ADN Flashcards
Quelles sont les caractéristiques de la structure de l’ADN ?
Polymères de désoxynucléotides
Bicaténaires
Structure double-hélice
Quels sont les composants des nucléotides ?
Base azotée
Sucre
Phosphate
À quel carbone est lié la base azotée ?
Au carbone 1’
À quel carbone est liée le phosphate ?
Au carbone 5’
Quels sont les composants du nucléoside ?
Base azotée avec un sucre
Quels sont les composants du nucléotide ?
Base azotée, un sucre et un phosphate.
Il s’agit de l’unité de base de l’ADN et l’ARN.
Quelles sont le nom des différentes bases ?
Adénine (A)
Guanine (G)
Cytosine (C)
Uracil (U)
Thymine (T)
Quels sont les nom des différents nucléoside ?
Adenosine
Guanosine
Cytidine
Uridine
Thymidine
Quelles sont les bases qui sont des purines ?
A et G
(2 cycles)
Quelles sont les bases qui sont des pyrimidine ?
C, T et U
(1 cycle)
Quelles bases forment l’ADN ? Et l’ARN?
ADN : AGCT
ARN: AGUC
Quelle est la différence entre le sucre de l’ARN et de l’ADN ?
ARN : Le sucre possède un OH (2x) qui est instable. Le sucre s’appelle RIBOSE. …
ADN: Le sucre possède un H qui rend la liaison stable. Le sucre s’appelle DÉSOXYRIBOSE.
Qu’est-ce que le lien phophodiester ? Que comprend-il ?
Il lie les différents nucléotides entre les carbones 5’ et 3’ des sucres
Lien entre le phosphate et l’oxygène de chaque nucléotide
Comment se forme le lien phosphodiester ?
Du carbone 5’ à 3’
Quelle est la charge de l’ADN ?
Charge négative
Nommez les paires de nucléotides.
A et T/U
C et G
Combien de liens se forment avec les paires de bases A et T ? C et G ?
A-T : 2 liens hydrogène
C-G: 3 liens hydrogène
Quelles sont les caractéristiques de la structure hélicoïdale de l’ADN ?
Double hélice
Polarité 5’ –> 3’
Brins antiparallèles et complémentaires
Quelle paire de base est plus forte ?
G-C
Quelles sont les caractéristiques des protéines qui peuvent se lier à l’ADN ?
Elles doivent être basique/chargé positivement, car l’ADN est acide (dû au phosphate qui est chargé négativement),
Pourquoi l’ADN est double brin ?
Pour la stabilité de l’ADN. Pour pouvoir mieux se dupliquer.
Combien y a t’il de paire de base par tour d’hélice ?
10 paires de base
Quelles composantes de l’ADN sont à l’extérieur de la double hélice ? Et à l’intérieur ?
Le sucre et phosphaste sont à l’extérieur.
Les bases sont à l’intérieur.
Quel est le sucre de l’ADN ? Et de l’ARN ?
ADN = Désoxyribose
ARN = RIbose
Quel est le type de réplication de l’ADN ?
Réplication semi-conservative
Dans quel phase à lieu la réplication de l’ADN ?
Dans la phase S, de l’interphase
Quels sont les 3 éléments requis pour la réplication de l’ADN ? Et pourquoi?
- Telomères : requis pour préserver l’intégrité des extrémités des chromosomes
- Centromères : s’attache au fuseau mitotique
- Origines de réplication : multiples
Comment les origines de réplications sont reconnues par la machinerie de réplication ?
Des protéines d’initiation marquent l’origine de réplication.
Quelles sont les caractéristiques de l’origine de réplication ?
Région riche en A-T, car zone moins stable dû aux 2 ponts H.
Quelle est l’enzyme qui à pour fonction d’ouvrir le double brin d’ADN?
Hélicase
Quelles sont les étapes de la réplication ?
