7. Jakie podstawowe aspekty należy wziąć pod uwagę przy dokowaniu?

Question 1

Jakie podstawowe aspekty należy wziąć pod uwagę przy dokowaniu?

Answer 1

1) Współrzędne przestrzenne targetu i liganda, gdzie jest jego miejsce wiążące.
2) Translacje i rotacje liganda, jak się może układać, czy to elastyczna cząsteczka i będzie dużo rotacji, czy sztywna i mało manipulacji.
3) Przygotowanie receptora:
a. Dodanie brakujących aminokwasów, pętli, łańcuchów bocznych oraz atomów wodoru.
b. Usunięcie jonów, artefaktów, wody oraz nieistotne biologiczne reszty.
4) Energia wiązania: różnica pomiędzy stanem niezwiązanym a związanym z receptorem (stany przed i po)
5) Po dokowaniu należy dokonać walidacji/oceny uzyskanych modeli.

Question 2

Cel dokowania / projektowania liganda

Answer 2

Celem projektowania liganda i analizy dokowania jest maksymalizacja powinowactwa liganda do receptora poprzez odpowiednie geometryczne dopasowanie (liganda)