#7 Génomique structurale et fonctionnelle Flashcards
Qu’est ce que la génomique?
Quelle est la différence entre la génomique structurale et la génomique fonctionnelle?
La génomique : l’étude de génomes entiers.
- La génomique structurale : caractérise la nature physique
(séquence; relations phylogéniques) - La génomique fonctionnelle : caractérise le mode
d’expression des gènes (transcriptome) et les
protéines codés par ces gènes.
Quelle approche de séquençage proposée par Craig Venter permit le séquençage du génome humain en 2003?
Est-ce que cette approche est encore valide pour séquencer les génomes en 2022?
Quelles avancées technologiques ont consolidé cette approche?
C’est l’approche « shotgun »
Oui, c’est maintenant généralement
utilisée grâce à:
- une capacité accrue des nouveaux modèles de
séquenceurs
- la mise au point de nouveaux algorithmes
bioinformatiques et la force de calcul.
Quelles sont les étapes requises pour l’approche de séquençage shotgun?
Qu’est-ce qu’une banque d’ADN?
Qu’est-ce qu’un contig?
Comment détermine-t-on la séquence des « trous » entre les contigs laissés dans un séquençage génomique?
- Fragmentation de l’ADN génomique
- Clonage de fragments aléatoires
dans une banque d’ADN - Séquençage du plus grand
nombre de fragments
possible, choisis au hazard - Assemblage virtuel des
séquences qui se
chevauchent en « contigs »
(séquences contiguës)
Banque d’ADN : Collection de fragments d’ADN provenant d’un individu/échantillon/espèce. Chaque fragment est inséré dans un vecteur commun qui sert d’ancrage le séquençage.
Contig : les séquences de fragments d’ADN assembler la (séquences contiguës)
GAP remplie par scaffold : trous entre contig
Suite à l’obtention de la séquence brute du génome d’un organisme, comment procède-t-on pour identifier les gènes?
Quelle est la méthode la plus directe (et la plus populaire) pour identifier les régions codant pour des protéines dans un génome eucaryote?
On identifie les gènes à l’aide de la bioinformatique, on va annoter gènes. La méthode la plus populaire pour identifier les portions codantes est faisant un séquençage de l’ADN complémentaire. En alignant les séquences de l’ADNc avec le génome de référence, on peut identifier les exons et donc trouvant parties codantes.
Qu’est-ce que l’ADN complémentaire?
Comment l’obtient-on?
L’ADNc ne contient que les séquences d’exons, on l’obtient en copiant l’ARNm et en synthétisant le deuxième brin.
La technologie des « puces à ADN » permet d’analyser quoi?
Une lecture au laser de ces puces permet de comparer l’expression des gènes dans les deux conditions. On extraits l’ARNm dans diverses conditions avant et ajoute un marqueur fluorescent qui s’hybride avec puce ADN (segment des gènes).
Pouvez-vous donner un exemple d’intérêt de la biologie structurale?
Connaitre la génomique structurale des espèces nous permet de les placer dans l’arbre de la vie selon leur niveau de ressemblance. Les ribosomaux peut aussi être analyser.
Donc pour divergence évolutive et compréhension du transfert de gène horizontale!
Pouvez-vous donner un exemple d’intérêt de la biologie fonctionnelle?
Cela permet de comprendre comment les gènes s’expriment différemment selon les types cellulaires ou en réponse à des stimuli environnementaux. certains gènes sont activés ou désactivés dans les cellules cancéreuses par rapport aux cellules normales, les scientifiques peuvent identifier des cibles potentielles pour des thérapies anticancéreuses. Cela peut conduire à des traitements plus ciblés et efficaces,
aide à comprendre les interactions entre les protéines, les voies de signalisation, et les réseaux cellulaires, ce qui est crucial pour développer des médicaments
