7η Διάλεξη -Μεταβολισμός Flashcards
Τι είναι ο μεταβολισμός σαν ορισμός ;
Αποτελεί ένα ολοκληρωμένο δίκτυο χημικών αντιδράσεων που περιέχει πολλά κοινά μοτίβα (π.χ. κοινή ενέργεια και ενεργοποιημένα ενδιάμεσα) όπου περίπου 100 μόρια παίζουν κεντρικό ρόλο στο μεταβολισμό όλων των μορφών ζωή
Τι σημαίνουν οι όροι καταβολισμός και αναβολισμός ;
- Καταβολισμός: Αντιδράσεις που χρησιμοποιούνται για την παραγωγή ενέργειας από καύσιμα μόρια (τροφή).
- Αναβολισμός: Αντιδράσεις που χρησιμοποιούν την παραπάνω ενέργεια για τις βιοσυνθέσεις.
Ποιες είναι οι 5 αρχές του μεταβολισμού;
- Τα καύσιμα διασπώνται και βήμα προς βήμα βιοσυντείθενται μεγάλα μόρια σε μια σειρά από συνδεδεμένες αντιδράσεις που ονομάζονται μεταβολικές πορείες. 2. Ένα κοινό νόμισμα ενέργειας σε όλες τις μορφές ζωής είναι η Τριφωσφορική Αδενοσίνη (ΑΤP) και συνδέει τις πορείες που απελευθερώνουν ενέργεια με τις πορείες που απαιτούν ενέργεια. 3. Η οξείδωση των καύσιμων οργανικών μορίων ωθεί τον σχηματισμό της ΑTP. 4. Σε πολλές μεταβολικές πορείες είναι κοινός ένας περιορισμένος αριθμός τύπων αντιδράσεων και ενδιάμεσων προϊόντων. 5. Υπάρχουν μηχανισμοί ρύθμισης των μεταβολικών πορειών.
Γιατί είναι απαραίτητη η συνεχής τροφοδότηση με Ε και απο που λαμβάνεται αυτή η Ε;
1) Για την εκτέλεση μηχανικού έργου στη σύσπαση μυών και κυτταρικές κινήσεις. 2) Για την ενεργό μεταφορά μορίων και ιόντων 3) Για τη σύνθεση μακρομορίων και άλλων βιομορίων από απλά πρόδρομα μόρια.
Η ελεύθερη ενέργεια προέρχεται από το περιβάλλον. a. Οι φωτοσυνθετικοί (φωτότροφοι) οργανισμοί παγιδεύουν το ηλιακό φως b. Οι χημειότροφοι οξειδώνουν τα τρόφιμα που παράγονται από τους φωτότροφους οργανισμούς
Τι γνωρίζετε για τον μεταβολισμό της γλυκόζης ;
Μεταβολίζεται σε πυροσταφυλικό σε 10 διασυνδεδεμένες αντιδράσεις. Υπο αναερόβιες σε γαλακτικό και σε αερόβιες σε ακετυλο-CoΑ. Τα άτομα C που προέρχονται από την γλυκόζη οξειδώνονται σε CO2. Έχουμε λοιπόν σειρά χημικών αντιδράσεων που ξεκινούν από ένα μόριο και καταλήγουν σε ένα ή περισσότερα άλλα με προσεκτικά καθορισμένο τρόπο (το κύτταρο έχει πολλές τέτοιες). Οι πορείες είναι αλληλοεξαρτόμενες και η δραστικότητά τους συντονίζεται από εξαιρετικά ευαίσθητα μέσα επικοινωνίας (π.χ. αλλοστερικά ένζυμα).
Τι είναι τα μεταβολικά δίκτυα και τι οι αμφιβολικές πορείες;
Ο τρόπος σύνδεσης των μεταβολικών αντιδράσεων σχηματίζουν ένα μεταβολικό χάρτη όπου κάθε κόμβος είναι ένας συγκεκριμένος μεταβολίτης. Κάθε μια πορεία είναι διακριτή με κυριότερες τις αποικοδομητικές (καταβολικές) και τις βιοσυνθετικές (αναβολικές) πορείες.