- Protéines d’initiation marquent la zone d’origine de réplication (riche en A-T)
- Ces protéines ouvre la double hélice et la sépare en hélice simple brin
- Puis l’hélicase vient se lier à l’ADN et ouvre plus le double brin d’ADN
- Liaison de la primase (amorce)
- Formation du complexe primase-hélicase
- Simultanément, la réplication de l’ADN se fait.
Par quelle enzyme le processus de la réplication se fait ?
ADN Polymérase
Dans quel sens l’ADN Polymérase peut synthétiser l’ADN ?
De 5’ à 3’
Vrai ou Faux : L’ADN Polymérase peut initier la réplication seule. Donc ajout d’un nucléotide à un 3’ déjà existant.
Faux. Il lui faut une amorce d’ADN ou d’ARN
Vrai ou Faux : L’ADN Polymérase requiert une matrice pour faire la réplication ( brin de matrice à copier).
Vrai
Quelles sont les 3 contraintes de l’ADN polymérase ?
Ne peut synthétiser que du 5’ au 3’
Elle requiert une amorce pour initier la réplication
Elle requiert une matrice
Qu’est-ce qui fournit l’énergie requise pour la polymérisation ?
Les nucléotides triphosphates
Quelle est l’efficacité de l’ADN polymérase chez l’humain ?
100 nucléotides à la seconde
Combien de temps dure une réplication totale du génome ?
Environ 6 à 8 heures
Qu’est-ce qu’un brin conducteur ? Et un brin retardé?
Brin conducteur : synthèse d’ADN continue à partir d’une seule amorce
Brin retardé ou tardif : Doit être synthétisé de façon discontinue, sous de cours fragments appelés fragment d’okasaki.
Qu’est-ce qu’un fragment d’Okasaki ?
Un court fragment d’ADN synthétisé sur le brin retardé par l’ADN polymérase III
Qu’est-ce qu’un nick ?
Un nick est une brèche entre deux fragments d’Okasaki, il manque un lien phosphodiester.
Comment répare-t-on la brèche ?
Grâce à l’enzyme ADN ligase en créant un lien phosphodiester.
Quelles sont les enzymes impliquées dans la réplication ?
Hélicase
Primase
ADN Polymérase III et I
Ligase
Quelles sont les rôles des enzymes impliqués dans la réplication ?
Hélicase : ouvrir le double brin
Primace: mettre des amorces d’ARN de 10 nucléotides à chaque 200/300 nucléotides. Synthétise les amorce à partir d’une matrice d’ADN
ADN polymérase III : Extension et finalisation des amorces d’ARN
ADN polymérase I : Remplacement de l’amorce d’ARN par de l’ADN (Deux activités: 1. Nucléase (enlève l’amorce) 2. Activité de réparation
Ligase : Ligation des nicks de fragments d’Okasaki en chaîne continu. Utilise de l’ATP
Qu’est-ce qui peut éliminé une amorce en ARN ?
L’activité ribonucléase
Qu’est-ce que le sliding clamp ? Et le single stranded binding protein ?
Sliding clamp : Clampe coulissance de protéine circulaire qui maintient l’ADN polymérase et l’ADN pendant la synthèse
SSB : PRotéine fixant l’ADN simple brin dont son rôle est d’empêcher ce brin de s’Apparier avec son brin complémentaire
Qu’est-ce que la réplication des télomères ?
C’est un problème qui survient dans la synthèse discontinue. Il manque une amorce pour débuter la synthèse de la fin du brin. Cela implique qu’on perdrait un bout d’ADN à chaque réplication.
La solution est l’enzyme télomérase qui ajoute une séquence répétée, cela permet d’allonger l’extrémité des chromosomes et d’assurer leur intégrité lorsd e la réplication.
Qu’est-ce que réplique la télomérase ?
1500 x (TGGGGTTG)
Sa composante complémentaire (A…)
Quelles sont les différentes parties de la télomérase ?
Partie protéique : activité d’ADN polymérase capable d’utiliser de l’ARN comme matrice
Partie ARN : (3’A… 5’)
Matrice d’ARN faisant partie intégrante de la télomérase
Ou se trouve la télomérase ?
