2. Skąd pochodzą struktury przestrzenne biocząsteczek?

Question 1

Skąd pochodzą struktury przestrzenne biocząsteczek? (eksperymenty)

Answer 1

Struktury eksperymentalne w większości są rozwiązywane metodą krystalografii rentgenowskiej (XRD) – białka i kompleksy powyżej 50 kDa. Korzysta się również ze spektroskopii magnetycznego rezonansu jądrowego (NMR) (białka do 50 kDa, nie ma możliwości rozwiązania kompleksów), mikroskopii elektronowej (EM) czy rzadziej z krystalografii elektronowej lub technik hybrydowych.

Question 2

Skąd pochodzą struktury przestrzenne biocząsteczek? (bazy danych)

Answer 2

PDB – baza danych struktur rozwiązanych eksperymentalnie, AlphaFold – baza modeli.
Struktury biocząsteczek pochodzą z baz, np. Protein Data Bank (PDB), AlphaFold. Współrzędne przestrzenne można również pobierać z baz krystalograficznych (np. PDB, Crystallography Open Database), z biblioteki związków i ich fragmentów oraz ze szkiców 2D, ale w tym przypadku niezbędna jest weryfikacja.