1. Z jakich składowych energii składa się typowe pole siłowe w mechanice molekularnej?

Question 1

Energia pola siłowego i geometria idealna

Answer 1

Energia pola siłowego opisuje swoiste odchylenie cząsteczki od idealnej geometrii. Hipotetyczna cząsteczka mająca „idealną” geometrię ma energię równą zero. Idealne wartości długości wiązań, kątów oraz kątów torsyjnych nie zależą tylko od liczb atomowych (tego czy to akurat C, H, O), ale od danego typu atomu.

Question 2

Parametry do zdefiniowania pola siłowego

Answer 2

1. stałą siłową k (wywodząca się z prawa Hooka dla oscylatora harmonicznego, stosowane do przybliżonego opisu oscylacji cząsteczek),
2. wartości równowagowe pomiędzy atomami r(eq),
3. kąty oraz kąty torsyjne.
   Dodatkowo pole siłowe może być wzbogacone o uwzględnienie oddziaływań wewnątrzcząsteczkowych wiążących (rozciąganie-zginanie; rozciągnie-rozciąganie; zginanie-zginanie; obrót-rozciąganie; zginanie-obrót-zginanie) i niewiążących (np. uwzględnianie struktury drugorzędowej w białkach).

Question 3

Skąd wziąć parametry do opisania pola siłowego

Answer 3

Parametry użyte do zdefiniowania pola siłowego mogą pochodzić z eksperymentu bądź z obliczeń kwantowo-mechanicznych na wysokim poziomie.