Οι αμφιβολικές πορείες όπου ανάλογα με την ενεργειακή κατάσταση του κυττάρου είναι αναβολική ή καταβολική
Τι γνωρίζεται για τα κριτήρια που καθορίζουν εάν θα γίνει ή μη μια μεταβολική αντίδραση ;
Ειδικές επιμέρους αντιδράσεις (ενζυμική εξειδίκευση, κατάλυση) και όλη η ομάδα αντιδράσεων που απαρτίζουν την πορεία πρέπει να ευνοείται θερμοδυναμικά ΔG<0 (αυθόρμητα). ΔG=Δgο +RT lnQ . Q= γινόμενο συγκεντρώσεων αντιδρώντων και προϊόντων. Μια θερμοδυναμικά αυθόρμητη αντίδραση ωθεί μια μη αυθόρμητη. Η ολική μεταβολή ΔG για μια σειρά χημικά συζευγμένων αντιδράσεων ισούται με το άθροισμα των επιμέρους μεταβολών ελεύθερης Ε. (η σύζευξη αντιδράσεων γίνεται μέσω κοινού χημικού ενδιάμεσου). Άρα πχ η αντίδραση ΑΒ+Γ μπορεί να μην είναι αυθόρμητη αλλά επειδή το Β Δ είναι αυθόρμητη η συνολική Α Γ+Δ εάν έχει ΔG<0 θα είναι αυθόρμητη.
Τι γνωρίζετε για το ΑΤΡ, τι περιλαμβάνει η ενεργός μορφή του και σε τι υδρολύεται ;
Δότης ελεύθερης ενέργειας στις περισσότερες πορείες. • Μέρος της ελεύθερης ενέργειας από την οξείδωση των τροφών μετασχηματίζεται σε αυτό. • Η ενεργός μορφή είναι συνήθως σύμπλοκο με Mg2+ ή Mn2+ • Είναι πλούσιο ενεργειακά μόριο λόγω των δύο δεσμών φωσφορικού ανυδρίτη. • Υδρολύεται σε ADP και ορθοφωσφορικό (Pi ) ή ΑΜP και πυροφωσφορικό (PPi ) απελευθερώνοντας μεγάλα ποσά ελεύθερης ενέργειας. ΔG0’ = -30,5 κJ mol-1 για ΑDP και -45,6 κJ mol-1 για AMP.
Τι γνωρίζεται για τον κύκλο ΑΤΡ-ADP, σε τι συνεισφέρει και τι άλλη μορφή μπορούν να έχουν τα αντιδρώντα σε μια αντίδραση με ΑΤΡ;
• Κύκλος ATP – ADP : βασικός τρόπος ανταλλαγής ενέργειας στα βιολογικά συστήματα.( παράγεται από την οξείδωση των τροφών).• Η υδρόλυση ενός μορίου ATP σε μια συζευγμένη αντίδραση αλλάζει τον λόγο ισορροπίας των προϊόντων προς τα αντιδρώντα κατά έναν παράγοντα της τάξης του 108. • Μια σειρά μη ευνοούμενων αντιδράσεων μπορούν να μετατραπούν σε ευνοούμενες με τη σύζευξή τους μέσω της υδρόλυσης ικανού αριθμού μορίων ATP σε μια νέα αντίδραση. • Τα Α και Β εκτός από αντιδρώντα μπορούν να είναι: - Ενεργοποιημένη και μη ενεργοποιημένη στερεοδιάταξη πρωτεΐνης (π.χ. μοριακοί κινητήρες-ενεργοποίηση μέσω φωσφορυλίωσης με ΑΤP) - Συγκεντρώσεις ιόντος ή μορίου μέσα και έξω από το κύτταρο (π.χ. φωσφορυλίωση αντλίας νατρίου-καλίου).
Γνωρίζετε άλλα σημαντικά μόρια τριφοσφωρικών νουκλεοζητών ; Από ποια ένζυμα καταλύονται ;
GTP: τριφωσφορική γουανοσίνη / GDP, GMP (με υδρόλυση) • UTP: τριφωσφορική ουριδίνη / UDP, UMP • CTP: τριφωσφορική κυτιδίνη / CDP, CMP
Αν και όλα είναι ενεργειακά ισοδύναμα, η ATP είναι ο βασικός φορέας ενέργειας. Κάποιες βιοσυνθετικές αντιδράσεις ωθούνται από την υδρόλυση των ανωτέρω. Η φωσφορυλίωση των MPs καταλύεται από τις κινάσες μονοφωσφορικών νουκλεοζιτών ενώ των DPs από τις κινάσες των διφωσφορικών νουκλεοζιτών.