Uniquement active dasn les gamètes et les cellules souche
Quelle est la cause du vieillissement ?
La perte de l’activité des télomérase dans les cellules souches
Qu’est-ce qu’une des causes de cancer ?
La réactivation de télomérase
Réparation : Quelles sont les types de lésions que peut avoir l’ADN ?
Par le métabolisme (pH, ROS)
Par les radiations (UV, rayons X)
Par des composés chimiques de l’environnement
À quel moments peut survenir une mutation ?
Durant la réplication, s’il n’y a pas de correction.
L’erreur peut être causé par l’ADN Polymérase
Que se passe-t’il au cycle suivant lorsque l’erreur lors de la réplication n’est pas réparer?
Il s’agira d’une mutation qui sera permanente et perpétuée
Que se passe-t’il si la mutation se passe dans les cellules germinales (gamètes) ?
Il s’agira d’une mutation qui sera héréditaire, qui pourrait causer des maladies héréditaires.
Quelles sont les différents types de réparation ?
Réparation durant la synthèse
- proofreading
- vérification et autocorrection par l’ADN polymérase
Correction post-réplicationnelle des mésappariements
- DNA Mismatch Repair System
- Reconnaissance du nucléotide mal incorporé, excision et réparation
Réparation des lésions par excision
- Excision repair
- Les bases mutés par déamination, dépurination, radiation (UV dimères de thymine) sont reconnues par des nucléases et excisées
Puis il y arepolymérisation par l’ADN polymérase de répartion et ligation
Comment les mutations sont-elles reconnues ?
Dû à une déformation de la double hélice. Le mésappariement de la paire de base (i.e. A-G) causera une torsion/déformation.
Expliquez comment fonctionne le proofreading ?
- Vérification par la polymérase qui a un site catalytique de polymérisation et un site d’édition pour l’excision et la correction
- Reconnaissance des mauvais appariement
- Activité exonucléase de la polymérase qui détache le mauvais nucléotide par hydrolyse du lien phosphodiester,
- Puis l’action de l’ADN Polymérase reprend.
Que se passe-t-il lorsqu’une mutation n’est pas corrigée lors de la réplication ? ou qu’une lésions survient après la réplication ?
DNA mismatch repair
Comment fonctionne le DNA mismatch repair &
La distorsion de la double hélice est reconnu par des protéines de reconnaissance qui recrute par la suite une exonucléase (Exo1).
Exo1 dégradera la portion du nouveau brin incluant le nucléotide erronée.
Puis d’ADN polymérase et ligation réparera la lacune.
Comment se fait la reconnaissance du mésappariement dans le mismatch repair ?
Spécifique au nouveau brin. Il est identifié grâce au nick qu’il contient. De plus, le nouveau brin n’est pas immédiatement méthylé ce qui le différencie du vieux brin.
Quelle est la fonction de l’endonucléase ?
Une endonucléase clivent l’intérieur de la molécule d’ADN produisant un nick sur un brin (une coupure sur deux).
Quelle est la fonction de l’exonucléase ?
Une exonucléase digère un brin d’ADN dans la direction 5’ à 3’ ou 3’ à 5’.
Pour qu’elle puisse agir, elle a besoin d’un bout 5’ ou 3’ de libre.
Qu’est-ce que la dépurination ?
Il s’agit de collisions thermiques entre molécules de purines (G-A)
En résumé, il s’agit d’une perte de base.
Qu’est-ce que la déamination ?
Il s’agit de la perte d’un groupement amino de cytosines ce qui la transforme en base uracile
Par quoi est causé le dimère de thymine ?
Par les rayons UV du soleil qui provoque la formation de liens covalents entre deux thymines adjacents.
Par quel mécanimes est réparer la dépurination, déamination et le dimère de thymine ? Expliquez le mécanisme.
Par excision.
ADN endommagé est reconnu et la portion affecté est excisée par une nucléase.
La synthèse se fait par l’ADN polymérase de réparation.
Puis la ligation se fait par une ADN ligase.
