réplication (avec un analogue de thymidine AZT)
Quels médicaments peuvent bloquer la réplication?
- analogue de thymidine (AZT)
- inhibiteur de topoisomérase
Quels évènements peuvent léser l’ADN?
- erreur d’incorporation durant la réplication
- lésion de l’ADN des cellules par mécanisme externe
Quels sont des exemples de réactions pouvant léser l’ADN?
- métabolisme (pH, ROS)
- radiations (UV, X)
- composés chimiques dans l’environnement
Que se passe-t-il si une erreur n’est pas réparée?
Mutation de façon permanente transmise et perpétuée
Que peuvent causer des changements dans la séquence d’ADN?
Maladies comme la Drépanocytose, fibrose kystique, cancer
Quel type de maladie est la fibrose kystique?
autosomale récessive
Quelle est la mutation la plus fréquente causant la fibrose kystique?
F508: délétion de 3 nucléotides codant pour la phénylalanine 508
Il y a environ combien de mutations dans une cellule cancéreuse?
4-5 donc augmentation du risque avec l’âge
Quel est le taux d’erreur sans et avec les corrections?
sans: 1/10^7
avec: 1/10^9
Quels sont les 3 mécanismes de correction les plus importants?
- proofreading
- DNA mistmatch repair system
- excision repair
En quoi consiste le proofreading?
Vérification et autocorrection par ADN polymérase
En quoi consiste le DNA Mismatch Repair System?
Reconnaissance du nucléotide mal incorporé: excision et réparation (post-réplication)
En quoi consiste le Excision repair?
Reconnaissance des bases mutées par déamination, dépurination, radiation (dimères de thymine) par des nucléases et excision
Une fois l’excision d’un base, qu’est-ce qui répare la lésion?
repolymérisation par ADN polymérase de réparation et ligation
Quel brin d’ADN est utilisé comme matrice pour la réparation?
le brin indemne
Quelle particularité de l’ADN permet de reconnaitre une erreur?
Sa forme en double hélice; on observe une déformation s’il y a mésappariement
Comment se fait la reconnaissance d’une erreur en proofreading?
Reconnaitre une déformation de l’hélice par une différence de ponts H
Comment se passe l’excision lors du proofreading?
Activité exonucléase de la polymérase détache le mauvais nucléotide en hydrolysant le lien phosphodiester
Quels sont les 2 sites de l’ADN polymérase?
- catalytique P
- édition E
À quoi sert le site d’édition de l’ADN polymérase?
Lorsqu’une erreur est reconnue, le brin passe temporairement du site P au site E
Comment sont reconnues les erreurs lors du DNA mismatch repair?
Les nicks(brèche, coupure, rupture) sont reconnues car elles engendrent une distorsion de la double hélice
Quelle protéine dégrade le nucléotide erroné lors du DNA mismatch repair?
Exo1
Qu’est-ce que la dépurination
Collisions thermiques causant le perte de purines générant des lésions en dents manquantes
Qu’est-ce que la déamination
Perte d’un groupement amino des cytosines les transformant en uracile
Qu’est-ce qu’un dimère de thymine?
UV provoque la formation de liens covalents entre 2 thymines
Si la correction n’est pas effectuée, que se passe-t-il avec une dépurination?
Délétion de la paire de nucléotides
Que se passe-t-il si la désamination n’est pas corrigée?
G est remplacé par A et U reste tel quel
Que se passe-t-il chimiquement lors d’un dimère de thymine?
brise du double lien C=C qui devient simple, liaison covalente avec les C du haut ou du dessous
Comment un dimère de thymine est-il réparé?
- photoreactivation repair: lumière UV pour briser le lien
- uvr system excise le dimère et le gap est réparé par DNA pol 1