Γιατί υπάρχει υψηλό δυναμικό μεταφοράς φωσφορικής ομάδας από το ΑΤΡ;
1) Σταθεροποίηση συντονισμού όπου η φωσφορική ομάδα που παράγεται κατά την υδρόλυση από ΑΤΡ σε ADP μπορεί να πάρει διαφορετικές μορφές συντονισμού. Επομένως το ΑΤΡ θεμροδυναμικά ευνοείται να υδρολυθεί επειδή το παραγώμενο προϊόν παίρνει πολλές σταθερές δομές συντονισμού.
2) Σε pH 7 η τριφωσφορική ομάδα έχει 4 αρνητικά φορτία που απωθούνται λόγω εγγύτητας. Η άπωση ελαττώνεται όταν υδρολύεται η ATP.
3) Αύξηση της εντροπίας: Από ένα μόριο σχηματίζονται 2.
4) Σταθεροποίηση λόγω ενυδάτωσης. Νερό προσδένεται στην ADP και στο Pi σταθεροποιώντας τα και καθιστώντας την αντίστροφη αντίδραση μη ευνοϊκή.
Ποιες άλλες ενώσεις με υψηλό δυναμικό μεταφοράς φωσφορικής ομάδας γνωρίζετε, ποιος ο ρόλος τους και πως το ΑΤΡ συνδέει αντιδράσεις ;
Το ΑΤΡ προσφέρει Ε μέσω μιας διαδικασίας μεταφοράς της φωσφορικής του ομάδας, άρα το ΑΤΡ είναι ένωση με υχηλό δυναμικό μεταφοράς της φωσφορικής ομάδας αλλά δεν είναι το μοναδικό. Μερικές ενώσεις έχουν υψηλότερο δυναμικό μεταφοράς από την ΑΤP. Aυτές μπορούν να μεταφέρουν τη φωσφορική τους ομάδα στην ADP για να σχηματιστεί ATP (επειδή έχουν μεγαλύτερο δυναμικό μεταφοράς άρα μπορούν να δώσουν την φωσφορική ομάδα). Η ATP διαδραματίζει σημαντικό ρόλο ως φορέας φωσφορικών ομάδων έχοντας ενδιάμεσο δυναμικό μεταφοράς (βοηθάει όντας ενδιάμεσο την σύνδεση αντιδράσεων του μεταβολισμού).(π.χ. φωσφο-ενολοπυροσταφυλικό).
Ποιά η δράση της φωσφορικής κρεατίνης των μυών;
H φωσφορική κρεατίνη στους μύες των σπονδυλωτών λειτουργεί ως δεξαμενή υψηλού δυναμικού μεταφοράς φωσφορικών ομάδων που μεταφέρονται εύκολα στην ADP. Παίρνει λοιπόν το ΑDP από τους μύες που έχει υδρολυθεί μέσω της άσκησης για να δώσει ενέργεια και το μετατρέπει σε ΑΤΡ. Η μετατροπή είναι αμφίδρομη αλλά ευνοείται περισσότερο ο σχηματισμός ΑΤΡ και καταλύεται από το ένζυμο κινάση της κρεατίνης.
Ποιά ένωση μας δίνει Ε κατά την άσκηση;
Στην αρχή η κινητήρια δύναμη για τα πρώτα δευτερόλεπτα είναι η ΑΤΡ και η φωσφορική κρεατίνη που την αναπληρώνει. Ακολούθως πρέπει η ΑΤΡ να αναπαραχθεί από τις μεταβολικές πορείες.
Γιατί χρησιμοποιούνται φωσφορικές ομάδες ;
- Οι φωσφορικοί εστέρες είναι θερμοδυναμικά ασταθείς και παράλληλα κινητικά σταθεροί.(θέλουν να υδρολυθούν αλλά εάν δεν βρούν το κατάλληλο ένζυμο δεν θα το κάνουν)
- Η σταθερότητα οφείλεται στα αρνητικά φορτία που τους καθιστούν ανθεκτικούς στην υδρόλυση απουσία ενζύμων.
- Είναι ιδανικά ρυθμιστικά μόρια τα οποία προστίθενται σε πρωτεΐνες από κινάσες και απομακρύνονται από φωσφατάσες.
- Προστίθενται και σε μεταβολίτες για να μη διαχέονται μέσω κυτταρικής μεμβράνης (κάποιοι μεταβολίτες αναγνωρίζονται με την προσθήκη φωσφορικών ομάδων και έτσι δεν διαχέονται).